Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroad304_15672
• Subject: XR_001754439.2
• Aligned Length: 2201
• Identities: 1521
• Gaps: 677

Alignment

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct    1  ATGTGTGCTGGTGAATGTGAGTACAGGGAAGCAGCGGCCGCCATTTCAGGGAGCTTGTCGACGCTGTCGCAGGG  74

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct   75  GTGGATCCTGAGCTGCCGAAGCCGCCGTCCTGCTCTCCCGCGTGGGCTTCTCTAATTCCATTGTTTTTTTTAGA  148

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct  149  TTCTCTCGGGCCTAGCCGTCCTTGGAACCCGATATTCGGGCTGGGCGGTTCCGCGGCCTGGGCCTAGGGGCTTA  222

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct  223  ACAGTAGCAACAGAAGCGGCGGCGGCGGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAATCTCTTCCCGAACACGAGCACC  296

Query    1  -------------------------------------ATGGCAGACGATATTGATATTGAAGCAATGCTTGAGG  37
                                                 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  297  ACAGGCGCCCGAAGGCCGGAACAGGCGTTTAGAGAAAATGGCAGACGATATTGATATTGAAGCAATGCTTGAGG  370

Query   38  CTCCTTACAAGAAGGATGAGAACAAGTTGAGCAGTGCCAACGGCCATGAAGAACGTAGCAAAAAGAGGAAAAAA  111
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  371  CTCCTTACAAGAAGGATGAGAACAAGTTGAGCAGTGCCAACGGCCATGAAGAACGTAGCAAAAAGAGGAAAAAA  444

Query  112  AGCAAGAGCAGAAGTCGTAGTCATGAACGAAAGAGAAGCAAAAGTAAGGAACGGAAGCGAAGTAGAGACAGAGA  185
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  445  AGCAAGAGCAGAAGTCGTAGTCATGAACGAAAGAGAAGCAAAAGTAAGGAACGGAAGCGAAGTAGAGACAGAGA  518

Query  186  AAGGAAAAAGAGCAAAAGCCGTGAAAGAAAGCGAAGTAGAAGCAAAGAGAGGCGACGGAGCCGCTCAAGAAGTC  259
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  519  AAGGAAAAAGAGCAAAAGCCGTGAAAGAAAGCGAAGTAGAAGCAAAGAGAGGCGACGGAGCCGCTCAAGAAGTC  592

Query  260  GAGATCGAAGATTTAGAGGCCGCTACAGAAGTCCTTA-------------------------------------  296
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||                                     
Sbjct  593  GAGATCGAAGATTTAGAGGCCGCTACAGAAGTCCTTACTCCGGACCAAAATTTAACAGTGCCATCCGAGGAAAG  666

Query  297  -----------------------------CAGACGACGTTCCCGAAGCAAAAGTCCATTCAGAAAAGACAAGAG  341
                                         |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  667  ATTGGGTTGCCTCATAGCATCAAATTAAGCAGACGACGTTCCCGAAGCAAAAGTCCATTCAGAAAAGACAAGAG  740

Query  342  CCCTGTGAGAGAACCTATTGATAATTTAACTCCTGAGGAAAGAGATGCAAGGACAGTCTTCTGTATGCAGCTGG  415
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  741  CCCTGTGAGAGAACCTATTGATAATTTAACTCCTGAGGAAAGAGATGCAAGGACAGTCTTCTGTATGCAGCTGG  814

Query  416  CGGCAAGAATTCGACCAAGGGATTTGGAAGAGTTTTTCTCTACAGTAGGAAAGGTTCGAGATGTGAGGATGATT  489
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  815  CGGCAAGAATTCGACCAAGGGATTTGGAAGAGTTTTTCTCTACAGTAGGAAAGGTTCGAGATGTGAGGATGATT  888

Query  490  TCTGACAGAAATTCAAGACGTTCCAAAGGAATTGCTTATGTGGAGTTCGTCGATGTTAGCTCAGTGCCTCTAGC  563
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  889  TCTGACAGAAATTCAAGACGTTCCAAAGGAATTGCTTATGTGGAGTTCGTCGATGTTAGCTCAGTGCCTCTAGC  962

Query  564  AATAGGATTAACTGGCCAACGAGTTTTAGGCGTGCCAATCATAGTACAGGCATCACAGGCAGAAAAAAACAGAG  637
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  963  AATAGGATTAACTGGCCAACGAGTTTTAGGCGTGCCAATCATAGTACAGGCATCACAGGCAGAAAAAAACAGAG  1036

Query  638  CTGCAGCAATGGCAAACAATTTACAAAAGGGAAGTGCTGGACCTATGAGGCTTTATGTGGGCTCATTACACTTC  711
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1037  CTGCAGCAATGGCAAACAATTTACAAAAGGGAAGTGCTGGACCTATGAGGCTTTATGTGGGCTCATTACACTTC  1110

Query  712  AACATAACTGAAGATATGCTTCGTGGGATCTTTGAGCCTTTTGGAAGAATTGAAAGTATCCAGCTGATGATGGA  785
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1111  AACATAACTGAAGATATGCTTCGTGGGATCTTTGAGCCTTTTGGAAGAATTGAAAGTATCCAGCTGATGATGGA  1184

Query  786  CAGTGAAACTGGTCGATCCAAGGGATATGGATTTATTACATTTTCTGACTCAGAATGTGCCAAAAAGGCTTTGG  859
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1185  CAGTGAAACTGGTCGATCCAAGGGATATGGATTTATTACATTTTCTGACTCAGAATGTGCCAAAAAGGCTTTGG  1258

Query  860  AACAACTTAATGGATTTGAACTAGCAGGAAGACCAATGAAAGTTGGTCATGTTACTGAACGTACTGATGCTTCG  933
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1259  AACAACTTAATGGATTTGAACTAGCAGGAAGACCAATGAAAGTTGGTCATGTTACTGAACGTACTGATGCTTCG  1332

Query  934  AGTGCTAGTTCATTTTTGGACAGTGATGAACTGGAAAGGACTGGAATTGATTTGGGAACAACTGGTCGTCTTCA  1007
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1333  AGTGCTAGTTCATTTTTGGACAGTGATGAACTGGAAAGGACTGGAATTGATTTGGGAACAACTGGTCGTCTTCA  1406

Query 1008  GTTAATGGCAAGACTTGCAGAGGGTACAGGTTTGCAGATTCCGCCAGCAGCACAGCAAGCTCTACAGATGAGTG  1081
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1407  GTTAATGGCAAGACTTGCAGAGGGTACAGGTTTGCAGATTCCGCCAGCAGCACAGCAAGCTCTACAGATGAGTG  1480

Query 1082  GCTCTTTGGCATTTGGTGCTGTGGCAG-------------AATTCTCTTTT-----------------------  1119
            |||||||||||||||||||||||||||             ||||||.||.|                       
Sbjct 1481  GCTCTTTGGCATTTGGTGCTGTGGCAGGAAAAAAAAGACAAATTCTGTTATTATTTAAAGTTTATTGACACTGT  1554

Query 1120  ---------------------------------------GTTA-------------------------------  1123
                                                   ||||                               
Sbjct 1555  TCACATGGTCCTATCTTCAAGTTCCTTCAGTATACACCAGTTACATTTCTTCAGCTCCCTGAGATGCCAATTTT  1628

Query 1124  --------------TAGATTTGCAAACAAGACTTTCCCAGCAGACTGAAGCTTCAGCTTTAGCTGCAGCTGCCT  1183
                          .|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1629  GAGCACCTAGGACCCAGATTTGCAAACAAGACTTTCCCAGCAGACTGAAGCTTCAGCTTTAGCTGCAGCTGCCT  1702

Query 1184  CTGTTCAGCCACTTGCAACACAATGTTTCCAACTCTCTAACATGTTTAACCCTCAAACAGAAGAAGAAGTTGGA  1257
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1703  CTGTTCAGCCACTTGCAACACAATGTTTCCAACTCTCTAACATGTTTAACCCTCAAACAGAAGAAGAAGTTGGA  1776

Query 1258  TGGGATACCGAGATTAAGGATGATGTGATTGAAGAATGTAATAAACATGGAGGAGTTATTCATATTTATGTTGA  1331
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1777  TGGGATACCGAGATTAAGGATGATGTGATTGAAGAATGTAATAAACATGGAGGAGTTATTCATATTTATGTTGA  1850

Query 1332  CAAAAATTCAGCTCAGGGCAATGTGTATGTGAAGTGCCCATCAATTGCTGCAGCTATTGCTGCTGTCAATGCAT  1405
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1851  CAAAAATTCAGCTCAGGGCAATGTGTATGTGAAGTGCCCATCAATTGCTGCAGCTATTGCTGCTGTCAATGCAT  1924

Query 1406  TGCATGGCAGGTGGTTTGCTGGTAAAATGATAACAGCAGCATATGTACCTCTTCCAACTTACCACAACCTGTTT  1479
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1925  TGCATGGCAGGTGGTTTGCTGGTAAAATGATAACAGCAGCATATGTACCTCTTCCAACTTACCACAACCTGTTT  1998

Query 1480  CCTGATTCTATGACAGCAACACAGCTACTGGTTCCAAGTAGACGA-----------------------------  1524
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||                             
Sbjct 1999  CCTGATTCTATGACAGCAACACAGCTACTGGTTCCAAGTAGACGATGAAGGAAGATATAGTCCCTTATGTATAT  2072

Query 1525  --------------------------------------------------------------------------  1524
                                                                                      
Sbjct 2073  AGCTTTTTTTCTTTCTTGAGAATTCATCTTGAGTTATCTTTTATTTAGATAAAAATAAAGAGGCAAGGATCTAC  2146

Query 1525  -------------------------------------------------------  1524
                                                                   
Sbjct 2147  TGTCATTTGTATGCAATTTCCTGTTACCTTGAAAAAATAAAAATGTTAACAGGAA  2201