Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroad304_14751
• Subject: NM_001122670.1
• Aligned Length: 3631
• Identities: 3615
• Gaps: 8

Alignment

Query    1  ATGAGGAGCCGGAGTAACTCCGGGGTCCGGCTGGACGGCTACGCTCGACTGGTGCAACAGACCATCCTGTGCCA  74
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct    1  ATGAGGAGCCGGAGTAACTCCGGGGTCCGGCTGGACGGCTACGCTCGACTGGTGCAACAGACCATCCTGTGCCA  74

Query   75  TCAGAATCCAGTGACTGGCTTGCTTCCAGCCAGCTATGATCAGAAAGATGCTTGGGTCCGAGATAATGTGTACA  148
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct   75  TCAGAATCCAGTGACTGGCTTGCTTCCAGCCAGCTATGATCAGAAAGATGCTTGGGTCCGAGATAATGTGTACA  148

Query  149  GCATCTTGGCTGTGTGGGGTTTGGGCCTGGCCTATCGGAAGAATGCAGACCGGGATGAGGATAAGGCAAAGGCC  222
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  149  GCATCTTGGCTGTGTGGGGTTTGGGCCTGGCCTATCGGAAGAATGCAGACCGGGATGAGGATAAGGCAAAGGCC  222

Query  223  TATGAATTGGAGCAGAGTGTAGTGAAGCTGATGAGAGGACTACTGCACTGCATGATCAGACAGGTGGATAAAGT  296
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  223  TATGAATTGGAGCAGAGTGTAGTGAAGCTGATGAGAGGACTACTGCACTGCATGATCAGACAGGTGGATAAAGT  296

Query  297  AGAATCCTTCAAATATAGTCAGAGTACTAAGGATAGCCTCCATGCAAAGTACAACACCAAAACCTGTGCCACTG  370
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  297  AGAATCCTTCAAATATAGTCAGAGTACTAAGGATAGCCTCCATGCAAAGTACAACACCAAAACCTGTGCCACTG  370

Query  371  TAGTGGGTGATGATCAATGGGGACACCTGCAGTTGGATGCTACCTCTGTGTACCTGCTCTTCTTAGCCCAAATG  444
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  371  TAGTGGGTGATGATCAATGGGGACACCTGCAGTTGGATGCTACCTCTGTGTACCTGCTCTTCTTAGCCCAAATG  444

Query  445  ACTGCCTCAGGACTCCATATCATCCACAGCCTAGATGAAGTCAATTTCATACAGAACCTTGTGTTTTACATTGA  518
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  445  ACTGCCTCAGGACTCCATATCATCCACAGCCTAGATGAAGTCAATTTCATACAGAACCTTGTGTTTTACATTGA  518

Query  519  AGCTGCATATAAAACTGCTGACTTCGGGATATGGGAACGTGGAGACAAGACCAACCAAGGGATCTCAGAGTTGA  592
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  519  AGCTGCATATAAAACTGCTGACTTCGGGATATGGGAACGTGGAGACAAGACCAACCAAGGGATCTCAGAGTTGA  592

Query  593  ATGCCAGTTCAGTTGGAATGGCAAAGGCAGCCCTGGAAGCATTAGATGAACTGGATCTGTTTGGTGTGAAAGGT  666
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  593  ATGCCAGTTCAGTTGGAATGGCAAAGGCAGCCCTGGAAGCATTAGATGAACTGGATCTGTTTGGTGTGAAAGGT  666

Query  667  GGGCCTCAATCAGTTATCCATGTCCTGGCTGATGAAGTACAGCACTGCCAGTCTATCCTAAATTCACTACTGCC  740
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  667  GGGCCTCAATCAGTTATCCATGTCCTGGCTGATGAAGTACAGCACTGCCAGTCTATCCTAAATTCACTACTGCC  740

Query  741  CCGTGCTTC-ACATC-AAAGAG--TGATGCTAGTCTACTCTCAGTGGTTTCCTTCCCTGCC-TTGCAGTAGAGG  809
            ||||||||| ||||| ||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct  741  CCGTGCTTCAACATCAAAAGAGGTTGATGCTAGTCTACTCTCAGTGGTTTCCTTCCCTGCCTTTGCAGTAGAGG  814

Query  810  GTAGCCAGTTGGTGGAGCTCACAAAACAGGAAATCATCACCAAGCTTCAGGGTCGTTATGGTTGCTGTCGCTTT  883
            .|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  815  ATAGCCAGTTGGTGGAGCTCACAAAACAGGAAATCATCACCAAGCTTCAGGGTCGTTATGGTTGCTGTCGCTTT  888

Query  884  CTACGAGATGGATATAAAACTCCTAAAGAGGATCCCAATCGTCTGTACTATGAACCAGCTGAGCTGAAGCTATT  957
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  889  CTACGAGATGGATATAAAACTCCTAAAGAGGATCCCAATCGTCTGTACTATGAACCAGCTGAGCTGAAGCTATT  962

Query  958  TGAAAACATTGAGTGTGAATGGCCATTGTTCTGGACATACTTTATTCTTGATGGGGTCTTCAGTGGCAATGCAG  1031
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  963  TGAAAACATTGAGTGTGAATGGCCATTGTTCTGGACATACTTTATTCTTGATGGGGTCTTCAGTGGCAATGCAG  1036

Query 1032  AACAGGTTCAAGAATATAAAGAGGCTCTTGAAGCAGTCCTCATCAAGGGCAAAAATGGAGTCCCACTTCTGCCA  1105
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1037  AACAGGTTCAAGAATATAAAGAGGCTCTTGAAGCAGTCCTCATCAAGGGCAAAAATGGAGTCCCACTTCTGCCA  1110

Query 1106  GAGCTGTACAGTGTTCCTCCTGACAGGGTCGATGAAGAATATCAGAATCCTCACACTGTGGACCGAGTCCCCAT  1179
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1111  GAGCTGTACAGTGTTCCTCCTGACAGGGTCGATGAAGAATATCAGAATCCTCACACTGTGGACCGAGTCCCCAT  1184

Query 1180  GGGGAAATTGCCTCACATGTGGGGTCAGTCTCTATACATTTTAGGAAGCTTGATGGCAGAGGGATTTTTAGCCC  1253
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1185  GGGGAAATTGCCTCACATGTGGGGTCAGTCTCTATACATTTTAGGAAGCTTGATGGCAGAGGGATTTTTAGCCC  1258

Query 1254  CTGGAGAAATTGATCCCCTGAATCGCAGGTTTTCTACTGTACCGAAGCCCGATGTTGTGGTTCAAGTCTCCATT  1327
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1259  CTGGAGAAATTGATCCCCTGAATCGCAGGTTTTCTACTGTACCGAAGCCCGATGTTGTGGTTCAAGTCTCCATT  1332

Query 1328  CTAGCTGAAACAGAAGAAATCAAGACCATTTTGAAGGACAAGGGAATTTACGTGGAGACCATTGCTGAGGTATA  1401
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1333  CTAGCTGAAACAGAAGAAATCAAGACCATTTTGAAGGACAAGGGAATTTACGTGGAGACCATTGCTGAGGTATA  1406

Query 1402  CCCCATCAGAGTACAACCAGCTCGTATTCTCAGCCACATTTATTCCAGCCTAGGATGCAACAATAGAATGAAAC  1475
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1407  CCCCATCAGAGTACAACCAGCTCGTATTCTCAGCCACATTTATTCCAGCCTAGGATGCAACAATAGAATGAAAC  1480

Query 1476  TCAGTGGACGACCCTACAGACACATGGGAGTGCTTGGAACTTCAAAACTCTATGACATTCGGAAAACTATCTTT  1549
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1481  TCAGTGGACGACCCTACAGACACATGGGAGTGCTTGGAACTTCAAAACTCTATGACATTCGGAAAACTATCTTT  1554

Query 1550  ACTTTCACTCCACAGTTTATAGACCAGCAACAGTTCTACCTGGCTCTGGACAACAAGATGATAGTGGAAATGCT  1623
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1555  ACTTTCACTCCACAGTTTATAGACCAGCAACAGTTCTACCTGGCTCTGGACAACAAGATGATAGTGGAAATGCT  1628

Query 1624  TAGAACAGACCTCTCCTACCTCTGTAGCCGCTGGCGGATGACAGGCCAGCCCACCATCACCTTCCCCATCTCAT  1697
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.
Sbjct 1629  TAGAACAGACCTCTCCTACCTCTGTAGCCGCTGGCGGATGACAGGCCAGCCCACCATCACCTTCCCCATCTCAC  1702

Query 1698  ACAGCATGCTTGATGAAGATGGAACAAGCTTGAATTCAAGTATCCTGGCAGCACTCCGAAAAATGCAAGATGGG  1771
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1703  ACAGCATGCTTGATGAAGATGGAACAAGCTTGAATTCAAGTATCCTGGCAGCACTCCGAAAAATGCAAGATGGG  1776

Query 1772  TATTTTGGTGGGGCAAGGGTTCAAACAGGTAAATTGTCAGAGTTTTTGACAACATCTTGTTGCACACACTTGAG  1845
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1777  TATTTTGGTGGGGCAAGGGTTCAAACAGGTAAATTGTCAGAGTTTTTGACAACATCTTGTTGCACACACTTGAG  1850

Query 1846  CTTCATGGACCCTGGACCTGAGGGTAAGCTGTACAGTGAAGATTATGATGACAACTATGATTACCTGGAATCTG  1919
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1851  CTTCATGGACCCTGGACCTGAGGGTAAGCTGTACAGTGAAGATTATGATGACAACTATGATTACCTGGAATCTG  1924

Query 1920  GCAACTGGATGAATGATTATGATTCAACCAGTCATGCTCGCTGTGGTGATGAAGTTGCTCGTTATTTAGATCAC  1993
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1925  GCAACTGGATGAATGATTATGATTCAACCAGTCATGCTCGCTGTGGTGATGAAGTTGCTCGTTATTTAGATCAC  1998

Query 1994  CTTTTGGCGCACACTGCTCCCCATCCTAAACTAGCCCCTACCTCACAGAAGGGAGGGCTAGATCGGTTCCAAGC  2067
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1999  CTTTTGGCGCACACTGCTCCCCATCCTAAACTAGCCCCTACCTCACAGAAGGGAGGGCTAGATCGGTTCCAAGC  2072

Query 2068  TGCTGTGCAAACAACCTGCGACTTAATGTCCTTGGTGACCAAGGCCAAGGAACTGCATGTACAGAATGTTCACA  2141
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2073  TGCTGTGCAAACAACCTGCGACTTAATGTCCTTGGTGACCAAGGCCAAGGAACTGCATGTACAGAATGTTCACA  2146

Query 2142  TGTATCTTCCTACGAAGTTATTTCAGGCTTCCCGGCCTTCATTCAACTTACTTGATTCACCTCATCCCCGACAG  2215
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2147  TGTATCTTCCTACGAAGTTATTTCAGGCTTCCCGGCCTTCATTCAACTTACTTGATTCACCTCATCCCCGACAG  2220

Query 2216  GAGAACCAGGTTCCCTCTGTTCGTGTAGAAATACATCTTCCTAGAGACCAGTCTGGGGAGGTGGACTTTAAAGC  2289
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2221  GAGAACCAGGTTCCCTCTGTTCGTGTAGAAATACATCTTCCTAGAGACCAGTCTGGGGAGGTGGACTTTAAAGC  2294

Query 2290  ACTGGTTTTACAGTTGAAGGAGACCTCAAGCTTACAGGAACAAGCTGATATCCTCTATATGCTGTATACTATGA  2363
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2295  ACTGGTTTTACAGTTGAAGGAGACCTCAAGCTTACAGGAACAAGCTGATATCCTCTATATGCTGTATACTATGA  2368

Query 2364  AAGGACCTGACTGGAACACTGAATTGTATAATGAACGGAGTGCTACAGTGAGAGAGCTTCTTACCGAGCTGTAT  2437
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2369  AAGGACCTGACTGGAACACTGAATTGTATAATGAACGGAGTGCTACAGTGAGAGAGCTTCTTACCGAGCTGTAT  2442

Query 2438  GGCAAAGTGGGAGAAATTCGTCACTGGGGCCTGATCCGATACATTTCTGGGATCTTAAGGAAGAAAGTGGAAGC  2511
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2443  GGCAAAGTGGGAGAAATTCGTCACTGGGGCCTGATCCGATACATTTCTGGGATCTTAAGGAAGAAAGTGGAAGC  2516

Query 2512  ACTTGATGAGGCCTGCACAGACCTTCTCTCCCACCAGAAACATTTGACAGTAGGACTTCCTCCAGAACCTCGAG  2585
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2517  ACTTGATGAGGCCTGCACAGACCTTCTCTCCCACCAGAAACATTTGACAGTAGGACTTCCTCCAGAACCTCGAG  2590

Query 2586  AAAAGACTATCTCTGCACCTCTGCCCTATGAGGCGCTCACTCAGCTGATAGATGAAGCCAGTGAAGGGGATATG  2659
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2591  AAAAGACTATCTCTGCACCTCTGCCCTATGAGGCGCTCACTCAGCTGATAGATGAAGCCAGTGAAGGGGATATG  2664

Query 2660  AGCATTTCAATCCTTACACAGGAAATAATGGTATATCTAGCCATGTATATGCGAACCCAGCCTGGCCTCTTTGC  2733
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2665  AGCATTTCAATCCTTACACAGGAAATAATGGTATATCTAGCCATGTATATGCGAACCCAGCCTGGCCTCTTTGC  2738

Query 2734  TGAAATGTTTCGACTTCGAATTGGTCTGATCATACAAGTTATGGCAACAGAACTGGCCCACTCCCTTCGATGCT  2807
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2739  TGAAATGTTTCGACTTCGAATTGGTCTGATCATACAAGTTATGGCAACAGAACTGGCCCACTCCCTTCGATGCT  2812

Query 2808  CAGCTGAGGAAGCCACAGAGGGCCTGATGAATCTCAGTCCTTCGCCCATGAAGGATCTCCTGCATCACATTCTC  2881
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||.||||||||||||||||||||
Sbjct 2813  CAGCTGAGGAAGCCACAGAGGGCCTGATGAATCTCAGTCCTTCGGCCATGAAGAATCTCCTGCATCACATTCTC  2886

Query 2882  AGCCGCAAGGAG-TTGGAGTGGGAACGAAGCGTTCGTCCCACTGATCAAAATGTCAGTCCTGCTATTTCTATCC  2954
            |||.|||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||..||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2887  AGCGGCAAGGAGTTTGGAGT-GGAACGAAGCGTTCGTCCCACTGATTCAAATGTCAGTCCTGCTATTTCTATCC  2959

Query 2955  ACGAGATTGGTGCTG-TGGAGCAACCAAAACAGAACGAACTGGGATCATGCAGTTAAAAAGTGAGATAAAGCAG  3027
            ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2960  ACGAGATTGGTGCTGTTGGAGCAACCAAAACAGAACGAACTGGGATCATGCAGTTAAAAAGTGAGATAAAGCAG  3033

Query 3028  TCACCTGGAACCTCTATGACTCCAAGTAGTGGGTCCTTTCCTAGTGCATATGATCAGCAGTCATCTAAAGATAG  3101
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3034  TCACCTGGAACCTCTATGACTCCAAGTAGTGGGTCCTTTCCTAGTGCATATGATCAGCAGTCATCTAAAGATAG  3107

Query 3102  TCGTCAAGGTCAATGGCAACGCCGAAGAAGGCTGGATGGGGCACTGAATAGAGTTCCAGTTGGATTTTATCAGA  3175
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3108  TCGTCAAGGTCAATGGCAACGCCGAAGAAGGCTGGATGGGGCACTGAATAGAGTTCCAGTTGGATTTTATCAGA  3181

Query 3176  AAGTATGGAAAGTTTTGCAGAAGTGTCACGGACTTTCTGTTGAAGGGTTTGTCCTTCCTTCCTCTACCACTAGA  3249
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3182  AAGTATGGAAAGTTTTGCAGAAGTGTCACGGACTTTCTGTTGAAGGGTTTGTCCTTCCTTCCTCTACCACTAGA  3255

Query 3250  GAGATGACTCCAGGTGAGATTAAATTCTCTGTTCATGTGGAGTCTGTCCTGAATCGTGTACCTCAGCCAGAGTA  3323
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3256  GAGATGACTCCAGGTGAGATTAAATTCTCTGTTCATGTGGAGTCTGTCCTGAATCGTGTACCTCAGCCAGAGTA  3329

Query 3324  CCGTCAGCTGCTGGTTGAAGCCATCCTTGTCCTCACCATGCTGGCAGATATTGAAATTCATAGCATCGGAAGCA  3397
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3330  CCGTCAGCTGCTGGTTGAAGCCATCCTTGTCCTCACCATGCTGGCAGATATTGAAATTCATAGCATCGGAAGCA  3403

Query 3398  TCATTGCTGTGGAAAAAATAGTGCATATTGCCAATGACTTGTTCCTTCAAGAACAGAAAACCCTTGGCGCAGAT  3471
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3404  TCATTGCTGTGGAAAAAATAGTGCATATTGCCAATGACTTGTTCCTTCAAGAACAGAAAACCCTTGGCGCAGAT  3477

Query 3472  GATACCATGTTGGCAAAGGATCCCGCATCTGGCATCTGTACTCTTCTGTATGACAGTGCACCCAGTGGCAGGTT  3545
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3478  GATACCATGTTGGCAAAGGATCCCGCATCTGGCATCTGTACTCTTCTGTATGACAGTGCACCCAGTGGCAGGTT  3551

Query 3546  TGGCACCATGACCTACCTCTCCAAGGCAGCCGCCACCTACGTGCAGGAGTTCCTGCCTCACAGCATCTGTGCCA  3619
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||
Sbjct 3552  TGGCACCATGACCTACCTCTCCAAGGCAGCCGCCACCTACGTGCAGGAGTTCCTGCCCCACAGCATCTGTGCCA  3625

Query 3620  TGCAA  3624
            |||||
Sbjct 3626  TGCAA  3630