Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroad304_14984
• Subject: NM_001330418.2
• Aligned Length: 2313
• Identities: 1803
• Gaps: 510

Alignment

Query    1  ATGGAAGAATTGCATAGCCTGGACCCACGACGGCAGGAATTATTGGAGGCCAGGTTTACTGGAGTAGGTGTTAG  74
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query   75  TAAGGGACCACTTAATAGTGAGTCTTCCAACCAGAGCTTGTGCAGCGTCGGATCCTTGAGTGATAAAGAAGTAG  148
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query  149  AGACTCCCGAGAAAAAGCAGAATGACCAGCGAAATCGGAAAAGAAAAGCTGAACCATATGAAACTAGCCAAGGG  222
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query  223  AAAGGCACTCCTAGGGGACATAAAATTAGTGATTACTTTGAGTTTGCTGGGGGAAGCGCGCCAGGAACCAGCCC  296
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query  297  TGGCAGAAGTGTTCCACCAGTTGCACGATCCTCACCGCAACATTCCTTATCCAATCCCTTACCGCGACGAGTAG  370
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query  371  AACAGCCCCTCTATGGTTTAGATGGCAGTGCTGCAAAGGAGGCAACGGAGGAGCAGTCTGCTCTGCCAACCCTC  444
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query  445  ATGTCAGTGATGCTAGCAAAACCTCGGCTTGACACAGAGCAGCTGGCGCAAAGGGGAGCTGGCCTCTGCTTCAC  518
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct    1  ATGTCAGTGATGCTAGCAAAACCTCGGCTTGACACAGAGCAGCTGGCGCAAAGGGGAGCTGGCCTCTGCTTCAC  74

Query  519  TTTTGTTTCAGCTCAGCAAAACAGTCCCTCATCTACGGGATCTGGCAACACAGAGCATTCCTGCAGCTCCCAAA  592
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct   75  TTTTGTTTCAGCTCAGCAAAACAGTCCCTCATCTACGGGATCTGGCAACACAGAGCATTCCTGCAGCTCCCAAA  148

Query  593  AACAGATCTCCATCCAGCACAGACAGACCCAGTCCGACCTCACAATAGAAAAAATATCTGCACTAGAAAACAGT  666
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  149  AACAGATCTCCATCCAGCACAGACAGACCCAGTCCGACCTCACAATAGAAAAAATATCTGCACTAGAAAACAGT  222

Query  667  AAGAATTCTGACTTAGAGAAGAAGGAGGGAAGAATAGATGATTTATTAAGAGCCAACTGTGATTTGAGACGGCA  740
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  223  AAGAATTCTGACTTAGAGAAGAAGGAGGGAAGAATAGATGATTTATTAAGAGCCAACTGTGATTTGAGACGGCA  296

Query  741  GATTGATGAACAGCAAAAGATGCTAGAGAAATACAAGGAACGATTAAATAGATGTGTGACAATGAGCAAGAAAC  814
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  297  GATTGATGAACAGCAAAAGATGCTAGAGAAATACAAGGAACGATTAAATAGATGTGTGACAATGAGCAAGAAAC  370

Query  815  TCCTTATAGAAAAGTCAAAACAAGAGAAGATGGCGTGTAGAGATAAGAGCATGCAAGACCGCTTGAGACTGGGC  888
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  371  TCCTTATAGAAAAGTCAAAACAAGAGAAGATGGCGTGTAGAGATAAGAGCATGCAAGACCGCTTGAGACTGGGC  444

Query  889  CACTTTACTACTGTCCGACACGGAGCCTCATTTACTGAACAGTGGACAGATGGTTATGCTTTTCAGAATCTTAT  962
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  445  CACTTTACTACTGTCCGACACGGAGCCTCATTTACTGAACAGTGGACAGATGGTTATGCTTTTCAGAATCTTAT  518

Query  963  CAAGCAACAGGAAAGGATAAATTCACAGAGGGAAGAGATAGAAAGACAACGGAAAATGTTAGCAAAGCGGAAAC  1036
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  519  CAAGCAACAGGAAAGGATAAATTCACAGAGGGAAGAGATAGAAAGACAACGGAAAATGTTAGCAAAGCGGAAAC  592

Query 1037  CTCCTGCCATGGGTCAGGCCCCTCCTGCAACCAATGAGCAGAAACAGCGGAAAAGCAAGACCAATGGAGCTGAA  1110
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  593  CTCCTGCCATGGGTCAGGCCCCTCCTGCAACCAATGAGCAGAAACAGCGGAAAAGCAAGACCAATGGAGCTGAA  666

Query 1111  AATGAAACGCCCTCTTCTGGGAATACAGAGCTAAAGGATACAGCCCCAGCCTTAGGAGCCCACAGTTTACTTAG  1184
            ||||||||                                                                  
Sbjct  667  AATGAAAC------------------------------------------------------------------  674

Query 1185  GTTAACGTTAGCAGAATACCATGAACAAGAAGAAATCTTCAAACTCAGATTAGGTCATCTTAAAAAGGAGGAAG  1258
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  675  GTTAACGTTAGCAGAATACCATGAACAAGAAGAAATCTTCAAACTCAGATTAGGTCATCTTAAAAAGGAGGAAG  748

Query 1259  CAGAGATCCAGGCAGAGCTGGAGAGACTAGAAAGGGTTAGAAATCTACATATCAGGGAACTAAAAAGGATACAT  1332
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  749  CAGAGATCCAGGCAGAGCTGGAGAGACTAGAAAGGGTTAGAAATCTACATATCAGGGAACTAAAAAGGATACAT  822

Query 1333  AATGAAGATAATTCACAATTTAAAGATCATCCAACGCTAAATGACAGATATTTGTTGTTACATCTTTTGGGTAG  1406
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  823  AATGAAGATAATTCACAATTTAAAGATCATCCAACGCTAAATGACAGATATTTGTTGTTACATCTTTTGGGTAG  896

Query 1407  AGGAGGTTTCAGTGAAGTTTACAAGGCATTTGATCTAACAGAGCAAAGATACGTAGCTGTGAAAATTCACCAGT  1480
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  897  AGGAGGTTTCAGTGAAGTTTACAAGGCATTTGATCTAACAGAGCAAAGATACGTAGCTGTGAAAATTCACCAGT  970

Query 1481  TAAATAAAAACTGGAGAGATGAGAAAAAGGAGAATTACCACAAGCATGCATGTAGGGAATACCGGATTCATAAA  1554
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  971  TAAATAAAAACTGGAGAGATGAGAAAAAGGAGAATTACCACAAGCATGCATGTAGGGAATACCGGATTCATAAA  1044

Query 1555  GAGCTGGATCATCCCAGAATAGTTAAGCTGTATGATTACTTTTCACTGGATACTGACTCGTTTTGTACAGTATT  1628
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1045  GAGCTGGATCATCCCAGAATAGTTAAGCTGTATGATTACTTTTCACTGGATACTGACTCGTTTTGTACAGTATT  1118

Query 1629  AGAATACTGTGAGGGAAATGATCTGGACTTCTACCTGAAACAGCACAAATTAATGTCGGAGAAAGAGGCCCGGT  1702
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1119  AGAATACTGTGAGGGAAATGATCTGGACTTCTACCTGAAACAGCACAAATTAATGTCGGAGAAAGAGGCCCGGT  1192

Query 1703  CCATTATCATGCAGATTGTGAATGCTTTAAAGTACTTAAATGAAATAAAACCTCCCATCATACACTATGACCTC  1776
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1193  CCATTATCATGCAGATTGTGAATGCTTTAAAGTACTTAAATGAAATAAAACCTCCCATCATACACTATGACCTC  1266

Query 1777  AAACCAGGTAATATTCTTTTAGTAAATGGTACAGCGTGTGGAGAGATAAAAATTACAGATTTTGGTCTTTCGAA  1850
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1267  AAACCAGGTAATATTCTTTTAGTAAATGGTACAGCGTGTGGAGAGATAAAAATTACAGATTTTGGTCTTTCGAA  1340

Query 1851  GATCATGGATGATGATAGCTACAATTCAGTGGATGGCATGGAGCTAACATCACAAGGTGCTGGTACTTATTGGT  1924
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1341  GATCATGGATGATGATAGCTACAATTCAGTGGATGGCATGGAGCTAACATCACAAGGTGCTGGTACTTATTGGT  1414

Query 1925  ATTTACCACCAGAGTGTTTTGTGGTTGGGAAAGAACCACCAAAGATCTCAAATAAAGTTGATGTGTGGTCGGTG  1998
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1415  ATTTACCACCAGAGTGTTTTGTGGTTGGGAAAGAACCACCAAAGATCTCAAATAAAGTTGATGTGTGGTCGGTG  1488

Query 1999  GGTGTGATCTTCTATCAGTGTCTTTATGGAAGGAAGCCTTTTGGCCATAACCAGTCTCAGCAAGACATCCTACA  2072
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1489  GGTGTGATCTTCTATCAGTGTCTTTATGGAAGGAAGCCTTTTGGCCATAACCAGTCTCAGCAAGACATCCTACA  1562

Query 2073  AGAGAATACGATTCTTAAAGCTACTGAAGTGCAGTTCCCGCCAAAGCCAGTAGTAACACCTGAAGCAAAGGCGT  2146
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1563  AGAGAATACGATTCTTAAAGCTACTGAAGTGCAGTTCCCGCCAAAGCCAGTAGTAACACCTGAAGCAAAGGCGT  1636

Query 2147  TTATTCGACGATGCTTGGCCTACCGAAAGGAGGACCGCATTGATGTCCAGCAGCTGGCCTGTGATCCCTACTTG  2220
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1637  TTATTCGACGATGCTTGGCCTACCGAAAGGAGGACCGCATTGATGTCCAGCAGCTGGCCTGTGATCCCTACTTG  1710

Query 2221  TTGCCTCACATCCGAAAGTCAGTCTCTACAAGTAGCCCTGCTGGAGCTGCTATTGCATCAACCTCTGGGGCGTC  2294
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1711  TTGCCTCACATCCGAAAGTCAGTCTCTACAAGTAGCCCTGCTGGAGCTGCTATTGCATCAACCTCTGGGGCGTC  1784

Query 2295  CAATAACAGTTCTTCTAAT  2313
            |||||||||||||||||||
Sbjct 1785  CAATAACAGTTCTTCTAAT  1803