Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroadEn_00693
• Subject: NM_001204261.2
• Aligned Length: 2331
• Identities: 2040
• Gaps: 291

Alignment

Query    1  ATGGACTCCAAAGAATCATTAACTCCTGGTAGAGAAGAAAACCCCAGCAGTGTGCTTGCTCAGGAGAGGGGAGA  74
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query   75  TGTGATGGACTTCTATAAAACCCTAAGAGGAGGAGCTACTGTGAAGGTTTCTGCGTCTTCACCCTCACTGGCTG  148
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query  149  TCGCTTCTCAATCAGACTCCAAGCAGCGAAGACTTTTGGTTGATTTTCCAAAAGGCTCAGTAAGCAATGCGCAG  222
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query  223  CAGCCAGATCTGTCCAAAGCAGTTTCACTCTCAATGGGACTGTATATGGGAGAGACAGAAACAAAAGTGATGGG  296
                                                                                 |||||
Sbjct    1  ---------------------------------------------------------------------ATGGG  5

Query  297  AAATGACCTGGGATTCCCACAGCAGGGCCAAATCAGCCTTTCCTCGGGGGAAACAGACTTAAAGCTTTTGGAAG  370
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct    6  AAATGACCTGGGATTCCCACAGCAGGGCCAAATCAGCCTTTCCTCGGGGGAAACAGACTTAAAGCTTTTGGAAG  79

Query  371  AAAGCATTGCAAACCTCAATAGGTCGACCAGTGTTCCAGAGAACCCCAAGAGTTCAGCATCCACTGCTGTGTCT  444
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct   80  AAAGCATTGCAAACCTCAATAGGTCGACCAGTGTTCCAGAGAACCCCAAGAGTTCAGCATCCACTGCTGTGTCT  153

Query  445  GCTGCCCCCACAGAGAAGGAGTTTCCAAAAACTCACTCTGATGTATCTTCAGAACAGCAACATTTGAAGGGCCA  518
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  154  GCTGCCCCCACAGAGAAGGAGTTTCCAAAAACTCACTCTGATGTATCTTCAGAACAGCAACATTTGAAGGGCCA  227

Query  519  GACTGGCACCAACGGTGGCAATGTGAAATTGTATACCACAGACCAAAGCACCTTTGACATTTTGCAGGATTTGG  592
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  228  GACTGGCACCAACGGTGGCAATGTGAAATTGTATACCACAGACCAAAGCACCTTTGACATTTTGCAGGATTTGG  301

Query  593  AGTTTTCTTCTGGGTCCCCAGGTAAAGAGACGAATGAGAGTCCTTGGAGATCAGACCTGTTGATAGATGAAAAC  666
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  302  AGTTTTCTTCTGGGTCCCCAGGTAAAGAGACGAATGAGAGTCCTTGGAGATCAGACCTGTTGATAGATGAAAAC  375

Query  667  TGTTTGCTTTCTCCTCTGGCGGGAGAAGACGATTCATTCCTTTTGGAAGGAAACTCGAATGAGGACTGCAAGCC  740
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  376  TGTTTGCTTTCTCCTCTGGCGGGAGAAGACGATTCATTCCTTTTGGAAGGAAACTCGAATGAGGACTGCAAGCC  449

Query  741  TCTCATTTTACCGGACACTAAACCCAAAATTAAGGATAATGGAGATCTGGTTTTGTCAAGCCCCAGTAATGTAA  814
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  450  TCTCATTTTACCGGACACTAAACCCAAAATTAAGGATAATGGAGATCTGGTTTTGTCAAGCCCCAGTAATGTAA  523

Query  815  CACTGCCCCAAGTGAAAACAGAAAAAGAAGATTTCATCGAACTCTGCACCCCTGGGGTAATTAAGCAAGAGAAA  888
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  524  CACTGCCCCAAGTGAAAACAGAAAAAGAAGATTTCATCGAACTCTGCACCCCTGGGGTAATTAAGCAAGAGAAA  597

Query  889  CTGGGCACAGTTTACTGTCAGGCAAGCTTTCCTGGAGCAAATATAATTGGTAATAAAATGTCTGCCATTTCTGT  962
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  598  CTGGGCACAGTTTACTGTCAGGCAAGCTTTCCTGGAGCAAATATAATTGGTAATAAAATGTCTGCCATTTCTGT  671

Query  963  TCATGGTGTGAGTACCTCTGGAGGACAGATGTACCACTATGACATGAATACAGCATCCCTTTCTCAACAGCAGG  1036
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  672  TCATGGTGTGAGTACCTCTGGAGGACAGATGTACCACTATGACATGAATACAGCATCCCTTTCTCAACAGCAGG  745

Query 1037  ATCAGAAGCCTATTTTTAATGTCATTCCACCAATTCCCGTTGGTTCCGAAAATTGGAATAGGTGCCAAGGATCT  1110
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  746  ATCAGAAGCCTATTTTTAATGTCATTCCACCAATTCCCGTTGGTTCCGAAAATTGGAATAGGTGCCAAGGATCT  819

Query 1111  GGAGATGACAACTTGACTTCTCTGGGGACTCTGAACTTCCCTGGTCGAACAGTTTTTTCTAATGGCTATTCAAG  1184
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  820  GGAGATGACAACTTGACTTCTCTGGGGACTCTGAACTTCCCTGGTCGAACAGTTTTTTCTAATGGCTATTCAAG  893

Query 1185  CCCCAGCATGAGACCAGATGTAAGCTCTCCTCCATCCAGCTCCTCAACAGCAACAACAGGACCACCTCCCAAAC  1258
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  894  CCCCAGCATGAGACCAGATGTAAGCTCTCCTCCATCCAGCTCCTCAACAGCAACAACAGGACCACCTCCCAAAC  967

Query 1259  TCTGCCTGGTGTGCTCTGATGAAGCTTCAGGATGTCATTATGGAGTCTTAACTTGTGGAAGCTGTAAAGTTTTC  1332
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  968  TCTGCCTGGTGTGCTCTGATGAAGCTTCAGGATGTCATTATGGAGTCTTAACTTGTGGAAGCTGTAAAGTTTTC  1041

Query 1333  TTCAAAAGAGCAGTGGAAGGACAGCACAATTACCTATGTGCTGGAAGGAATGATTGCATCATCGATAAAATTCG  1406
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1042  TTCAAAAGAGCAGTGGAAGGACAGCACAATTACCTATGTGCTGGAAGGAATGATTGCATCATCGATAAAATTCG  1115

Query 1407  AAGAAAAAACTGCCCAGCATGCCGCTATCGAAAATGTCTTCAGGCTGGAATGAACCTGGAAGCTCGAAAAACAA  1480
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1116  AAGAAAAAACTGCCCAGCATGCCGCTATCGAAAATGTCTTCAGGCTGGAATGAACCTGGAAGCTCGAAAAACAA  1189

Query 1481  AGAAAAAAATAAAAGGAATTCAGCAGGCCACTACAGGAGTCTCACAAGAAACCTCTGAAAATCCTGGTAACAAA  1554
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1190  AGAAAAAAATAAAAGGAATTCAGCAGGCCACTACAGGAGTCTCACAAGAAACCTCTGAAAATCCTGGTAACAAA  1263

Query 1555  ACAATAGTTCCTGCAACGTTACCACAACTCACCCCTACCCTGGTGTCACTGTTGGAGGTTATTGAACCTGAAGT  1628
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1264  ACAATAGTTCCTGCAACGTTACCACAACTCACCCCTACCCTGGTGTCACTGTTGGAGGTTATTGAACCTGAAGT  1337

Query 1629  GTTATATGCAGGATATGATAGCTCTGTTCCAGACTCAACTTGGAGGATCATGACTACGCTCAACATGTTAGGAG  1702
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1338  GTTATATGCAGGATATGATAGCTCTGTTCCAGACTCAACTTGGAGGATCATGACTACGCTCAACATGTTAGGAG  1411

Query 1703  GGCGGCAAGTGATTGCAGCAGTGAAATGGGCAAAGGCAATACCAGGTTTCAGGAACTTACACCTGGATGACCAA  1776
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1412  GGCGGCAAGTGATTGCAGCAGTGAAATGGGCAAAGGCAATACCAGGTTTCAGGAACTTACACCTGGATGACCAA  1485

Query 1777  ATGACCCTACTGCAGTACTCCTGGATGTTTCTTATGGCATTTGCTCTGGGGTGGAGATCATATAGACAATCAAG  1850
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1486  ATGACCCTACTGCAGTACTCCTGGATGTTTCTTATGGCATTTGCTCTGGGGTGGAGATCATATAGACAATCAAG  1559

Query 1851  TGCAAACCTGCTGTGTTTTGCTCCTGATCTGATTATTAATGAGCAGAGAATGACTCTACCCTGCATGTACGACC  1924
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1560  TGCAAACCTGCTGTGTTTTGCTCCTGATCTGATTATTAATGAGCAGAGAATGACTCTACCCTGCATGTACGACC  1633

Query 1925  AATGTAAACACATGCTGTATGTTTCCTCTGAGTTACACAGGCTTCAGGTATCTTATGAAGAGTATCTCTGTATG  1998
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1634  AATGTAAACACATGCTGTATGTTTCCTCTGAGTTACACAGGCTTCAGGTATCTTATGAAGAGTATCTCTGTATG  1707

Query 1999  AAAACCTTACTGCTTCTCTCTTCAGTTCCTAAGGACGGTCTGAAGAGCCAAGAGCTATTTGATGAAATTAGAAT  2072
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1708  AAAACCTTACTGCTTCTCTCTTCAGTTCCTAAGGACGGTCTGAAGAGCCAAGAGCTATTTGATGAAATTAGAAT  1781

Query 2073  GACCTACATCAAAGAGCTAGGAAAAGCCATTGTCAAGAGGGAAGGAAACTCCAGCCAGAACTGGCAGCGGTTTT  2146
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1782  GACCTACATCAAAGAGCTAGGAAAAGCCATTGTCAAGAGGGAAGGAAACTCCAGCCAGAACTGGCAGCGGTTTT  1855

Query 2147  ATCAACTGACAAAACTCTTGGATTCTATGCATGAAGTGGTTGAAAATCTCCTTAACTATTGCTTCCAAACATTT  2220
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1856  ATCAACTGACAAAACTCTTGGATTCTATGCATGAAGTGGTTGAAAATCTCCTTAACTATTGCTTCCAAACATTT  1929

Query 2221  TTGGATAAGACCATGAGTATTGAATTCCCCGAGATGTTAGCTGAAATCATCACCAATCAGATACCAAAATATTC  2294
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1930  TTGGATAAGACCATGAGTATTGAATTCCCCGAGATGTTAGCTGAAATCATCACCAATCAGATACCAAAATATTC  2003

Query 2295  AAATGGAAATATCAAAAAACTTCTGTTTCATCAAAAG  2331
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2004  AAATGGAAATATCAAAAAACTTCTGTTTCATCAAAAG  2040