Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroadEn_00241
• Subject: NM_001193529.3
• Aligned Length: 1601
• Identities: 1207
• Gaps: 130

Alignment

Query    1  ATGGCGGCGGTGAAGACCCTGAACCCCAAGGCCGAGGTGGCCCGAGCGCAGGCGGCGCTGGCGGTCAACATCAG  74
            |||||.|||.|.|||.||.|.|||.|||||||.||||||||.||.||.|.|||.||..||||.|||||.||..|
Sbjct    1  ATGGCTGCGATAAAGGCCGTCAACTCCAAGGCTGAGGTGGCGCGGGCCCGGGCAGCTTTGGCTGTCAATATATG  74

Query   75  CGCAGCGCGGGGTCTGCAGGACGTGCTAAGGACCAACCTGGGGCCCAAGGGCACCATGAAGATGCTCGTTTCTG  148
            |||.||.||.||.||||||||.|||||..||||||||.||||.||.||.|||||||||||.|||||.|||||||
Sbjct   75  CGCCGCCCGAGGGCTGCAGGATGTGCTGCGGACCAACTTGGGTCCTAAAGGCACCATGAAAATGCTTGTTTCTG  148

Query  149  GCGCTGGAGACATCAAACTTACTAAAGACGGCAATGTGCTGCTTCACGAAATGCAAATTCAACACCCAACAGCT  222
            |.||.||.|||||||||||.||.|||||.||||||||||||||..|.||.||||||||||||||.|||||||||
Sbjct  149  GTGCAGGTGACATCAAACTCACCAAAGATGGCAATGTGCTGCTCGATGAGATGCAAATTCAACATCCAACAGCT  222

Query  223  TCCTTAATAGCAAAGGTAGCAACAGCCCAGGATGATATAACTGGTGATGGTACGACTTCTAATGTCCTAATCAT  296
            |||||.||||||||.|||||||||||.||||||||..|.||.||.||||||||.|||||.|||||.|||||.||
Sbjct  223  TCCTTGATAGCAAAAGTAGCAACAGCTCAGGATGACGTCACAGGAGATGGTACTACTTCAAATGTTCTAATTAT  296

Query  297  TGGAGAGCTGCTGAAACAGGCGGATCTCTACATTTCTGAAGGCCTTCATCCTAGAATAATCACTGAAGGATTTG  370
            |||||||.|..|.|||||.||.||.||.|||||||||||.|||||.||.|||||||||||..||||||||||||
Sbjct  297  TGGAGAGTTATTAAAACAAGCTGACCTGTACATTTCTGAGGGCCTGCACCCTAGAATAATAGCTGAAGGATTTG  370

Query  371  AAGCTGCAAAGGAAAAGGCCCTTCAGTTTTTGGAAGAAGTCAAAGTAAGCAGA-GAGATGGACAGGGAAACACT  443
            |||||||||||..|||.||.|||.|..|||||||.|||||.|||||.| ||.| ||||||.|.||..|||..||
Sbjct  371  AAGCTGCAAAGATAAAAGCACTTGAAGTTTTGGAGGAAGTTAAAGTGA-CAAAGGAGATGAAAAGAAAAATCCT  443

Query  444  TATAGATGTGGCCAGAACATCTCTTCGTACTAAAGTTCATGCTGAACTTGCAGATGTCTTAACAGAGGCTGTAG  517
            ..|||||||.||.||||||||..|.|..||||||||||||||||||||.||.||||||||||||||||.|||.|
Sbjct  444  CTTAGATGTAGCTAGAACATCATTACAAACTAAAGTTCATGCTGAACTGGCTGATGTCTTAACAGAGGTTGTGG  517

Query  518  TGGACTCCATTTTGGCCATTAAAAAGCAAGATGAACCTATTGATCTCTTCATGATTGAGATCATGGAGATGAAA  591
            ||||.||..|||||||..|||.||..|.||.|.|.||||||||||||||||||.|.||.||.|||||||||||.
Sbjct  518  TGGATTCTGTTTTGGCTGTTAGAAGACCAGGTTACCCTATTGATCTCTTCATGGTAGAAATAATGGAGATGAAG  591

Query  592  CATAAATCTGAAACTGATACAAGCTTAATCAGAGGGCTTGTTTTGGACCACGGAGCACGGCATCCTGATATGAA  665
            |||||||..|.|||.|||||                                                      
Sbjct  592  CATAAATTAGGAACAGATAC------------------------------------------------------  611

Query  666  GAAAAGGGTGGAGGATGCATACATCCTCACTTGTAACGTGTCATTAGAGTATGAGAAAACAGAAGTGAATTCTG  739
                                                                     ||.|||.|||||.||||
Sbjct  612  ---------------------------------------------------------AAAAGAGGTGAACTCTG  628

Query  740  GCTTTTTTTACAAGAGTGCAGAAGAGAGAGAAAAACTCGTGAAAGCTGAAAGAAAATTCATTGAAGATAGGGTT  813
            |.||.|||||.||||.|||||||||||.|||.|||.|.||.|||||||||||||||||.|||||||||||.||.
Sbjct  629  GTTTCTTTTATAAGACTGCAGAAGAGAAAGAGAAATTGGTAAAAGCTGAAAGAAAATTTATTGAAGATAGAGTA  702

Query  814  AAAAAAATAATAGAACTGAAAAGG--AAAGTCTGTGGCGATTCAGATAAAGGATTTGTTGTTATTAATCAAAAG  885
            .|||||||||||||.|||  ||||  ||||||||||...|.|||.|||||||||||||.||.||||||||||||
Sbjct  703  CAAAAAATAATAGACCTG--AAGGACAAAGTCTGTGCTCAGTCAAATAAAGGATTTGTCGTCATTAATCAAAAG  774

Query  886  GGAATTGACCCCTTTTCCTTAGATGCTCTTTCAAAAGAAGGCATAGTTGCTCTGCGCAGAGCTAAAAGGAGAAA  959
            ||||||||.||.||||||||||||.|||||.|||||.|.||.|||||.|||||.||||||||.|||||.|||||
Sbjct  775  GGAATTGATCCATTTTCCTTAGATTCTCTTGCAAAACATGGAATAGTAGCTCTTCGCAGAGCAAAAAGAAGAAA  848

Query  960  TATGGAGAGGCTGACTCTTGCTTGTGGTGGGGTAGCCCTGAATTCTTTTGACGACCTAAGTCCTGACTGCTTGG  1033
            ||||||.||.||..||||||||||||||||..|.|||.|||||||||||||.||.||.|.|...||.|||||||
Sbjct  849  TATGGAAAGACTCTCTCTTGCTTGTGGTGGAATGGCCGTGAATTCTTTTGAAGATCTCACTGTAGATTGCTTGG  922

Query 1034  GACATGCAGGACTTGTATATGAGTATACATTGGGAGAAGAGAAGTTTACCTTTATTGAGAAATGTAACAACCCT  1107
            |||||||.||.|||||.||||||||||||||.||.|||||.|||||.||.|||||||||.|.|||...||||||
Sbjct  923  GACATGCTGGTCTTGTGTATGAGTATACATTAGGTGAAGAAAAGTTCACTTTTATTGAGGAGTGTGTTAACCCT  996

Query 1108  CGTTCTGTCACATTATTGATCAAAGGACCAAATAAGCACACACTCACTCAGATCAAAGATGC----AGTGAGGG  1177
            .|.|||||.||.||.|||.|.|||||||||||||||||.||.|||||.||..||||.|||||    ||.||.||
Sbjct  997  TGCTCTGTTACCTTGTTGGTTAAAGGACCAAATAAGCATACTCTCACACAAGTCAAGGATGCCATAAGAGATGG  1070

Query 1178  ACGGCTTGAGGGCTGTCAAAAATGCTATTGATGATGGCTGTGTGGTTCCAGGTGCTGGTGCCGTGGAAGTGGCA  1251
            ||    |..|.|||.||||||||||.|||||.|||||.|||.|||||||.||.||||||||..|.|||||||||
Sbjct 1071  AC----TTCGTGCTATCAAAAATGCCATTGAAGATGGTTGTATGGTTCCTGGAGCTGGTGCAATTGAAGTGGCA  1140

Query 1252  ATGGCAGAAGCCCTGATTAAACATAAGCCCAGTGTAAAGGGCAGGGCACAGCTTGGAGTCCAAGCATTTGCTGA  1325
            |||||.|||||.||..|||.|.|||||..||||.||||.||.||.||.|..||||||||||||||.||||||||
Sbjct 1141  ATGGCTGAAGCTCTTGTTACATATAAGAACAGTATAAAAGGAAGAGCTCGTCTTGGAGTCCAAGCTTTTGCTGA  1214

Query 1326  TGCATTGCTCATTATTCCCAAGGTTCTTGCTCAGAACTCTGGTTTTGACCTTCAGGAAACATTAGTTAAAATTC  1399
            |||.||.|||||||||||||||||||||||||||||..||||||.|||||..||||||||||||||.|||.|||
Sbjct 1215  TGCCTTACTCATTATTCCCAAGGTTCTTGCTCAGAATGCTGGTTATGACCCACAGGAAACATTAGTAAAAGTTC  1288

Query 1400  AAGCAGAACAT-TCAGAATCAGGTCAGCTTGTGGGTGTGGACCTGAACACAGGTGAGCCAATGGTGGCAGCAGA  1472
            |.||.||.||| || ||.|||...||.||||||||.||.||..||||.|||||||||||||||||.||||||||
Sbjct 1289  AGGCTGAGCATGTC-GAGTCAAAACAACTTGTGGGCGTAGATTTGAATACAGGTGAGCCAATGGTAGCAGCAGA  1361

Query 1473  AGTAGGCGTATGGGATAACTATTGTGTAAAGAAACAGCTTCTTCACTCCTGCACTGTGATTGCCACCAACATTC  1546
            .|.|||.||.||||||||.|||||||||||.|||||.|||||||||||.|||||.|||||||||||||||||||
Sbjct 1362  TGCAGGAGTTTGGGATAATTATTGTGTAAAAAAACAACTTCTTCACTCTTGCACAGTGATTGCCACCAACATTC  1435

Query 1547  TCTTGGTTGATGAGATCATGCGAGCTGGAATGTCTTCTCTGAAAGGT  1593
            ||.||||||||||.||.|||||||||||.|||||||||||.|||   
Sbjct 1436  TCCTGGTTGATGAAATTATGCGAGCTGGGATGTCTTCTCTCAAA---  1479