Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroad304_15307
• Subject: XR_941575.2
• Aligned Length: 2583
• Identities: 1922
• Gaps: 654

Alignment

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct    1  GGAGCTCGGCAGGGTGGGGGAAAGGGATGGAGTTTCGGCCTGGGGCGGCGGGGGCGGCCCAGAAAAGGCCTAGC  74

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct   75  GTCCTGGGCTGTGTGGGTGTAGCGTCCAGGGCGCGTCGGTCTCTATGGCAACGCTCCACACGCGGAGGTCGGGT  148

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct  149  ACGGTTATCTGTGGCCACAAAGAAAGTTATTTGTCTCTGTCTTGGCAAGGCTGGGAGGAAAGTTTTAGCTAAGA  222

Query    1  --------------------ATGGATAAGTACGATGTGATTAAGGCCATCGGGCAAGGTGCCTTCGGGAAAGCA  54
                                ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  223  AACTCAGCCCATTGGAGACCATGGATAAGTACGATGTGATTAAGGCCATCGGGCAAGGTGCCTTCGGGAAAGCA  296

Query   55  TACTTAGCTAAAGGGAAATCAGATAGCAAGCACTGTGTCATAAAAGAGATCAATTTTGAAAAGATGCCCATACA  128
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  297  TACTTAGCTAAAGGGAAATCAGATAGCAAGCACTGTGTCATAAAAGAGATCAATTTTGAAAAGATGCCCATACA  370

Query  129  AGAAAAAGAAGCTTCAAAGAAAGAAGTGATTCTTCTGGAAAAGATGAAACATCCCAACATTGTAGCCTTCTTCA  202
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  371  AGAAAAAGAAGCTTCAAAGAAAGAAGTGATTCTTCTGGAAAAGATGAAACATCCCAACATTGTAGCCTTCTTCA  444

Query  203  ATTCATTTCAAGAGAATGGCAGGCTGTTTATTGTAATGGAATATTGTGATGGAGGGGATCTCATGAAAAGGATC  276
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  445  ATTCATTTCAAGAGAATGGCAGGCTGTTTATTGTAATGGAATATTGTGATGGAGGGGATCTCATGAAAAGGATC  518

Query  277  AATAGACAACGGGGTGTGTTATTTAGTGAAGATCAGATCCTCGGTTGGTTTGTACAGATTTCTCTAGGACTAAA  350
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  519  AATAGACAACGGGGTGTGTTATTTAGTGAAGATCAGATCCTCGGTTGGTTTGTACAGATTTCTCTAGGACTAAA  592

Query  351  ACATATTCATGACAGGAAGATATTACACAGGGACATAAAAGCTCAGAACATTTTTCTTAGCAAGAACGGAATGG  424
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  593  ACATATTCATGACAGGAAGATATTACACAGGGACATAAAAGCTCAGAACATTTTTCTTAGCAAGAACGGAATGG  666

Query  425  TGGCAAAGCTTGGGGACTTTGGTATAGCAAGAGTCCTGAATAATTCCATGGAACTTGCTCGAACTTGTATTGGA  498
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  667  TGGCAAAGCTTGGGGACTTTGGTATAGCAAGAGTCCTGAATAATTCCATGGAACTTGCTCGAACTTGTATTGGA  740

Query  499  ACACCTTACTACCTGTCCCCAGAGATCTGTCAGAATAAACCCTACAACAATAAAACGGATATTTGGTCTCTTGG  572
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  741  ACACCTTACTACCTGTCCCCAGAGATCTGTCAGAATAAACCCTACAACAATAAAACGGATATTTGGTCTCTTGG  814

Query  573  CTGTGTCTTATATGAGCTCTGCACACTTAAACATCCTTTTGAGGGTAACAACTTACAGCAGCTGGTTCTGAAGA  646
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  815  CTGTGTCTTATATGAGCTCTGCACACTTAAACATCCTTTTGAGGGTAACAACTTACAGCAGCTGGTTCTGAAGA  888

Query  647  TTTGTCAAGCACATTTTGCCCCAATATCTCCGGGGTTTTCTCGTGAGCTCCATTCCTTGATATCTCAGCTCTTT  720
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  889  TTTGTCAAGCACATTTTGCCCCAATATCTCCGGGGTTTTCTCGTGAGCTCCATTCCTTGATATCTCAGCTCTTT  962

Query  721  CAAGTATCT-CTCGAGACCGA-CAT-CATAAATTCCATTTTGAAA--GCCC-TTTTAGAGAATCTTATTCCC-A  787
            ||||||||| ||||||||||| ||| |||||||||||||||||||  |||| |||||||||||||||||||| |
Sbjct  963  CAAGTATCTCCTCGAGACCGACCATCCATAAATTCCATTTTGAAAAGGCCCTTTTTAGAGAATCTTATTCCCAA  1036

Query  788  ATATTTGACTCCTGGAGGTCATTCAGGAGGAATTCAGTCACATGCTTATATGCAGAGCAGGAGCGCCAGCTTCT  861
            ||||||||||||| ||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1037  ATATTTGACTCCT-GAGGTCATTCAGGAAGAATTCAGTCACATGCTTATATGCAGAGCAGGAGCGCCAGCTTCT  1109

Query  862  CGACATGCTGGGAAGGTGGTCCAGAAGTGTAAAATACAAAAAGTGAGATTCCAGGGAAAGTGCCCACCAAGATC  935
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1110  CGACATGCTGGGAAGGTGGTCCAGAAGTGTAAAATACAAAAAGTGAGATTCCAGGGAAAGTGCCCACCAAGATC  1183

Query  936  AAGGATATCTGTGCCAATTAAAAGGAATGCTATATTGCATAGAAATGAATGGAGACCACCAGCTGGAGCCCAGA  1009
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1184  AAGGATATCTGTGCCAATTAAAAGGAATGCTATATTGCATAGAAATGAATGGAGACCACCAGCTGGAGCCCAGA  1257

Query 1010  AGGCCAGATCTATAAAAATGATAGAAAGACCCAAAATTGCTGCTGTCTGTGGACATTATGATTATTATTATGCT  1083
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1258  AGGCCAGATCTATAAAAATGATAGAAAGACCCAAAATTGCTGCTGTCTGTGGACATTATGATTATTATTATGCT  1331

Query 1084  CAACTTGATATGCTGAGGAGGAGAGCCCACAAACCAAGTTATCACCCTATTCCTCAAGAAAATACTGGAGTTGA  1157
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1332  CAACTTGATATGCTGAGGAGGAGAGCCCACAAACCAAGTTATCACCCTATTCCTCAAGAAAATACTGGAGTTGA  1405

Query 1158  GGATTACGGTCAGGAAACGAGGCATGGTCCATCCCCAAGTCAATGGCCTGCTGAGTACCTTCAGAGAAAATTTG  1231
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1406  GGATTACGGTCAGGAAACGAGGCATGGTCCATCCCCAAGTCAATGGCCTGCTGAGTACCTTCAGAGAAAATTTG  1479

Query 1232  AAGGTCCACAATATAAGTTTGAAAGTGGAGAAGCAATTGGGTCTTCGTCCATCTCTTGCCGAGCCAAATTACAA  1305
            |||.||.|||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||..||||||||||||||||||
Sbjct 1480  AAGCTCAACAATATAAG-TTGAAAGTGGAGAAGCAATTGGGTCTTCGTCCATCTTCTGCCGAGCCAAATTACAA  1552

Query 1306  CCAAGAGACAAGAGCTAGNAAGTAATGGAGAAGAGCCTAGATTCCAGGAGCTGCCATTTAGGAAAAACGAAATG  1379
            || ||||||||||||||..|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1553  CC-AGAGACAAGAGCTAAGAAGTAATGGAGAAGAGCCTAGATTCCAGGAGCTGCCATTTAGGAAAAACGAAATG  1625

Query 1380  AAGGAACAGGAATATTGGAAGCAGTTAGAGGAAATACGCCAACAGTACCACAATGACATGAAAGAAATTAGAAA  1453
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1626  AAGGAACAGGAATATTGGAAGCAGTTAGAGGAAATACGCCAACAGTACCACAATGACATGAAAGAAATTAGAAA  1699

Query 1454  GAAGATGGGGAGAGAACCAGAGGAGAACTCAAAAATAAGTCATAAAACCTATTTGGTGAAGAAGAGTAACCTGC  1527
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1700  GAAGATGGGGAGAGAACCAGAGGAGAACTCAAAAATAAGTCATAAAACCTATTTGGTGAAGAAGAGTAACCTGC  1773

Query 1528  CTGTCCATCAAGATGCATCTGAGGGAGAAGCACCTGTGCAGGACATTGAAAAAGACTTGAAACAAATGAGGCTT  1601
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1774  CTGTCCATCAAGATGCATCTGAGGGAGAAGCACCTGTGCAGGACATTGAAAAAGACTTGAAACAAATGAGGCTT  1847

Query 1602  CAGAACACAAAGGAAAGTAAAAATCCAGAACAGAAATATAAAGCTAAGAAGGGGGTAAAATTTGAAATTAATTT  1675
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1848  CAGAACACAAAGGAAAGTAAAAATCCAGAACAGAAATATAAAGCTAAGAAGGGGGTAAAATTTGAAATTAATTT  1921

Query 1676  AGACAAATGTATTTCTGATGAAAACATCCTCCAAGAGGAAGAGGCAATGGATATACCAAATGAAACTTTGACCT  1749
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1922  AGACAAATGTATTTCTGATGAAAACATCCTCCAAGAGGAAGAGGCAATGGATATACCAAATGAAACTTTGACCT  1995

Query 1750  TTGAGGATGGCATGAAGTTTAAGGAATATGAATGTGTAAAGGAGCATGGAGATTATACAGACAAAGCATTTGAA  1823
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1996  TTGAGGATGGCATGAAGTTTAAGGAATATGAATGTGTAAAGGAGCATGGAGATTATACAGACAAAGCATTTGAA  2069

Query 1824  AAACTTCACTGCCCAGAAGC------------------------------------------------------  1843
            ||||||||||||||||||||                                                      
Sbjct 2070  AAACTTCACTGCCCAGAAGCAGCATTTACAGAACTGACTTGGCTCAGTTTCCTCTTCCTGGAATACTCTCTGCC  2143

Query 1844  --------------------------------------------------------------------------  1843
                                                                                      
Sbjct 2144  TCATTTCCTTCTGGAAAAATCTCCATTCAGCAGGCATCTTATTGAGGATCTCCTTTGTGCCAAAGACTGCTCAC  2217

Query 1844  --------------------------------------------------------------------------  1843
                                                                                      
Sbjct 2218  TGAAGGACTGGAGTGAGAAGGAAATGGAGCTTAGGACATAACCCTACCACTATATAAACAAACTTTGGAGAATC  2291

Query 1844  --------------------------------------------------------------------------  1843
                                                                                      
Sbjct 2292  AGGAGAGAGTAAAGCCAAAGGAGGAGAGACAGGTCATGGAGGAGGCACAGGAATTGGCAGCATCAACTGGAAGA  2365

Query 1844  -------------AGGGTTTTCCACGCAGACTGTAGCTGCTGTGGGAAACAGGAGGCAGTGGGATGGAGGAGCG  1904
                         |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2366  GAAAGGCCAGATGAGGGTTTTCCACGCAGACTGTAGCTGCTGTGGGAAACAGGAGGCAGTGGGATGGAGGAGCG  2439

Query 1905  CCTCAGACTCTGCTGCAGATGATGGCAGTGGCCGACATCACCTCCACCTGCCCCACGGGGCCTGACAGTGAGTC  1978
            ||||||||||||||||||||||||||||                                              
Sbjct 2440  CCTCAGACTCTGCTGCAGATGATGGCAG----------------------------------------------  2467

Query 1979  TGTGCTTAGCGTCAGTCGTCAGGAAGGGAAGACCAAGGACCCGTACAGCCCAGTGCTCATCCTGATG  2045
                                                                               
Sbjct 2468  -------------------------------------------------------------------  2467