Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroad304_14950
• Subject: XM_011238805.2
• Aligned Length: 1455
• Identities: 1216
• Gaps: 150

Alignment

Query    1  ATGAGAGATGTTACCATTGTGAAAGAAGGTTGGGTTCAGAAGAGGGGAGAATATATAAAAAACTGGAGGCCAAG  74
            |||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct    1  ATGAGCGATGTTACCATTGTGAAAGAAGGTTGGGTTCAGAAGAGGGGAGAATATATAAAAAACTGGAGGCCAAG  74

Query   75  ATACTTCCTTTTGAAGACAGATGGCTCATTCATAGGATATAAAGAGAAACCTCAAGATGTGGATTTACCTTATC  148
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||.||||||||||||||||||||.||||||||||
Sbjct   75  ATACTTCCTTTTGAAGACAGATGGCTCATTCATAGGCTATAAGGAGAAACCTCAAGATGTGGACTTACCTTATC  148

Query  149  CCCTCAACAACTTTTCAGTGGCAAAATGCCAGTTAATGAAAACAGAACGACCAAAGCCAAACACATTTATAATC  222
            |||||||||||||.||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||.|||
Sbjct  149  CCCTCAACAACTTCTCAGTGGCAAAATGTCAGTTAATGAAAACAGAACGACCAAAGCCAAATACATTTATTATC  222

Query  223  AGATGTCTCCAGTGGACTACTGTTATAGAGAGAACATTTCATGTAGATACTCCAGAGGAAAGGGAAGAATGGAC  296
            ||||||||.||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||.|||||.|||||
Sbjct  223  AGATGTCTTCAGTGGACCACTGTTATAGAGAGAACATTTCATGTAGATACACCAGAGGAAAGAGAAGAGTGGAC  296

Query  297  AGAAGCTATCCAGGCTGTAGCAGACAGACTGCAGAGGCAAGAAGAGGAGAGAATGAATTGTAGTCCAACTTCAC  370
            .|||||||||||.||.|||||.|||.||.|||||||||||||.||||||||.|||||||||||.|||||.||||
Sbjct  297  GGAAGCTATCCAAGCCGTAGCCGACCGATTGCAGAGGCAAGAGGAGGAGAGGATGAATTGTAGCCCAACCTCAC  370

Query  371  AAATTGATAATATAGGAGAGGAAGAGATGGATGCCTCTACAACCCATCATAAAAGAAAGACAATGAATGATTTT  444
            |.|||||||||||||||||.||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||
Sbjct  371  AGATTGATAATATAGGAGAAGAAGAGATGGATGCGTCTACAACCCATCATAAAAGAAAGACGATGAATGATTTT  444

Query  445  GACTATTTGAAACTACTAGGTAAAGGCACTTTTGGGAAAGTTATTTTGGTTCGAGAGAAGGCAAGTGGAAAATA  518
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  445  GACTATTTGAAACTACTAGGTAAAGGCACTTTTGGGAAAGTTATTTTGGTTCGAGAGAAGGCAAGTGGAAAATA  518

Query  519  CTATGCTATGAAGATTCTGAAGAAAGAAGTCATTATTGCAAAGGATGAAGTGGCACACACTCTAACTGAAAGCA  592
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||
Sbjct  519  CTATGCTATGAAGATTCTGAAGAAAGAAGTCATTATTGCAAAGGATGAAGTGGCACACACTCTTACTGAAAGCA  592

Query  593  GAGTATTAAAGAACACTAGACATCCCTTTTTAACATCCTTGAANTATNCNTNCCAGANAAAAGACNGTTTGTGT  666
            |||||.||||||||||.||||||||.|||||||||||||||||.|||.|.|.|||||.|||||||.||||||||
Sbjct  593  GAGTACTAAAGAACACCAGACATCCATTTTTAACATCCTTGAAATATTCCTTCCAGACAAAAGACCGTTTGTGT  666

Query  667  TTTGTGATGGAATATGTTANNGGGGGCGAGCTGTTTTTCCATTTGTCGAGAGAGCGGGTGTTCTCTGAGGACCG  740
            |||||||||||||||||||..||.||.|||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||
Sbjct  667  TTTGTGATGGAATATGTTAATGGCGGAGAGCTGTTTTTCCATTTGTCGAGAGAGCGAGTGTTCTCTGAGGACCG  740

Query  741  CACACGTTTCTATGGTGCAGAAATTGTCTCTGCCTTGGACTATCTACATTCCCGGNAAGATTTGTGGTACCGTG  814
            |||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||| |.||.|||| |||| ||||||||
Sbjct  741  CACACGTTTCTATGGTGCAGAAATTGTCTCTGCTTTGGACTATCTACATT-CTGGAAAGA-TTGT-GTACCGTG  811

Query  815  ATCTCAAGTTGGAGAATCTAATGCTGGACAAAGATGGCCACATAAAAATTACAGATTTTGGACTTTGCAAAGAA  888
            |||||||||||||||||.|.|||||.||.||.||||||||.|||||||||||.||||||||.||||||||||||
Sbjct  812  ATCTCAAGTTGGAGAATTTGATGCTAGATAAGGATGGCCATATAAAAATTACGGATTTTGGGCTTTGCAAAGAA  885

Query  889  GGGATCACAGATGCAGCCACCATGAAGACATTCTGTGGCACTCCAGAATATCTGGCACCAGAGGTGTTAGAAGA  962
            |||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||.|||||.||.||||||||||||||.||||||||
Sbjct  886  GGGATCACAGATGCAGCTACCATGAAGACATTCTGTGGCACACCAGAGTACCTGGCACCAGAGGTATTAGAAGA  959

Query  963  TAATGACTATGGCCGAGCAGTAGACTGGTGGGGCCTAGGGGTTGTCATGTATGAAATGATGTGTGGGAGGTTAC  1036
            ||||||||||||||||||.||.||||||||||||.||||.||||||||||||||||||||||||||.|||||.|
Sbjct  960  TAATGACTATGGCCGAGCCGTGGACTGGTGGGGCTTAGGTGTTGTCATGTATGAAATGATGTGTGGAAGGTTGC  1033

Query 1037  CTTTCTACAACCAGGACCATGAGAAACTTTTTGAATTAATATTAATGGAAGACATTAAATTTCCTCGAACACTC  1110
            ||||||||||||||||.|||||||||||.||||||||||||.|||||||||||||||||||.||.|||||||||
Sbjct 1034  CTTTCTACAACCAGGATCATGAGAAACTCTTTGAATTAATACTAATGGAAGACATTAAATTCCCCCGAACACTC  1107

Query 1111  TCTTCAGATGCAAAATCATTGCTTTCAGGGCTCTTGATAAAGGATCCAAATAAACGCCTTGGTGGAGGACCAGA  1184
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||
Sbjct 1108  TCTTCAGATGCAAAATCATTGCTTTCAGGGCTCTTGATAAAGGATCCAAATAAACGCCTTGGTGGAGGGCCAGA  1181

Query 1185  TGATGCAAAAGAAATTATGAGACACAGTTTCTTCTCTGGAGTAAACTGGCAAGATGTATATGATAAAAAG----  1254
            |||||||||||||||.|||||.||.|||||.||.|||||||||||||||||||||||||||||.||||||    
Sbjct 1182  TGATGCAAAAGAAATCATGAGGCATAGTTTTTTTTCTGGAGTAAACTGGCAAGATGTATATGACAAAAAGACAG  1255

Query 1255  ---CT-----TGTACCTCCTTTTAAACCTCAAGTAACATCTGAGACAGATACTAGATATTTTGATGAAGAATTT  1320
               ||     ||||.| |||....|||||  || |||     .|||.|                ||||.|    
Sbjct 1256  GGTCTCACTGTGTATC-CCTGGGTAACCT--AG-AAC-----GGACTG----------------TGAAAA----  1300

Query 1321  ACAGCTCAGACT---ATTACAATAACACCACCTGAAAAATATGATGAGGATGGTATGGACTGCATGGACAATGA  1391
                 |||||||   .||..|.|.|                                                 
Sbjct 1301  -----TCAGACTGGCCTTGAACTCA-------------------------------------------------  1320

Query 1392  GAGGCGGCCGCATTTCCCTCAATTTTCCTACTCTGCAAGTGGACGAGAA  1440
                                                             
Sbjct 1321  -------------------------------------------------  1320