Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroad304_14940
• Subject: XM_017005357.1
• Aligned Length: 3852
• Identities: 3473
• Gaps: 379

Alignment

Query    1  ATGGCGAACGACTCCCCTGCAAAAAGTCTGGTGGACATCGACCTCTCCTCCCTGCGGGATCCTGCTGGGATTTT  74
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct    1  ATGGCGAACGACTCCCCTGCAAAAAGTCTGGTGGACATCGACCTCTCCTCCCTGCGGGATCCTGCTGGGATTTT  74

Query   75  TGAGCTGGTGGAAGTGGTTGGAAATGGCACCTATGGACAAGTCTATAAGGGTCGACATGTTAAAACGGGTCAGT  148
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct   75  TGAGCTGGTGGAAGTGGTTGGAAATGGCACCTATGGACAAGTCTATAAGGGTCGACATGTTAAAACGGGTCAGT  148

Query  149  TGGCAGCCATCAAAGTTATGGATGTCACTGAGGATGAAGAGGAAGAAATCAAACTGGAGATAAATATGCTAAAG  222
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  149  TGGCAGCCATCAAAGTTATGGATGTCACTGAGGATGAAGAGGAAGAAATCAAACTGGAGATAAATATGCTAAAG  222

Query  223  AAATACTCTCATCACAGAAACATTGCAACATATTATGGTGCTTTCATCAAAAAGAGCCCTCCAGGACATGATGA  296
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  223  AAATACTCTCATCACAGAAACATTGCAACATATTATGGTGCTTTCATCAAAAAGAGCCCTCCAGGACATGATGA  296

Query  297  CCAACTCTGGCTTGTTATGGAGTTCTGTGGGGCTGGGTCCATTACAGACCTTGTGAAGAACACCAAAGGGAACA  370
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  297  CCAACTCTGGCTTGTTATGGAGTTCTGTGGGGCTGGGTCCATTACAGACCTTGTGAAGAACACCAAAGGGAACA  370

Query  371  CACTCAAAGAAGACTGGATCGCTTACATCTCCAGAGAAATCCTGAGGGGACTGGCACATCTTCACATTCATCAT  444
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  371  CACTCAAAGAAGACTGGATCGCTTACATCTCCAGAGAAATCCTGAGGGGACTGGCACATCTTCACATTCATCAT  444

Query  445  GTGATTCACCGGGATATCAAGGGCCAGAATGTGTTGCTGACTGAGAATGCAGAGGTGAAACTTGTTGACTTTGG  518
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  445  GTGATTCACCGGGATATCAAGGGCCAGAATGTGTTGCTGACTGAGAATGCAGAGGTGAAACTTGTTGACTTTGG  518

Query  519  TGTGAGTGCTCAGCTGGACAGGACTGTGGGGCGGAGAAATACGTTCATAGGCACTCCCTACTGGATGGCTCCTG  592
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  519  TGTGAGTGCTCAGCTGGACAGGACTGTGGGGCGGAGAAATACGTTCATAGGCACTCCCTACTGGATGGCTCCTG  592

Query  593  AGGTCATCGCCTGTGATGAGAACCCAGATGCCACCTATGATTACAGAAGTGATCTTTGGTCTTGTGGCATTACA  666
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  593  AGGTCATCGCCTGTGATGAGAACCCAGATGCCACCTATGATTACAGAAGTGATCTTTGGTCTTGTGGCATTACA  666

Query  667  GCCATTGAGATGGCAGAA-GTGCTCCCCCTCTCTGTGACATGCATCCAATGAGAGCACTGTTTCTCATTCCCAG  739
            |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  667  GCCATTGAGATGGCAGAAGGTGCTCCCCCTCTCTGTGACATGCATCCAATGAGAGCACTGTTTCTCATTCCCAG  740

Query  740  AAACCCTCCTCCCCGGCTGAAGTCAAAAAAATGGTCGAAGAAGTTTTTTAGTTTTATAGAAGGGTGCCTGGTGA  813
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  741  AAACCCTCCTCCCCGGCTGAAGTCAAAAAAATGGTCGAAGAAGTTTTTTAGTTTTATAGAAGGGTGCCTGGTGA  814

Query  814  AGAATTACATGCAGCGGCCCTCTACAGAGCAGCTTTTGAAACATCCTTTTATAAGGGATCAGCCAAATGAAAGG  887
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  815  AGAATTACATGCAGCGGCCCTCTACAGAGCAGCTTTTGAAACATCCTTTTATAAGGGATCAGCCAAATGAAAGG  888

Query  888  CAAGTTAGAATCCAGCTTAAGGATCATATAGATCGTACCAGGAAGAAGAGAGGCGAGAAAGATGAAACTGAGTA  961
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  889  CAAGTTAGAATCCAGCTTAAGGATCATATAGATCGTACCAGGAAGAAGAGAGGCGAGAAAGATGAAACTGAGTA  962

Query  962  TGAGTACAGTGGGAGTGAGGAAGAAGAGGAGGAAGTGCCTGAACAGGAAGGAGAGCCAAGTTCCATTGTGAACG  1035
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  963  TGAGTACAGTGGGAGTGAGGAAGAAGAGGAGGAAGTGCCTGAACAGGAAGGAGAGCCAAGTTCCATTGTGAACG  1036

Query 1036  TGCCTGGTGAGTCTACTCTTCGCCGAGATTTCCTGAGACTGCAGCAGGAGAACAAGGAACGTTCCGAGGCTCTT  1109
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1037  TGCCTGGTGAGTCTACTCTTCGCCGAGATTTCCTGAGACTGCAGCAGGAGAACAAGGAACGTTCCGAGGCTCTT  1110

Query 1110  CGGAGACAACAGTTACTACAGGAGCAACAGCTCCGGGAGCAGGAAGAATATAAAAGGCAACTGCTGGCAGAGAG  1183
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1111  CGGAGACAACAGTTACTACAGGAGCAACAGCTCCGGGAGCAGGAAGAATATAAAAGGCAACTGCTGGCAGAGAG  1184

Query 1184  ACAGAAGCGGATTGAGCAGCAGAAAGAACAGAGGCGACGGCTAGAAGAGCAACAAAGGAGAGAGCGGGAAGCTA  1257
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1185  ACAGAAGCGGATTGAGCAGCAGAAAGAACAGAGGCGACGGCTAGAAGAGCAACAAAGGAGAGAGCGGGAAGCTA  1258

Query 1258  GAAGGCAGCAGGAACGTGAACAGCGAAGGAGAGAACAAGAAGAAAAGAGGCGTCTAGAGGAGTTGGAGAGAAGG  1331
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1259  GAAGGCAGCAGGAACGTGAACAGCGAAGGAGAGAACAAGAAGAAAAGAGGCGTCTAGAGGAGTTGGAGAGAAGG  1332

Query 1332  CGCAAAGAAGAAGAGGAGAGGAGACGGGCAGAAGAAGAAAAGAGGAGAGTTGAAAGAGAACAGGAGTATATCAG  1405
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1333  CGCAAAGAAGAAGAGGAGAGGAGACGGGCAGAAGAAGAAAAGAGGAGAGTTGAAAGAGAACAGGAGTATATCAG  1406

Query 1406  GCGACAGCTAGAAGAGGAGCAGCGGCACTTGGAAGTCCTTCAGCAGCAGCTGCTCCAGGAGCAGGCCATGTTAC  1479
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1407  GCGACAGCTAGAAGAGGAGCAGCGGCACTTGGAAGTCCTTCAGCAGCAGCTGCTCCAGGAGCAGGCCATGTTAC  1480

Query 1480  TGCATGACCATAGGAGGCCGCACCCGCAGCACTCGCAGCAGCCGCCACCACCGCAGCAGGAAAGGAGCAAGCCA  1553
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1481  TGCATGACCATAGGAGGCCGCACCCGCAGCACTCGCAGCAGCCGCCACCACCGCAGCAGGAAAGGAGCAAGCCA  1554

Query 1554  AGCTTCCATGCTCCCGAGCCCAAAGCCCACTACGAGCCTGCTGACCGAGCGCGAG-------------------  1608
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||                   
Sbjct 1555  AGCTTCCATGCTCCCGAGCCCAAAGCCCACTACGAGCCTGCTGACCGAGCGCGAGAGGTGGAAGATAGATTTAG  1628

Query 1609  --------------------------------------------------------------------------  1608
                                                                                      
Sbjct 1629  GAAAACTAACCACAGCTCCCCTGAAGCCCAGTCTAAGCAGACAGGCAGAGTATTGGAGCCACCAGTGCCTTCCC  1702

Query 1609  ---------------------------------------------------------------------AGGTT  1613
                                                                                 |||||
Sbjct 1703  GATCAGAGTCTTTTTCCAATGGCAACTCCGAGTCTGTGCATCCCGCCCTGCAGAGACCAGCGGAGCCACAGGTT  1776

Query 1614  CCTGTGAGAACAACATCTCGCTCCCCTGTTCTGTCCCGTCGAGATTCCCCACTGCAGGGCAGTGGGCAGCAGAA  1687
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1777  CCTGTGAGAACAACATCTCGCTCCCCTGTTCTGTCCCGTCGAGATTCCCCACTGCAGGGCAGTGGGCAGCAGAA  1850

Query 1688  TAGCCAGGCAGGACAGAGAAACTCCACCAGCAGTATTGAGCCCAGGCTTCTGTGGGAGAGAGTGGAGAAGCTGG  1761
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1851  TAGCCAGGCAGGACAGAGAAACTCCACCAGCAGTATTGAGCCCAGGCTTCTGTGGGAGAGAGTGGAGAAGCTGG  1924

Query 1762  TGCCCAGACCTGGCAGTGGCAGCTCCTCAGGGTCCAGCAACTCAGGATCCCAGCCCGGGTCTCACCCTGGGTCT  1835
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1925  TGCCCAGACCTGGCAGTGGCAGCTCCTCAGGGTCCAGCAACTCAGGATCCCAGCCCGGGTCTCACCCTGGGTCT  1998

Query 1836  CAGAGTGGCTCCGGGGAACGCTTCAGAGTGAGATCATCATCCAAGTCTGAAGGCTCTCCATCTCAGCGCCTGGA  1909
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1999  CAGAGTGGCTCCGGGGAACGCTTCAGAGTGAGATCATCATCCAAGTCTGAAGGCTCTCCATCTCAGCGCCTGGA  2072

Query 1910  AAATGCAGTGAAAAAACCTGAAGATAAAAAGGAAGTTTTCAGACCCCTCAAGCCTGCTGGCGAAGTGGATCTGA  1983
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2073  AAATGCAGTGAAAAAACCTGAAGATAAAAAGGAAGTTTTCAGACCCCTCAAGCCTGCTGGCGAAGTGGATCTGA  2146

Query 1984  CCGCACTGGCCAAAGAGCTTCGAGCAGTGGAAGATGTACGGCCACCTCACAAAGTAACGGACTACTCCTCATCC  2057
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2147  CCGCACTGGCCAAAGAGCTTCGAGCAGTGGAAGATGTACGGCCACCTCACAAAGTAACGGACTACTCCTCATCC  2220

Query 2058  AGTGAGGAGTCGGGGACGACGGATGAGGAGGACGACGATGTGGAGCAGGAAGGGGCTGACGAGTCCACCTCAGG  2131
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2221  AGTGAGGAGTCGGGGACGACGGATGAGGAGGACGACGATGTGGAGCAGGAAGGGGCTGACGAGTCCACCTCAGG  2294

Query 2132  ACCAGAGGACACCAGAGCAGCGTCATCTCTGAATTTGAGCAATGGTGAAACGGAATCTGTGAAAACCATGATTG  2205
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2295  ACCAGAGGACACCAGAGCAGCGTCATCTCTGAATTTGAGCAATGGTGAAACGGAATCTGTGAAAACCATGATTG  2368

Query 2206  TCCATGATGATGTAGAAAGTGAGCCGGCCATGACCCCATCCAAGGAGGGCACTCTAATCGTCCGCC--------  2271
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||        
Sbjct 2369  TCCATGATGATGTAGAAAGTGAGCCGGCCATGACCCCATCCAAGGAGGGCACTCTAATCGTCCGCCAGAGTACA  2442

Query 2272  --------------------------------------------------------------------------  2271
                                                                                      
Sbjct 2443  GTTGACCAAAAGCGTGCCAGCCATCATGAGAGCAATGGCTTTGCCGGTCGCATTCACCTCTTGCCAGATCTCTT  2516

Query 2272  --------------------------------------------------------------------------  2271
                                                                                      
Sbjct 2517  ACAGCAAAGCCATTCCTCCTCCACTTCCTCCACCTCCTCCTCCCCATCCTCCAGCCAGCCGACACCCACCATGT  2590

Query 2272  ------------------------------------AGACTCAGTCCGCTAGTAGCACACTCCAGAAACACAAA  2309
                                                ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2591  CCCCACAGACACCCCAGGACAAGCTCACTGCTAATGAGACTCAGTCCGCTAGTAGCACACTCCAGAAACACAAA  2664

Query 2310  TCTTCCTCCTCCTTTACACCTTTTATAGACCCCAGATTACTACAGATTTCTCCATCTAGCGGAACAACAGTGAC  2383
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2665  TCTTCCTCCTCCTTTACACCTTTTATAGACCCCAGATTACTACAGATTTCTCCATCTAGCGGAACAACAGTGAC  2738

Query 2384  ATCTGTGGTGGGATTTTCCTGTGATGGGATGAGACCAGAAGCCATAAGGCAAGATCCTACCCGGAAAGGCTCAG  2457
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2739  ATCTGTGGTGGGATTTTCCTGTGATGGGATGAGACCAGAAGCCATAAGGCAAGATCCTACCCGGAAAGGCTCAG  2812

Query 2458  TGGTCAATGTGAATCCTACCAACACTAGGCCACAGAGTGACACCCCGGAGATTCGTAAATACAAGAAGAGGTTT  2531
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2813  TGGTCAATGTGAATCCTACCAACACTAGGCCACAGAGTGACACCCCGGAGATTCGTAAATACAAGAAGAGGTTT  2886

Query 2532  AACTCTGAGATTCTGTGTGCTGCCTTATGGGGAGTGAATTTGCTAGTGGGTACAGAGAGTGGCCTGATGCTGCT  2605
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2887  AACTCTGAGATTCTGTGTGCTGCCTTATGGGGAGTGAATTTGCTAGTGGGTACAGAGAGTGGCCTGATGCTGCT  2960

Query 2606  GGACAGAAGTGGCCAAGGGAAGGTCTATCCTCTTATCAACCGAAGACGATTTCAACAAATGGACGTACTTGAGG  2679
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2961  GGACAGAAGTGGCCAAGGGAAGGTCTATCCTCTTATCAACCGAAGACGATTTCAACAAATGGACGTACTTGAGG  3034

Query 2680  GCTTGAATGTCTTGGTGACAATATCTGGCAAAAAGGATAAGTTACGTGTCTACTATTTGTCCTGGTTAAGAAAT  2753
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3035  GCTTGAATGTCTTGGTGACAATATCTGGCAAAAAGGATAAGTTACGTGTCTACTATTTGTCCTGGTTAAGAAAT  3108

Query 2754  AAAATACTTCACAATGATCCAGAAGTTGAGAAGAAGCAGGGATGGACAACCGTAGGGGATTTGGAAGGATGTGT  2827
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3109  AAAATACTTCACAATGATCCAGAAGTTGAGAAGAAGCAGGGATGGACAACCGTAGGGGATTTGGAAGGATGTGT  3182

Query 2828  ACATTATAAAGTTGTAAAATATGAAAGAATCAAATTTCTGGTGATTGCTTTGAAGAGTTCTGTGGAAGTCTATG  2901
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3183  ACATTATAAAGTTGTAAAATATGAAAGAATCAAATTTCTGGTGATTGCTTTGAAGAGTTCTGTGGAAGTCTATG  3256

Query 2902  CGTGGGCACCAAAGCCATATCACAAATTTATGGCCTTTAAGTCATTTGGAGAATTGGTACATAAGCCATTACTG  2975
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3257  CGTGGGCACCAAAGCCATATCACAAATTTATGGCCTTTAAGTCATTTGGAGAATTGGTACATAAGCCATTACTG  3330

Query 2976  GTGGATCTCACTGTTGAGGAAGGCCAGAGGTTGAAAGTGATCTATGGATCCTGTGCTGGATTCCATGCTGTTGA  3049
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3331  GTGGATCTCACTGTTGAGGAAGGCCAGAGGTTGAAAGTGATCTATGGATCCTGTGCTGGATTCCATGCTGTTGA  3404

Query 3050  TGTGGATTCAGGATCAGTCTATGACATTTATCTACCAACACATGTAAGAAAGAACCCACACTCTATGATCCAGT  3123
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||                        |||||||
Sbjct 3405  TGTGGATTCAGGATCAGTCTATGACATTTATCTACCAACACAT------------------------ATCCAGT  3454

Query 3124  GTAGCATCAAACCCCATGCAATCATCATCCTCCCCAATACAGATGGAATGGAGCTTCTGGTGTGCTATGAAGAT  3197
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3455  GTAGCATCAAACCCCATGCAATCATCATCCTCCCCAATACAGATGGAATGGAGCTTCTGGTGTGCTATGAAGAT  3528

Query 3198  GAGGGGGTTTATGTAAACACATATGGAAGGATCACCAAGGATGTAGTTCTACAGTGGGGAGAGATGCCTACATC  3271
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3529  GAGGGGGTTTATGTAAACACATATGGAAGGATCACCAAGGATGTAGTTCTACAGTGGGGAGAGATGCCTACATC  3602

Query 3272  AGTAGCATATATTCGATCCAATCAGACAATGGGCTGGGGAGAGAAGGCCATAGAGATCCGATCTGTGGAAACTG  3345
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3603  AGTAGCATATATTCGATCCAATCAGACAATGGGCTGGGGAGAGAAGGCCATAGAGATCCGATCTGTGGAAACTG  3676

Query 3346  GTCACTTGGATGGTGTGTTCATGCACAAAAGGGCTCAAAGACTAAAATTCTTGTGTGAACGCAATGACAAGGTG  3419
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3677  GTCACTTGGATGGTGTGTTCATGCACAAAAGGGCTCAAAGACTAAAATTCTTGTGTGAACGCAATGACAAGGTG  3750

Query 3420  TTCTTTGCCTCTGTTCGGTCTGGTGGCAGCAGTCAGGTTTATTTCATGACCTTAGGCAGGACTTCTCTTCTGAG  3493
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3751  TTCTTTGCCTCTGTTCGGTCTGGTGGCAGCAGTCAGGTTTATTTCATGACCTTAGGCAGGACTTCTCTTCTGAG  3824

Query 3494  CTGG  3497
            ||||
Sbjct 3825  CTGG  3828