Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroad304_14743
• Subject: NM_001162415.1
• Aligned Length: 1533
• Identities: 1236
• Gaps: 130

Alignment

Query    1  ATGTCTG------GGGCATCTTCCTCAGAACAGAACAACAACAGCTATGAAACCAAAACCCCAAATCTTCGAAT  68
            |||||||      |..|||.||||.|||||.|...|||||.|||||||.||.||.|..||.|||||||.||||.
Sbjct    1  ATGTCTGAGAATAGTACATTTTCCCCAGAAGACTGCAACAGCAGCTATAAACCCCACGCCTCAAATCTGCGAAG  74

Query   69  GTCAGAGAAGAAATGTTCATGGGCCTCCTACATGACCAACTCCCCGACTCTGATCGTTATGATTGGTTTGCCAG  142
            |.|||.|||||.|||.||||||||.|||||.||||||||||||||.||.||.||.|||||||||||.|||||||
Sbjct   75  GGCAGGGAAGACATGCTCATGGGCTTCCTATATGACCAACTCCCCAACACTCATTGTTATGATTGGCTTGCCAG  148

Query  143  CCCGGGGTAAAACCTACGTGTCCAAGAAACTAACACGCTACCTCAACTGGATTGGAGTCCCCACCAAAGTGTTT  216
            |||||||||||||.||.|||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||
Sbjct  149  CCCGGGGTAAAACTTATGTGTCTAAGAAACTAACACGCTACCTCAACTGGATTGGAGTACCCACCAAAGTGTTT  222

Query  217  AATCTTGGGGTGTATCGGCGTGAAGCAGTCAAGTCCTATAAGTCCTACGACTTCTTTCGGCATGACAATGAGGA  290
            |||||||||||.|||||.|||||||||||||||||||||.||||.||.||.||||||||.|||||||||||.||
Sbjct  223  AATCTTGGGGTATATCGACGTGAAGCAGTCAAGTCCTATCAGTCTTATGATTTCTTTCGACATGACAATGAAGA  296

Query  291  GGCCATGAAGATCCGCAAACAGTGTGCTCTGGTGGCGCTGGAAGATGTTAAGGCGTATCTCACTGAGGAGAATG  364
            |||.||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||.||.|||.|.|||||.||||.||
Sbjct  297  GGCTATGAAGATCCGCAAACAGTGTGCTCTGGTGGCACTGGAAGATGTTAAAGCCTATTTTACTGAAGAGAGTG  370

Query  365  GTCAGATTGCGGTGTTTGATGCCACCAATACAACCCGGGAGAGGAGGGACATGATTTTGAACTTTGCTGAACAG  438
            |.|||||||||||||||||||||||||||||.||.||||||||||||||||||||||||||||||||..|.|||
Sbjct  371  GGCAGATTGCGGTGTTTGATGCCACCAATACCACTCGGGAGAGGAGGGACATGATTTTGAACTTTGCCAAGCAG  444

Query  439  AATTCCTTCAAGGTATTCTTTGTGGAATCCGTCTGTGATGATCCTGATGTCATTGCTGCCAATATTCTGGAGGT  512
            |||.|||||||||||||.|||||.|||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  445  AATGCCTTCAAGGTATTTTTTGTAGAATCTGTCTGTGATGATCCTGATGTCATTGCTGCCAATATTCTGGAGGT  518

Query  513  TAAGGTATCAAGCCCTGACTATCCTGAAAGGAATAGAGAGAACGTGATGGAGGACTTCCTGAAGAGAATTGAAT  586
            .||.||.||.|||||||||||.||.|||||||||||.|||||.|||||||||||||||||||||||||||||.|
Sbjct  519  AAAAGTGTCGAGCCCTGACTACCCCGAAAGGAATAGGGAGAATGTGATGGAGGACTTCCTGAAGAGAATTGAGT  592

Query  587  GCTACAAAGTTACCTACCGACCTCTTGACCCAGACAACTATGACAAGGATCTTTCTTTCATCAAAGTGATAAAC  660
            |||||||.||.||.||||..||.||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||.||.||||||||.
Sbjct  593  GCTACAAGGTCACTTACCAGCCCCTTGACCCAGACAACTATGATAAGGATCTTTCTTTCATAAAGGTGATAAAT  666

Query  661  GTGGGCCAGCGATTTTTAGTCAACAGAGTCCAGGACTACATCCAGAGCCAGATAGTCTACTACCTCATGAANAT  734
            ||.||||||.||||..|.|||||||||||.|||||||||||||||||..||||.|||||||||||.|||||.||
Sbjct  667  GTAGGCCAGAGATTCCTGGTCAACAGAGTTCAGGACTACATCCAGAGTAAGATTGTCTACTACCTGATGAATAT  740

Query  735  CCACGTCCANCNCTCGCACCATTTACCTTTNNCGGCATGGANNAAGCGAGTTCNATCTCTTGGGNAANATNGGG  808
            |||||||||.| ||||||||||.|||||||..|||||.||....|||||||||.|.||.|||||.||.||.|||
Sbjct  741  CCACGTCCATC-CTCGCACCATCTACCTTTGCCGGCACGGCGAGAGCGAGTTCAACCTTTTGGGGAAGATTGGG  813

Query  809  GGTGACTCTGGCCTCCTCGGTGCGGGGNAAGCAGTTTGCCCAAGCTCTAAGGAAATTTCTGAGGGAACAGGAAA  882
            |||||||||||||| |||.|||||.||.|||||||||||.||.|||||.|.|||.||||||..|||||||||.|
Sbjct  814  GGTGACTCTGGCCT-CTCCGTGCGAGGAAAGCAGTTTGCTCATGCTCTGAAGAAGTTTCTGGAGGAACAGGAGA  886

Query  883  TAACA-GACCTCAAAGTGTGGACAAGCCAGTGNAAGAGGACCATACAGACTGCTGAATCTCTCGGGGTGCCCTA  955
            | .|| |||||.|||||||||||.|||||||..||||||||.||.|||||||||||.|||||.||||||.||||
Sbjct  887  T-CCAGGACCTTAAAGTGTGGACGAGCCAGTTGAAGAGGACAATTCAGACTGCTGAGTCTCTTGGGGTGACCTA  959

Query  956  TGAGCAGTGGAAGATTCTGAATGAGATTGATGCTGGTGTGTGTGAAGAGATGACCTATGCAGAGATTGAGAAAC  1029
            |||||||||||||||.||.|||||||||||||||||.||||||||.||||||||.|||.|||||||||||.|||
Sbjct  960  TGAGCAGTGGAAGATCCTCAATGAGATTGATGCTGGCGTGTGTGAGGAGATGACATATTCAGAGATTGAGCAAC  1033

Query 1030  GGTACCCAGAAGAGTTTGCACTTCGAGATCAAGAGAAGTATCTGTATCGATATCCTGGTGGGGAGTCATACCAG  1103
            ||||||||||.||.||||||||.|||||||||||||||||||||||.|||||.||||||||||||||.||||||
Sbjct 1034  GGTACCCAGAGGAATTTGCACTCCGAGATCAAGAGAAGTATCTGTACCGATACCCTGGTGGGGAGTCCTACCAG  1107

Query 1104  GACCTGGTGCAGCGGCTGGAGCCTGTCATCATGGAGCTGGAACGTCAGGGCAATGTCCTCGTCATCTCCCACCA  1177
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||.|||||.|||||..|||||||.|||||.|||||
Sbjct 1108  GACCTGGTGCAGCGGCTGGAGCCTGTCATCATGGAGCTAGAGCGTCAAGGCAACATCCTCGTTATCTCTCACCA  1181

Query 1178  GGCTGTCATGCGCTGCCTCCTGGCCTACTTCTTGGATAAGGGCGCAGATGAGCTACCATACTTGAGATGCCCTC  1251
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||.|||||||||||||.|||||.|
Sbjct 1182  GGCTGTCATGCGCTGCCTCCTGGCCTACTTCTTGGATAAAGGCGCAGATGAGTTACCATACTTGAGGTGCCCCC  1255

Query 1252  TCCATACCATCTTCAAACTTACTCCTGTGGCCTATGGGTGCAAAGTGGAAACAATTAAACTTAACGTGGAGGCT  1325
            |.||.|.||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||..||.||.|||||.|||
Sbjct 1256  TGCACATCATCTTCAAACTTACTCCTGTGGCCTATGGTTGCAAAGTGGAAACAATTACTCTGAATGTGGATGCT  1329

Query 1326  GTGAACACGCACCGTGACAAGCCAACTAACAACTTCCCCAAGAACCAAACCCCTGTAAGGATGAGAAGGAACAG  1399
            ||..||||.||.|||||||||||||||              |||               |..|||||       
Sbjct 1330  GTAGACACACATCGTGACAAGCCAACT--------------GAA---------------GTGGAGAA-------  1367

Query 1400  CTTTACGCCTCTGTCCAGTTCGAATACAATAAGGCGTCCA-AGAAATTACAGTGTTGGGAGCCGGCCCCTCAA-  1471
             |||     .|||.|              |.||     || |||.|                   |||||||| 
Sbjct 1368  -TTT-----GCTGGC--------------TGAG-----CATAGACA-------------------CCCCTCAAT  1397

Query 1472  -GC--CCCTCAGCC----CTCTCCGTGCCCAGGACATGCAAGAAGGGGCCGAC  1517
             ||  ||||||  |    ||||||                             
Sbjct 1398  GGCATCCCTCA--CTTTGCTCTCC-----------------------------  1419