Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroad304_15038
• Subject: NM_001349662.1
• Aligned Length: 3190
• Identities: 2133
• Gaps: 1052

Alignment

Query    1  ATGACCTCTTACCGGGAGCGGAGTGCCGACCTGGCCCGTTTCTACACTGTCACCGAGCCCCAGCGACACCCGAG  74
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query   75  GGGCTACACAGTATATAAGGTCACCGCCCGGGTTGTTTCACGAAGAAATCCAGAGGATGTCCAGGAGATAATTG  148
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query  149  TATGGAAGAGATACAGTGATTTTAAGAAACTACACAAAGAACTATGGCAAATTCACAAAAACTTATTCCGACAT  222
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query  223  TCAGAGTTGTTTCCTCCATTTGCTAAAGGAATAGTGTTTGGGCGATTTGATGAAACTGTTATCGAAGAGAGAAG  296
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query  297  ACAATGTGCTGAAGACCTGCTACAGTTCTCTGCCAATATTCCTGCTCTTTACAATAGTAAACAGCTTGAAGACT  370
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query  371  TTTTCAAGGGTGGAATAATTAATGATAGTTCTGAATTAATTGGTCCTGCTGAAGCTCACTCAGATTCCCTCATT  444
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query  445  GATACCTTTCCTGAGTGTAGTACGGAAGGCTTCTCCAGTGACAGTGATCTGGTATCTCTTACTGTTGATGTGGA  518
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query  519  TTCTCTTGCTGAGTTAGATGATGGAATGGCTTCCAATCAAAATTCTCCCATTAGAACTTTTGGTCTCAATCTTT  592
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query  593  CTTCGGATTCTTCAGCACTAGGGGCTGTTGCTTCTGACAGTGAACAGAGCAAAACAGAAGAGAACGGGAAAGTC  666
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query  667  GTAGCCTCTTTCCTGGCAGTTTAAAGCCGAAGCTTGCAGAGAGATTATTTGGAGAAAGCAGAGAATTAATAAGC  740
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query  741  TGGCTTTAAAAAGAGAGAGACGACTATGAGCTGCTTCTGATTTTTATAGGAAGGAGTTGATTTACTCCTAGAAG  814
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query  815  GTGTTCAAGGAGAGTCAAGCCCTACCCGTCGAGAAGCTGTGAAGAGAAGAACAGCCGAGTACCTCATGCGGGCA  888
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query  889  GAAAGTATCTCTAGTCTTTATGGGAAACCTCAGCTTGATGATGTATCTCAGCCTCCAGGATCACTAAGTTCAAG  962
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query  963  GCCCCTTTGGAACCTAAGGAGCCCTGCCGAGGAGCTGAAGGCCTTCAGAGTCCTTGGGGTGATTGACAAGGTTT  1036
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query 1037  TACTTGTAATGGACACAAGGACAGAACAGACTTTCATTTTAAAAGGTCTAAGGAAAAGCAGTGAATACAGCAGG  1110
                    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct    1  --------ATGGACACAAGGACAGAACAGACTTTCATTTTAAAAGGTCTAAGGAAAAGCAGTGAATACAGCAGG  66

Query 1111  AACAGAAAGACCATCATCCCCCGCTGTGTGCCCAACATGGTGTGTCTGCATAAGTACATCATCTCTGAGGAGTC  1184
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct   67  AACAGAAAGACCATCATCCCCCGCTGTGTGCCCAACATGGTGTGTCTGCATAAGTACATCATCTCTGAGGAGTC  140

Query 1185  AGTATTTCTTGTGCTGCAGCATGCGGAAGGTGGCAAACTGTGGTCATATATCAGTAAATTTCTAAACAGAAGTC  1258
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  141  AGTATTTCTTGTGCTGCAGCATGCGGAAGGTGGCAAACTGTGGTCATATATCAGTAAATTTCTAAACAGAAGTC  214

Query 1259  CTGAAGAAAGCTTTGACATCAAGGAAGTGAAAAAACCTACACTTGCAAAAGTTCACCTGCAGCAGCCAACTTCT  1332
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  215  CTGAAGAAAGCTTTGACATCAAGGAAGTGAAAAAACCTACACTTGCAAAAGTTCACCTGCAGCAGCCAACTTCT  288

Query 1333  AGTCCTCAGGACAGCAGTAGCTTTGAATCCAGAGGAAGTGATGGTGGAAGCATGCTTAAAGCTCTGCCTTTGAA  1406
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  289  AGTCCTCAGGACAGCAGTAGCTTTGAATCCAGAGGAAGTGATGGTGGAAGCATGCTTAAAGCTCTGCCTTTGAA  362

Query 1407  GAGTAGTCTTACTCCAAGTTCTCAAGATGACAGCAACCAGGAAGATGATGGCCAAGATAGCTCTCCAAAGTGGC  1480
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  363  GAGTAGTCTTACTCCAAGTTCTCAAGATGACAGCAACCAGGAAGATGATGGCCAAGATAGCTCTCCAAAGTGGC  436

Query 1481  CAGATTCTGGTTCAAGTTCAGAAGAAGAATGTACTACTAGTTATTTAACATTATGCAATGAATATGGGCAAGAA  1554
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  437  CAGATTCTGGTTCAAGTTCAGAAGAAGAATGTACTACTAGTTATTTAACATTATGCAATGAATATGGGCAAGAA  510

Query 1555  AAGATTGAACCAGGGTCTTTGAATGAGGAGCCCTTCATGAAGACTGAAGGGAATGGTGTTGATACAAAAGCTAT  1628
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  511  AAGATTGAACCAGGGTCTTTGAATGAGGAGCCCTTCATGAAGACTGAAGGGAATGGTGTTGATACAAAAGCTAT  584

Query 1629  TAAAAGCTTCCCAGCACACCTTGCTGCTGACAGTGACAGCCCCAGCACACAGCTGAGAGCTCACGAGCTGAAGT  1702
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  585  TAAAAGCTTCCCAGCACACCTTGCTGCTGACAGTGACAGCCCCAGCACACAGCTGAGAGCTCACGAGCTGAAGT  658

Query 1703  TCTTCCCCAACGATGACCCAGAAGCAGTTAGTTCTCCAAGAACATCAGATTCCCTCAGTAGATCAAAAAATAGC  1776
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  659  TCTTCCCCAACGATGACCCAGAAGCAGTTAGTTCTCCAAGAACATCAGATTCCCTCAGTAGATCAAAAAATAGC  732

Query 1777  CCCATGGAATTCTTTAGGATAGACAGTAAGGATAGCGCAAGTGAACTCCTGGGACTTGACTTTGGAGAAAAATT  1850
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  733  CCCATGGAATTCTTTAGGATAGACAGTAAGGATAGCGCAAGTGAACTCCTGGGACTTGACTTTGGAGAAAAATT  806

Query 1851  GTATAGTCTAAAATCAGAACCTTTGAAACCATTCTTTACTCTTCCAGATGGAGACAGTGCTTCTAGGAGTTTTA  1924
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  807  GTATAGTCTAAAATCAGAACCTTTGAAACCATTCTTTACTCTTCCAGATGGAGACAGTGCTTCTAGGAGTTTTA  880

Query 1925  ATACTAGTGAAAGCAAGGTAGAGTTTAAAGCTCAGGACACCATTAGCAGGGGCTCAGATGACTCAGTGCCAGTT  1998
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  881  ATACTAGTGAAAGCAAGGTAGAGTTTAAAGCTCAGGACACCATTAGCAGGGGCTCAGATGACTCAGTGCCAGTT  954

Query 1999  ATTTCATTTAAAGATGCTGCTTTTGATGATGTCAGTGGTACTGATGAAGGAAGACCTGATCTTCTTGTAAATTT  2072
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  955  ATTTCATTTAAAGATGCTGCTTTTGATGATGTCAGTGGTACTGATGAAGGAAGACCTGATCTTCTTGTAAATTT  1028

Query 2073  ACCTGGTGAATTGGAGTCAACAAGAGAAGCTGCAGCAATGGGACCTACTAAGTTTACACAAACTAATATAGGGA  2146
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1029  ACCTGGTGAATTGGAGTCAACAAGAGAAGCTGCAGCAATGGGACCTACTAAGTTTACACAAACTAATATAGGGA  1102

Query 2147  TAATAGAAAATAAACTCTTGGAAGCCCCTGATGTTTTATGCCTCAGGCTTAGTACTGAACAATGCCAAGCACAT  2220
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1103  TAATAGAAAATAAACTCTTGGAAGCCCCTGATGTTTTATGCCTCAGGCTTAGTACTGAACAATGCCAAGCACAT  1176

Query 2221  GAGGAGAAAGGCATAGAGGAACTGAGTGATCCCTCTGGGCCCAAATCCTATAGTATAACAGAGAAACACTATGC  2294
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1177  GAGGAGAAAGGCATAGAGGAACTGAGTGATCCCTCTGGGCCCAAATCCTATAGTATAACAGAGAAACACTATGC  1250

Query 2295  ACAGGAGGATCCCAGGATGTTATTTGTAGCAGCTGTTGATCATAGTAGTTCAGGAGATATGTCTTTGTTACCCA  2368
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1251  ACAGGAGGATCCCAGGATGTTATTTGTAGCAGCTGTTGATCATAGTAGTTCAGGAGATATGTCTTTGTTACCCA  1324

Query 2369  GCTCAAGATCTTAGTTTTCAAGGACTNGGAGTGGTTGAGTCAGCAGTAACTGCAAACAACACAGAAGAAAAGC-  2441
            |||| |||||.||..|||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| 
Sbjct 1325  GCTC-AGATCCTAAGTTTCAAGGACTTGGAGTGGTTGAGTCAGCAGTAACTGCAAACAACACAGAAG-AAAGCT  1396

Query 2442  TATTCCGTA-TTGTAGTCCACTCTCAGGTGCTAATGAATATA-TGCAAAGCACAGACACTTTAAAAACAGAAGA  2513
            ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1397  TATTCCGTATTTGTAGTCCACTCTCAGGTGCTAATGAATATATTGC-AAGCACAGACACTTTAAAAACAGAAGA  1469

Query 2514  AGTA-TGCTGTTNNACAGATCAGACTGATGATTTGGCTAAAGAGGAACCAACTTCTTTATTCCAGAGAGACTCT  2586
            |||| ||||||| .||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1470  AGTATTGCTGTT-TACAGATCAGACTGATGATTTGGCTAAAGAGGAACCAACTTCTTTATTCCAGAGAGACTCT  1542

Query 2587  GAGACTAAGGGTGAAAGTGGTTTAGTGCTAGAAGGAGACAAGGAAATACATCAGATTTTTGAGGACCTTGATAA  2660
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1543  GAGACTAAGGGTGAAAGTGGTTTAGTGCTAGAAGGAGACAAGGAAATACATCAGATTTTTGAGGACCTTGATAA  1616

Query 2661  AAAATTAGCACTAGCCTCCAGGTTTTACATCCCAGAGGGCTGCATTCAAAGATGGGCAGCTGAAATGGTGGTAG  2734
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1617  AAAATTAGCACTAGCCTCCAGGTTTTACATCCCAGAGGGCTGCATTCAAAGATGGGCAGCTGAAATGGTGGTAG  1690

Query 2735  CCCTTGATGCTTTACATAGAGAGGGAATTGTGTGCCGCGATTTGAACCCAAACAACATCTTATTGAATGATAGA  2808
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1691  CCCTTGATGCTTTACATAGAGAGGGAATTGTGTGCCGCGATTTGAACCCAAACAACATCTTATTGAATGATAGA  1764

Query 2809  GGACACATTCAGCTAACGTATTTTAGCAGGTGGAGTGAGGTTGAAGATTCCTGTGACAGCGATGCCATAGAGAG  2882
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1765  GGACACATTCAGCTAACGTATTTTAGCAGGTGGAGTGAGGTTGAAGATTCCTGTGACAGCGATGCCATAGAGAG  1838

Query 2883  AATGTACTGTGCCCCAGAGGTTGGAGCAATCACTGAAGAAACTGAAGCCTGTGATTGGTGGAGTTTGGGTGCTG  2956
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1839  AATGTACTGTGCCCCAGAGGTTGGAGCAATCACTGAAGAAACTGAAGCCTGTGATTGGTGGAGTTTGGGTGCTG  1912

Query 2957  TCCTCTTTGAACTTCTCACTGGCAAGACTCTGGTTGAATGCCATCCAGCAGGAATAAATACTCACACTACTTTG  3030
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1913  TCCTCTTTGAACTTCTCACTGGCAAGACTCTGGTTGAATGCCATCCAGCAGGAATAAATACTCACACTACTTTG  1986

Query 3031  AACATGCCAGAATGTGTCTCTGAAGAGGCTCGCTCACTCATTCAACAGCTCTTGCAGTTCAATCCTCTGGAACG  3104
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1987  AACATGCCAGAATGTGTCTCTGAAGAGGCTCGCTCACTCATTCAACAGCTCTTGCAGTTCAATCCTCTGGAACG  2060

Query 3105  ACTTGGTGCTGGAGTTGCTGGTGTTGAAGATATCAAATCTCATCCATTTTTTACCCCTGTGGATTGGGCAGAAC  3178
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2061  ACTTGGTGCTGGAGTTGCTGGTGTTGAAGATATCAAATCTCATCCATTTTTTACCCCTGTGGATTGGGCAGAAC  2134

Query 3179  TGATGAGA  3186
            ||||||||
Sbjct 2135  TGATGAGA  2142