Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroadEn_00693
• Subject: NM_001204259.2
• Aligned Length: 2331
• Identities: 2076
• Gaps: 255

Alignment

Query    1  ATGGACTCCAAAGAATCATTAACTCCTGGTAGAGAAGAAAACCCCAGCAGTGTGCTTGCTCAGGAGAGGGGAGA  74
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query   75  TGTGATGGACTTCTATAAAACCCTAAGAGGAGGAGCTACTGTGAAGGTTTCTGCGTCTTCACCCTCACTGGCTG  148
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query  149  TCGCTTCTCAATCAGACTCCAAGCAGCGAAGACTTTTGGTTGATTTTCCAAAAGGCTCAGTAAGCAATGCGCAG  222
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query  223  CAGCCAGATCTGTCCAAAGCAGTTTCACTCTCAATGGGACTGTATATGGGAGAGACAGAAACAAAAGTGATGGG  296
                                             |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct    1  ---------------------------------ATGGGACTGTATATGGGAGAGACAGAAACAAAAGTGATGGG  41

Query  297  AAATGACCTGGGATTCCCACAGCAGGGCCAAATCAGCCTTTCCTCGGGGGAAACAGACTTAAAGCTTTTGGAAG  370
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct   42  AAATGACCTGGGATTCCCACAGCAGGGCCAAATCAGCCTTTCCTCGGGGGAAACAGACTTAAAGCTTTTGGAAG  115

Query  371  AAAGCATTGCAAACCTCAATAGGTCGACCAGTGTTCCAGAGAACCCCAAGAGTTCAGCATCCACTGCTGTGTCT  444
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  116  AAAGCATTGCAAACCTCAATAGGTCGACCAGTGTTCCAGAGAACCCCAAGAGTTCAGCATCCACTGCTGTGTCT  189

Query  445  GCTGCCCCCACAGAGAAGGAGTTTCCAAAAACTCACTCTGATGTATCTTCAGAACAGCAACATTTGAAGGGCCA  518
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  190  GCTGCCCCCACAGAGAAGGAGTTTCCAAAAACTCACTCTGATGTATCTTCAGAACAGCAACATTTGAAGGGCCA  263

Query  519  GACTGGCACCAACGGTGGCAATGTGAAATTGTATACCACAGACCAAAGCACCTTTGACATTTTGCAGGATTTGG  592
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  264  GACTGGCACCAACGGTGGCAATGTGAAATTGTATACCACAGACCAAAGCACCTTTGACATTTTGCAGGATTTGG  337

Query  593  AGTTTTCTTCTGGGTCCCCAGGTAAAGAGACGAATGAGAGTCCTTGGAGATCAGACCTGTTGATAGATGAAAAC  666
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  338  AGTTTTCTTCTGGGTCCCCAGGTAAAGAGACGAATGAGAGTCCTTGGAGATCAGACCTGTTGATAGATGAAAAC  411

Query  667  TGTTTGCTTTCTCCTCTGGCGGGAGAAGACGATTCATTCCTTTTGGAAGGAAACTCGAATGAGGACTGCAAGCC  740
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  412  TGTTTGCTTTCTCCTCTGGCGGGAGAAGACGATTCATTCCTTTTGGAAGGAAACTCGAATGAGGACTGCAAGCC  485

Query  741  TCTCATTTTACCGGACACTAAACCCAAAATTAAGGATAATGGAGATCTGGTTTTGTCAAGCCCCAGTAATGTAA  814
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  486  TCTCATTTTACCGGACACTAAACCCAAAATTAAGGATAATGGAGATCTGGTTTTGTCAAGCCCCAGTAATGTAA  559

Query  815  CACTGCCCCAAGTGAAAACAGAAAAAGAAGATTTCATCGAACTCTGCACCCCTGGGGTAATTAAGCAAGAGAAA  888
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  560  CACTGCCCCAAGTGAAAACAGAAAAAGAAGATTTCATCGAACTCTGCACCCCTGGGGTAATTAAGCAAGAGAAA  633

Query  889  CTGGGCACAGTTTACTGTCAGGCAAGCTTTCCTGGAGCAAATATAATTGGTAATAAAATGTCTGCCATTTCTGT  962
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  634  CTGGGCACAGTTTACTGTCAGGCAAGCTTTCCTGGAGCAAATATAATTGGTAATAAAATGTCTGCCATTTCTGT  707

Query  963  TCATGGTGTGAGTACCTCTGGAGGACAGATGTACCACTATGACATGAATACAGCATCCCTTTCTCAACAGCAGG  1036
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  708  TCATGGTGTGAGTACCTCTGGAGGACAGATGTACCACTATGACATGAATACAGCATCCCTTTCTCAACAGCAGG  781

Query 1037  ATCAGAAGCCTATTTTTAATGTCATTCCACCAATTCCCGTTGGTTCCGAAAATTGGAATAGGTGCCAAGGATCT  1110
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  782  ATCAGAAGCCTATTTTTAATGTCATTCCACCAATTCCCGTTGGTTCCGAAAATTGGAATAGGTGCCAAGGATCT  855

Query 1111  GGAGATGACAACTTGACTTCTCTGGGGACTCTGAACTTCCCTGGTCGAACAGTTTTTTCTAATGGCTATTCAAG  1184
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  856  GGAGATGACAACTTGACTTCTCTGGGGACTCTGAACTTCCCTGGTCGAACAGTTTTTTCTAATGGCTATTCAAG  929

Query 1185  CCCCAGCATGAGACCAGATGTAAGCTCTCCTCCATCCAGCTCCTCAACAGCAACAACAGGACCACCTCCCAAAC  1258
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  930  CCCCAGCATGAGACCAGATGTAAGCTCTCCTCCATCCAGCTCCTCAACAGCAACAACAGGACCACCTCCCAAAC  1003

Query 1259  TCTGCCTGGTGTGCTCTGATGAAGCTTCAGGATGTCATTATGGAGTCTTAACTTGTGGAAGCTGTAAAGTTTTC  1332
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1004  TCTGCCTGGTGTGCTCTGATGAAGCTTCAGGATGTCATTATGGAGTCTTAACTTGTGGAAGCTGTAAAGTTTTC  1077

Query 1333  TTCAAAAGAGCAGTGGAAGGACAGCACAATTACCTATGTGCTGGAAGGAATGATTGCATCATCGATAAAATTCG  1406
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1078  TTCAAAAGAGCAGTGGAAGGACAGCACAATTACCTATGTGCTGGAAGGAATGATTGCATCATCGATAAAATTCG  1151

Query 1407  AAGAAAAAACTGCCCAGCATGCCGCTATCGAAAATGTCTTCAGGCTGGAATGAACCTGGAAGCTCGAAAAACAA  1480
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1152  AAGAAAAAACTGCCCAGCATGCCGCTATCGAAAATGTCTTCAGGCTGGAATGAACCTGGAAGCTCGAAAAACAA  1225

Query 1481  AGAAAAAAATAAAAGGAATTCAGCAGGCCACTACAGGAGTCTCACAAGAAACCTCTGAAAATCCTGGTAACAAA  1554
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1226  AGAAAAAAATAAAAGGAATTCAGCAGGCCACTACAGGAGTCTCACAAGAAACCTCTGAAAATCCTGGTAACAAA  1299

Query 1555  ACAATAGTTCCTGCAACGTTACCACAACTCACCCCTACCCTGGTGTCACTGTTGGAGGTTATTGAACCTGAAGT  1628
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1300  ACAATAGTTCCTGCAACGTTACCACAACTCACCCCTACCCTGGTGTCACTGTTGGAGGTTATTGAACCTGAAGT  1373

Query 1629  GTTATATGCAGGATATGATAGCTCTGTTCCAGACTCAACTTGGAGGATCATGACTACGCTCAACATGTTAGGAG  1702
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1374  GTTATATGCAGGATATGATAGCTCTGTTCCAGACTCAACTTGGAGGATCATGACTACGCTCAACATGTTAGGAG  1447

Query 1703  GGCGGCAAGTGATTGCAGCAGTGAAATGGGCAAAGGCAATACCAGGTTTCAGGAACTTACACCTGGATGACCAA  1776
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1448  GGCGGCAAGTGATTGCAGCAGTGAAATGGGCAAAGGCAATACCAGGTTTCAGGAACTTACACCTGGATGACCAA  1521

Query 1777  ATGACCCTACTGCAGTACTCCTGGATGTTTCTTATGGCATTTGCTCTGGGGTGGAGATCATATAGACAATCAAG  1850
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1522  ATGACCCTACTGCAGTACTCCTGGATGTTTCTTATGGCATTTGCTCTGGGGTGGAGATCATATAGACAATCAAG  1595

Query 1851  TGCAAACCTGCTGTGTTTTGCTCCTGATCTGATTATTAATGAGCAGAGAATGACTCTACCCTGCATGTACGACC  1924
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1596  TGCAAACCTGCTGTGTTTTGCTCCTGATCTGATTATTAATGAGCAGAGAATGACTCTACCCTGCATGTACGACC  1669

Query 1925  AATGTAAACACATGCTGTATGTTTCCTCTGAGTTACACAGGCTTCAGGTATCTTATGAAGAGTATCTCTGTATG  1998
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1670  AATGTAAACACATGCTGTATGTTTCCTCTGAGTTACACAGGCTTCAGGTATCTTATGAAGAGTATCTCTGTATG  1743

Query 1999  AAAACCTTACTGCTTCTCTCTTCAGTTCCTAAGGACGGTCTGAAGAGCCAAGAGCTATTTGATGAAATTAGAAT  2072
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1744  AAAACCTTACTGCTTCTCTCTTCAGTTCCTAAGGACGGTCTGAAGAGCCAAGAGCTATTTGATGAAATTAGAAT  1817

Query 2073  GACCTACATCAAAGAGCTAGGAAAAGCCATTGTCAAGAGGGAAGGAAACTCCAGCCAGAACTGGCAGCGGTTTT  2146
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1818  GACCTACATCAAAGAGCTAGGAAAAGCCATTGTCAAGAGGGAAGGAAACTCCAGCCAGAACTGGCAGCGGTTTT  1891

Query 2147  ATCAACTGACAAAACTCTTGGATTCTATGCATGAAGTGGTTGAAAATCTCCTTAACTATTGCTTCCAAACATTT  2220
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1892  ATCAACTGACAAAACTCTTGGATTCTATGCATGAAGTGGTTGAAAATCTCCTTAACTATTGCTTCCAAACATTT  1965

Query 2221  TTGGATAAGACCATGAGTATTGAATTCCCCGAGATGTTAGCTGAAATCATCACCAATCAGATACCAAAATATTC  2294
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1966  TTGGATAAGACCATGAGTATTGAATTCCCCGAGATGTTAGCTGAAATCATCACCAATCAGATACCAAAATATTC  2039

Query 2295  AAATGGAAATATCAAAAAACTTCTGTTTCATCAAAAG  2331
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2040  AAATGGAAATATCAAAAAACTTCTGTTTCATCAAAAG  2076