Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroad304_15038
• Subject: NM_001349654.1
• Aligned Length: 3203
• Identities: 2538
• Gaps: 658

Alignment

Query    1  ATGACCTCTTACCGGGAGCGGAGTGCCGACCTGGCCCGTTTCTACACTGTCACCGAGCCCCAGCGACACCCGAG  74
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query   75  GGGCTACACAGTATATAAGGTCACCGCCCGGGTTGTTTCACGAAGAAATCCAGAGGATGTCCAGGAGATAATTG  148
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query  149  TATGGAAGAGATACAGTGATTTTAAGAAACTACACAAAGAACTATGGCAAATTCACAAAAACTTATTCCGACAT  222
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query  223  TCAGAGTTGTTTCCTCCATTTGCTAAAGGAATAGTGTTTGGGCGATTTGATGAAACTGTTATCGAAGAGAGAAG  296
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query  297  ACAATGTGCTGAAGACCTGCTACAGTTCTCTGCCAATATTCCTGCTCTTTACAATAGTAAACAGCTTGAAGACT  370
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query  371  TTTTCAAGGGTGGAATAATTAATGATAGTTCTGAATTAATTGGTCCTGCTGAAGCTCACTCAGATTCCCTCATT  444
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query  445  GATACCTTTCCTGAGTGTAGTACGGAAGGCTTCTCCAGTGACAGTGATCTGGTATCTCTTACTGTTGATGTGGA  518
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query  519  TTCTCTTGCTGAGTTAGATGATGGAATGGCTTCCAATCAAAATTCTCCCATTAGAACTTTTGGTCTCAATCTTT  592
                                     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct    1  -------------------------ATGGCTTCCAATCAAAATTCTCCCATTAGAACTTTTGGTCTCAATCTTT  49

Query  593  CTTCGGATTCTTCAGCACTAGGGGCTGTTGCTTCTGACAGTGAACAGAGCAAAACAGAAG-AGAACGGGAAAGT  665
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct   50  CTTCGGATTCTTCAGCACTAGGGGCTGTTGCTTCTGACAGTGAACAGAGCAAAACAGAAGAAGAACGGGAAAGT  123

Query  666  CGTAGCCTCTTTCCTGGCAGTTTAAAGCCGAAGCTTG--CAGAGAGATTATTTGGAGAAAGCA-GAGAATTAAT  736
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||  .||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct  124  CGTAGCCTCTTTCCTGGCAGTTTAAAGCCGAAGCTTGGCAAGAGAGATTATTTGGAGAAAGCAGGAGAATTAAT  197

Query  737  -AAGCTGGCTTTAAAAA------GAGAGAGACGACTATG-AGCTGCTTCTGATTTTTATAGGAA-GGAGTTGAT  801
             ||||||||||||||||      .||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct  198  AAAGCTGGCTTTAAAAAAGGAAGAAGA-AGACGACTATGAAGCTGCTTCTGATTTTTATAGGAAGGGAGTTGAT  270

Query  802  TTACTCCTAGAAGGTGTTCAAGGAGAGTCAAGCCCTACCCGTCGAGAAGCTGTGAAGAGAAGAACAGCCGAGTA  875
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  271  TTACTCCTAGAAGGTGTTCAAGGAGAGTCAAGCCCTACCCGTCGAGAAGCTGTGAAGAGAAGAACAGCCGAGTA  344

Query  876  CCTCATGCGGGCAGAAAGTATCTCTAGTCTTTATGGGAAACCTCAGCTTGATGATGTATCTCAGCCTCCAGGAT  949
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||            
Sbjct  345  CCTCATGCGGGCAGAAAGTATCTCTAGTCTTTATGGGAAACCTCAGCTTGATGATGTATCTC------------  406

Query  950  CACTAAGTTCAAGGCCCCTTTGGAACCTAAGGAGCCCTGCCGAGGAGCTGAAGGCCTTCAGAGTCCTTGGGGTG  1023
                                                                                      
Sbjct  407  --------------------------------------------------------------------------  406

Query 1024  ATTGACAAGGTTTTACTTGTAATGGACACAAGGACAGAACAGACTTTCATTTTAAAAGGTCTAAGGAAAAGCAG  1097
                   |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  407  -------AGGTTTTACTTGTAATGGACACAAGGACAGAACAGACTTTCATTTTAAAAGGTCTAAGGAAAAGCAG  473

Query 1098  TGAATACAGCAGGAACAGAAAGACCATCATCCCCCGCTGTGTGCCCAACATGGTGTGTCTGCATAAGTACATCA  1171
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  474  TGAATACAGCAGGAACAGAAAGACCATCATCCCCCGCTGTGTGCCCAACATGGTGTGTCTGCATAAGTACATCA  547

Query 1172  TCTCTGAGGAGTCAGTATTTCTTGTGCTGCAGCATGCGGAAGGTGGCAAACTGTGGTCATATATCAGTAAATTT  1245
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  548  TCTCTGAGGAGTCAGTATTTCTTGTGCTGCAGCATGCGGAAGGTGGCAAACTGTGGTCATATATCAGTAAATTT  621

Query 1246  CTAAACAGAAGTCCTGAAGAAAGCTTTGACATCAAGGAAGTGAAAAAACCTACACTTGCAAAAGTTCACCTGCA  1319
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  622  CTAAACAGAAGTCCTGAAGAAAGCTTTGACATCAAGGAAGTGAAAAAACCTACACTTGCAAAAGTTCACCTGCA  695

Query 1320  GCAGCCAACTTCTAGTCCTCAGGACAGCAGTAGCTTTGAATCCAGAGGAAGTGATGGTGGAAGCATGCTTAAAG  1393
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  696  GCAGCCAACTTCTAGTCCTCAGGACAGCAGTAGCTTTGAATCCAGAGGAAGTGATGGTGGAAGCATGCTTAAAG  769

Query 1394  CTCTGCCTTTGAAGAGTAGTCTTACTCCAAGTTCTCAAGATGACAGCAACCAGGAAGATGATGGCCAAGATAGC  1467
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  770  CTCTGCCTTTGAAGAGTAGTCTTACTCCAAGTTCTCAAGATGACAGCAACCAGGAAGATGATGGCCAAGATAGC  843

Query 1468  TCTCCAAAGTGGCCAGATTCTGGTTCAAGTTCAGAAGAAGAATGTACTACTAGTTATTTAACATTATGCAATGA  1541
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  844  TCTCCAAAGTGGCCAGATTCTGGTTCAAGTTCAGAAGAAGAATGTACTACTAGTTATTTAACATTATGCAATGA  917

Query 1542  ATATGGGCAAGAAAAGATTGAACCAGGGTCTTTGAATGAGGAGCCCTTCATGAAGACTGAAGGGAATGGTGTTG  1615
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  918  ATATGGGCAAGAAAAGATTGAACCAGGGTCTTTGAATGAGGAGCCCTTCATGAAGACTGAAGGGAATGGTGTTG  991

Query 1616  ATACAAAAGCTATTAAAAGCTTCCCAGCACACCTTGCTGCTGACAGTGACAGCCCCAGCACACAGCTGAGAGCT  1689
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  992  ATACAAAAGCTATTAAAAGCTTCCCAGCACACCTTGCTGCTGACAGTGACAGCCCCAGCACACAGCTGAGAGCT  1065

Query 1690  CACGAGCTGAAGTTCTTCCCCAACGATGACCCAGAAGCAGTTAGTTCTCCAAGAACATCAGATTCCCTCAGTAG  1763
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1066  CACGAGCTGAAGTTCTTCCCCAACGATGACCCAGAAGCAGTTAGTTCTCCAAGAACATCAGATTCCCTCAGTAG  1139

Query 1764  ATCAAAAAATAGCCCCATGGAATTCTTTAGGATAGACAGTAAGGATAGCGCAAGTGAACTCCTGGGACTTGACT  1837
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1140  ATCAAAAAATAGCCCCATGGAATTCTTTAGGATAGACAGTAAGGATAGCGCAAGTGAACTCCTGGGACTTGACT  1213

Query 1838  TTGGAGAAAAATTGTATAGTCTAAAATCAGAACCTTTGAAACCATTCTTTACTCTTCCAGATGGAGACAGTGCT  1911
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1214  TTGGAGAAAAATTGTATAGTCTAAAATCAGAACCTTTGAAACCATTCTTTACTCTTCCAGATGGAGACAGTGCT  1287

Query 1912  TCTAGGAGTTTTAATACTAGTGAAAGCAAGGTAGAGTTTAAAGCTCAGGACACCATTAGCAGGGGCTCAGATGA  1985
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1288  TCTAGGAGTTTTAATACTAGTGAAAGCAAGGTAGAGTTTAAAGCTCAGGACACCATTAGCAGGGGCTCAGATGA  1361

Query 1986  CTCAGTGCCAGTTATTTCATTTAAAGATGCTGCTTTTGATGATGTCAGTGGTACTGATGAAGGAAGACCTGATC  2059
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1362  CTCAGTGCCAGTTATTTCATTTAAAGATGCTGCTTTTGATGATGTCAGTGGTACTGATGAAGGAAGACCTGATC  1435

Query 2060  TTCTTGTAAATTTACCTGGTGAATTGGAGTCAACAAGAGAAGCTGCAGCAATGGGACCTACTAAGTTTACACAA  2133
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1436  TTCTTGTAAATTTACCTGGTGAATTGGAGTCAACAAGAGAAGCTGCAGCAATGGGACCTACTAAGTTTACACAA  1509

Query 2134  ACTAATATAGGGATAATAGAAAATAAACTCTTGGAAGCCCCTGATGTTTTATGCCTCAGGCTTAGTACTGAACA  2207
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1510  ACTAATATAGGGATAATAGAAAATAAACTCTTGGAAGCCCCTGATGTTTTATGCCTCAGGCTTAGTACTGAACA  1583

Query 2208  ATGCCAAGCACATGAGGAGAAAGGCATAGAGGAACTGAGTGATCCCTCTGGGCCCAAATCCTATAGTATAACAG  2281
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1584  ATGCCAAGCACATGAGGAGAAAGGCATAGAGGAACTGAGTGATCCCTCTGGGCCCAAATCCTATAGTATAACAG  1657

Query 2282  AGAAACACTATGCACAGGAGGATCCCAGGATGTTATTTGTAGCAGCTGTTGATCATAGTAGTTCAGGAGATATG  2355
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1658  AGAAACACTATGCACAGGAGGATCCCAGGATGTTATTTGTAGCAGCTGTTGATCATAGTAGTTCAGGAGATATG  1731

Query 2356  TCTTTGTTACCCAGCTCAAGATCTTAGTTTTCAAGGACTNGGAGTGGTTGAGTCAGCAGTAACTGCAAACAACA  2429
            ||||||||||||||||| |||||.||..|||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1732  TCTTTGTTACCCAGCTC-AGATCCTAAGTTTCAAGGACTTGGAGTGGTTGAGTCAGCAGTAACTGCAAACAACA  1804

Query 2430  CAGAAGAAAAGC-TATTCCGTA-TTGTAGTCCACTCTCAGGTGCTAATGAATATA-TGCAAAGCACAGACACTT  2500
            |||||| ||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||
Sbjct 1805  CAGAAG-AAAGCTTATTCCGTATTTGTAGTCCACTCTCAGGTGCTAATGAATATATTGC-AAGCACAGACACTT  1876

Query 2501  TAAAAACAGAAGAAGTA-TGCTGTTNNACAGATCAGACTGATGATTTGGCTAAAGAGGAACCAACTTCTTTATT  2573
            ||||||||||||||||| ||||||| .|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1877  TAAAAACAGAAGAAGTATTGCTGTT-TACAGATCAGACTGATGATTTGGCTAAAGAGGAACCAACTTCTTTATT  1949

Query 2574  CCAGAGAGACTCTGAGACTAAGGGTGAAAGTGGTTTAGTGCTAGAAGGAGACAAGGAAATACATCAGATTTTTG  2647
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1950  CCAGAGAGACTCTGAGACTAAGGGTGAAAGTGGTTTAGTGCTAGAAGGAGACAAGGAAATACATCAGATTTTTG  2023

Query 2648  AGGACCTTGATAAAAAATTAGCACTAGCCTCCAGGTTTTACATCCCAGAGGGCTGCATTCAAAGATGGGCAGCT  2721
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2024  AGGACCTTGATAAAAAATTAGCACTAGCCTCCAGGTTTTACATCCCAGAGGGCTGCATTCAAAGATGGGCAGCT  2097

Query 2722  GAAATGGTGGTAGCCCTTGATGCTTTACATAGAGAGGGAATTGTGTGCCGCGATTTGAACCCAAACAACATCTT  2795
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2098  GAAATGGTGGTAGCCCTTGATGCTTTACATAGAGAGGGAATTGTGTGCCGCGATTTGAACCCAAACAACATCTT  2171

Query 2796  ATTGAATGATAGAGGACACATTCAGCTAACGTATTTTAGCAGGTGGAGTGAGGTTGAAGATTCCTGTGACAGCG  2869
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2172  ATTGAATGATAGAGGACACATTCAGCTAACGTATTTTAGCAGGTGGAGTGAGGTTGAAGATTCCTGTGACAGCG  2245

Query 2870  ATGCCATAGAGAGAATGTACTGTGCCCCAGAGGTTGGAGCAATCACTGAAGAAACTGAAGCCTGTGATTGGTGG  2943
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2246  ATGCCATAGAGAGAATGTACTGTGCCCCAGAGGTTGGAGCAATCACTGAAGAAACTGAAGCCTGTGATTGGTGG  2319

Query 2944  AGTTTGGGTGCTGTCCTCTTTGAACTTCTCACTGGCAAGACTCTGGTTGAATGCCATCCAGCAGGAATAAATAC  3017
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2320  AGTTTGGGTGCTGTCCTCTTTGAACTTCTCACTGGCAAGACTCTGGTTGAATGCCATCCAGCAGGAATAAATAC  2393

Query 3018  TCACACTACTTTGAACATGCCAGAATGTGTCTCTGAAGAGGCTCGCTCACTCATTCAACAGCTCTTGCAGTTCA  3091
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2394  TCACACTACTTTGAACATGCCAGAATGTGTCTCTGAAGAGGCTCGCTCACTCATTCAACAGCTCTTGCAGTTCA  2467

Query 3092  ATCCTCTGGAACGACTTGGTGCTGGAGTTGCTGGTGTTGAAGATATCAAATCTCATCCATTTTTTACCCCTGTG  3165
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2468  ATCCTCTGGAACGACTTGGTGCTGGAGTTGCTGGTGTTGAAGATATCAAATCTCATCCATTTTTTACCCCTGTG  2541

Query 3166  GATTGGGCAGAACTGATGAGA  3186
            |||||||||||||||||||||
Sbjct 2542  GATTGGGCAGAACTGATGAGA  2562