Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroad304_15360
• Subject: NM_001351819.1
• Aligned Length: 1894
• Identities: 1741
• Gaps: 149

Alignment

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct    1  ATGGCAGACCAGAGAATGGACATTTCTTCAACCATCAGTGATTTCATGTCCCCGGGCCCCACCGACCTGCTTTC  74

Query    1  --------------------------------------------------------ATGATTAATATAGAAAGC  18
                                                                    .|||.||..| |||||||
Sbjct   75  CAGCTCTCTTGGTACCAGTGGTGTGGATTGCAACCGCAAACGGAAAGGCAGCTCCACTGACTACCA-AGAAAGC  147

Query   19  ATGGACACAGACAAAGATGACCCTCATGGAAGGTTAGAATATACAGAACACCAAGGAAGGATAAAAAATGCAAG  92
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  148  ATGGACACAGACAAAGATGACCCTCATGGAAGGTTAGAATATACAGAACACCAAGGAAGGATAAAAAATGCAAG  221

Query   93  GGAAGCTCACAGTCAGATTGAAAAGCGGCGTCGGGATAAAATGAACAGTTTTATAGATGAATTGGCTTCTTTGG  166
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  222  GGAAGCTCACAGTCAGATTGAAAAGCGGCGTCGGGATAAAATGAACAGTTTTATAGATGAATTGGCTTCTTTGG  295

Query  167  TACCAACATGCAACGCAATGTCCAGGAAATTAGATAAACTTACTGTGCTAAGGATGGCTGTTCAGCACATGAAA  240
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  296  TACCAACATGCAACGCAATGTCCAGGAAATTAGATAAACTTACTGTGCTAAGGATGGCTGTTCAGCACATGAAA  369

Query  241  ACATTAAGAGGTGCCACCAATCCATACACAGAAGCAAACTACAAACCAACTTTTCTATCAGACGATGAATTGAA  314
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  370  ACATTAAGAGGTGCCACCAATCCATACACAGAAGCAAACTACAAACCAACTTTTCTATCAGACGATGAATTGAA  443

Query  315  ACACCTCATTCTCAGGGCAGCAGATGGATTTTTGTTTGTCGTAGGATGTGACCGAGGGAAGATACTCTTTGTCT  388
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  444  ACACCTCATTCTCAGGGCAGCAGATGGATTTTTGTTTGTCGTAGGATGTGACCGAGGGAAGATACTCTTTGTCT  517

Query  389  CAGAGTCTGTCTTCAAGATCCTCAACTACAGCCAGAATGATCTGATTGGTCAGAGTTTGTTTGACTACCTGCAT  462
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  518  CAGAGTCTGTCTTCAAGATCCTCAACTACAGCCAGAATGATCTGATTGGTCAGAGTTTGTTTGACTACCTGCAT  591

Query  463  CCTAAAGATATTGCCAAAGTCAAGGAGCAGCTCTCCTCCTCTGACACCGCACCCCGGGAGCGGCTCATAGATGC  536
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  592  CCTAAAGATATTGCCAAAGTCAAGGAGCAGCTCTCCTCCTCTGACACCGCACCCCGGGAGCGGCTCATAGATGC  665

Query  537  AAAAACTGGACTTCCAGTTAAAACAGATATAACCCCTGGGCCATCTCGATTATGTTCTGGAGCACGACGTTCTT  610
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  666  AAAAACTGGACTTCCAGTTAAAACAGATATAACCCCTGGGCCATCTCGATTATGTTCTGGAGCACGACGTTCTT  739

Query  611  TCTTCTGTAGGATGAAGTGTAACAGGCCTTCAGTAAAGGTTGAAGACAAGGACTTCCCCTCTACCTGCTCAAAG  684
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  740  TCTTCTGTAGGATGAAGTGTAACAGGCCTTCAGTAAAGGTTGAAGACAAGGACTTCCCCTCTACCTGCTCAAAG  813

Query  685  AAAAAAGCAGATCGAAAAAGCTTCTGCACAATCCACAGCACAGGCTATTTGAAAAGCTGGCCACCCACAAAGAT  758
            |||||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  814  AAAAA---AGATCGAAAAAGCTTCTGCACAATCCACAGCACAGGCTATTTGAAAAGCTGGCCACCCACAAAGAT  884

Query  759  GGGGCTGGATGAAGACAACGAACCAGACAATGAGGGGTGTAACCTCAGCTGCCTCGTCGCAATTGGACGACTGC  832
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  885  GGGGCTGGATGAAGACAACGAACCAGACAATGAGGGGTGTAACCTCAGCTGCCTCGTCGCAATTGGACGACTGC  958

Query  833  ATTCTCATGTAGTTCCACAACCAGTGAACGGGGAAATCAGGGTGAAATCTATGGAATATGTTTCTCGGCACGCG  906
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  959  ATTCTCATGTAGTTCCACAACCAGTGAACGGGGAAATCAGGGTGAAATCTATGGAATATGTTTCTCGGCACGCG  1032

Query  907  ATAGATGGAAAGTTTGTTTTTGTAGACCAGAGGGCAACAGCTATTTTGGCATATTTACCACAAGAACTTCTAGG  980
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1033  ATAGATGGAAAGTTTGTTTTTGTAGACCAGAGGGCAACAGCTATTTTGGCATATTTACCACAAGAACTTCTAGG  1106

Query  981  CACATCGTGTTATGAATATTTTCACCAAGATGACATAGGACATCTTGCAGAATGTCATAGGCAAGTTTTACAGA  1054
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1107  CACATCGTGTTATGAATATTTTCACCAAGATGACATAGGACATCTTGCAGAATGTCATAGGCAAGTTTTACAGA  1180

Query 1055  CGAGAGAAAAAATTACAACTAATTGCTATAAATTTAAAATCAAAGATGGTTCTTTTATCACACTACGGAGTCGA  1128
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1181  CGAGAGAAAAAATTACAACTAATTGCTATAAATTTAAAATCAAAGATGGTTCTTTTATCACACTACGGAGTCGA  1254

Query 1129  TGGTTCAGTTTCATGAACCCTTGGACCAAGGAAGTAGAATATATTGTCTCAACTAACACTGTTGTTTTAGCCAA  1202
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1255  TGGTTCAGTTTCATGAACCCTTGGACCAAGGAAGTAGAATATATTGTCTCAACTAACACTGTTGTTTTAGCCAA  1328

Query 1203  CGTCCTGGAAGGCGGGGACCCAACCTTCCCACAGCTCACAGCATCCCCCCACAGCATGGACAGCATGCTGCCCT  1276
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1329  CGTCCTGGAAGGCGGGGACCCAACCTTCCCACAGCTCACAGCATCCCCCCACAGCATGGACAGCATGCTGCCCT  1402

Query 1277  CTGGAGA---------------AGGTGGCCCAAAGAGGACCCACCCCACTGTTCCAGGGATTCCAGGGGGAACC  1335
            |||||||               ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1403  CTGGAGAAGATTCCTTTGTTGTAGGTGGCCCAAAGAGGACCCACCCCACTGTTCCAGGGATTCCAGGGGGAACC  1476

Query 1336  CGGGCTGGGGCAGGAAAAATAGGCCGAATGATTGCTGAGGAAATCATGGAAATCCACAGGATAAGAGGGTCATC  1409
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1477  CGGGCTGGGGCAGGAAAAATAGGCCGAATGATTGCTGAGGAAATCATGGAAATCCACAGGATAAGAGGGTCATC  1550

Query 1410  GCCTTCTAGCTGTGGCTCCAGCCCATTGAACATCACGAGTACGCCTCCCCCTGATGCCTCTTCTCCAGGAGGCA  1483
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1551  GCCTTCTAGCTGTGGCTCCAGCCCATTGAACATCACGAGTACGCCTCCCCCTGATGCCTCTTCTCCAGGAGGCA  1624

Query 1484  AGAAGATTTTAAATGGAGGGACTCCAGACATTCCTTCCAGTGGCCTACTATCAGGCCAGGCTCAGGAGAACCCA  1557
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1625  AGAAGATTTTAAATGGAGGGACTCCAGACATTCCTTCCAGTGGCCTACTATCAGGCCAGGCTCAGGAGAACCCA  1698

Query 1558  GGTTATCCATATTCTGATAGTTCTTCTATTCTTGGTGAGAACCCCCACATAGGTATAGACATGATTGACAACGA  1631
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1699  GGTTATCCATATTCTGATAGTTCTTCTATTCTTGGTGAGAACCCCCACATAGGTATAGACATGATTGACAACGA  1772

Query 1632  CCAAGGATCAAGTAGTCCCAGTAATGATGAGGCAGCAATGGCTGTCATCATGAGCCTCTTGGAAGCAGATGCTG  1705
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1773  CCAAGGATCAAGTAGTCCCAGTAATGATGAGGCAGCAATGGCTGTCATCATGAGCCTCTTGGAAGCAGATGCTG  1846

Query 1706  GACTGGGTGGCCCTGTTGACTTTAGTGACTTGCCATGGCCGCTG  1749
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1847  GACTGGGTGGCCCTGTTGACTTTAGTGACTTGCCATGGCCGCTG  1890