Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroad304_14752
• Subject: XR_002958777.1
• Aligned Length: 3998
• Identities: 3339
• Gaps: 653

Alignment

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct    1  GACTTTGGGGCTAGCGTTTAGAAAAGTCTCGACCTCCTCCGGCCCGGTCCCATCCCAAGAACCGACTAAGGCTG  74

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct   75  TGAGTGTCCGGGAACCAGACCCGCTTGGAGGCCACAGCCCCGACGTCCCGCGCCCACGCGGCAGATCGGGCGCT  148

Query    1  ----------------------ATGCGGAGCAGGAGCAATTCCGGGGTCCGCTTGGACGGGTACGCGCGGCTGG  52
                                  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  149  GCGGCCTGGGAGCCTCGGGGAGATGCGGAGCAGGAGCAATTCCGGGGTCCGCTTGGACGGGTACGCGCGGCTGG  222

Query   53  TGCAGCAAACCATCCTGTGTTACCAGAATCCCGTCACGGGGCTGCTGTCAGCCAGCCATGAGCAGAAGGATGCC  126
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  223  TGCAGCAAACCATCCTGTGTTACCAGAATCCCGTCACGGGGCTGCTGTCAGCCAGCCATGAGCAGAAGGATGCC  296

Query  127  TGGGTGCGGGATAACATCTACAGTATCCTGGCCGTGTGGGGCCTGGGCATGGCCTACCGTAAGAATGCAGACCG  200
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  297  TGGGTGCGGGATAACATCTACAGTATCCTGGCCGTGTGGGGCCTGGGCATGGCCTACCGTAAGAATGCAGACCG  370

Query  201  CGATGAGGACAAGGCCAAGGCCTACGAGCTGGAGCAGAACGTGGTGAAGCTGATGCGAGGTCTTCTCCAGTGCA  274
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  371  CGATGAGGACAAGGCCAAGGCCTACGAGCTGGAGCAGAACGTGGTGAAGCTGATGCGAGGTCTTCTCCAGTGCA  444

Query  275  TGATGAGACAGGTGGCCAAAGTGGAGAAGTTCAAACACACTCAGAGCACCAAGGACAGCCTGCACGCCAAGTAC  348
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  445  TGATGAGACAGGTGGCCAAAGTGGAGAAGTTCAAACACACTCAGAGCACCAAGGACAGCCTGCACGCCAAGTAC  518

Query  349  AACACCGCCACCTGTGGCACGGTGGTGGGCGACGACCAGTGGGGCCACCTCCAGGTGGATGCCACCTCTCTCTT  422
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  519  AACACCGCCACCTGTGGCACGGTGGTGGGCGACGACCAGTGGGGCCACCTCCAGGTGGATGCCACCTCTCTCTT  592

Query  423  CCTCCTGTTCCTGGCCCAGATGACCGCCTCAGGCTTACGTATCATTTTCACTCTCGATGAGGTGGCCTTCATAC  496
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  593  CCTCCTGTTCCTGGCCCAGATGACCGCCTCAGGCTTACGTATCATTTTCACTCTCGATGAGGTGGCCTTCATAC  666

Query  497  AGAATCTTGTCTTTTACATAGAAGCTGCATATAAAGTCGCTGATTATGGAATGTGGGAGCGTGGAGATAAGACT  570
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  667  AGAATCTTGTCTTTTACATAGAAGCTGCATATAAAGTCGCTGATTATGGAATGTGGGAGCGTGGAGATAAGACT  740

Query  571  AATCAGGGCATCCCGGAATTGAATGCAAGCTCCGTAGGAATGGCCAAGGCAGCTCTTGAGGCAATTGATGAACT  644
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  741  AATCAGGGCATCCCGGAATTGAATGCAAGCTCCGTAGGAATGGCCAAGGCAGCTCTTGAGGCAATTGATGAACT  814

Query  645  GGACCTTTTTGGAGCCCATGGAGGACGCAAGTCAGTGATTCATGTTCTGCCAGATGAGGTCGAGCACTGCCAGT  718
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  815  GGACCTTTTTGGAGCCCATGGAGGACGCAAGTCAGTGATTCATGTTCTGCCAGATGAGGTCGAGCACTGCCAGT  888

Query  719  CTTATTCTTGTTCTCCATGCTGCCCAAGAAGCGTCGACATCTAAAGAAATTGATGCTGGACTTCTTTCCATTAT  792
            | ||||| |||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  889  C-TATTC-TGTTCTCCATGCTG-CCAAG-AGCGTCGACATCTAAAGAAATTGATGCTGGACTTCTTTCCATTAT  958

Query  793  TTCCTTCCCGGCCTTTGCAGTGGAAGATGTAAACCTTGTAAATGTGACCAAAAATGAAATTATTTCTAAGCTCC  866
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  959  TTCCTTCCCGGCCTTTGCAGTGGAAGATGTAAACCTTGTAAATGTGACCAAAAATGAAATTATTTCTAAGCTCC  1032

Query  867  AGGGGCGTTATGGATGCTGTCGCTTCCTTCGAGATGGTTATAAAACTCCAAGAGAGGACCCTAATCGACTGCAT  940
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1033  AGGGGCGTTATGGATGCTGTCGCTTCCTTCGAGATGGTTATAAAACTCCAAGAGAGGACCCTAATCGACTGCAT  1106

Query  941  TATGACCCTGCTGAACTCAAGCTCTTCGAAAACATTGAATGTGAGTGGCCTGTGTTTTGGACATATTTTATAAT  1014
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1107  TATGACCCTGCTGAACTCAAGCTCTTCGAAAACATTGAATGTGAGTGGCCTGTGTTTTGGACATATTTTATAAT  1180

Query 1015  AGATGGAGTCTTCAGTGGTGATGCTGTTCAGGTCCAAGAATACCGAGAGGCCCTGGAGGGAATACTCATCAGAG  1088
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1181  AGATGGAGTCTTCAGTGGTGATGCTGTTCAGGTCCAAGAATACCGAGAGGCCCTGGAGGGAATACTCATCAGAG  1254

Query 1089  GCAAGAATGGGATCCGCCTGGTGCCTGAACTCTACGCTGTCCCGCCTAACAAGGTAGATGAAGAGTACAAGAAT  1162
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1255  GCAAGAATGGGATCCGCCTGGTGCCTGAACTCTACGCTGTCCCGCCTAACAAGGTAGATGAAGAGTACAAGAAT  1328

Query 1163  CCTCACACAGTAGACCGAGTTCCTATGGGGAAGGTGCCTCATCTGTGGGGCCAATCCTTGTACATCCTCAGCTC  1236
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1329  CCTCACACAGTAGACCGAGTTCCTATGGGGAAGGTGCCTCATCTGTGGGGCCAATCCTTGTACATCCTCAGCTC  1402

Query 1237  GCTGTTGGCAGAGGGATTCCTTGCCGCTGGTGAAATCGATCCCTTAAATAGAAGATTTTCCACTTCAGTCAAAC  1310
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1403  GCTGTTGGCAGAGGGATTCCTTGCCGCTGGTGAAATCGATCCCTTAAATAGAAGATTTTCCACTTCAGTCAAAC  1476

Query 1311  CTGATGTTGTAGTACAAGTTACTGTTTTGGCAGAAAACAATCACATTAAGGACTTATTGAGGAAACACGGGGTG  1384
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1477  CTGATGTTGTAGTACAAGTTACTGTTTTGGCAGAAAACAATCACATTAAGGACTTATTGAGGAAACACGGGGTG  1550

Query 1385  AACGTCCAGAGTATCGCGGACATTCATCCAATTCAAGTCCAGCCGGGCCGGATTCTTAGTCACATATATGCCAA  1458
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1551  AACGTCCAGAGTATCGCGGACATTCATCCAATTCAAGTCCAGCCGGGCCGGATTCTTAGTCACATATATGCCAA  1624

Query 1459  GCTTGGACGGAATAAGAATATGAATTTGAGTGGGCGACCGTATCGACATATTGGTGTCCTTGGAACCTCTAAAC  1532
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1625  GCTTGGACGGAATAAGAATATGAATTTGAGTGGGCGACCGTATCGACATATTGGTGTCCTTGGAACCTCTAAAC  1698

Query 1533  TATATGTGATTAGGAACCAAATCTTTACTTTTACACCCCAGTTCACCGACGAGCATCACTTCTACCTGGCCCTC  1606
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||
Sbjct 1699  TATATGTGATTAGGAACCAAATCTTTACTTTTACACCCCAGTTCACCGACCAGCATCACTTCTACCTGGCCCTC  1772

Query 1607  GACAATGAGATGATCGTGGAGATGCTAAGGATCGAGCTGGCCTACCTGTGCACCTGCTGGAGGATGACGGGCAG  1680
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1773  GACAATGAGATGATCGTGGAGATGCTAAGGATCGAGCTGGCCTACCTGTGCACCTGCTGGAGGATGACGGGCAG  1846

Query 1681  ACCCACACTCACCTTCCCCATCAGTCGCACCATGCTCACAAATGATGGCTCAGACATTCATTCTGCTGTGCTCT  1754
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1847  ACCCACACTCACCTTCCCCATCAGTCGCACCATGCTCACAAATGATGGCTCAGACATTCATTCTGCTGTGCTCT  1920

Query 1755  CCACAATTAGAAAACTAGAGGATGGATATTTTGGAGGAGCCAGAGTAAAATTAGGGAACCTTTCGGAATTTCTC  1828
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1921  CCACAATTAGAAAACTAGAGGATGGATATTTTGGAGGAGCCAGAGTAAAATTAGGGAACCTTTCGGAATTTCTC  1994

Query 1829  ACCACATCGTTCTACACATATCTGACTTTTCTGGATCCAGACTGTGATGAGAAGTTGTTTGACAATGCCAGCGA  1902
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1995  ACCACATCGTTCTACACATATCTGACTTTTCTGGATCCAGACTGTGATGAGAAGTTGTTTGACAATGCCAGCGA  2068

Query 1903  AGGGACTTTCAGTCCTGATAGTGATTCAGATTTGGTAGGATATCTGGAAGACACCTGTAATCAAGAAAGCCAAG  1976
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2069  AGGGACTTTCAGTCCTGATAGTGATTCAGATTTGGTAGGATATCTGGAAGACACCTGTAATCAAGAAAGCCAAG  2142

Query 1977  ACGAACTTGACCATTATATCAACCACCTTCTGCAAAGCACATCGTTGAGGTCCTATCTGCCTCCTCTTTGTAAG  2050
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2143  ACGAACTTGACCATTATATCAACCACCTTCTGCAAAGCACATCGTTGAGGTCCTATCTGCCTCCTCTTTGTAAG  2216

Query 2051  AACACAGAAGACCGCCATGTCTTCAGTGCTATCCACTCCACGCGGGACATACTTTCTGTGATGGCAAAAGCAAA  2124
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2217  AACACAGAAGACCGCCATGTCTTCAGTGCTATCCACTCCACGCGGGACATACTTTCTGTGATGGCAAAAGCAAA  2290

Query 2125  GGGTTTGGAAGTTCCATTTGTTCCCATGACTTTGCCGACTAAAGTTCTAAGTGCCCACCGTAAATCACTGAATC  2198
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2291  GGGTTTGGAAGTTCCATTTGTTCCCATGACTTTGCCGACTAAAGTTCTAAGTGCCCACCGTAAATCACTGAATC  2364

Query 2199  TTGTTGATTCTCCTCAGCCACTCCTAGAAAAGGTTCCTGAAAGTGACTTTCAGTGGCCCAGAGATGACCATAGT  2272
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||
Sbjct 2365  TTGTTGATTCTCCTCAGCCACTCCTAGAAAAGGTTCCTGAAAGTGACTTTCAGTGGCCCAGAGATGACCATGGT  2438

Query 2273  GACGTGGACTGTGAGAAGCTGGTTGAGCAGCTAAAAGATTGTTCGAACCTACAGGACCAAGCAGACATTCTGTA  2346
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2439  GACGTGGACTGTGAGAAGCTGGTTGAGCAGCTAAAAGATTGTTCGAACCTACAGGACCAAGCAGACATTCTGTA  2512

Query 2347  CATTCTTTATGTCATAAAGGGTCCCAGCTGGGACACAAATCTCTCTGGACAGCACGGGGTCACCGTTCAAAACC  2420
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2513  CATTCTTTATGTCATAAAGGGTCCCAGCTGGGACACAAATCTCTCTGGACAGCACGGGGTCACCGTTCAAAACC  2586

Query 2421  TTCTTGGTGAGCTCTATGGGAAAGCCGGCTTGAACCAGGAGTGGGGTCTGATTCGCTACATCTCAGGCCTTCTC  2494
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2587  TTCTTGGTGAGCTCTATGGGAAAGCCGGCTTGAACCAGGAGTGGGGTCTGATTCGCTACATCTCAGGCCTTCTC  2660

Query 2495  AGGAAGAAAGTGGAGGTCCTGGCTGAGGCCTGCACAGACCTGCTTTCGCACCAGAAGCAGCTCACCGTGGGCCT  2568
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2661  AGGAAGAAAGTGGAGGTCCTGGCTGAGGCCTGCACAGACCTGCTTTCGCACCAGAAGCAGCTCACCGTGGGCCT  2734

Query 2569  GCCGCCCGAGCCCCGGGAGAAGATCATCTCTGCGCCCCTTCCCCCAGAGGAGCTCACAAAACTCATCTACGAGG  2642
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2735  GCCGCCCGAGCCCCGGGAGAAGATCATCTCTGCGCCCCTTCCCCCAGAGGAGCTCACAAAACTCATCTACGAGG  2808

Query 2643  CCAGTGGGCAGGACATCAGCATTGCCGTCCTCACGCAGGAGATTGTGGTTTACCTGGCCATGTATGTCAGGGCG  2716
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2809  CCAGTGGGCAGGACATCAGCATTGCCGTCCTCACGCAGGAGATTGTGGTTTACCTGGCCATGTATGTCAGGGCG  2882

Query 2717  CAGCCCAGCCTCTTTGTGGAGATGCTGAGACTCCGGATTGGACTGATCATTCAGGTGATGGCCACGGAGCTGGC  2790
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2883  CAGCCCAGCCTCTTTGTGGAGATGCTGAGACTCCGGATTGGACTGATCATTCAGGTGATGGCCACGGAGCTGGC  2956

Query 2791  ACGGAGCCTGAACTGCTCAGGAGAAGAGGCTTCTGAAAGTTTGATGAACCTCAGCCCTTTCGATATGAAAAATC  2864
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2957  ACGGAGCCTGAACTGCTCAGGAGAAGAGGCTTCTGAAAGTTTGATGAACCTCAGCCCTTTCGATATGAAAAATC  3030

Query 2865  TCCTGCACCATATTCTAAGTGGGAAAGAGTTTGGCGTTGAAAGAAGT---------------------------  2911
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||                           
Sbjct 3031  TCCTGCACCATATTCTAAGTGGGAAAGAGTTTGGCGTTGAAAGAAGTGATACGAGGTCTCACCATGCTGCCCAG  3104

Query 2912  --------------------------------------------------------------------------  2911
                                                                                      
Sbjct 3105  GCTGGTCTTGAACTCCTGGGCTCAAGCAGTCTTCCCACCTCGGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGTGTGAG  3178

Query 2912  ------------------GTGCGCCCTATCCACTC--TCACAATCAGCCCTA-CATCT-CAT-CACGAGGT--G  2960
                              |||||||||||||||||  .||||..|||||||| ||||| ||| ||||||||  |
Sbjct 3179  CCACCGTGCCTGGCCTCGGTGCGCCCTATCCACTCCTCCACATCCAGCCCTACCATCTCCATCCACGAGGTGGG  3252

Query 2961  TCATA-CGGAGTCA-CAAAACTGAGAGGAGTGGCATT-ACAGACTGA-GAGTGAAATGAAACAGATGACTAGGC  3030
            .|||| |||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||           
Sbjct 3253  CCATACCGGAGTCACCAAAACTGAGAGGAGTGGCATTAACAGACTGAGGAGTGAAATGAAACA-----------  3315

Query 3031  GGTTTAGTGCTGATGAACAGTTCTTTTCTGTGGGCCAGGCCGCGTCCAGCAGTGCGCATTCCTCCAAGTCTGCG  3104
                                                                                     |
Sbjct 3316  -------------------------------------------------------------------------G  3316

Query 3105  AGGTCCAGCACCCCATCCTCGCCCACTGGCACGTCATCCTCAGACTCGGGAGGACATCACATCGGCTGGGGTGA  3178
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3317  AGGTCCAGCACCCCATCCTCGCCCACTGGCACGTCATCCTCAGACTCGGGAGGACATCACATCGGCTGGGGTGA  3390

Query 3179  GCGGCAGGGCCAGTGGCTGCGCAGGAGAAGGCTGGATGGGGCCATCAACAGGGTCCCCGTGGGATTCTACCAGA  3252
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3391  GCGGCAGGGCCAGTGGCTGCGCAGGAGAAGGCTGGATGGGGCCATCAACAGGGTCCCCGTGGGATTCTACCAGA  3464

Query 3253  GGGTGTGGAAGATCCTCCAGAAGTGCCACGGTCTCTCCATCGATGGTTATGTCCTCCCATCCTCGACGACCCGA  3326
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3465  GGGTGTGGAAGATCCTCCAGAAGTGCCACGGTCTCTCCATCGATGGTTATGTCCTCCCATCCTCGACGACCCGA  3538

Query 3327  GAGATGACCCCGCATGAGATCAAGTTTGCTGTCCATGTCGAATCGGTGCTGAACCGCGTGCCGCAGCCCGAGTA  3400
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3539  GAGATGACCCCGCATGAGATCAAGTTTGCTGTCCATGTCGAATCGGTGCTGAACCGCGTGCCGCAGCCCGAGTA  3612

Query 3401  CCGGCAGCTGCTGGTGGAAGCCATCATGGTGCTGACGCTGCTCTCGGACACGGAGATGACCAGCATCGGGGGCA  3474
            |||||||||||||||||||||||||||||||||                                         
Sbjct 3613  CCGGCAGCTGCTGGTGGAAGCCATCATGGTGCT-----------------------------------------  3645

Query 3475  TCATCCACGTGGACCAGATCGTGCAGATGGCCAGTCAGCTGTTCTTGCAGGACCAGGTGTCAATTGGTGCCATG  3548
                                                                                      
Sbjct 3646  --------------------------------------------------------------------------  3645

Query 3549  GACACCCTGGAGAAAGACCAAGCCACAGGAATCTGCCACTTCTTTTATGACAGCGCTCCGAGTGGGGCTTATGG  3622
                                                                                      
Sbjct 3646  --------------------------------------------------------------------------  3645

Query 3623  GACGATGACCTACCTAACAAGAGCAGTGGCTTCTTATTTGCAGGAATTGTTGCCCAATTCGGGCTGCCAGATGC  3696
                                                                                      
Sbjct 3646  --------------------------------------------------------------------------  3645

Query 3697  AA  3698
              
Sbjct 3646  --  3645