Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroadEn_00024
• Subject: NM_001320613.2
• Aligned Length: 3435
• Identities: 3432
• Gaps: 3

Alignment

Query    1  ATGCCGAGGAACCAGGGCTTCTCCGAGCCCGAATACTCGGCCGAGTACTCAGCCGAGTACTCCGTCAGCCTGCC  74
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct    1  ATGCCGAGGAACCAGGGCTTCTCCGAGCCCGAATACTCGGCCGAGTACTCAGCCGAGTACTCCGTCAGCCTGCC  74

Query   75  CTCCGACCCTGACCGCGGGGTGGGCCGGACCCATGAAATCTCGGTCCGGAACTCGGGCTCCTGCCTGTGCCTGC  148
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct   75  CTCCGACCCTGACCGCGGGGTGGGCCGGACCCATGAAATCTCGGTCCGGAACTCGGGCTCCTGCCTGTGCCTGC  148

Query  149  CTCGCTTCATGCGGCTGACTTTCGTGCCGGAGTCCTTGGAGAACCTCTACCAGACCTACTTCAAAAGGCAGCGC  222
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  149  CTCGCTTCATGCGGCTGACTTTCGTGCCGGAGTCCTTGGAGAACCTCTACCAGACCTACTTCAAAAGGCAGCGC  222

Query  223  CACGAGACCCTGCTGGTGCTGGTGGTCTTTGCAGCCCTCTTTGACTGCTACGTGGTGGTCATGTGTGCTGTGGT  296
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  223  CACGAGACCCTGCTGGTGCTGGTGGTCTTTGCAGCCCTCTTTGACTGCTACGTGGTGGTCATGTGTGCTGTGGT  296

Query  297  CTTCTCCAGCGACAAGCTGGCTTCCCTCGCCGTGGCTGGAATTGGACTGGTGTTGGACATCATCCTCTTCGTGC  370
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  297  CTTCTCCAGCGACAAGCTGGCTTCCCTCGCCGTGGCTGGAATTGGACTGGTGTTGGACATCATCCTCTTCGTGC  370

Query  371  TCTGCAAAAAGGGGCTGCTCCCGGACCGGGTCACCCGCAGAGTGCTGCCCTACGTGCTGTGGCTGCTCATAACC  444
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  371  TCTGCAAAAAGGGGCTGCTCCCGGACCGGGTCACCCGCAGAGTGCTGCCCTACGTGCTGTGGCTGCTCATAACC  444

Query  445  GCCCAGATCTTCTCCTACCTGGGCCTGAACTTCGCGCGTGCCCACGCGGCTAGTGACACGGTGGGCTGGCAGGT  518
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  445  GCCCAGATCTTCTCCTACCTGGGCCTGAACTTCGCGCGTGCCCACGCGGCTAGTGACACGGTGGGCTGGCAGGT  518

Query  519  CTTCTTTGTCTTCTCCTTCTTCATCACGCTGCCCCTCAGCCTCAGCCCCATCGTGATCATCTCCGTGGTCTCCT  592
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  519  CTTCTTTGTCTTCTCCTTCTTCATCACGCTGCCCCTCAGCCTCAGCCCCATCGTGATCATCTCCGTGGTCTCCT  592

Query  593  GTGTGGTGCACACGTTGGTCCTGGGGGTCACCGTGGCCCAGCAGCAGCAGGAGGAGCTCAAGGGGATGCAGCTG  666
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  593  GTGTGGTGCACACGTTGGTCCTGGGGGTCACCGTGGCCCAGCAGCAGCAGGAGGAGCTCAAGGGGATGCAGCTG  666

Query  667  CTGCGGGAGATCCTGGCCAACGTCTTCCTCTACCTGTGCGCCATCGCTGTGGGCATCATGTCCTACTACATGGC  740
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  667  CTGCGGGAGATCCTGGCCAACGTCTTCCTCTACCTGTGCGCCATCGCTGTGGGCATCATGTCCTACTACATGGC  740

Query  741  TGACCGCAAGCACCGCAAGGCCTTCCTGGAGGCCCGCCAGTCGCTGGAGGTGAAGATGAACCTGGAAGAGCAGA  814
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  741  TGACCGCAAGCACCGCAAGGCCTTCCTGGAGGCCCGCCAGTCGCTGGAGGTGAAGATGAACCTGGAAGAGCAGA  814

Query  815  GCCAGCAGCAGGAGAACCTCATGCTTTCCATCCTGCCCAAGCACGTGGCTGACGAGATGCTGAAAGACATGAAG  888
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  815  GCCAGCAGCAGGAGAACCTCATGCTTTCCATCCTGCCCAAGCACGTGGCTGACGAGATGCTGAAAGACATGAAG  888

Query  889  AAAGACGAGAGCCAGAAGGACCAGCAGCAGTTCAACACCATGTACATGTACCGTCACGAGAACGTCAGCATCCT  962
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  889  AAAGACGAGAGCCAGAAGGACCAGCAGCAGTTCAACACCATGTACATGTACCGTCACGAGAACGTCAGCATCCT  962

Query  963  CTTTGCCGACATCGTGGGCTTTACCCAGCTGTCTTCTGCCTGCAGTGCCCAGGAGCTTGTGAAGCTGCTCAACG  1036
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  963  CTTTGCCGACATCGTGGGCTTTACCCAGCTGTCTTCTGCCTGCAGTGCCCAGGAGCTTGTGAAGCTGCTCAACG  1036

Query 1037  AGCTCTTTGCCCGCTTTGACAAGCTGGCAGCTAAATACCACCAGCTGCGGATTAAGATCCTGGGCGACTGCTAC  1110
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1037  AGCTCTTTGCCCGCTTTGACAAGCTGGCAGCTAAATACCACCAGCTGCGGATTAAGATCCTGGGCGACTGCTAC  1110

Query 1111  TACTGCATCTGCGGCTTGCCCGACTACCGGGAGGACCACGCCGTCTGCTCCATCCTCATGGGGCTGGCCATGGT  1184
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1111  TACTGCATCTGCGGCTTGCCCGACTACCGGGAGGACCACGCCGTCTGCTCCATCCTCATGGGGCTGGCCATGGT  1184

Query 1185  GGAGGCCATCTCGTATGTGCGGGAGAAGACCAAGACTGGGGTGGACATGCGTGTGGGGGTGCACACGGGCACCG  1258
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1185  GGAGGCCATCTCGTATGTGCGGGAGAAGACCAAGACTGGGGTGGACATGCGTGTGGGGGTGCACACGGGCACCG  1258

Query 1259  TGCTGGGGGGCGTCCTGGGCCAGAAGCGCTGGCAGTACGACGTGTGGTCGACTGATGTCACTGTAGCCAACAAG  1332
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1259  TGCTGGGGGGCGTCCTGGGCCAGAAGCGCTGGCAGTACGACGTGTGGTCGACTGATGTCACTGTAGCCAACAAG  1332

Query 1333  ATGGAGGCCGGCGGCATCCCTGGGCGCGTGCACATCTCCCAGAGCACCATGGACTGCCTGAAAGGGGAGTTTGA  1406
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1333  ATGGAGGCCGGCGGCATCCCTGGGCGCGTGCACATCTCCCAGAGCACCATGGACTGCCTGAAAGGGGAGTTTGA  1406

Query 1407  TGTGGAGCCAGGCGATGGGGGCAGCCGCTGTGATTACCTAGAAGAGAAGGGTATTGAAACCTACCTCATCATTG  1480
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1407  TGTGGAGCCAGGCGATGGGGGCAGCCGCTGTGATTACCTAGAAGAGAAGGGTATTGAAACCTACCTCATCATTG  1480

Query 1481  CCTCCAAGCCAGAGGTGAAGAAAACAGCCACCCAGAATGGCCTCAATGGCTCGGCCCTGCCCAATGGAGCACCA  1554
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1481  CCTCCAAGCCAGAGGTGAAGAAAACAGCCACCCAGAATGGCCTCAATGGCTCGGCCCTGCCCAATGGAGCACCA  1554

Query 1555  GCTTCCTCAAAGTCCAGCTCCCCTGCCCTCATTGAGACCAAGGAGCCCAACGGGAGTGCCCACAGCAGTGGGTC  1628
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1555  GCTTCCTCAAAGTCCAGCTCCCCTGCCCTCATTGAGACCAAGGAGCCCAACGGGAGTGCCCACAGCAGTGGGTC  1628

Query 1629  CACGTCGGAGAAGCCCGAGGAGCAGGATGCCCAGGCCGACAACCCCTCATTCCCCAACCCACGCCGGAGGCTGC  1702
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1629  CACGTCGGAGAAGCCCGAGGAGCAGGATGCCCAGGCCGACAACCCCTCATTCCCCAACCCACGCCGGAGGCTGC  1702

Query 1703  GCCTGCAGGACCTGGCTGACCGAGTGGTGGATGCCTCTGAAGATGAGCACGAGCTCAACCAGCTGCTCAACGAG  1776
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1703  GCCTGCAGGACCTGGCTGACCGAGTGGTGGATGCCTCTGAAGATGAGCACGAGCTCAACCAGCTGCTCAACGAG  1776

Query 1777  GCCCTGCTTGAGCGAGAGTCCGCCCAAGTAGTAAAGAAGAGAAACACCTTCCTCTTGTCCATGCGGTTCATGGA  1850
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1777  GCCCTGCTTGAGCGAGAGTCCGCCCAAGTAGTAAAGAAGAGAAACACCTTCCTCTTGTCCATGCGGTTCATGGA  1850

Query 1851  CCCCGAGATGGAAACCCGCTACTCGGTGGAGAAGGAGAAGCAGAGTGGGGCTGCCTTCAGCTGCTCCTGCGTCG  1924
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1851  CCCCGAGATGGAAACCCGCTACTCGGTGGAGAAGGAGAAGCAGAGTGGGGCTGCCTTCAGCTGCTCCTGCGTCG  1924

Query 1925  TCCTGCTCTGCACGGCCCTGGTCGAGATACTCATCGACCCCTGGCTAATGACAAACTATGTGACCTTCATGGTG  1998
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1925  TCCTGCTCTGCACGGCCCTGGTCGAGATACTCATCGACCCCTGGCTAATGACAAACTATGTGACCTTCATGGTG  1998

Query 1999  GGGGAGATTCTGCTCCTCATCCTGACCATCTGCTCCCTGGCTGCCATCTTTCCCCGGGCCTTTCCTAAGAAGCT  2072
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1999  GGGGAGATTCTGCTCCTCATCCTGACCATCTGCTCCCTGGCTGCCATCTTTCCCCGGGCCTTTCCTAAGAAGCT  2072

Query 2073  TGTGGCCTTCTCAACTTGGATTGACCGGACCCGCTGGGCCAGGAACACCTGGGCCATGCTCGCCATCTTCATCC  2146
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2073  TGTGGCCTTCTCAACTTGGATTGACCGGACCCGCTGGGCCAGGAACACCTGGGCCATGCTCGCCATCTTCATCC  2146

Query 2147  TGGTGATGGCAAATGTCGTGGACATGCTCAGCTGTCTCCAGTACTACACGGGACCCAGCAATGCAACGGCAGGG  2220
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2147  TGGTGATGGCAAATGTCGTGGACATGCTCAGCTGTCTCCAGTACTACACGGGACCCAGCAATGCAACGGCAGGG  2220

Query 2221  ATGGAAACGGAGGGCAGCTGCCTGGAGAACCCCAAGTATTACAACTATGTGGCCGTGCTGTCCCTCATCGCCAC  2294
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2221  ATGGAAACGGAGGGCAGCTGCCTGGAGAACCCCAAGTATTACAACTATGTGGCCGTGCTGTCCCTCATCGCCAC  2294

Query 2295  CATCATGCTGGTGCAGGTCAGCCACATGGTGAAGCTCACGCTCATGCTGCTCGTCGCAGGCGCCGTGGCCACCA  2368
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2295  CATCATGCTGGTGCAGGTCAGCCACATGGTGAAGCTCACGCTCATGCTGCTCGTCGCAGGCGCCGTGGCCACCA  2368

Query 2369  TCAACCTCTATGCCTGGCGTCCCGTCTTTGATGAATACGACCACAAGCGTTTTCGGGAGCACGACTTACCTATG  2442
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2369  TCAACCTCTATGCCTGGCGTCCCGTCTTTGATGAATACGACCACAAGCGTTTTCGGGAGCACGACTTACCTATG  2442

Query 2443  GTGGCCTTAGAGCAGATGCAAGGATTCAACCCTGGGCTCAATGGCACTGA---CAGGCTGCCCCTGGTGCCTTC  2513
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   |||||||||||||||||||||
Sbjct 2443  GTGGCCTTAGAGCAGATGCAAGGATTCAACCCTGGGCTCAATGGCACTGACAGCAGGCTGCCCCTGGTGCCTTC  2516

Query 2514  CAAGTACTCTATGACGGTGATGGTGTTCCTCATGATGCTCAGCTTCTACTACTTCTCCCGCCACGTAGAAAAAC  2587
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2517  CAAGTACTCTATGACGGTGATGGTGTTCCTCATGATGCTCAGCTTCTACTACTTCTCCCGCCACGTAGAAAAAC  2590

Query 2588  TGGCACGGACACTTTTCTTGTGGAAGATTGAGGTCCACGACCAGAAGGAACGTGTCTATGAGATGCGACGCTGG  2661
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2591  TGGCACGGACACTTTTCTTGTGGAAGATTGAGGTCCACGACCAGAAGGAACGTGTCTATGAGATGCGACGCTGG  2664

Query 2662  AACGAGGCCTTGGTCACCAACATGTTGCCTGAGCACGTGGCACGCCATTTCCTGGGGTCCAAGAAGAGAGATGA  2735
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2665  AACGAGGCCTTGGTCACCAACATGTTGCCTGAGCACGTGGCACGCCATTTCCTGGGGTCCAAGAAGAGAGATGA  2738

Query 2736  GGAGCTGTATAGCCAGACGTATGATGAGATTGGAGTCATGTTTGCCTCCCTGCCCAACTTTGCTGACTTCTACA  2809
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2739  GGAGCTGTATAGCCAGACGTATGATGAGATTGGAGTCATGTTTGCCTCCCTGCCCAACTTTGCTGACTTCTACA  2812

Query 2810  CAGAGGAGAGCATCAACAATGGTGGTATTGAGTGTCTGCGTTTCCTCAATGAAATCATCTCAGATTTTGACTCT  2883
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2813  CAGAGGAGAGCATCAACAATGGTGGTATTGAGTGTCTGCGTTTCCTCAATGAAATCATCTCAGATTTTGACTCT  2886

Query 2884  CTCCTGGACAATCCCAAGTTCCGGGTGATCACCAAGATCAAAACCATTGGCAGCACGTATATGGCGGCTTCAGG  2957
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2887  CTCCTGGACAATCCCAAGTTCCGGGTGATCACCAAGATCAAAACCATTGGCAGCACGTATATGGCGGCTTCAGG  2960

Query 2958  AGTCACCCCCGATGTCAACACCAATGGCTTTGCCAGCTCCAACAAGGAAGACAAGTCCGAGAGAGAGCGCTGGC  3031
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2961  AGTCACCCCCGATGTCAACACCAATGGCTTTGCCAGCTCCAACAAGGAAGACAAGTCCGAGAGAGAGCGCTGGC  3034

Query 3032  AGCACCTGGCTGACCTGGCCGACTTCGCGCTGGCCATGAAGGATACGCTCACCAACATCAACAACCAGTCCTTC  3105
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3035  AGCACCTGGCTGACCTGGCCGACTTCGCGCTGGCCATGAAGGATACGCTCACCAACATCAACAACCAGTCCTTC  3108

Query 3106  AATAACTTCATGCTGCGCATAGGCATGAACAAAGGCGGGGTTCTGGCTGGGGTCATCGGAGCCCGGAAACCACA  3179
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3109  AATAACTTCATGCTGCGCATAGGCATGAACAAAGGCGGGGTTCTGGCTGGGGTCATCGGAGCCCGGAAACCACA  3182

Query 3180  CTACGACATCTGGGGCAATACAGTCAATGTAGCCAGCAGGATGGAGTCCACGGGGGTCATGGGCAACATTCAGG  3253
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3183  CTACGACATCTGGGGCAATACAGTCAATGTAGCCAGCAGGATGGAGTCCACGGGGGTCATGGGCAACATTCAGG  3256

Query 3254  TGGTAGAAGAAACCCAAGTCATCCTCCGAGAGTACGGCTTCCGCTTTGTGAGGCGAGGCCCCATCTTTGTGAAG  3327
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3257  TGGTAGAAGAAACCCAAGTCATCCTCCGAGAGTACGGCTTCCGCTTTGTGAGGCGAGGCCCCATCTTTGTGAAG  3330

Query 3328  GGGAAGGGGGAGCTGCTGACCTTCTTCTTGAAGGGGCGGGATAAGCTAGCCACCTTCCCCAATGGCCCCTCTGT  3401
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3331  GGGAAGGGGGAGCTGCTGACCTTCTTCTTGAAGGGGCGGGATAAGCTAGCCACCTTCCCCAATGGCCCCTCTGT  3404

Query 3402  CACACTGCCCCACCAGGTGGTGGACAACTCC  3432
            |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3405  CACACTGCCCCACCAGGTGGTGGACAACTCC  3435