Nucleotide Global Alignment
Description
- Query:
- ccsbBroad304_16175
- Subject:
- XM_011241136.2
- Aligned Length:
- 2530
- Identities:
- 2041
- Gaps:
- 341
Alignment
Query 1 ATGGCGGCGCTGA------------------------------------------------GCGGTGGCGGT-- 24
||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1 ATGGCGGCGCTGAGTGGCGGCGGTGGCAGCAGCAGCGGTGGCGGCGGCGGCGGTGGCGGCGGCGGTGGCGGTGG 74
Query 25 -------GGTGGCGGCGCGGAGCCGGGCCAGGCTCTGTTCAACGGGGACATGGAGCCCGAGGCCGGCGCCGGCG 91
||.||||||||.||||.||||||||||||||||||.||.|||||||||||.||| |||||||
Sbjct 75 CGACGGCGGCGGCGGCGCCGAGCAGGGCCAGGCTCTGTTCAATGGCGACATGGAGCCGGAG------GCCGGCG 142
Query 92 CCGGCGCCGCGGCCTCTTCGGCTGCGGACCCTGCCATTCCGGAGGAGGTGTGGAATATCAAACAAATGATTAAG 165
|.|||||||||||||||||||||||||||||.||||||||.||.|||||.|||||||||||.||||||||||||
Sbjct 143 CTGGCGCCGCGGCCTCTTCGGCTGCGGACCCGGCCATTCCTGAAGAGGTATGGAATATCAAGCAAATGATTAAG 216
Query 166 TTGACACAGGAACATATAGAGGCCCTATTGGACAAATTTGGTGGGGAGCATAATCCACCATCAATATATCTGGA 239
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||.||||||||||||||.|||||
Sbjct 217 TTGACACAGGAACATATAGAGGCCCTATTGGACAAATTTGGTGGAGAGCATAACCCACCATCAATATACCTGGA 290
Query 240 GGCCTATGAAGAATACACCAGCAAGCTAGATGCACTCCAACAAAGAGAACAACAGTTATTGGAATCTCTGGGGA 313
||||||||||||.||||||||||||||||||||.||.||.|||||||||||.|||.|.||||||||.|||
Sbjct 291 GGCCTATGAAGAGTACACCAGCAAGCTAGATGCCCTTCAGCAAAGAGAACAGCAGCTTTTGGAATCCCTG---- 360
Query 314 ACGGAACTGATTTTTCTGTTTCTAGCTCTGCATCAATGGATACCGTTACATCTTCTTCCTCTTCTAGCCTTTCA 387
Sbjct 361 -------------------------------------------------------------------------- 360
Query 388 GTGCTACCTTCATCTCTTTCAGTTTTTCAAAATCCCACAGATGTGGCACGGAGCAACCCCAAGTCACCACAAAA 461
||||||||||.|||||||||||...||||||.||||||||||||||||||.||
Sbjct 361 ---------------------GTTTTTCAAACTCCCACAGATGCATCACGGAACAACCCCAAGTCACCACAGAA 413
Query 462 ACCTATCGTTAGAGTCTTCCTGCCCAACAAACAGAGGACAGTGGTACCTGCAAGGTGTGGAGTTACAGTCCGAG 535
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||.|||||.||||||||.||||
Sbjct 414 ACCTATCGTTAGAGTCTTCCTGCCCAACAAACAGAGGACAGTGGTACCCGCAAGATGTGGTGTTACAGTTCGAG 487
Query 536 ACAGTCTAAAGAAAGCACTGATGATGAGAGGTCTAATCCCAGAGTGCTGTGCTGTTTACAGAATTCAGGATGG- 608
||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 488 ACAGTCTAAAGAAAGCACTGATGATGAGAGGTCTCATCCCAGAATGCTGTGCTGTTTACAGAATTCAGGATGGG 561
Query 609 --------AGAGAAGAAACCAATTGGTTGGGACACTGATATTTCCTGGCTTACTGGAGAAGAATTGCATGTGGA 674
||||||||||||||||||.||||||||.||.||||||||||||||||||||.||.||.|||||.||
Sbjct 562 TATGGTTTAGAGAAGAAACCAATTGGCTGGGACACGGACATTTCCTGGCTTACTGGAGAGGAGTTACATGTTGA 635
Query 675 AGTGTTGGAGAATGTTCCACTTACAACACACAACTTTGTACGAAAAACGTTTTTCACCTTAGCATTTTGTGACT 748
|||..||||||||||.||||||||||||||||||||||||||.|||||.|||||||||||||||||||||||||
Sbjct 636 AGTACTGGAGAATGTCCCACTTACAACACACAACTTTGTACGGAAAACTTTTTTCACCTTAGCATTTTGTGACT 709
Query 749 TTTGTCGAAAGCTGCTTTTCCAGGGTTTCCGCTGTCAAACATGTGGTTATAAATTTCACCAGCGTTGTAGTACA 822
||||.||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 710 TTTGCCGAAAGCTGCTTTTCCAGGGTTTCCGTTGTCAAACATGTGGTTATAAATTTCACCAGCGTTGTAGTACA 783
Query 823 GAAGTTCCACTGATGTGTGTTAATTATGACCAACTTGATTTGCTGTTTGTCTCCAAGTTCTTTGAACACCACCC 896
||.|||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||.|||||
Sbjct 784 GAGGTTCCACTGATGTGTGTAAATTATGACCAACTTGATTTGCTGTTTGTCTCCAAGTTCTTTGAGCATCACCC 857
Query 897 AATACCACAGGAAGAGGCGTCCTTAGCAGAGACTGCCCTAACATCTGGATCATCCCCTTCCGCACCCGCCTCGG 970
|.||||||||||.|||||.|||||..|||||||||||||..||||||| ||||.|||||||||||.||||.|
Sbjct 858 AGTACCACAGGAGGAGGCCTCCTTCCCAGAGACTGCCCTTCCATCTGG---ATCCTCTTCCGCACCCCCCTCAG 928
Query 971 ACTCTATTGGGCCCCAAATTCTCACCAGTCCGTCTCCTTCAAAATCCATTCCAATTCCACAGCCCTTCCGACCA 1044
||||||.||||||||||||.|||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 929 ACTCTACTGGGCCCCAAATCCTCACCAGTCCATCTCCTTCAAAATCCATTCCAATTCCACAGCCCTTCCGACCA 1002
Query 1045 GCAGATGAAGATCATCGAAATCAATTTGGGCAACGAGACCGATCCTCATCAGCTCCCAATGTGCATATAAACAC 1118
|||||||||||||||||.|||||.|||||||||||||||||.|||||.||||||||||||||.|||||||||||
Sbjct 1003 GCAGATGAAGATCATCGCAATCAGTTTGGGCAACGAGACCGGTCCTCCTCAGCTCCCAATGTTCATATAAACAC 1076
Query 1119 AATAGAACCTGTCAATATTGAT------------------------------------GACTTGATTAGAGACC 1156
|||.||.|||||.|||||.||| ||.|||||||||||||
Sbjct 1077 AATTGAGCCTGTGAATATCGATGAAAAATTCCCAGAAGTGGAATTACAGGATCAAAGGGATTTGATTAGAGACC 1150
Query 1157 AAGGATTTCGTGGTGATG-------------------------------------------------------- 1174
|.||.|||||||||||||
Sbjct 1151 AGGGGTTTCGTGGTGATGGAGCCCCCTTGAACCAACTGATGCGCTGTCTTCGGAAATACCAATCCCGGACTCCC 1224
Query 1175 ----------------------------------------------------------------GAGGATCAAC 1184
||||.|||||
Sbjct 1225 AGCCCCCTCCTCCATTCTGTCCCCAGTGAAATAGTGTTTGATTTTGAGCCTGGCCCAGTGTTCAGAGGGTCAAC 1298
Query 1185 CACAGGTTTGTCTGCTACCCCCCCTGCCTCATTACCTGGCTCACTAACTAACGTGAAAGCCTTACAGAAATCTC 1258
||||||.|||||.||.|||||.|||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1299 CACAGGCTTGTCCGCCACCCCGCCTGCCTCATTACCTGGCTCACTCACTAACGTGAAAGCCTTACAGAAATCTC 1372
Query 1259 CAGGACCTCAGCGAGAAAGGAAGTCATCT------TCATCCTCAGAAGACAGGAATCGAATGAAAACACTTGGT 1326
||||.||||||||.||||||||||||||| ||||||||.||.|||||.|.|||.|||||||||||||||
Sbjct 1373 CAGGTCCTCAGCGGGAAAGGAAGTCATCTTCTTCCTCATCCTCGGAGGACAGAAGTCGGATGAAAACACTTGGT 1446
Query 1327 AGACGGGACTCGAGTGATGATTGGGAGATTCCTGATGGGCAGATTACAGTGGGACAAAGAATTGGATCTGGATC 1400
|||.|.||.||.||||||||.|||||||||||||||||.|||||||||||||||||.||||||||||||||.||
Sbjct 1447 AGAAGAGATTCAAGTGATGACTGGGAGATTCCTGATGGACAGATTACAGTGGGACAGAGAATTGGATCTGGGTC 1520
Query 1401 ATTTGGAACAGTCTACAAGGGAAAGTGGCATGGTGATGTGGCAGTGAAAATGTTGAATGTGACAGCACCTACAC 1474
|||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||
Sbjct 1521 ATTTGGAACTGTCTACAAGGGAAAGTGGCATGGTGATGTGGCAGTGAAAATGTTGAATGTGACAGCACCCACAC 1594
Query 1475 CTCAGCAGTTACAAGCCTTCAAAAATGAAGTAGGAGTACTCAGGAAAACACGACATGTGAATATCCTACTCTTC 1548
||||.|||.||||.|||||||||||||||||||||||.|||||||||||.|||||||||||||||||.||.|||
Sbjct 1595 CTCAACAGCTACAGGCCTTCAAAAATGAAGTAGGAGTGCTCAGGAAAACTCGACATGTGAATATCCTCCTTTTC 1668
Query 1549 ATGGGCTATTCCACAAAGCCACAACTGGCTATTGTTACCCAGTGGTGTGAGGGCTCCAGCTTGTATCACCATCT 1622
|||||||||||.|||||||||||||||||.||||||||.|||||||||||||||||||||||.|||||||||||
Sbjct 1669 ATGGGCTATTCTACAAAGCCACAACTGGCAATTGTTACACAGTGGTGTGAGGGCTCCAGCTTATATCACCATCT 1742
Query 1623 CCATATCATTGAGACCAAATTTGAGATGATCAAACTTATAGATATTGCACGACAGACTGCACAGGGCATGGATT 1696
|||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||.||||||||||||||||||||||
Sbjct 1743 CCACATCATTGAGACCAAATTTGAGATGATCAAACTTATAGATATTGCTCGGCAGACTGCACAGGGCATGGATT 1816
Query 1697 ACTTACACGCCAAGTCAATCATCCACAGAGACCTCAAGAGTAATAATATATTTCTTCATGAAGACCTCACAGTA 1770
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||
Sbjct 1817 ACTTACACGCCAAGTCAATCATCCACAGAGACCTCAAGAGTAATAATATATTTCTTCATGAAGACCTCACGGTA 1890
Query 1771 AAAATAGGTGATTTTGGTCTAGCTACAGAGAAATCTCGATGGAGTGGGTCCCATCAGTTTGAACAGTTGTCTGG 1844
|||||||||||.|||||||||||.||||.|||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1891 AAAATAGGTGACTTTGGTCTAGCCACAGTGAAATCTCGGTGGAGTGGGTCCCATCAGTTTGAACAGTTGTCTGG 1964
Query 1845 ATCCATTTTGTGGATGGCACCAGAAGTCATCAGAATGCAAGATAAAAATCCATACAGCTTTCAGTCAGATGTAT 1918
|||.|||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||.||.||.||||||||||||||.||.|
Sbjct 1965 ATCTATTTTGTGGATGGCACCAGAAGTAATCAGAATGCAAGATAAAAACCCGTATAGCTTTCAGTCAGACGTGT 2038
Query 1919 ATGCATTTGGAATTGTTCTGTATGAATTGATGACTGGACAGTTACCTTATTCAAACATCAACAACAGGGACCAG 1992
||||.|||||.|||||||||||.|||.|||||||.||.|||.||||||||||||||||||||||||||||.|||
Sbjct 2039 ATGCGTTTGGGATTGTTCTGTACGAACTGATGACCGGCCAGCTACCTTATTCAAACATCAACAACAGGGATCAG 2112
Query 1993 ATAATTTTTATGGTGGGACGAGGATACCTGTCTCCAGATCTCAGTAAGGTACGGAGTAACTGTCCAAAAGCCAT 2066
|||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2113 ATAATTTTTATGGTGGGACGAGGATACCTATCTCCAGATCTCAGTAAGGTACGGAGTAACTGTCCAAAAGCCAT 2186
Query 2067 GAAGAGATTAATGGCAGAGTGCCTCAAAAAGAAAAGAGATGAGAGACCACTCTTTCCCCAAATTCTCGCCTCTA 2140
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||.|
Sbjct 2187 GAAGAGATTAATGGCAGAGTGCCTCAAAAAGAAAAGAGACGAGAGACCACTCTTTCCCCAAATTCTCGCCTCCA 2260
Query 2141 TTGAGCTGCTGGCCCGCTCATTGCCAAAAATTCACCGCAGTGCATCAGAACCCTCCTTGAATCGGGCTGGTTTC 2214
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||
Sbjct 2261 TTGAGCTGCTGGCCCGCTCATTGCCAAAAATTCACCGCAGTGCATCAGAACCTTCCTTGAATCGGGCTGGTTTC 2334
Query 2215 CAAACAGAGGATTTTAGTCTATATGCTTGTGCTTCTCCAAAAACACCCATCCAGGCAGGGGGATATGGTGCGTT 2288
||||||||.|||||||||||.|||||||||||||||||.||||||||||||||.||||||||||||||.|..||
Sbjct 2335 CAAACAGAAGATTTTAGTCTGTATGCTTGTGCTTCTCCGAAAACACCCATCCAAGCAGGGGGATATGGAGAATT 2408
Query 2289 T----CCTGTCCAC 2298
| ||| ||.|.
Sbjct 2409 TGCAGCCT-TCAAG 2421