Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroad304_14833
• Subject: NM_001369670.1
• Aligned Length: 1575
• Identities: 1128
• Gaps: 444

Alignment

Query    1  ATGAGGCGACGAAGGAGGCGGGACGGCTTTTACCCAGCCCCGGACTTCCGAGACAGGGAAGCTGAGGACATGGC  74
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query   75  AGGAGTGTTTGACATAGACCTGGACCAGCCAGAGGACGCGGGCTCTGAGGATGAGCTGGAGGAGGGGGGTCAGT  148
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query  149  TAAATGAAAGCATGGACCATGGGGGAGTTGGACCATATGAACTTGGCATGGAACATTGTGAGAAATTTGAAATC  222
                       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct    1  -----------ATGGACCATGGGGGAGTTGGACCATATGAACTTGGCATGGAACATTGTGAGAAATTTGAAATC  63

Query  223  TCAGAAACTAGTGTGAACAGAGGGCCAGAAAAAATCAGACCAGAATGTTTTGAGCTACTTCGGGTACTTGGTAA  296
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct   64  TCAGAAACTAGTGTGAACAGAGGGCCAGAAAAAATCAGACCAGAATGTTTTGAGCTACTTCGGGTACTTGGTAA  137

Query  297  AGGGGGCTATGGAAAGGTTTTTCAAGTACGAAAAGTAACAGGAGCAAATACTGGGAAAATATTTGCCATGAAGG  370
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  138  AGGGGGCTATGGAAAGGTTTTTCAAGTACGAAAAGTAACAGGAGCAAATACTGGGAAAATATTTGCCATGAAGG  211

Query  371  TGCTTAAAAAGGCAATGATAGTAAGAAATGCTAAAGATACAGCTCATACAAAAGCAGAACGGAATATTCTGGAG  444
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  212  TGCTTAAAAAGGCAATGATAGTAAGAAATGCTAAAGATACAGCTCATACAAAAGCAGAACGGAATATTCTGGAG  285

Query  445  GAAGTAAAGCATCCCTTCATCGTGGATTTAATTTATGCCTTTCAGACTGGTGGAAAACTCTACCTCATCCTTGA  518
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  286  GAAGTAAAGCATCCCTTCATCGTGGATTTAATTTATGCCTTTCAGACTGGTGGAAAACTCTACCTCATCCTTGA  359

Query  519  GTATCTCAGTGGAGGAGAACTATTTATGCAGTTAGAAAGAGAGGGAATATTTATGGAAGACACTGCCTGCTTTT  592
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  360  GTATCTCAGTGGAGGAGAACTATTTATGCAGTTAGAAAGAGAGGGAATATTTATGGAAGACACTGCCTGCTTTT  433

Query  593  ACTTGGCAGAAATCTCCATGGCTTTGGGGCATTTACATCAAAAGGGGATCATCTACAGAGACCTGAAGCCGGAG  666
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  434  ACTTGGCAGAAATCTCCATGGCTTTGGGGCATTTACATCAAAAGGGGATCATCTACAGAGACCTGAAGCCGGAG  507

Query  667  AATATCATGCTTAATCACCAAGGTCATGTGAAACTAACAGACTTTGGACTATGCAAAGAATCTATTCATGATGG  740
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  508  AATATCATGCTTAATCACCAAGGTCATGTGAAACTAACAGACTTTGGACTATGCAAAGAATCTATTCATGATGG  581

Query  741  AACAGTCACACACACATTTTGTGGAACAATAGAATACATGGCCCCTGAAATCTTGATGAGAAGTGGCCACAATC  814
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  582  AACAGTCACACACACATTTTGTGGAACAATAGAATACATGGCCCCTGAAATCTTGATGAGAAGTGGCCACAATC  655

Query  815  GTGCTGTGGATTGGTGGAGTTTGGGAGCATTAATGTATGACATGCTGACTGGAGCACCCCCATTCACTGGGGAG  888
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  656  GTGCTGTGGATTGGTGGAGTTTGGGAGCATTAATGTATGACATGCTGACTGGAGCACCCCCATTCACTGGGGAG  729

Query  889  AATAGAAAGAAAACAATTGACAAAATCCTCAAATGTAAACTCAATTTGCCTCCCTACCTCACACAAGAAGCCAG  962
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  730  AATAGAAAGAAAACAATTGACAAAATCCTCAAATGTAAACTCAATTTGCCTCCCTACCTCACACAAGAAGCCAG  803

Query  963  AGATCTGCTTAAAAAGCTGCTGAAAAGAAATGCTGCTTCTCGTCTGGGAGCTGGTCCTGGGGACGCTGGAGAAG  1036
            ||||||||||||||||                                                          
Sbjct  804  AGATCTGCTTAAAAAG----------------------------------------------------------  819

Query 1037  TTCAAGCTCATCCATTCTTTAGACACATTAACTGGGAAGAACTTCTGGCTCGAAAGGTGGAGCCCCCCTTTAAA  1110
                 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  820  -----GCTCATCCATTCTTTAGACACATTAACTGGGAAGAACTTCTGGCTCGAAAGGTGGAGCCCCCCTTTAAA  888

Query 1111  CCTCTGTTGCAATCTGAAGAGGATGTAAGTCAGTTTGATTCCAAGTTTACACGTCAGACACCTGTCGACAGCCC  1184
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  889  CCTCTGTTGCAATCTGAAGAGGATGTAAGTCAGTTTGATTCCAAGTTTACACGTCAGACACCTGTCGACAGCCC  962

Query 1185  AGATGACTCAACTCTCAGTGAAAGTGCCAATCAGGTCTTTCTGGGTTTTACATATGTGGCTCCATCTGTACTTG  1258
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  963  AGATGACTCAACTCTCAGTGAAAGTGCCAATCAGGTCTTTCTGGGTTTTACATATGTGGCTCCATCTGTACTTG  1036

Query 1259  AAAGTGTGAAAGAAAAGTTTTCCTTTGAACCAAAAATCCGATCACCTCGAAGATTTATTGGCAGCCCACGAACA  1332
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1037  AAAGTGTGAAAGAAAAGTTTTCCTTTGAACCAAAAATCCGATCACCTCGAAGATTTATTGGCAGCCCACGAACA  1110

Query 1333  CCTGTCAG------------TACTGCT-----------------ATGTGC------------------------  1353
            ||||||||            |.||.||                 |.||||                        
Sbjct 1111  CCTGTCAGCCCAGTCAAATTTTCTCCTGGGGATTTCTGGGGAAGAGGTGCTTCGGCCAGCACAGCAAATCCTCA  1184

Query 1354  --------------------------------------------------------------------------  1353
                                                                                      
Sbjct 1185  GACACCTGTGGAATACCCAATGGAAACAAGTGGCATAGAGCAGATGGATGTGACAATGAGTGGGGAAGCATCGG  1258

Query 1354  --------------------------------------------------------------------------  1353
                                                                                      
Sbjct 1259  CACCACTTCCAATACGACAGCCGAACTCTGGGCCATACAAAAAACAAGCTTTTCCCATGATCTCCAAACGGCCA  1332

Query 1354  ---------------------  1353
                                 
Sbjct 1333  GAGCACCTGCGTATGAATCTA  1353