Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroad304_15360
• Subject: NM_001351817.1
• Aligned Length: 1879
• Identities: 1390
• Gaps: 485

Alignment

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct    1  ATGGCAGACCAGAGAATGGACATTTCTTCAACCATCAGTGATTTCATGTCCCCGGGCCCCACCGACCTGCTTTC  74

Query    1  --------------------------------------------------------ATGATTAATATAGAAAGC  18
                                                                    .|||.||..| |||||||
Sbjct   75  CAGCTCTCTTGGTACCAGTGGTGTGGATTGCAACCGCAAACGGAAAGGCAGCTCCACTGACTACCA-AGAAAGC  147

Query   19  ATGGACACAGACAAAGATGACCCTCATGGAAGGTTAGAATATACAGAACACCAAGGAAGGATAAAAAATGCAAG  92
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  148  ATGGACACAGACAAAGATGACCCTCATGGAAGGTTAGAATATACAGAACACCAAGGAAGGATAAAAAATGCAAG  221

Query   93  GGAAGCTCACAGTCAGATTGAAAAGCGGCGTCGGGATAAAATGAACAGTTTTATAGATGAATTGGCTTCTTTGG  166
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  222  GGAAGCTCACAGTCAGATTGAAAAGCGGCGTCGGGATAAAATGAACAGTTTTATAGATGAATTGGCTTCTTTGG  295

Query  167  TACCAACATGCAACGCAATGTCCAGGAAATTAGATAAACTTACTGTGCTAAGGATGGCTGTTCAGCACATGAAA  240
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  296  TACCAACATGCAACGCAATGTCCAGGAAATTAGATAAACTTACTGTGCTAAGGATGGCTGTTCAGCACATGAAA  369

Query  241  ACATTAAGAGGTGCCACCAATCCATACACAGAAGCAAACTACAAACCAACTTTTCTATCAGACGATGAATTGAA  314
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  370  ACATTAAGAGGTGCCACCAATCCATACACAGAAGCAAACTACAAACCAACTTTTCTATCAGACGATGAATTGAA  443

Query  315  ACACCTCATTCTCAGGGCAGCAGATGGATTTTTGTTTGTCGTAGGATGTGACCGAGGGAAGATACTCTTTGTCT  388
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  444  ACACCTCATTCTCAGGGCAGCAGATGGATTTTTGTTTGTCGTAGGATGTGACCGAGGGAAGATACTCTTTGTCT  517

Query  389  CAGAGTCTGTCTTCAAGATCCTCAACTACAGCCAGAATGATCTGATTGGTCAGAGTTTGTTTGACTACCTGCAT  462
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  518  CAGAGTCTGTCTTCAAGATCCTCAACTACAGCCAGAATGATCTGATTGGTCAGAGTTTGTTTGACTACCTGCAT  591

Query  463  CCTAAAGATATTGCCAAAGTCAAGGAGCAGCTCTCCTCCTCTGACACCGCACCCCGGGAGCGGCTCATAGATGC  536
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  592  CCTAAAGATATTGCCAAAGTCAAGGAGCAGCTCTCCTCCTCTGACACCGCACCCCGGGAGCGGCTCATAGATGC  665

Query  537  AAAAACTGGACTTCCAGTTAAAACAGATATAACCCCTGGGCCATCTCGATTATGTTCTGGAGCACGACGTTCTT  610
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  666  AAAAACTGGACTTCCAGTTAAAACAGATATAACCCCTGGGCCATCTCGATTATGTTCTGGAGCACGACGTTCTT  739

Query  611  TCTTCTGTAGGATGAAGTGTAACAGGCCTTCAGTAAAGGTTGAAGACAAGGACTTCCCCTCTACCTGCTCAAAG  684
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  740  TCTTCTGTAGGATGAAGTGTAACAGGCCTTCAGTAAAGGTTGAAGACAAGGACTTCCCCTCTACCTGCTCAAAG  813

Query  685  AAAAAAGCAGATCGAAAAAGCTTCTGCACAATCCACAGCACAGGCTATTTGAAAAGCTGGCCACCCACAAAGAT  758
            ||||                                                                      
Sbjct  814  AAAA----------------------------------------------------------------------  817

Query  759  GGGGCTGGATGAAGACAACGAACCAGACAATGAGGGGTGTAACCTCAGCTGCCTCGTCGCAATTGGACGACTGC  832
                                                                                      
Sbjct  818  --------------------------------------------------------------------------  817

Query  833  ATTCTCATGTAGTTCCACAACCAGTGAACGGGGAAATCAGGGTGAAATCTATGGAATATGTTTCTCGGCACGCG  906
                                                                                      
Sbjct  818  --------------------------------------------------------------------------  817

Query  907  ATAGATGGAAAGTTTGTTTTTGTAGACCAGAGGGCAACAGCTATTTTGGCATATTTACCACAAGAACTTCTAGG  980
                                                                                      
Sbjct  818  --------------------------------------------------------------------------  817

Query  981  CACATCGTGTTATGAATATTTTCACCAAGATGACATAGGACATCTTGCAGAATGTCATAGGCAAGTTTTACAGA  1054
                                                                          ||||||||||||
Sbjct  818  --------------------------------------------------------------AAGTTTTACAGA  829

Query 1055  CGAGAGAAAAAATTACAACTAATTGCTATAAATTTAAAATCAAAGATGGTTCTTTTATCACACTACGGAGTCGA  1128
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  830  CGAGAGAAAAAATTACAACTAATTGCTATAAATTTAAAATCAAAGATGGTTCTTTTATCACACTACGGAGTCGA  903

Query 1129  TGGTTCAGTTTCATGAACCCTTGGACCAAGGAAGTAGAATATATTGTCTCAACTAACACTGTTGTTTTAGCCAA  1202
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  904  TGGTTCAGTTTCATGAACCCTTGGACCAAGGAAGTAGAATATATTGTCTCAACTAACACTGTTGTTTTAGCCAA  977

Query 1203  CGTCCTGGAAGGCGGGGACCCAACCTTCCCACAGCTCACAGCATCCCCCCACAGCATGGACAGCATGCTGCCCT  1276
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  978  CGTCCTGGAAGGCGGGGACCCAACCTTCCCACAGCTCACAGCATCCCCCCACAGCATGGACAGCATGCTGCCCT  1051

Query 1277  CTGGAGAAGGTGGCCCAAAGAGGACCCACCCCACTGTTCCAGGGATTCCAGGGGGAACCCGGGCTGGGGCAGGA  1350
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1052  CTGGAGAAGGTGGCCCAAAGAGGACCCACCCCACTGTTCCAGGGATTCCAGGGGGAACCCGGGCTGGGGCAGGA  1125

Query 1351  AAAATAGGCCGAATGATTGCTGAGGAAATCATGGAAATCCACAGGATAAGAGGGTCATCGCCTTCTAGCTGTGG  1424
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1126  AAAATAGGCCGAATGATTGCTGAGGAAATCATGGAAATCCACAGGATAAGAGGGTCATCGCCTTCTAGCTGTGG  1199

Query 1425  CTCCAGCCCATTGAACATCACGAGTACGCCTCCCCCTGATGCCTCTTCTCCAGGAGGCAAGAAGATTTTAAATG  1498
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1200  CTCCAGCCCATTGAACATCACGAGTACGCCTCCCCCTGATGCCTCTTCTCCAGGAGGCAAGAAGATTTTAAATG  1273

Query 1499  GAGGGACTCCAGACATTCCTTCCAGTGGCCTACTATCAGGCCAGGCTCAGGAGAACCCAGGTTATCCATATTCT  1572
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1274  GAGGGACTCCAGACATTCCTTCCAGTGGCCTACTATCAGGCCAGGCTCAGGAGAACCCAGGTTATCCATATTCT  1347

Query 1573  GATAGTTCTTCTATTCTTGGTGAGAACCCCCACATAGGTATAGACATGATTGACAACGACCAAGGATCAAGTAG  1646
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1348  GATAGTTCTTCTATTCTTGGTGAGAACCCCCACATAGGTATAGACATGATTGACAACGACCAAGGATCAAGTAG  1421

Query 1647  TCCCAGTAATGATGAGGCAGCAATGGCTGTCATCATGAGCCTCTTGGAAGCAGATGCTGGACTGGGTGGCCCTG  1720
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1422  TCCCAGTAATGATGAGGCAGCAATGGCTGTCATCATGAGCCTCTTGGAAGCAGATGCTGGACTGGGTGGCCCTG  1495

Query 1721  TTGACTTTAGTGACTTGCCATGGCCGCTG  1749
            |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1496  TTGACTTTAGTGACTTGCCATGGCCGCTG  1524