Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroadEn_00683
• Subject: NM_001346709.1
• Aligned Length: 1614
• Identities: 1251
• Gaps: 177

Alignment

Query    1  ATGAGGGATAGCTCGGCCCCCAGCTCGGCCTCCTCGTCAGTGACAGATCTGTACTGCACCCCTCACAGCAGTAG  74
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query   75  GTCAGACCTCGTCCTGCCCGGCACGGCCGGGGACTTCAGCCTGAGCGCCAGCCTGTCGGCCTGTACGCTGCTCT  148
                         .|||    |.|.|||||    ||||                   ||..|.||...|||   
Sbjct    1  -------------ATGC----CGCTGCCGG----TTCA-------------------GGTGTTTAACTTGC---  31

Query  149  ACGAGGGGGCCGTGGAGCCCATGCAGATCGACGTGGACCCCCAGGAAGACCCGCAGAATGCACCTGACGTCAAC  222
               |||||||||||||.|||||||||||.||.||.||.||.||||||||.||||||||.||||||||.||||||
Sbjct   32  ---AGGGGGCCGTGGAACCCATGCAGATTGATGTCGATCCGCAGGAAGATCCGCAGAACGCACCTGATGTCAAC  102

Query  223  TACGTGGTGGAGAACCCCAGCCTGGATCTGGAACAGTACGCGGCCAGCTACAGCGGCCTGATGCGCATCGAACG  296
            ||.|||||||||||.||||.||||||||||||.|||||.||.|||||||||||.|||||||||||.||.||.||
Sbjct  103  TATGTGGTGGAGAATCCCACCCTGGATCTGGAGCAGTATGCAGCCAGCTACAGTGGCCTGATGCGAATTGAGCG  176

Query  297  GCTGCAGTTCATTGCTGATCACTGCCCCACGCTGCGGGTGGAGGCCCTGAAGATGGCCCTCTCCTTCGTGCAGA  370
            .||.|||||.||||||||.|..|||||..|.|||.||||.||||||.||||.|||||.||.|||||||||||||
Sbjct  177  ACTACAGTTTATTGCTGACCGTTGCCCTCCACTGAGGGTAGAGGCCTTGAAAATGGCTCTATCCTTCGTGCAGA  250

Query  371  GAACCTTTAACGTGGACATGTACGAGGAGATCCACCGCAAGCTCTCAGAGGCCACCAGGGAGCTGCAGAACGCA  444
            |.|||||.||.|||||||||||.||.|||||.|||||.||||||||.|||||.|||||||||||||||||.|||
Sbjct  251  GGACCTTCAATGTGGACATGTATGAAGAGATACACCGGAAGCTCTCCGAGGCTACCAGGGAGCTGCAGAATGCA  324

Query  445  CCCGACGCCATCCCTGAGAGCGGCGTGGAGCCCCCAGCCCTGGACACGGCCTGGGTGGAGGCCACGCGGAAGAA  518
            ||.||.||||||||||||||.||.|||||||||||..||||||||||.|||||||||||||||||.||||||||
Sbjct  325  CCTGATGCCATCCCTGAGAGTGGAGTGGAGCCCCCGCCCCTGGACACAGCCTGGGTGGAGGCCACTCGGAAGAA  398

Query  519  GGCGCTGCTGAAGCTGGAGAAGCTGGACACAGACCTGAAGAACTACAAGGGCAACTCCATCAAAGAGAGCATCC  592
            |||.|||.||||.|||||||||||||||||.|||.||||||||||.||||||||.||.|||||||||||||||.
Sbjct  399  GGCTCTGTTGAAACTGGAGAAGCTGGACACGGACTTGAAGAACTATAAGGGCAATTCTATCAAAGAGAGCATCA  472

Query  593  GGCGCGGCCACGACGACCTGGGCGACCACTACCTGGACTGTGGGGACCTCAGCAACGCCCTCAAGTGCTATTCC  666
            |||||||||||||.||||||||.||.|||||||||||||||||||||||||||||.||||||||.||.||.||.
Sbjct  473  GGCGCGGCCACGATGACCTGGGTGATCACTACCTGGACTGTGGGGACCTCAGCAATGCCCTCAAATGTTACTCA  546

Query  667  CGGGCCCGGGACTACTGCACCAGCGCCAAACACGTCATCAACATGTGCCTCAATGTCATCAAGGTCAGCGTCTA  740
            ||.|||||.||||||||||||||.||.||.||.||||||||||||||||||||.||||||||||||||.|||||
Sbjct  547  CGAGCCCGAGACTACTGCACCAGTGCTAAGCATGTCATCAACATGTGCCTCAACGTCATCAAGGTCAGTGTCTA  620

Query  741  CTTGCAGAATTGGTCTCATGTGCTCAGCTACGTCAGCAAGGCTGAGTCCACCCCAGAGATTGCCGAGCAGCGAG  814
            ||||||.|||||||||||||||.|.|||||.|||||||||||.|||||.||.|||||||||||.||||||||.|
Sbjct  621  CTTGCAAAATTGGTCTCATGTGTTAAGCTATGTCAGCAAGGCCGAGTCTACTCCAGAGATTGCTGAGCAGCGGG  694

Query  815  GAGAGCGTGACAGCCAGACCCAGGCCATCCTCACCAAGCTCAAGTGTGCCGCAGGCTTGGCAGAGCTGGCCGCC  888
            |||||||.|||||||||||.||.||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||.|||||||||||.
Sbjct  695  GAGAGCGGGACAGCCAGACGCAAGCCATCCTCACCAAGCTCAAGTGTGCTGCAGGCTTGGCTGAGCTGGCCGCA  768

Query  889  AGGAAGTACAAGCAGGCTGCCAAGTGCCTCCTGCTGGCTTCCTTTGATCACTGTGACTTCCCTGAGCTGCTGTC  962
            .|||||||.|||||.||.|||||||||.||||.|||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||
Sbjct  769  CGGAAGTATAAGCAAGCAGCCAAGTGCTTCCTTCTGGCTTCCTTTGATCACTGTGACTTCCCAGAGCTGCTGTC  842

Query  963  CCCCAGCAACGTGGCCATCTACGGTGGCCTGTGCGCCTTGGCTACCTTTGACCGGCAGGAGCTGCAGCGCAATG  1036
            |||||||||.|||||..||||.|||||||||||.|||||.||.|||||||||||||||||||||||.||.||||
Sbjct  843  CCCCAGCAATGTGGCTGTCTATGGTGGCCTGTGTGCCTTAGCCACCTTTGACCGGCAGGAGCTGCAACGAAATG  916

Query 1037  TCATCTCCAGCAGCTCCTTCAAGTTGTTCTTGGAGCTGGAGCCACAGGTCCGAGACATCATCTTCAAATTCTAC  1110
            |||||||||||||.|||||||||.|||||.||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||.
Sbjct  917  TCATCTCCAGCAGTTCCTTCAAGCTGTTCCTGGAGCTGGAGCCACAGGTCAGAGACATCATCTTCAAATTCTAT  990

Query 1111  GAGTCCAAGTACGCCTCATGTCTCAAGATGCTGGACGAGATGAAGGACAACCTGCTCCTGGACATGTATCTGGC  1184
            ||.||||||||.||||||||..|.|||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||.|||||
Sbjct  991  GAATCCAAGTATGCCTCATGCTTGAAGATGCTGGACGAGATGAAGGATAACCTGCTCCTGGACATGTACCTGGC  1064

Query 1185  CCCCCATGTCAGGACCCTGTACACCCAGATTCGCAACCGTGCCCTCATCCAGTATTTCAGCCCCTACGTGTCAG  1258
            |||.||.||||||||.|||||||||||||||||.|||||.||.||.|||||.||.|||||||||||.|||||||
Sbjct 1065  CCCTCACGTCAGGACACTGTACACCCAGATTCGTAACCGGGCTCTTATCCAATACTTCAGCCCCTATGTGTCAG  1138

Query 1259  CCGACATGCATAGGATGGCGGCAGCCTTCAATACCACGGTGGCCGCCCTGGAGGACGAGCTGACGCAGCTAATC  1332
            |.||.|||||.|.||||||.|||||||||||.||.||.||.||.||.|||||.||.||||||||.|||||.||.
Sbjct 1139  CTGATATGCACAAGATGGCTGCAGCCTTCAACACAACAGTTGCAGCTCTGGAAGATGAGCTGACACAGCTCATT  1212

Query 1333  CTGGAGGGGCTGATCAGTGCCCGTGTGGACTCACACAGCAAGATCCTATACGCCCGGGACGTGGATCAGCGCAG  1406
            ||||||||.||.||.|.||||||..|.|||||||||||||||||.||.||.||.||.||.|||||||||||.||
Sbjct 1213  CTGGAGGGCCTTATTAATGCCCGCATCGACTCACACAGCAAGATACTGTATGCTCGAGATGTGGATCAGCGTAG  1286

Query 1407  CACCACCTTTGAGAAGTCTCTGTTGATGGGCAAGGAGTTCCAGCGCCGCGCCAAGGCCATGATGCTGCGGGCAG  1480
            ||||||||||||||||||.|||.|||||||||||||.|||||.||.||.|||||.||.|||||.|||.|.||||
Sbjct 1287  CACCACCTTTGAGAAGTCCCTGCTGATGGGCAAGGAATTCCAACGACGTGCCAAAGCTATGATTCTGAGAGCAG  1360

Query 1481  CTGTGCTCCGCAACCAGATCCATGTCAAGTCCCCGCCCAGAGAAGGGAGCCAGGGG-----------GAGCTG-  1542
            |||||||||||||||||||||||||||||          |.|||  |||||.||||           |.||.| 
Sbjct 1361  CTGTGCTCCGCAACCAGATCCATGTCAAG----------GTGAA--GAGCCTGGGGTGCGAGGGAATGGGCGGC  1422

Query 1543  ACTC---CAGCC-------AACAGCCAGTCCCGGATGAGCACCAACATG-----------  1581
            ||||   |||||       |||  ||  ||||   ||..|||     ||           
Sbjct 1423  ACTCACACAGCCTCCACTGAAC--CC--TCCC---TGTCCAC-----TGCAGTCTCCTCC  1470