Nucleotide Global Alignment
Description
- Query:
- ccsbBroad304_14752
- Subject:
- XR_001755697.2
- Aligned Length:
- 3918
- Identities:
- 3199
- Gaps:
- 685
Alignment
Query 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Sbjct 1 GACTTTGGGGCTAGCGTTTAGAAAAGTCTCGACCTCCTCCGGCCCGGTCCCATCCCAAGAACCGACTAAGGCTG 74
Query 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Sbjct 75 TGAGTGTCCGGGAACCAGACCCGCTTGGAGGCCACAGCCCCGACGTCCCGCGCCCACGCGGCAGATCGGGCGCT 148
Query 1 ----------------------ATGCGGAGCAGGAGCAATTCCGGGGTCCGCTTGGACGGGTACGCGCGGCTGG 52
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 149 GCGGCCTGGGAGCCTCGGGGAGATGCGGAGCAGGAGCAATTCCGGGGTCCGCTTGGACGGGTACGCGCGGCTGG 222
Query 53 TGCAGCAAACCATCCTGTGTTACCAGAATCCCGTCACGGGGCTGCTGTCAGCCAGCCATGAGCAGAAGGATGCC 126
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 223 TGCAGCAAACCATCCTGTGTTACCAGAATCCCGTCACGGGGCTGCTGTCAGCCAGCCATGAGCAGAAGGATGCC 296
Query 127 TGGGTGCGGGATAACATCTACAGTATCCTGGCCGTGTGGGGCCTGGGCATGGCCTACCGTAAGAATGCAGACCG 200
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 297 TGGGTGCGGGATAACATCTACAGTATCCTGGCCGTGTGGGGCCTGGGCATGGCCTACCGTAAGAATGCAGACCG 370
Query 201 CGATGAGGACAAGGCCAAGGCCTACGAGCTGGAGCAGAACGTGGTGAAGCTGATGCGAGGTCTTCTCCAGTGCA 274
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 371 CGATGAGGACAAGGCCAAGGCCTACGAGCTGGAGCAGAACGTGGTGAAGCTGATGCGAGGTCTTCTCCAGTGCA 444
Query 275 TGATGAGACAGGTGGCCAAAGTGGAGAAGTTCAAACACACTCAGAGCACCAAGGACAGCCTGCACGCCAAGTAC 348
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 445 TGATGAGACAGGTGGCCAAAGTGGAGAAGTTCAAACACACTCAGAGCACCAAGGACAGCCTGCACGCCAAGTAC 518
Query 349 AACACCGCCACCTGTGGCACGGTGGTGGGCGACGACCAGTGGGGCCACCTCCAGGTGGATGCCACCTCTCTCTT 422
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 519 AACACCGCCACCTGTGGCACGGTGGTGGGCGACGACCAGTGGGGCCACCTCCAGGTGGATGCCACCTCTCTCTT 592
Query 423 CCTCCTGTTCCTGGCCCAGATGACCGCCTCAGGCTTACGTATCATTTTCACTCTCGATGAGGTGGCCTTCATAC 496
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 593 CCTCCTGTTCCTGGCCCAGATGACCGCCTCAGGCTTACGTATCATTTTCACTCTCGATGAGGTGGCCTTCATAC 666
Query 497 AGAATCTTGTCTTTTACATAGAAGCTGCATATAAAGTCGCTGATTATGGAATGTGGGAGCGTGGAGATAAGACT 570
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 667 AGAATCTTGTCTTTTACATAGAAGCTGCATATAAAGTCGCTGATTATGGAATGTGGGAGCGTGGAGATAAGACT 740
Query 571 AATCAGGGCATCCCGGAATTGAATGCAAGCTCCGTAGGAATGGCCAAGGCAGCTCTTGAGGCAATTGATGAACT 644
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 741 AATCAGGGCATCCCGGAATTGAATGCAAGCTCCGTAGGAATGGCCAAGGCAGCTCTTGAGGCAATTGATGAACT 814
Query 645 GGACCTTTTTGGAGCCCATGGAGGACGCAAGTCAGTGATTCATGTTCTGCCAGATGAGGTCGAGCACTGCCAGT 718
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 815 GGACCTTTTTGGAGCCCATGGAGGACGCAAGTCAGTGATTCATGTTCTGCCAGATGAGGTCGAGCACTGCCAGT 888
Query 719 CTTATTCTTGTTCTCCATGCTGCCCAAGAAGCGTCGACATCTAAAGAAATTGATGCTGGACTTCTTTCCATTAT 792
| ||||| |||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 889 C-TATTC-TGTTCTCCATGCTG-CCAAG-AGCGTCGACATCTAAAGAAATTGATGCTGGACTTCTTTCCATTAT 958
Query 793 TTCCTTCCCGGCCTTTGCAGTGGAAGATGTAAACCTTGTAAATGTGACCAAAAATGAAATTATTTCTAAGCTCC 866
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 959 TTCCTTCCCGGCCTTTGCAGTGGAAGATGTAAACCTTGTAAATGTGACCAAAAATGAAATTATTTCTAAGCTCC 1032
Query 867 AGGGGCGTTATGGATGCTGTCGCTTCCTTCGAGATGGTTATAAAACTCCAAGAGAGGACCCTAATCGACTGCAT 940
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1033 AGGGGCGTTATGGATGCTGTCGCTTCCTTCGAGATGGTTATAAAACTCCAAGAGAGGACCCTAATCGACTGCAT 1106
Query 941 TATGACCCTGCTGAACTCAAGCTCTTCGAAAACATTGAATGTGAGTGGCCTGTGTTTTGGACATATTTTATAAT 1014
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1107 TATGACCCTGCTGAACTCAAGCTCTTCGAAAACATTGAATGTGAGTGGCCTGTGTTTTGGACATATTTTATAAT 1180
Query 1015 AGATGGAGTCTTCAGTGGTGATGCTGTTCAGGTCCAAGAATACCGAGAGGCCCTGGAGGGAATACTCATCAGAG 1088
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1181 AGATGGAGTCTTCAGTGGTGATGCTGTTCAGGTCCAAGAATACCGAGAGGCCCTGGAGGGAATACTCATCAGAG 1254
Query 1089 GCAAGAATGGGATCCGCCTGGTGCCTGAACTCTACGCTGTCCCGCCTAACAAGGTAGATGAAGAGTACAAGAAT 1162
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1255 GCAAGAATGGGATCCGCCTGGTGCCTGAACTCTACGCTGTCCCGCCTAACAAGGTAGATGAAGAGTACAAGAAT 1328
Query 1163 CCTCACACAGTAGACCGAGTTCCTATGGGGAAGGTGCCTCATCTGTGGGGCCAATCCTTGTACATCCTCAGCTC 1236
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1329 CCTCACACAGTAGACCGAGTTCCTATGGGGAAGGTGCCTCATCTGTGGGGCCAATCCTTGTACATCCTCAGCTC 1402
Query 1237 GCTGTTGGCAGAGGGATTCCTTGCCGCTGGTGAAATCGATCCCTTAAATAGAAGATTTTCCACTTCAGTCAAAC 1310
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1403 GCTGTTGGCAGAGGGATTCCTTGCCGCTGGTGAAATCGATCCCTTAAATAGAAGATTTTCCACTTCAGTCAAAC 1476
Query 1311 CTGATGTTGTAGTACAAGTTACTGTTTTGGCAGAAAACAATCACATTAAGGACTTATTGAGGAAACACGGGGTG 1384
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1477 CTGATGTTGTAGTACAAGTTACTGTTTTGGCAGAAAACAATCACATTAAGGACTTATTGAGGAAACACGGGGTG 1550
Query 1385 AACGTCCAGAGTATCGCGGACATTCATCCAATTCAAGTCCAGCCGGGCCGGATTCTTAGTCACATATATGCCAA 1458
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1551 AACGTCCAGAGTATCGCGGACATTCATCCAATTCAAGTCCAGCCGGGCCGGATTCTTAGTCACATATATGCCAA 1624
Query 1459 GCTTGGACGGAATAAGAATATGAATTTGAGTGGGCGACCGTATCGACATATTGGTGTCCTTGGAACCTCTAAAC 1532
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1625 GCTTGGACGGAATAAGAATATGAATTTGAGTGGGCGACCGTATCGACATATTGGTGTCCTTGGAACCTCTAAAC 1698
Query 1533 TATATGTGATTAGGAACCAAATCTTTACTTTTACACCCCAGTTCACCGACGAGCATCACTTCTACCTGGCCCTC 1606
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||
Sbjct 1699 TATATGTGATTAGGAACCAAATCTTTACTTTTACACCCCAGTTCACCGACCAGCATCACTTCTACCTGGCCCTC 1772
Query 1607 GACAATGAGATGATCGTGGAGATGCTAAGGATCGAGCTGGCCTACCTGTGCACCTGCTGGAGGATGACGGGCAG 1680
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1773 GACAATGAGATGATCGTGGAGATGCTAAGGATCGAGCTGGCCTACCTGTGCACCTGCTGGAGGATGACGGGCAG 1846
Query 1681 ACCCACACTCACCTTCCCCATCAGTCGCACCATGCTCACAAATGATGGCTCAGACATTCATTCTGCTGTGCTCT 1754
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1847 ACCCACACTCACCTTCCCCATCAGTCGCACCATGCTCACAAATGATGGCTCAGACATTCATTCTGCTGTGCTCT 1920
Query 1755 CCACAATTAGAAAACTAGAGGATGGATATTTTGGAGGAGCCAGAGTAAAATTAGGGAACCTTTCGGAATTTCTC 1828
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1921 CCACAATTAGAAAACTAGAGGATGGATATTTTGGAGGAGCCAGAGTAAAATTAGGGAACCTTTCGGAATTTCTC 1994
Query 1829 ACCACATCGTTCTACACATATCTGACTTTTCTGGATCCAGACTGTGATGAGAAGTTGTTTGACAATGCCAGCGA 1902
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1995 ACCACATCGTTCTACACATATCTGACTTTTCTGGATCCAGACTGTGATGAGAAGTTGTTTGACAATGCCAGCGA 2068
Query 1903 AGGGACTTTCAGTCCTGATAGTGATTCAGATTTGGTAGGATATCTGGAAGACACCTGTAATCAAGAAAGCCAAG 1976
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2069 AGGGACTTTCAGTCCTGATAGTGATTCAGATTTGGTAGGATATCTGGAAGACACCTGTAATCAAGAAAGCCAAG 2142
Query 1977 ACGAACTTGACCATTATATCAACCACCTTCTGCAAAGCACATCGTTGAGGTCCTATCTGCCTCCTCTTTGTAAG 2050
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2143 ACGAACTTGACCATTATATCAACCACCTTCTGCAAAGCACATCGTTGAGGTCCTATCTGCCTCCTCTTTGTAAG 2216
Query 2051 AACACAGAAGACCGCCATGTCTTCAGTGCTATCCACTCCACGCGGGACATACTTTCTGTGATGGCAAAAGCAAA 2124
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2217 AACACAGAAGACCGCCATGTCTTCAGTGCTATCCACTCCACGCGGGACATACTTTCTGTGATGGCAAAAGCAAA 2290
Query 2125 GGGTTTGGAAGTTCCATTTGTTCCCATGACTTTGCCGACTAAAGTTCTAAGTGCCCACCGTAAATCACTGAATC 2198
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2291 GGGTTTGGAAGTTCCATTTGTTCCCATGACTTTGCCGACTAAAGTTCTAAGTGCCCACCGTAAATCACTGAATC 2364
Query 2199 TTGTTGATTCTCCTCAGCCACTCCTAGAAAAGGTTCCTGAAAGTGACTTTCAGTGGCCCAGAGATGACCATAGT 2272
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||
Sbjct 2365 TTGTTGATTCTCCTCAGCCACTCCTAGAAAAGGTTCCTGAAAGTGACTTTCAGTGGCCCAGAGATGACCATGGT 2438
Query 2273 GACGTGGACTGTGAGAAGCTGGTTGAGCAGCTAAAAGATTGTTCGAACCTACAGGACCAAGCAGACATTCTGTA 2346
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2439 GACGTGGACTGTGAGAAGCTGGTTGAGCAGCTAAAAGATTGTTCGAACCTACAGGACCAAGCAGACATTCTGTA 2512
Query 2347 CATTCTTTATGTCATAAAGGGTCCCAGCTGGGACACAAATCTCTCTGGACAGCACGGGGTCACCGTTCAAAACC 2420
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2513 CATTCTTTATGTCATAAAGGGTCCCAGCTGGGACACAAATCTCTCTGGACAGCACGGGGTCACCGTTCAAAACC 2586
Query 2421 TTCTTGGTGAGCTCTATGGGAAAGCCGGCTTGAACCAGGAGTGGGGTCTGATTCGCTACATCTCAGGCCTTCTC 2494
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2587 TTCTTGGTGAGCTCTATGGGAAAGCCGGCTTGAACCAGGAGTGGGGTCTGATTCGCTACATCTCAGGCCTTCTC 2660
Query 2495 AGGAAGAAAGTGGAGGTCCTGGCTGAGGCCTGCACAGACCTGCTTTCGCACCAGAAGCAGCTCACCGTGGGCCT 2568
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2661 AGGAAGAAAGTGGAGGTCCTGGCTGAGGCCTGCACAGACCTGCTTTCGCACCAGAAGCAGCTCACCGTGGGCCT 2734
Query 2569 GCCGCCCGAGCCCCGGGAGAAGATCATCTCTGCGCCCCTTCCCCCAGAGGAGCTCACAAAACTCATCTACGAGG 2642
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2735 GCCGCCCGAGCCCCGGGAGAAGATCATCTCTGCGCCCCTTCCCCCAGAGGAGCTCACAAAACTCATCTACGAGG 2808
Query 2643 CCAGTGGGCAGGACATCAGCATTGCCGTCCTCACGCAGGAGATTGTGGTTTACCTGGCCATGTATGTCAGGGCG 2716
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2809 CCAGTGGGCAGGACATCAGCATTGCCGTCCTCACGCAGGAGATTGTGGTTTACCTGGCCATGTATGTCAGGGCG 2882
Query 2717 CAGCCCAGCCTCTTTGTGGAGATGCTGAGACTCCGGATTGGACTGATCATTCAGGTGATGGCCACGGAGCTGGC 2790
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2883 CAGCCCAGCCTCTTTGTGGAGATGCTGAGACTCCGGATTGGACTGATCATTCAGGTGATGGCCACGGAGCTGGC 2956
Query 2791 ACGGAGCCTGAACTGCTCAGGAGAAGAGGCTTCTGAAAGTTTGATGAACCTCAGCCCTTTCGATATGAAAAATC 2864
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2957 ACGGAGCCTGAACTGCTCAGGAGAAGAGGCTTCTGAAAGTTTGATGAACCTCAGCCCTTTCGATATGAAAAATC 3030
Query 2865 TCCTGCACCATATTCTAAGTGGGAAAGAGTTTGGCGTTGAAAGAAGTGTGCGCCCTATCCACTC--TCACAATC 2936
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| .||||..|
Sbjct 3031 TCCTGCACCATATTCTAAGTGGGAAAGAGTTTGGCGTTGAAAGAAGTGTGCGCCCTATCCACTCCTCCACATCC 3104
Query 2937 AGCCCTA-CATCT-CAT-CACGAGGT--GTCATA-CGGAGTCA-CAAAACTGAGAGGAGTGGCATT-ACAGACT 3002
||||||| ||||| ||| |||||||| |.|||| |||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 3105 AGCCCTACCATCTCCATCCACGAGGTGGGCCATACCGGAGTCACCAAAACTGAGAGGAGTGGCATTAACAGACT 3178
Query 3003 GA-GAGTGAAATGAAACAGATGACTAGGCGGTTTAGTGCTGATGAACAGTTCTTTTCTGTGGGCCAGGCCGCGT 3075
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3179 GAGGAGTGAAATGAAACAGATGACTAGGCGGTTTAGTGCTGATGAACAGTTCTTTTCTGTGGGCCAGGCCGCGT 3252
Query 3076 CCAGCAGTGCGCATTCCTCCAAGTCTGCG-----AG-----------------GTCCAGCACCC---CATCCTC 3124
||||||||||||||||||||||||||||| || |||| |..||| |.|||||
Sbjct 3253 CCAGCAGTGCGCATTCCTCCAAGTCTGCGGTAACAGTGCCTCGGGATTATTGTGTCC-GTCCCCGCTCCTCCTC 3325
Query 3125 GC--CC--------ACTGGCACGTCATCCTCAGACTCGGGAGGACATCACATCG-GCTGGGGTGAGCGGCAGGG 3187
|| || .||..|||.||||.|.|| |||...||||| .||| ||.|||.|||
Sbjct 3326 GCGTCCTTCCTCATGCTCCCACCTCATGCCCA-ACTTCTGAGGA------TTCGAGCAGGGCTGA--------- 3383
Query 3188 CCAGTGGCTGCGCAGGAGAAGGCTGGATGGGGCCATCAACAGGGTCCCC---GTGGGATTCTACCAGAGGGTGT 3258
||||..|.| .||.||||| .|| |||||.|||.| .|||.||||| ||||..|.
Sbjct 3384 --AGTGTTTTC---------AGCGGGATG-----CTC-ACAGGCTCCTCCAACTGGAATTCT----GAGGAGGA 3436
Query 3259 GGAAGATCCTCCAGAAGTGCCACGGTCTCTCCATCGATGGTTATGTCCTCCCATCCTCGACGACCCGAGAGATG 3332
|| ||||| ||| |||||||
Sbjct 3437 GG-------TCCAG------CAC--------------------------CCCATCC------------------ 3453
Query 3333 ACCCCGCATGAGATCAAGTTTGCTGTCCATGTCGAATCGGTGCTGAACCGCGTGCCGCAGCCCGAGTACCGGCA 3406
Sbjct 3454 -------------------------------------------------------------------------- 3453
Query 3407 GCTGCTGGTGGAAGCCATCATGGTGCTGACGCTGCTCTCGGACACGGAGATGACCAGCATCGGGGGCATCATCC 3480
Sbjct 3454 -------------------------------------------------------------------------- 3453
Query 3481 ACGTGGACCAGATCGTGCAGATGGCCAGTCAGCTGTTCTTGCAGGACCAGGTGTCAATTGGTGCCATGGACACC 3554
Sbjct 3454 -------------------------------------------------------------------------- 3453
Query 3555 CTGGAGAAAGACCAAGCCACAGGAATCTGCCACTTCTTTTATGACAGCGCTCCGAGTGGGGCTTATGGGACGAT 3628
Sbjct 3454 -------------------------------------------------------------------------- 3453
Query 3629 GACCTACCTAACAAGAGCAGTGGCTTCTTATTTGCAGGAATTGTTGCCCAATTCGGGCTGCCAGATGCAA 3698
Sbjct 3454 ---------------------------------------------------------------------- 3453