Nucleotide Global Alignment
Description
- Query:
- ccsbBroad304_14940
- Subject:
- NM_001242559.2
- Aligned Length:
- 3753
- Identities:
- 3461
- Gaps:
- 292
Alignment
Query 1 ATGGCGAACGACTCCCCTGCAAAAAGTCTGGTGGACATCGACCTCTCCTCCCTGCGGGATCCTGCTGGGATTTT 74
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1 ATGGCGAACGACTCCCCTGCAAAAAGTCTGGTGGACATCGACCTCTCCTCCCTGCGGGATCCTGCTGGGATTTT 74
Query 75 TGAGCTGGTGGAAGTGGTTGGAAATGGCACCTATGGACAAGTCTATAAGGGTCGACATGTTAAAACGGGTCAGT 148
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 75 TGAGCTGGTGGAAGTGGTTGGAAATGGCACCTATGGACAAGTCTATAAGGGTCGACATGTTAAAACGGGTCAGT 148
Query 149 TGGCAGCCATCAAAGTTATGGATGTCACTGAGGATGAAGAGGAAGAAATCAAACTGGAGATAAATATGCTAAAG 222
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 149 TGGCAGCCATCAAAGTTATGGATGTCACTGAGGATGAAGAGGAAGAAATCAAACTGGAGATAAATATGCTAAAG 222
Query 223 AAATACTCTCATCACAGAAACATTGCAACATATTATGGTGCTTTCATCAAAAAGAGCCCTCCAGGACATGATGA 296
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 223 AAATACTCTCATCACAGAAACATTGCAACATATTATGGTGCTTTCATCAAAAAGAGCCCTCCAGGACATGATGA 296
Query 297 CCAACTCTGGCTTGTTATGGAGTTCTGTGGGGCTGGGTCCATTACAGACCTTGTGAAGAACACCAAAGGGAACA 370
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 297 CCAACTCTGGCTTGTTATGGAGTTCTGTGGGGCTGGGTCCATTACAGACCTTGTGAAGAACACCAAAGGGAACA 370
Query 371 CACTCAAAGAAGACTGGATCGCTTACATCTCCAGAGAAATCCTGAGGGGACTGGCACATCTTCACATTCATCAT 444
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 371 CACTCAAAGAAGACTGGATCGCTTACATCTCCAGAGAAATCCTGAGGGGACTGGCACATCTTCACATTCATCAT 444
Query 445 GTGATTCACCGGGATATCAAGGGCCAGAATGTGTTGCTGACTGAGAATGCAGAGGTGAAACTTGTTGACTTTGG 518
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 445 GTGATTCACCGGGATATCAAGGGCCAGAATGTGTTGCTGACTGAGAATGCAGAGGTGAAACTTGTTGACTTTGG 518
Query 519 TGTGAGTGCTCAGCTGGACAGGACTGTGGGGCGGAGAAATACGTTCATAGGCACTCCCTACTGGATGGCTCCTG 592
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 519 TGTGAGTGCTCAGCTGGACAGGACTGTGGGGCGGAGAAATACGTTCATAGGCACTCCCTACTGGATGGCTCCTG 592
Query 593 AGGTCATCGCCTGTGATGAGAACCCAGATGCCACCTATGATTACAGAAGTGATCTTTGGTCTTGTGGCATTACA 666
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 593 AGGTCATCGCCTGTGATGAGAACCCAGATGCCACCTATGATTACAGAAGTGATCTTTGGTCTTGTGGCATTACA 666
Query 667 GCCATTGAGATGGCAGAA-GTGCTCCCCCTCTCTGTGACATGCATCCAATGAGAGCACTGTTTCTCATTCCCAG 739
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 667 GCCATTGAGATGGCAGAAGGTGCTCCCCCTCTCTGTGACATGCATCCAATGAGAGCACTGTTTCTCATTCCCAG 740
Query 740 AAACCCTCCTCCCCGGCTGAAGTCAAAAAAATGGTCGAAGAAGTTTTTTAGTTTTATAGAAGGGTGCCTGGTGA 813
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 741 AAACCCTCCTCCCCGGCTGAAGTCAAAAAAATGGTCGAAGAAGTTTTTTAGTTTTATAGAAGGGTGCCTGGTGA 814
Query 814 AGAATTACATGCAGCGGCCCTCTACAGAGCAGCTTTTGAAACATCCTTTTATAAGGGATCAGCCAAATGAAAGG 887
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 815 AGAATTACATGCAGCGGCCCTCTACAGAGCAGCTTTTGAAACATCCTTTTATAAGGGATCAGCCAAATGAAAGG 888
Query 888 CAAGTTAGAATCCAGCTTAAGGATCATATAGATCGTACCAGGAAGAAGAGAGGCGAGAAAGATGAAACTGAGTA 961
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 889 CAAGTTAGAATCCAGCTTAAGGATCATATAGATCGTACCAGGAAGAAGAGAGGCGAGAAAGATGAAACTGAGTA 962
Query 962 TGAGTACAGTGGGAGTGAGGAAGAAGAGGAGGAAGTGCCTGAACAGGAAGGAGAGCCAAGTTCCATTGTGAACG 1035
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 963 TGAGTACAGTGGGAGTGAGGAAGAAGAGGAGGAAGTGCCTGAACAGGAAGGAGAGCCAAGTTCCATTGTGAACG 1036
Query 1036 TGCCTGGTGAGTCTACTCTTCGCCGAGATTTCCTGAGACTGCAGCAGGAGAACAAGGAACGTTCCGAGGCTCTT 1109
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1037 TGCCTGGTGAGTCTACTCTTCGCCGAGATTTCCTGAGACTGCAGCAGGAGAACAAGGAACGTTCCGAGGCTCTT 1110
Query 1110 CGGAGACAACAGTTACTACAGGAGCAACAGCTCCGGGAGCAGGAAGAATATAAAAGGCAACTGCTGGCAGAGAG 1183
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1111 CGGAGACAACAGTTACTACAGGAGCAACAGCTCCGGGAGCAGGAAGAATATAAAAGGCAACTGCTGGCAGAGAG 1184
Query 1184 ACAGAAGCGGATTGAGCAGCAGAAAGAACAGAGGCGACGGCTAGAAGAGCAACAAAGGAGAGAGCGGGAAGCTA 1257
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1185 ACAGAAGCGGATTGAGCAGCAGAAAGAACAGAGGCGACGGCTAGAAGAGCAACAAAGGAGAGAGCGGGAAGCTA 1258
Query 1258 GAAGGCAGCAGGAACGTGAACAGCGAAGGAGAGAACAAGAAGAAAAGAGGCGTCTAGAGGAGTTGGAGAGAAGG 1331
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1259 GAAGGCAGCAGGAACGTGAACAGCGAAGGAGAGAACAAGAAGAAAAGAGGCGTCTAGAGGAGTTGGAGAGAAGG 1332
Query 1332 CGCAAAGAAGAAGAGGAGAGGAGACGGGCAGAAGAAGAAAAGAGGAGAGTTGAAAGAGAACAGGAGTATATCAG 1405
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1333 CGCAAAGAAGAAGAGGAGAGGAGACGGGCAGAAGAAGAAAAGAGGAGAGTTGAAAGAGAACAGGAGTATATCAG 1406
Query 1406 GCGACAGCTAGAAGAGGAGCAGCGGCACTTGGAAGTCCTTCAGCAGCAGCTGCTCCAGGAGCAGGCCATGTTAC 1479
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1407 GCGACAGCTAGAAGAGGAGCAGCGGCACTTGGAAGTCCTTCAGCAGCAGCTGCTCCAGGAGCAGGCCATGTTAC 1480
Query 1480 T------------------------------------------------------------------------- 1480
|
Sbjct 1481 TGGAGTGCCGATGGCGGGAGATGGAGGAGCACCGGCAGGCAGAGAGGCTCCAGAGGCAGTTGCAACAAGAACAA 1554
Query 1481 --------------------GCATGACCATAGGAGGCCGCACCCGCAGCACTCGCAGCAGCCGCCACCACCGCA 1534
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1555 GCATATCTCCTGTCTCTACAGCATGACCATAGGAGGCCGCACCCGCAGCACTCGCAGCAGCCGCCACCACCGCA 1628
Query 1535 GCAGGAAAGGAGCAAGCCAAGCTTCCATGCTCCCGAGCCCAAAGCCCACTACGAGCCTGCTGACCGAGCGCGAG 1608
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1629 GCAGGAAAGGAGCAAGCCAAGCTTCCATGCTCCCGAGCCCAAAGCCCACTACGAGCCTGCTGACCGAGCGCGAG 1702
Query 1609 -------------------------------------------------------------------------- 1608
Sbjct 1703 AGGTGGAAGATAGATTTAGGAAAACTAACCACAGCTCCCCTGAAGCCCAGTCTAAGCAGACAGGCAGAGTATTG 1776
Query 1609 -------------------------------------------------------------------------- 1608
Sbjct 1777 GAGCCACCAGTGCCTTCCCGATCAGAGTCTTTTTCCAATGGCAACTCCGAGTCTGTGCATCCCGCCCTGCAGAG 1850
Query 1609 --------------AGGTTCCTGTGAGAACAACATCTCGCTCCCCTGTTCTGTCCCGTCGAGATTCCCCACTGC 1668
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1851 ACCAGCGGAGCCACAGGTTCCTGTGAGAACAACATCTCGCTCCCCTGTTCTGTCCCGTCGAGATTCCCCACTGC 1924
Query 1669 AGGGCAGTGGGCAGCAGAATAGCCAGGCAGGACAGAGAAACTCCACCAGCAGTATTGAGCCCAGGCTTCTGTGG 1742
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1925 AGGGCAGTGGGCAGCAGAATAGCCAGGCAGGACAGAGAAACTCCAC---CAGTATTGAGCCCAGGCTTCTGTGG 1995
Query 1743 GAGAGAGTGGAGAAGCTGGTGCCCAGACCTGGCAGTGGCAGCTCCTCAGGGTCCAGCAACTCAGGATCCCAGCC 1816
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1996 GAGAGAGTGGAGAAGCTGGTGCCCAGACCTGGCAGTGGCAGCTCCTCAGGGTCCAGCAACTCAGGATCCCAGCC 2069
Query 1817 CGGGTCTCACCCTGGGTCTCAGAGTGGCTCCGGGGAACGCTTCAGAGTGAGATCATCATCCAAGTCTGAAGGCT 1890
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2070 CGGGTCTCACCCTGGGTCTCAGAGTGGCTCCGGGGAACGCTTCAGAGTGAGATCATCATCCAAGTCTGAAGGCT 2143
Query 1891 CTCCATCTCAGCGCCTGGAAAATGCAGTGAAAAAACCTGAAGATAAAAAGGAAGTTTTCAGACCCCTCAAGCCT 1964
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2144 CTCCATCTCAGCGCCTGGAAAATGCAGTGAAAAAACCTGAAGATAAAAAGGAAGTTTTCAGACCCCTCAAGCCT 2217
Query 1965 GCTGGCGAAGTGGATCTGACCGCACTGGCCAAAGAGCTTCGAGCAGTGGAAGATGTACGGCCACCTCACAAAGT 2038
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2218 GCT---------GATCTGACCGCACTGGCCAAAGAGCTTCGAGCAGTGGAAGATGTACGGCCACCTCACAAAGT 2282
Query 2039 AACGGACTACTCCTCATCCAGTGAGGAGTCGGGGACGACGGATGAGGAGGACGACGATGTGGAGCAGGAAGGGG 2112
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2283 AACGGACTACTCCTCATCCAGTGAGGAGTCGGGGACGACGGATGAGGAGGACGACGATGTGGAGCAGGAAGGGG 2356
Query 2113 CTGACGAGTCCACCTCAGGACCAGAGGACACCAGAGCAGCGTCATCTCTGAATTTGAGCAATGGTGAAACGGAA 2186
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2357 CTGACGAGTCCACCTCAGGACCAGAGGACACCAGAGCAGCGTCATCTCTGAATTTGAGCAATGGTGAAACGGAA 2430
Query 2187 TCTGTGAAAACCATGATTGTCCATGATGATGTAGAAAGTGAGCCGGCCATGACCCCATCCAAGGAGGGCACTCT 2260
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2431 TCTGTGAAAACCATGATTGTCCATGATGATGTAGAAAGTGAGCCGGCCATGACCCCATCCAAGGAGGGCACTCT 2504
Query 2261 AATCGTCCGCCAGACTCAGTCCGCTAGTAGCACACTCCAGAAACACAAATCTTCCTCCTCCTTTACACCTTTTA 2334
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2505 AATCGTCCGCCAGACTCAGTCCGCTAGTAGCACACTCCAGAAACACAAATCTTCCTCCTCCTTTACACCTTTTA 2578
Query 2335 TAGACCCCAGATTACTACAGATTTCTCCATCTAGCGGAACAACAGTGACATCTGTGGTGGGATTTTCCTGTGAT 2408
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2579 TAGACCCCAGATTACTACAGATTTCTCCATCTAGCGGAACAACAGTGACATCTGTGGTGGGATTTTCCTGTGAT 2652
Query 2409 GGGATGAGACCAGAAGCCATAAGGCAAGATCCTACCCGGAAAGGCTCAGTGGTCAATGTGAATCCTACCAACAC 2482
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2653 GGGATGAGACCAGAAGCCATAAGGCAAGATCCTACCCGGAAAGGCTCAGTGGTCAATGTGAATCCTACCAACAC 2726
Query 2483 TAGGCCACAGAGTGACACCCCGGAGATTCGTAAATACAAGAAGAGGTTTAACTCTGAGATTCTGTGTGCTGCCT 2556
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2727 TAGGCCACAGAGTGACACCCCGGAGATTCGTAAATACAAGAAGAGGTTTAACTCTGAGATTCTGTGTGCTGCCT 2800
Query 2557 TATGGGGAGTGAATTTGCTAGTGGGTACAGAGAGTGGCCTGATGCTGCTGGACAGAAGTGGCCAAGGGAAGGTC 2630
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2801 TATGGGGAGTGAATTTGCTAGTGGGTACAGAGAGTGGCCTGATGCTGCTGGACAGAAGTGGCCAAGGGAAGGTC 2874
Query 2631 TATCCTCTTATCAACCGAAGACGATTTCAACAAATGGACGTACTTGAGGGCTTGAATGTCTTGGTGACAATATC 2704
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2875 TATCCTCTTATCAACCGAAGACGATTTCAACAAATGGACGTACTTGAGGGCTTGAATGTCTTGGTGACAATATC 2948
Query 2705 TGGCAAAAAGGATAAGTTACGTGTCTACTATTTGTCCTGGTTAAGAAATAAAATACTTCACAATGATCCAGAAG 2778
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2949 TGGCAAAAAGGATAAGTTACGTGTCTACTATTTGTCCTGGTTAAGAAATAAAATACTTCACAATGATCCAGAAG 3022
Query 2779 TTGAGAAGAAGCAGGGATGGACAACCGTAGGGGATTTGGAAGGATGTGTACATTATAAAGTTGTAAAATATGAA 2852
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3023 TTGAGAAGAAGCAGGGATGGACAACCGTAGGGGATTTGGAAGGATGTGTACATTATAAAGTTGTAAAATATGAA 3096
Query 2853 AGAATCAAATTTCTGGTGATTGCTTTGAAGAGTTCTGTGGAAGTCTATGCGTGGGCACCAAAGCCATATCACAA 2926
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3097 AGAATCAAATTTCTGGTGATTGCTTTGAAGAGTTCTGTGGAAGTCTATGCGTGGGCACCAAAGCCATATCACAA 3170
Query 2927 ATTTATGGCCTTTAAGTCATTTGGAGAATTGGTACATAAGCCATTACTGGTGGATCTCACTGTTGAGGAAGGCC 3000
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3171 ATTTATGGCCTTTAAGTCATTTGGAGAATTGGTACATAAGCCATTACTGGTGGATCTCACTGTTGAGGAAGGCC 3244
Query 3001 AGAGGTTGAAAGTGATCTATGGATCCTGTGCTGGATTCCATGCTGTTGATGTGGATTCAGGATCAGTCTATGAC 3074
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3245 AGAGGTTGAAAGTGATCTATGGATCCTGTGCTGGATTCCATGCTGTTGATGTGGATTCAGGATCAGTCTATGAC 3318
Query 3075 ATTTATCTACCAACACATGTAAGAAAGAACCCACACTCTATGATCCAGTGTAGCATCAAACCCCATGCAATCAT 3148
|||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3319 ATTTATCTACCAACACAT------------------------ATCCAGTGTAGCATCAAACCCCATGCAATCAT 3368
Query 3149 CATCCTCCCCAATACAGATGGAATGGAGCTTCTGGTGTGCTATGAAGATGAGGGGGTTTATGTAAACACATATG 3222
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3369 CATCCTCCCCAATACAGATGGAATGGAGCTTCTGGTGTGCTATGAAGATGAGGGGGTTTATGTAAACACATATG 3442
Query 3223 GAAGGATCACCAAGGATGTAGTTCTACAGTGGGGAGAGATGCCTACATCAGTAGCATATATTCGATCCAATCAG 3296
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3443 GAAGGATCACCAAGGATGTAGTTCTACAGTGGGGAGAGATGCCTACATCAGTAGCATATATTCGATCCAATCAG 3516
Query 3297 ACAATGGGCTGGGGAGAGAAGGCCATAGAGATCCGATCTGTGGAAACTGGTCACTTGGATGGTGTGTTCATGCA 3370
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3517 ACAATGGGCTGGGGAGAGAAGGCCATAGAGATCCGATCTGTGGAAACTGGTCACTTGGATGGTGTGTTCATGCA 3590
Query 3371 CAAAAGGGCTCAAAGACTAAAATTCTTGTGTGAACGCAATGACAAGGTGTTCTTTGCCTCTGTTCGGTCTGGTG 3444
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3591 CAAAAGGGCTCAAAGACTAAAATTCTTGTGTGAACGCAATGACAAGGTGTTCTTTGCCTCTGTTCGGTCTGGTG 3664
Query 3445 GCAGCAGTCAGGTTTATTTCATGACCTTAGGCAGGACTTCTCTTCTGAGCTGG 3497
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3665 GCAGCAGTCAGGTTTATTTCATGACCTTAGGCAGGACTTCTCTTCTGAGCTGG 3717