Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroad304_14940
• Subject: XM_005264066.3
• Aligned Length: 3690
• Identities: 3494
• Gaps: 196

Alignment

Query    1  ATGGCGAACGACTCCCCTGCAAAAAGTCTGGTGGACATCGACCTCTCCTCCCTGCGGGATCCTGCTGGGATTTT  74
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct    1  ATGGCGAACGACTCCCCTGCAAAAAGTCTGGTGGACATCGACCTCTCCTCCCTGCGGGATCCTGCTGGGATTTT  74

Query   75  TGAGCTGGTGGAAGTGGTTGGAAATGGCACCTATGGACAAGTCTATAAGGGTCGACATGTTAAAACGGGTCAGT  148
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct   75  TGAGCTGGTGGAAGTGGTTGGAAATGGCACCTATGGACAAGTCTATAAGGGTCGACATGTTAAAACGGGTCAGT  148

Query  149  TGGCAGCCATCAAAGTTATGGATGTCACTGAGGATGAAGAGGAAGAAATCAAACTGGAGATAAATATGCTAAAG  222
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  149  TGGCAGCCATCAAAGTTATGGATGTCACTGAGGATGAAGAGGAAGAAATCAAACTGGAGATAAATATGCTAAAG  222

Query  223  AAATACTCTCATCACAGAAACATTGCAACATATTATGGTGCTTTCATCAAAAAGAGCCCTCCAGGACATGATGA  296
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  223  AAATACTCTCATCACAGAAACATTGCAACATATTATGGTGCTTTCATCAAAAAGAGCCCTCCAGGACATGATGA  296

Query  297  CCAACTCTGGCTTGTTATGGAGTTCTGTGGGGCTGGGTCCATTACAGACCTTGTGAAGAACACCAAAGGGAACA  370
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  297  CCAACTCTGGCTTGTTATGGAGTTCTGTGGGGCTGGGTCCATTACAGACCTTGTGAAGAACACCAAAGGGAACA  370

Query  371  CACTCAAAGAAGACTGGATCGCTTACATCTCCAGAGAAATCCTGAGGGGACTGGCACATCTTCACATTCATCAT  444
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  371  CACTCAAAGAAGACTGGATCGCTTACATCTCCAGAGAAATCCTGAGGGGACTGGCACATCTTCACATTCATCAT  444

Query  445  GTGATTCACCGGGATATCAAGGGCCAGAATGTGTTGCTGACTGAGAATGCAGAGGTGAAACTTGTTGACTTTGG  518
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  445  GTGATTCACCGGGATATCAAGGGCCAGAATGTGTTGCTGACTGAGAATGCAGAGGTGAAACTTGTTGACTTTGG  518

Query  519  TGTGAGTGCTCAGCTGGACAGGACTGTGGGGCGGAGAAATACGTTCATAGGCACTCCCTACTGGATGGCTCCTG  592
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  519  TGTGAGTGCTCAGCTGGACAGGACTGTGGGGCGGAGAAATACGTTCATAGGCACTCCCTACTGGATGGCTCCTG  592

Query  593  AGGTCATCGCCTGTGATGAGAACCCAGATGCCACCTATGATTACAGAAGTGATCTTTGGTCTTGTGGCATTACA  666
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  593  AGGTCATCGCCTGTGATGAGAACCCAGATGCCACCTATGATTACAGAAGTGATCTTTGGTCTTGTGGCATTACA  666

Query  667  GCCATTGAGATGGCAGAA-GTGCTCCCCCTCTCTGTGACATGCATCCAATGAGAGCACTGTTTCTCATTCCCAG  739
            |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  667  GCCATTGAGATGGCAGAAGGTGCTCCCCCTCTCTGTGACATGCATCCAATGAGAGCACTGTTTCTCATTCCCAG  740

Query  740  AAACCCTCCTCCCCGGCTGAAGTCAAAAAAATGGTCGAAGAAGTTTTTTAGTTTTATAGAAGGGTGCCTGGTGA  813
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  741  AAACCCTCCTCCCCGGCTGAAGTCAAAAAAATGGTCGAAGAAGTTTTTTAGTTTTATAGAAGGGTGCCTGGTGA  814

Query  814  AGAATTACATGCAGCGGCCCTCTACAGAGCAGCTTTTGAAACATCCTTTTATAAGGGATCAGCCAAATGAAAGG  887
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  815  AGAATTACATGCAGCGGCCCTCTACAGAGCAGCTTTTGAAACATCCTTTTATAAGGGATCAGCCAAATGAAAGG  888

Query  888  CAAGTTAGAATCCAGCTTAAGGATCATATAGATCGTACCAGGAAGAAGAGAGGCGAGAAAGATGAAACTGAGTA  961
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  889  CAAGTTAGAATCCAGCTTAAGGATCATATAGATCGTACCAGGAAGAAGAGAGGCGAGAAAGATGAAACTGAGTA  962

Query  962  TGAGTACAGTGGGAGTGAGGAAGAAGAGGAGGAAGTGCCTGAACAGGAAGGAGAGCCAAGTTCCATTGTGAACG  1035
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  963  TGAGTACAGTGGGAGTGAGGAAGAAGAGGAGGAAGTGCCTGAACAGGAAGGAGAGCCAAGTTCCATTGTGAACG  1036

Query 1036  TGCCTGGTGAGTCTACTCTTCGCCGAGATTTCCTGAGACTGCAGCAGGAGAACAAGGAACGTTCCGAGGCTCTT  1109
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1037  TGCCTGGTGAGTCTACTCTTCGCCGAGATTTCCTGAGACTGCAGCAGGAGAACAAGGAACGTTCCGAGGCTCTT  1110

Query 1110  CGGAGACAACAGTTACTACAGGAGCAACAGCTCCGGGAGCAGGAAGAATATAAAAGGCAACTGCTGGCAGAGAG  1183
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1111  CGGAGACAACAGTTACTACAGGAGCAACAGCTCCGGGAGCAGGAAGAATATAAAAGGCAACTGCTGGCAGAGAG  1184

Query 1184  ACAGAAGCGGATTGAGCAGCAGAAAGAACAGAGGCGACGGCTAGAAGAGCAACAAAGGAGAGAGCGGGAAGCTA  1257
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1185  ACAGAAGCGGATTGAGCAGCAGAAAGAACAGAGGCGACGGCTAGAAGAGCAACAAAGGAGAGAGCGGGAAGCTA  1258

Query 1258  GAAGGCAGCAGGAACGTGAACAGCGAAGGAGAGAACAAGAAGAAAAGAGGCGTCTAGAGGAGTTGGAGAGAAGG  1331
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1259  GAAGGCAGCAGGAACGTGAACAGCGAAGGAGAGAACAAGAAGAAAAGAGGCGTCTAGAGGAGTTGGAGAGAAGG  1332

Query 1332  CGCAAAGAAGAAGAGGAGAGGAGACGGGCAGAAGAAGAAAAGAGGAGAGTTGAAAGAGAACAGGAGTATATCAG  1405
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1333  CGCAAAGAAGAAGAGGAGAGGAGACGGGCAGAAGAAGAAAAGAGGAGAGTTGAAAGAGAACAGGAGTATATCAG  1406

Query 1406  GCGACAGCTAGAAGAGGAGCAGCGGCACTTGGAAGTCCTTCAGCAGCAGCTGCTCCAGGAGCAGGCCATGTTAC  1479
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1407  GCGACAGCTAGAAGAGGAGCAGCGGCACTTGGAAGTCCTTCAGCAGCAGCTGCTCCAGGAGCAGGCCATGTTAC  1480

Query 1480  TGCATGACCATAGGAGGCCGCACCCGCAGCACTCGCAGCAGCCGCCACCACCGCAGCAGGAAAGGAGCAAGCCA  1553
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1481  TGCATGACCATAGGAGGCCGCACCCGCAGCACTCGCAGCAGCCGCCACCACCGCAGCAGGAAAGGAGCAAGCCA  1554

Query 1554  AGCTTCCATGCTCCCGAGCCCAAAGCCCACTACGAGCCTGCTGACCGAGCGCGAGAGGTTCCTGTGAGAACAAC  1627
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1555  AGCTTCCATGCTCCCGAGCCCAAAGCCCACTACGAGCCTGCTGACCGAGCGCGAGAGGTTCCTGTGAGAACAAC  1628

Query 1628  ATCTCGCTCCCCTGTTCTGTCCCGTCGAGATTCCCCACTGCAGGGCAGTGGGCAGCAGAATAGCCAGGCAGGAC  1701
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1629  ATCTCGCTCCCCTGTTCTGTCCCGTCGAGATTCCCCACTGCAGGGCAGTGGGCAGCAGAATAGCCAGGCAGGAC  1702

Query 1702  AGAGAAACTCCACCAGCAGTATTGAGCCCAGGCTTCTGTGGGAGAGAGTGGAGAAGCTGGTGCCCAGACCTGGC  1775
            |||||||||||||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1703  AGAGAAACTCCAC---CAGTATTGAGCCCAGGCTTCTGTGGGAGAGAGTGGAGAAGCTGGTGCCCAGACCTGGC  1773

Query 1776  AGTGGCAGCTCCTCAGGGTCCAGCAACTCAGGATCCCAGCCCGGGTCTCACCCTGGGTCTCAGAGTGGCTCCGG  1849
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1774  AGTGGCAGCTCCTCAGGGTCCAGCAACTCAGGATCCCAGCCCGGGTCTCACCCTGGGTCTCAGAGTGGCTCCGG  1847

Query 1850  GGAACGCTTCAGAGTGAGATCATCATCCAAGTCTGAAGGCTCTCCATCTCAGCGCCTGGAAAATGCAGTGAAAA  1923
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1848  GGAACGCTTCAGAGTGAGATCATCATCCAAGTCTGAAGGCTCTCCATCTCAGCGCCTGGAAAATGCAGTGAAAA  1921

Query 1924  AACCTGAAGATAAAAAGGAAGTTTTCAGACCCCTCAAGCCTGCTGGCGAAGTGGATCTGACCGCACTGGCCAAA  1997
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1922  AACCTGAAGATAAAAAGGAAGTTTTCAGACCCCTCAAGCCTGCTGGCGAAGTGGATCTGACCGCACTGGCCAAA  1995

Query 1998  GAGCTTCGAGCAGTGGAAGATGTACGGCCACCTCACAAAGTAACGGACTACTCCTCATCCAGTGAGGAGTCGGG  2071
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1996  GAGCTTCGAGCAGTGGAAGATGTACGGCCACCTCACAAAGTAACGGACTACTCCTCATCCAGTGAGGAGTCGGG  2069

Query 2072  GACGACGGATGAGGAGGACGACGATGTGGAGCAGGAAGGGGCTGACGAGTCCACCTCAGGACCAGAGGACACCA  2145
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2070  GACGACGGATGAGGAGGACGACGATGTGGAGCAGGAAGGGGCTGACGAGTCCACCTCAGGACCAGAGGACACCA  2143

Query 2146  GAGCAGCGTCATCTCTGAATTTGAGCAATGGTGAAACGGAATCTGTGAAAACCATGATTGTCCATGATGATGTA  2219
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2144  GAGCAGCGTCATCTCTGAATTTGAGCAATGGTGAAACGGAATCTGTGAAAACCATGATTGTCCATGATGATGTA  2217

Query 2220  GAAAGTGAGCCGGCCATGACCCCATCCAAGGAGGGCACTCTAATCGTCCGCC----------------------  2271
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||                      
Sbjct 2218  GAAAGTGAGCCGGCCATGACCCCATCCAAGGAGGGCACTCTAATCGTCCGCCAGAGTACAGTTGACCAAAAGCG  2291

Query 2272  --------------------------------------------------------------------------  2271
                                                                                      
Sbjct 2292  TGCCAGCCATCATGAGAGCAATGGCTTTGCCGGTCGCATTCACCTCTTGCCAGATCTCTTACAGCAAAGCCATT  2365

Query 2272  --------------------------------------------------------------------------  2271
                                                                                      
Sbjct 2366  CCTCCTCCACTTCCTCCACCTCCTCCTCCCCATCCTCCAGCCAGCCGACACCCACCATGTCCCCACAGACACCC  2439

Query 2272  ----------------------AGACTCAGTCCGCTAGTAGCACACTCCAGAAACACAAATCTTCCTCCTCCTT  2323
                                  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2440  CAGGACAAGCTCACTGCTAATGAGACTCAGTCCGCTAGTAGCACACTCCAGAAACACAAATCTTCCTCCTCCTT  2513

Query 2324  TACACCTTTTATAGACCCCAGATTACTACAGATTTCTCCATCTAGCGGAACAACAGTGACATCTGTGGTGGGAT  2397
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2514  TACACCTTTTATAGACCCCAGATTACTACAGATTTCTCCATCTAGCGGAACAACAGTGACATCTGTGGTGGGAT  2587

Query 2398  TTTCCTGTGATGGGATGAGACCAGAAGCCATAAGGCAAGATCCTACCCGGAAAGGCTCAGTGGTCAATGTGAAT  2471
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2588  TTTCCTGTGATGGGATGAGACCAGAAGCCATAAGGCAAGATCCTACCCGGAAAGGCTCAGTGGTCAATGTGAAT  2661

Query 2472  CCTACCAACACTAGGCCACAGAGTGACACCCCGGAGATTCGTAAATACAAGAAGAGGTTTAACTCTGAGATTCT  2545
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2662  CCTACCAACACTAGGCCACAGAGTGACACCCCGGAGATTCGTAAATACAAGAAGAGGTTTAACTCTGAGATTCT  2735

Query 2546  GTGTGCTGCCTTATGGGGAGTGAATTTGCTAGTGGGTACAGAGAGTGGCCTGATGCTGCTGGACAGAAGTGGCC  2619
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2736  GTGTGCTGCCTTATGGGGAGTGAATTTGCTAGTGGGTACAGAGAGTGGCCTGATGCTGCTGGACAGAAGTGGCC  2809

Query 2620  AAGGGAAGGTCTATCCTCTTATCAACCGAAGACGATTTCAACAAATGGACGTACTTGAGGGCTTGAATGTCTTG  2693
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2810  AAGGGAAGGTCTATCCTCTTATCAACCGAAGACGATTTCAACAAATGGACGTACTTGAGGGCTTGAATGTCTTG  2883

Query 2694  GTGACAATATCTGGCAAAAAGGATAAGTTACGTGTCTACTATTTGTCCTGGTTAAGAAATAAAATACTTCACAA  2767
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2884  GTGACAATATCTGGCAAAAAGGATAAGTTACGTGTCTACTATTTGTCCTGGTTAAGAAATAAAATACTTCACAA  2957

Query 2768  TGATCCAGAAGTTGAGAAGAAGCAGGGATGGACAACCGTAGGGGATTTGGAAGGATGTGTACATTATAAAGTTG  2841
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2958  TGATCCAGAAGTTGAGAAGAAGCAGGGATGGACAACCGTAGGGGATTTGGAAGGATGTGTACATTATAAAGTTG  3031

Query 2842  TAAAATATGAAAGAATCAAATTTCTGGTGATTGCTTTGAAGAGTTCTGTGGAAGTCTATGCGTGGGCACCAAAG  2915
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3032  TAAAATATGAAAGAATCAAATTTCTGGTGATTGCTTTGAAGAGTTCTGTGGAAGTCTATGCGTGGGCACCAAAG  3105

Query 2916  CCATATCACAAATTTATGGCCTTTAAGTCATTTGGAGAATTGGTACATAAGCCATTACTGGTGGATCTCACTGT  2989
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3106  CCATATCACAAATTTATGGCCTTTAAGTCATTTGGAGAATTGGTACATAAGCCATTACTGGTGGATCTCACTGT  3179

Query 2990  TGAGGAAGGCCAGAGGTTGAAAGTGATCTATGGATCCTGTGCTGGATTCCATGCTGTTGATGTGGATTCAGGAT  3063
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3180  TGAGGAAGGCCAGAGGTTGAAAGTGATCTATGGATCCTGTGCTGGATTCCATGCTGTTGATGTGGATTCAGGAT  3253

Query 3064  CAGTCTATGACATTTATCTACCAACACATGTAAGAAAGAACCCACACTCTATGATCCAGTGTAGCATCAAACCC  3137
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3254  CAGTCTATGACATTTATCTACCAACACATGTAAGAAAGAACCCACACTCTATGATCCAGTGTAGCATCAAACCC  3327

Query 3138  CATGCAATCATCATCCTCCCCAATACAGATGGAATGGAGCTTCTGGTGTGCTATGAAGATGAGGGGGTTTATGT  3211
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3328  CATGCAATCATCATCCTCCCCAATACAGATGGAATGGAGCTTCTGGTGTGCTATGAAGATGAGGGGGTTTATGT  3401

Query 3212  AAACACATATGGAAGGATCACCAAGGATGTAGTTCTACAGTGGGGAGAGATGCCTACATCAGTAGCATATATTC  3285
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3402  AAACACATATGGAAGGATCACCAAGGATGTAGTTCTACAGTGGGGAGAGATGCCTACATCAGTAGCATATATTC  3475

Query 3286  GATCCAATCAGACAATGGGCTGGGGAGAGAAGGCCATAGAGATCCGATCTGTGGAAACTGGTCACTTGGATGGT  3359
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3476  GATCCAATCAGACAATGGGCTGGGGAGAGAAGGCCATAGAGATCCGATCTGTGGAAACTGGTCACTTGGATGGT  3549

Query 3360  GTGTTCATGCACAAAAGGGCTCAAAGACTAAAATTCTTGTGTGAACGCAATGACAAGGTGTTCTTTGCCTCTGT  3433
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3550  GTGTTCATGCACAAAAGGGCTCAAAGACTAAAATTCTTGTGTGAACGCAATGACAAGGTGTTCTTTGCCTCTGT  3623

Query 3434  TCGGTCTGGTGGCAGCAGTCAGGTTTATTTCATGACCTTAGGCAGGACTTCTCTTCTGAGCTGG  3497
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3624  TCGGTCTGGTGGCAGCAGTCAGGTTTATTTCATGACCTTAGGCAGGACTTCTCTTCTGAGCTGG  3687