Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroad304_15539
• Subject: NM_178654.4
• Aligned Length: 2955
• Identities: 2527
• Gaps: 153

Alignment

Query    1  ATGGCGTCCAACCCCGAACGGGGGGAGATTCTGCTCACGGAACTGCAGGGGGATTCCCGAAGTCTTCCGTTTTC  74
            |||||||||||||||||.|||||||||||.||.|||||.||.||||||||.||||||||.|.||||||.|||||
Sbjct    1  ATGGCGTCCAACCCCGACCGGGGGGAGATCCTCCTCACCGAGCTGCAGGGAGATTCCCGGACTCTTCCATTTTC  74

Query   75  TGAGAATGTGAGTGCTGTTCAAAAATTAGACTTTTCAGATACAATGGTGCAGCAGAAATTGGATGATATCAAGG  148
            |||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||.||.|||||||
Sbjct   75  TGAGAATGTGAGTGCTGTTCAGAAATTAGACTTTTCAGATACAATGGTGCAACAGAAATTGGACGACATCAAGG  148

Query  149  ATCGAATTAAGAGAGAAATAAGGAAAGAACTGAAAATCAAAGAAGGAGCTGAAAATCTGAGGAAAGTCACAACA  222
            |||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||.||||||
Sbjct  149  ATCGAATAAAGAGAGAAATAAGGAAAGAACTGAAAATCAAAGAAGGAGCTGAAAACCTGAGGAAAGTTACAACA  222

Query  223  GATAAAAAAAGTTTGGCTTATGTAGACAACATTTTGAAAAAATCAAATAAAAAATTAGAAGAACTACATCACAA  296
            |||||.||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||
Sbjct  223  GATAAGAAAAATTTGGCTTATGTAGACAACATTTTGAAAAAATCAAATAAAAAATTAGAAGAATTACATCACAA  296

Query  297  GCTGCAGGAATTAAATGCACATATTGTTGTATCAGATCCAGAAGATATTACAGATTGCCCAAGGACTCCAGATA  370
            |||.||.||||||||||||||.||.||||||||.||||||||.||....||||||||.||.|||||||||||||
Sbjct  297  GCTACAAGAATTAAATGCACACATCGTTGTATCGGATCCAGAGGACTCCACAGATTGTCCGAGGACTCCAGATA  370

Query  371  CTCCAAATAATGACCCTCGTTGTTCTACTAGCAACAATAGATTGAAGGCCCTACAAAAACAATTGGATATAGAA  444
            |||||||||.||||.|||||.||||||||||||||||||||.|||.||||.||||.||||||.|||||||||||
Sbjct  371  CTCCAAATAGTGACTCTCGTAGTTCTACTAGCAACAATAGACTGATGGCCTTACAGAAACAACTGGATATAGAA  444

Query  445  CTTAAAGTAAAACAAGGTGCAGAGAATATGATACAGATGTATTCAAATGGATCTTCAAAGGATCGGAAACTCCA  518
            |||||||||||.||.|||||||||||.||||||||||||||.||||||||.|||||||||||||||||||||||
Sbjct  445  CTTAAAGTAAAGCAGGGTGCAGAGAACATGATACAGATGTACTCAAATGGCTCTTCAAAGGATCGGAAACTCCA  518

Query  519  TGGTACAGCTCAGCAACTGCTCCAGGACAGCAAGACAAAAATAGAAGTCATACGAATGCAGATTCTTCAGGCAG  592
            |||||||||.|||||||||||.|||||.|||||||||||||||||||||||.||.|||||||||||||||||.|
Sbjct  519  TGGTACAGCGCAGCAACTGCTACAGGATAGCAAGACAAAAATAGAAGTCATCCGGATGCAGATTCTTCAGGCCG  592

Query  593  TCCAGACTAATGAATTGGCTTTTGATAATGCAAAACCTGTGATAAGTCCTCTTGAACTTCGGATGGAAGAATTA  666
            |||||||.|||||..|||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||.||||||||||||||||||
Sbjct  593  TCCAGACCAATGAGCTGGCTTTTGATAATGCAAAACCTGTGATAAGCCCTCTTGAGCTTCGGATGGAAGAATTA  666

Query  667  AGGCATCATTTTAGGATAGAGTTTGCAGTAGCAGAAGGTGCAAAGAATGTAATGAAATTACTTGGCTCAGGAAA  740
            ||.||||||||||.||||||.|||||||||||.|||||||||||||||||.|||||.|||||||||||||||||
Sbjct  667  AGACATCATTTTAAGATAGAATTTGCAGTAGCCGAAGGTGCAAAGAATGTCATGAAGTTACTTGGCTCAGGAAA  740

Query  741  AGTAACAGACAGAAAAGCACTTTCAGAAGCTCAAGCAAGATTTAATGAATCAAGTCAGAAGTTGGACCTTTTAA  814
            ||||||||||||||||||.|||||||||||.|||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  741  AGTAACAGACAGAAAAGCGCTTTCAGAAGCACAAGCGAGATTTAATGAATCAAGTCAGAAGTTGGACCTTTTAA  814

Query  815  AGTATTCATTAGAGCAAAGATTAAACGAAGTCCCCAAGAATCATCCCAAAAGCAGGATTATTATTGAAGAACTT  888
            ||||||||.||||||||||.|||||.||..||||||.||||||.|||||||||||..|..|.|||||.||.|||
Sbjct  815  AGTATTCACTAGAGCAAAGGTTAAATGAGCTCCCCAGGAATCACCCCAAAAGCAGTGTCGTCATTGAGGAGCTT  888

Query  889  TCACTTGTTGCTGCATCACCAACACTAAGTCCACGTCAAAGTATGATATCTACGCAAAATCAATATAGTACACT  962
            |||||.||   |||.||||||||.||.||||||||.||.||.|||.|.||.|||||.||.||.|||||.|||||
Sbjct  889  TCACTGGT---TGCGTCACCAACCCTGAGTCCACGGCAGAGCATGCTGTCCACGCAGAACCAGTATAGCACACT  959

Query  963  ATCCAAACCAGCAGCACTAACAGGTACTTTGGAAGTTCGTCTTATGGGCTGCCAAGATATCCTAGAGAATGTCC  1036
            .|||||.|||||.||.|||||.||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||.|
Sbjct  960  GTCCAAGCCAGCGGCGCTAACCGGTACTTTGGAAGTTCGTCTTATGGGGTGCCAAGATATCCTAGAGAATGTAC  1033

Query 1037  CTGGACGGTCAAAAGCAACATCAGTTGCACTGCCTGGTTGGAGTCCAAGTGAAACCAGATCATCTTTCATGAGC  1110
            |||||||||||||||||||.||.||.|||||.|||||.||||||||||||||.|.||||||.|||||.||||||
Sbjct 1034  CTGGACGGTCAAAAGCAACGTCGGTAGCACTACCTGGGTGGAGTCCAAGTGACAACAGATCGTCTTTTATGAGC  1107

Query 1111  AGAACGAGTAAAAGTAAAAGCGGAAGTAGTCGAAATCTTCTAAAAACCGATGACTTGTCCAATGATGTCTGTGC  1184
            |||||.||.||.||||||||.||.||||||||.||.||.||.|||||.||||||||||||||||||||.|||||
Sbjct 1108  AGAACCAGCAAGAGTAAAAGTGGGAGTAGTCGCAACCTCCTGAAAACGGATGACTTGTCCAATGATGTTTGTGC  1181

Query 1185  TGTTTTGAAGCTCGATAATACTGTGGTTGGCCAAACTAGCTGGAAACCCATTTCCAATCAGTCATGGGACCAGA  1258
            ||||||||||||.|||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||.||||||||.||||||||||
Sbjct 1182  TGTTTTGAAGCTAGATAATACTGTGGTTGGTCAAACTAGCTGGAAACCCATTTCAAATCAGTCGTGGGACCAGA  1255

Query 1259  AGTTTACACTGGAACTGGACAG----------------------------------------------------  1280
            ||||||||||||||||.|||||                                                    
Sbjct 1256  AGTTTACACTGGAACTAGACAGGTCACGTGAACTGGAAATTTCAGTTTATTGGCGTGATTGGCGATCTCTGTGT  1329

Query 1281  --------------------------------------------------------------------------  1280
                                                                                      
Sbjct 1330  GCTGTAAAATTTCTGAGGTTAGAAGATTTTTTAGACAACCAGCGGCATGGCATGTGTCTCTATTTGGAACCACA  1403

Query 1281  ------------------GGTTACCTTTTTTAATCCAGTTATTGAAAGAAGACCAAAACTTCAAAGACAAAAGA  1336
                              ||||||.||||||||||||||||||||||||.||||||||||.|||||||||||||
Sbjct 1404  GGGTACTTTGTTTGCAGAGGTTACTTTTTTTAATCCAGTTATTGAAAGACGACCAAAACTCCAAAGACAAAAGA  1477

Query 1337  AAATTTTTTCAAAGCAACAAGGCAAAACATTTCTCAGAGCTCCTCAAATGAATATTAATATTGCCACTTGGGGA  1410
            |||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1478  AAATTTTTTCAAAACAACAAGGCAAAACATTTCTCAGAGCTCCTCAGATGAATATTAATATTGCCACTTGGGGA  1551

Query 1411  AGGCTAGTAAGAAGAGCTATTCCTACAGTAAATCATTCTGGCACCTTCAGCCCTCAAGCTCCTGTGCCTACTAC  1484
            ||.|||||.|||.||||||||||.||||||||||||||||||||.|||||||||||..|||||||||||.|.||
Sbjct 1552  AGACTAGTGAGACGAGCTATTCCCACAGTAAATCATTCTGGCACATTCAGCCCTCAGACTCCTGTGCCTGCAAC  1625

Query 1485  AGTGCCAGTGGTTGATGTACGCATCCCTCAACTAGCACCTCCAGCTAGCGATTCTACAGTAACCAAATTGGACT  1558
            |||||||||.|||||.|.||||||.|||.|.|||||||||||.||.||.||.||||||||||||||||||||||
Sbjct 1626  AGTGCCAGTCGTTGACGCACGCATTCCTGATCTAGCACCTCCGGCCAGTGACTCTACAGTAACCAAATTGGACT  1699

Query 1559  TTGATCTTGAGCCTGAACCTCCTCCAGCCCCACCACGAGCTTCTTCTCTTGGAGAAATAGATGAATCTTCTGAA  1632
            ||||||||||.|||||||||||||||||||||||.||.||||||||.||||||||.|.||||||||||||||||
Sbjct 1700  TTGATCTTGAACCTGAACCTCCTCCAGCCCCACCTCGTGCTTCTTCCCTTGGAGAGACAGATGAATCTTCTGAA  1773

Query 1633  TTAAGAGTTTTGGATATACCAGGACAGGATTCAGAGACTGTTTTTGATATTCAGAATGACAGAAATAGTATACT  1706
            ||.|||||||||||||||||.|||||||.||||||.||||||||..|||||.|||||||||||||||...|.|.
Sbjct 1774  TTGAGAGTTTTGGATATACCTGGACAGGGTTCAGAAACTGTTTTCAATATTGAGAATGACAGAAATAACCTGCG  1847

Query 1707  TCCAAAATCTCAATCTGAATACAAGCCTGA-TACTCCTCAGTCAGGCCTAGAA--TATAGTGGTATTCAAGAAC  1777
            |||||||||..||||||||||..|| |||| .|.||||.|.|||||  |.|||  |...|.|||.||..|||.|
Sbjct 1848  TCCAAAATCCAAATCTGAATATGAG-CTGAGCATTCCTGACTCAGG--TCGAAGCTGCTGGGGTGTTGGAGAGC  1918

Query 1778  TTGAGGACAGAAGATCTCAGCAAAGGTTTCAGTTTAATCTACAAGATTTCAGGTGTTGTGCTGTCTTGGGAAGA  1851
            ||||.||||..|||.|||||||.|||||||||||.|.||||||.||.||||||||.||||||||||||||.|||
Sbjct 1919  TTGATGACAAGAGAGCTCAGCAGAGGTTTCAGTTCAGTCTACAGGACTTCAGGTGCTGTGCTGTCTTGGGGAGA  1992

Query 1852  GGACATTTTGGAAAGGTGCTTTTAGCTGAATATAAAAACACAAATGAGATGTTTGCTATAAAAGCCTTAAAGAA  1925
            |||||.||||||||||||||.||.||.|||||||||.||||||||||.||||||||.|||||||||||||||||
Sbjct 1993  GGACACTTTGGAAAGGTGCTGTTGGCGGAATATAAACACACAAATGAAATGTTTGCAATAAAAGCCTTAAAGAA  2066

Query 1926  AGGAGATATTGTGGCTCGAGATGAAGTAGACAGCCTGATGTGTGAAAAAAGAATTTTTGAAACTGTGAATAGTG  1999
            ||||||.||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||
Sbjct 2067  AGGAGACATTGTGGCACGAGATGAAGTAGACAGCCTGATGTGTGAAAAAAGAATTTTTGAGACTGTGAATAGTG  2140

Query 2000  TAAGGCATCCCTTTTTGGTGAACCTTTTTGCATGTTTCCAAACCAAAGAGCATGTTTGCTTTGTAATGGAATAT  2073
            |.|||||.||.|||.|.||||||||||||||||||||||||||.|||||.|||||||||||.||.|||||.|||
Sbjct 2141  TCAGGCACCCGTTTCTAGTGAACCTTTTTGCATGTTTCCAAACAAAAGAACATGTTTGCTTCGTGATGGAGTAT  2214

Query 2074  GCTGCCGGTGGGGACCTAATGATGCACATTCATACTGATGTCTTTTCTGAACCAAGAGCTGTATTTTATGCTGC  2147
            |||||.|||||.|||||.|||||||||||.||||||||||||||.||||||||.|||||||||||||||||.||
Sbjct 2215  GCTGCAGGTGGTGACCTGATGATGCACATCCATACTGATGTCTTCTCTGAACCCAGAGCTGTATTTTATGCAGC  2288

Query 2148  TTGTGTAGTTCTTGGGTTGCAGTATTTACATGAACACAAAATTGTTTATAGAGATTTGAAATTGGATAACTTAT  2221
            .||||||||||||||||||||.||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||.|
Sbjct 2289  ATGTGTAGTTCTTGGGTTGCAATACTTACATGAACACAAAATTGTTTATAGAGATTTGAAGTTGGATAACTTGT  2362

Query 2222  TGCTAGATACAGAGGGCCTTGTGAAAATTGCTGATTTTGGTCTTTGCAAAGAAGGAATGGGATATGGAGATAGA  2295
            |||||||||||||.|||.||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||.
Sbjct 2363  TGCTAGATACAGAAGGCTTTGTGAAAATTGCTGACTTTGGTCTTTGCAAAGAAGGAATGGGGTATGGAGATAGG  2436

Query 2296  ACAAGCACATTTTGTGGCACTCCTGAATTTCTTGCCCCAGAAGTATTAACAGAAACTTCTTATACAAGGGCTGT  2369
            |||||||||||||||||.||||||||.|||||||||||||||||..||||||||||.||.||.|||||||||||
Sbjct 2437  ACAAGCACATTTTGTGGTACTCCTGAGTTTCTTGCCCCAGAAGTCCTAACAGAAACATCGTACACAAGGGCTGT  2510

Query 2370  AGATTGGTGGGGCCTTGGCGTGCTTATATATGAAATGCTTGTTGGTGAGTCTCCCTTTCCTGGTGATGATGAAG  2443
            ||||||||||||||||||.||.|||||||||||.|||||.||.||.||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2511  AGATTGGTGGGGCCTTGGTGTACTTATATATGAGATGCTCGTCGGCGAGTCTCCCTTTCCTGGTGATGATGAAG  2584

Query 2444  AGGAAGTTTTTGACAGTATTGTAAATGATGAAGTAAGGTATCCAAGGTTCTTATCTACAGAAGCCATTTCTATA  2517
            |.||.|||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||
Sbjct 2585  AAGAGGTTTTTGACAGTATTGTAAATGACGAAGTAAGGTATCCAAGGTTCTTATCTACAGAAGCCATTTCCATA  2658

Query 2518  ATGAGAAGGCTGTTAAGAAGAAATCCTGAACGGCGCCTTGGGGCTAGCGAGAAAGATGCAGAGGATGTAAAAAA  2591
            ||||||||||||.||||.|||||||||||.||||||||.||.|||.|.|||||.||||||||||||||.||.||
Sbjct 2659  ATGAGAAGGCTGCTAAGGAGAAATCCTGAGCGGCGCCTGGGAGCTGGTGAGAAGGATGCAGAGGATGTCAAGAA  2732

Query 2592  GCACCCATTTTTCCGGCTAATTGATTGGAGCGCTCTGATGGACAAAAAAGTAAAGCCACCATTTATACCTACCA  2665
            ||||||.|||||||||||||..||.|||||.|||||.|||||||||||||||||||||||||||.|||||||||
Sbjct 2733  GCACCCGTTTTTCCGGCTAACCGACTGGAGTGCTCTAATGGACAAAAAAGTAAAGCCACCATTTGTACCTACCA  2806

Query 2666  TAAGAGGACGAGAAGATGTTAGTAATTTTGATGATGAATTTACCTCAGAAGCACCTATTCTGACTCCACCTCGA  2739
            |.||||||||.||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2807  TTAGAGGACGGGAAGATGTTAGTAACTTTGATGATGAATTTACCTCAGAAGCACCTATTCTGACTCCACCTCGA  2880

Query 2740  GAACCAAGGATACTTTCGGAAGAGGAGCAGGAAATGTTCAGAGATTTTGACTACATTGCTGATTGGTGT  2808
            ||||||||||||||.|.|||||||||||||||.||||||...||||||||||||.||||||||||||||
Sbjct 2881  GAACCAAGGATACTCTTGGAAGAGGAGCAGGAGATGTTCCACGATTTTGACTACGTTGCTGATTGGTGT  2949