Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroad304_15038
• Subject: NM_001349657.1
• Aligned Length: 3190
• Identities: 2298
• Gaps: 887

Alignment

Query    1  ATGACCTCTTACCGGGAGCGGAGTGCCGACCTGGCCCGTTTCTACACTGTCACCGAGCCCCAGCGACACCCGAG  74
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query   75  GGGCTACACAGTATATAAGGTCACCGCCCGGGTTGTTTCACGAAGAAATCCAGAGGATGTCCAGGAGATAATTG  148
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query  149  TATGGAAGAGATACAGTGATTTTAAGAAACTACACAAAGAACTATGGCAAATTCACAAAAACTTATTCCGACAT  222
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query  223  TCAGAGTTGTTTCCTCCATTTGCTAAAGGAATAGTGTTTGGGCGATTTGATGAAACTGTTATCGAAGAGAGAAG  296
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query  297  ACAATGTGCTGAAGACCTGCTACAGTTCTCTGCCAATATTCCTGCTCTTTACAATAGTAAACAGCTTGAAGACT  370
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query  371  TTTTCAAGGGTGGAATAATTAATGATAGTTCTGAATTAATTGGTCCTGCTGAAGCTCACTCAGATTCCCTCATT  444
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query  445  GATACCTTTCCTGAGTGTAGTACGGAAGGCTTCTCCAGTGACAGTGATCTGGTATCTCTTACTGTTGATGTGGA  518
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query  519  TTCTCTTGCTGAGTTAGATGATGGAATGGCTTCCAATCAAAATTCTCCCATTAGAACTTTTGGTCTCAATCTTT  592
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query  593  CTTCGGATTCTTCAGCACTAGGGGCTGTTGCTTCTGACAGTGAACAGAGCAAAACAGAAGAGAACGGGAAAGTC  666
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query  667  GTAGCCTCTTTCCTGGCAGTTTAAAGCCGAAGCTTGCAGAGAGATTATTTGGAGAAAGCAGAGAATTAATAAGC  740
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query  741  TGGCTTTAAAAAGAGAGAGACGACTATGAGCTGCTTCTGATTTTTATAGGAAGGAGTTGATTTACTCCTAGAAG  814
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query  815  GTGTTCAAGGAGAGTCAAGCCCTACCCGTCGAGAAGCTGTGAAGAGAAGAACAGCCGAGTACCTCATGCGGGCA  888
                                                                             |||||||||
Sbjct    1  -----------------------------------------------------------------ATGCGGGCA  9

Query  889  GAAAGTATCTCTAGTCTTTATGGGAAACCTCAGCTTGATGATGTATCTCAGCCTCCAGGATCACTAAGTTCAAG  962
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct   10  GAAAGTATCTCTAGTCTTTATGGGAAACCTCAGCTTGATGATGTATCTCAGCCTCCAGGATCACTAAGTTCAAG  83

Query  963  GCCCCTTTGGAACCTAAGGAGCCCTGCCGAGGAGCTGAAGGCCTTCAGAGTCCTTGGGGTGATTGACAAGGTTT  1036
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct   84  GCCCCTTTGGAACCTAAGGAGCCCTGCCGAGGAGCTGAAGGCCTTCAGAGTCCTTGGGGTGATTGACAAGGTTT  157

Query 1037  TACTTGTAATGGACACAAGGACAGAACAGACTTTCATTTTAAAAGGTCTAAGGAAAAGCAGTGAATACAGCAGG  1110
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  158  TACTTGTAATGGACACAAGGACAGAACAGACTTTCATTTTAAAAGGTCTAAGGAAAAGCAGTGAATACAGCAGG  231

Query 1111  AACAGAAAGACCATCATCCCCCGCTGTGTGCCCAACATGGTGTGTCTGCATAAGTACATCATCTCTGAGGAGTC  1184
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  232  AACAGAAAGACCATCATCCCCCGCTGTGTGCCCAACATGGTGTGTCTGCATAAGTACATCATCTCTGAGGAGTC  305

Query 1185  AGTATTTCTTGTGCTGCAGCATGCGGAAGGTGGCAAACTGTGGTCATATATCAGTAAATTTCTAAACAGAAGTC  1258
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  306  AGTATTTCTTGTGCTGCAGCATGCGGAAGGTGGCAAACTGTGGTCATATATCAGTAAATTTCTAAACAGAAGTC  379

Query 1259  CTGAAGAAAGCTTTGACATCAAGGAAGTGAAAAAACCTACACTTGCAAAAGTTCACCTGCAGCAGCCAACTTCT  1332
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  380  CTGAAGAAAGCTTTGACATCAAGGAAGTGAAAAAACCTACACTTGCAAAAGTTCACCTGCAGCAGCCAACTTCT  453

Query 1333  AGTCCTCAGGACAGCAGTAGCTTTGAATCCAGAGGAAGTGATGGTGGAAGCATGCTTAAAGCTCTGCCTTTGAA  1406
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  454  AGTCCTCAGGACAGCAGTAGCTTTGAATCCAGAGGAAGTGATGGTGGAAGCATGCTTAAAGCTCTGCCTTTGAA  527

Query 1407  GAGTAGTCTTACTCCAAGTTCTCAAGATGACAGCAACCAGGAAGATGATGGCCAAGATAGCTCTCCAAAGTGGC  1480
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  528  GAGTAGTCTTACTCCAAGTTCTCAAGATGACAGCAACCAGGAAGATGATGGCCAAGATAGCTCTCCAAAGTGGC  601

Query 1481  CAGATTCTGGTTCAAGTTCAGAAGAAGAATGTACTACTAGTTATTTAACATTATGCAATGAATATGGGCAAGAA  1554
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  602  CAGATTCTGGTTCAAGTTCAGAAGAAGAATGTACTACTAGTTATTTAACATTATGCAATGAATATGGGCAAGAA  675

Query 1555  AAGATTGAACCAGGGTCTTTGAATGAGGAGCCCTTCATGAAGACTGAAGGGAATGGTGTTGATACAAAAGCTAT  1628
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  676  AAGATTGAACCAGGGTCTTTGAATGAGGAGCCCTTCATGAAGACTGAAGGGAATGGTGTTGATACAAAAGCTAT  749

Query 1629  TAAAAGCTTCCCAGCACACCTTGCTGCTGACAGTGACAGCCCCAGCACACAGCTGAGAGCTCACGAGCTGAAGT  1702
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  750  TAAAAGCTTCCCAGCACACCTTGCTGCTGACAGTGACAGCCCCAGCACACAGCTGAGAGCTCACGAGCTGAAGT  823

Query 1703  TCTTCCCCAACGATGACCCAGAAGCAGTTAGTTCTCCAAGAACATCAGATTCCCTCAGTAGATCAAAAAATAGC  1776
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  824  TCTTCCCCAACGATGACCCAGAAGCAGTTAGTTCTCCAAGAACATCAGATTCCCTCAGTAGATCAAAAAATAGC  897

Query 1777  CCCATGGAATTCTTTAGGATAGACAGTAAGGATAGCGCAAGTGAACTCCTGGGACTTGACTTTGGAGAAAAATT  1850
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  898  CCCATGGAATTCTTTAGGATAGACAGTAAGGATAGCGCAAGTGAACTCCTGGGACTTGACTTTGGAGAAAAATT  971

Query 1851  GTATAGTCTAAAATCAGAACCTTTGAAACCATTCTTTACTCTTCCAGATGGAGACAGTGCTTCTAGGAGTTTTA  1924
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  972  GTATAGTCTAAAATCAGAACCTTTGAAACCATTCTTTACTCTTCCAGATGGAGACAGTGCTTCTAGGAGTTTTA  1045

Query 1925  ATACTAGTGAAAGCAAGGTAGAGTTTAAAGCTCAGGACACCATTAGCAGGGGCTCAGATGACTCAGTGCCAGTT  1998
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1046  ATACTAGTGAAAGCAAGGTAGAGTTTAAAGCTCAGGACACCATTAGCAGGGGCTCAGATGACTCAGTGCCAGTT  1119

Query 1999  ATTTCATTTAAAGATGCTGCTTTTGATGATGTCAGTGGTACTGATGAAGGAAGACCTGATCTTCTTGTAAATTT  2072
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1120  ATTTCATTTAAAGATGCTGCTTTTGATGATGTCAGTGGTACTGATGAAGGAAGACCTGATCTTCTTGTAAATTT  1193

Query 2073  ACCTGGTGAATTGGAGTCAACAAGAGAAGCTGCAGCAATGGGACCTACTAAGTTTACACAAACTAATATAGGGA  2146
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1194  ACCTGGTGAATTGGAGTCAACAAGAGAAGCTGCAGCAATGGGACCTACTAAGTTTACACAAACTAATATAGGGA  1267

Query 2147  TAATAGAAAATAAACTCTTGGAAGCCCCTGATGTTTTATGCCTCAGGCTTAGTACTGAACAATGCCAAGCACAT  2220
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1268  TAATAGAAAATAAACTCTTGGAAGCCCCTGATGTTTTATGCCTCAGGCTTAGTACTGAACAATGCCAAGCACAT  1341

Query 2221  GAGGAGAAAGGCATAGAGGAACTGAGTGATCCCTCTGGGCCCAAATCCTATAGTATAACAGAGAAACACTATGC  2294
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1342  GAGGAGAAAGGCATAGAGGAACTGAGTGATCCCTCTGGGCCCAAATCCTATAGTATAACAGAGAAACACTATGC  1415

Query 2295  ACAGGAGGATCCCAGGATGTTATTTGTAGCAGCTGTTGATCATAGTAGTTCAGGAGATATGTCTTTGTTACCCA  2368
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1416  ACAGGAGGATCCCAGGATGTTATTTGTAGCAGCTGTTGATCATAGTAGTTCAGGAGATATGTCTTTGTTACCCA  1489

Query 2369  GCTCAAGATCTTAGTTTTCAAGGACTNGGAGTGGTTGAGTCAGCAGTAACTGCAAACAACACAGAAGAAAAGC-  2441
            |||| |||||.||..|||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| 
Sbjct 1490  GCTC-AGATCCTAAGTTTCAAGGACTTGGAGTGGTTGAGTCAGCAGTAACTGCAAACAACACAGAAG-AAAGCT  1561

Query 2442  TATTCCGTA-TTGTAGTCCACTCTCAGGTGCTAATGAATATA-TGCAAAGCACAGACACTTTAAAAACAGAAGA  2513
            ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1562  TATTCCGTATTTGTAGTCCACTCTCAGGTGCTAATGAATATATTGC-AAGCACAGACACTTTAAAAACAGAAGA  1634

Query 2514  AGTA-TGCTGTTNNACAGATCAGACTGATGATTTGGCTAAAGAGGAACCAACTTCTTTATTCCAGAGAGACTCT  2586
            |||| ||||||| .||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1635  AGTATTGCTGTT-TACAGATCAGACTGATGATTTGGCTAAAGAGGAACCAACTTCTTTATTCCAGAGAGACTCT  1707

Query 2587  GAGACTAAGGGTGAAAGTGGTTTAGTGCTAGAAGGAGACAAGGAAATACATCAGATTTTTGAGGACCTTGATAA  2660
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1708  GAGACTAAGGGTGAAAGTGGTTTAGTGCTAGAAGGAGACAAGGAAATACATCAGATTTTTGAGGACCTTGATAA  1781

Query 2661  AAAATTAGCACTAGCCTCCAGGTTTTACATCCCAGAGGGCTGCATTCAAAGATGGGCAGCTGAAATGGTGGTAG  2734
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1782  AAAATTAGCACTAGCCTCCAGGTTTTACATCCCAGAGGGCTGCATTCAAAGATGGGCAGCTGAAATGGTGGTAG  1855

Query 2735  CCCTTGATGCTTTACATAGAGAGGGAATTGTGTGCCGCGATTTGAACCCAAACAACATCTTATTGAATGATAGA  2808
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1856  CCCTTGATGCTTTACATAGAGAGGGAATTGTGTGCCGCGATTTGAACCCAAACAACATCTTATTGAATGATAGA  1929

Query 2809  GGACACATTCAGCTAACGTATTTTAGCAGGTGGAGTGAGGTTGAAGATTCCTGTGACAGCGATGCCATAGAGAG  2882
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1930  GGACACATTCAGCTAACGTATTTTAGCAGGTGGAGTGAGGTTGAAGATTCCTGTGACAGCGATGCCATAGAGAG  2003

Query 2883  AATGTACTGTGCCCCAGAGGTTGGAGCAATCACTGAAGAAACTGAAGCCTGTGATTGGTGGAGTTTGGGTGCTG  2956
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2004  AATGTACTGTGCCCCAGAGGTTGGAGCAATCACTGAAGAAACTGAAGCCTGTGATTGGTGGAGTTTGGGTGCTG  2077

Query 2957  TCCTCTTTGAACTTCTCACTGGCAAGACTCTGGTTGAATGCCATCCAGCAGGAATAAATACTCACACTACTTTG  3030
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2078  TCCTCTTTGAACTTCTCACTGGCAAGACTCTGGTTGAATGCCATCCAGCAGGAATAAATACTCACACTACTTTG  2151

Query 3031  AACATGCCAGAATGTGTCTCTGAAGAGGCTCGCTCACTCATTCAACAGCTCTTGCAGTTCAATCCTCTGGAACG  3104
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2152  AACATGCCAGAATGTGTCTCTGAAGAGGCTCGCTCACTCATTCAACAGCTCTTGCAGTTCAATCCTCTGGAACG  2225

Query 3105  ACTTGGTGCTGGAGTTGCTGGTGTTGAAGATATCAAATCTCATCCATTTTTTACCCCTGTGGATTGGGCAGAAC  3178
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2226  ACTTGGTGCTGGAGTTGCTGGTGTTGAAGATATCAAATCTCATCCATTTTTTACCCCTGTGGATTGGGCAGAAC  2299

Query 3179  TGATGAGA  3186
            ||||||||
Sbjct 2300  TGATGAGA  2307