Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroadEn_01287
• Subject: NM_001310454.1
• Aligned Length: 1287
• Identities: 1182
• Gaps: 12

Alignment

Query    1  ATGAGCAGAAGCAAGCGTGACAACAATTTTTATAGTGTAGAGATTGGAGATTCTACATTCACAGTCCTGAAACG  74
            ||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||
Sbjct    1  ATGAGCAGAAGCAAACGTGACAACAATTTTTATAGTGTAGAGATTGGAGATTCTACATTCACAGTCCTAAAACG  74

Query   75  ATATCAGAATTTAAAACCTATAGGCTCAGGAGCTCAAGGAATAGTATGCGCAGCTTATGATGCCATTCTTGAAA  148
            |||.|||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||.||.|||||||||||||||||||||||||
Sbjct   75  ATACCAGAATTTAAAGCCTATAGGCTCAGGAGCTCAAGGAATAGTGTGTGCAGCTTATGATGCCATTCTTGAAA  148

Query  149  GAAATGTTGCAATCAAGAAGCTAAGCCGACCATTTCAGAATCAGACTCATGCCAAGCGGGCCTACAGAGAGCTA  222
            ||||||||||||||||||||||.|||||.|||||||||||||||||.|||||.|||||.||||||.||||.|||
Sbjct  149  GAAATGTTGCAATCAAGAAGCTCAGCCGGCCATTTCAGAATCAGACCCATGCTAAGCGCGCCTACCGAGAACTA  222

Query  223  GTTCTTATGAAATGTGTTAATCACAAAAATATAATTGGCCTTTTGAATGTTTTCACACCACAGAAATCCCTAGA  296
            |||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  223  GTTCTTATGAAGTGTGTTAATCACAAAAATATAATTGGCCTTTTGAATGTTTTCACACCACAGAAATCCCTAGA  296

Query  297  AGAATTTCAAGATGTTTACATAGTCATGGAGCTCATGGATGCAAATCTTTGCCAAGTGATTCAGATGGAGCTAG  370
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||
Sbjct  297  AGAATTTCAAGATGTTTACATAGTCATGGAGCTCATGGATGCAAATCTTTGCCAAGTGATTCAGATGGAGTTAG  370

Query  371  ATCATGAAAGAATGTCCTACCTTCTCTATCAGATGCTGTGTGGAATCAAGCACCTTCATTCTGCTGGAATTATT  444
            |||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||
Sbjct  371  ATCATGAAAGAATGTCCTACCTTCTCTATCAAATGCTGTGTGGAATCAAGCACCTTCACTCTGCTGGAATTATT  444

Query  445  CATCGGGACTTAAAGCCCAGTAATATAGTAGTAAAATCTGATTGCACTTTGAAGATTCTTGACTTCGGTCTGGC  518
            |||||||||||||||||.||||||||||||||.|||||.||.||||||||||||||||||||.||.||.|||||
Sbjct  445  CATCGGGACTTAAAGCCTAGTAATATAGTAGTCAAATCAGACTGCACTTTGAAGATTCTTGATTTTGGACTGGC  518

Query  519  CAGGACTGCAGGAACGAGTTTTATGATGACGCCTTATGTAGTGACTCGCTACTACAGAGCACCCGAGGTCATCC  592
            .||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||.||||||||.|
Sbjct  519  GAGGACTGCAGGAACGAGTTTTATGATGACGCCTTATGTGGTGACTCGCTACTACAGAGCACCAGAGGTCATTC  592

Query  593  TTGGCATGGGCTACAAGGAAAACGTTGACATTTGGTCAGTTGGGTGCATCATGGGAGAAATGAT------CAAA  660
            |.|||||||||||||||||.|||||.|||.|.|||||.||.||||||||.||||||||||||.|      ||||
Sbjct  593  TCGGCATGGGCTACAAGGAGAACGTGGACTTATGGTCTGTGGGGTGCATTATGGGAGAAATGGTTTGCCACAAA  666

Query  661  GGTGGTGTTTTGTTCCCAGGTACAGATCATATTGATCAGTGGAATAAAGTTATTGAACAGCTTGGAACACCATG  734
                  .|..|.||.|||||.|..||..||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||.||
Sbjct  667  ------ATCCTCTTTCCAGGAAGGGACTATATTGATCAGTGGAATAAAGTTATTGAACAGCTCGGAACACCTTG  734

Query  735  TCCTGAATTCATGAAGAAACTGCAACCAACAGTAAGGACTTACGTTGAAAACAGACCTAAATATGCTGGATATA  808
            |||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||.|||||||||||.||||||||.||||||||||
Sbjct  735  TCCTGAATTCATGAAGAAACTACAACCAACAGTAAGGACTTATGTTGAAAACAGGCCTAAATACGCTGGATATA  808

Query  809  GCTTTGAGAAACTCTTCCCTGATGTCCTTTTCCCAGCTGACTCAGAACACAACAAACTTAAAGCCAGTCAGGCA  882
            |||||||||||||.|||||.|||||.||||||||||||||||||||.||.||||||||||||||||||||||||
Sbjct  809  GCTTTGAGAAACTGTTCCCCGATGTGCTTTTCCCAGCTGACTCAGAGCATAACAAACTTAAAGCCAGTCAGGCA  882

Query  883  AGGGATTTGTTATCCAAAATGCTGGTAATAGATGCATCTAAAAGGATCTCTGTAGATGAAGCTCTCCAACACCC  956
            ||.||||||||||||||||||||.||||||||||||||.|||||||||||.|||||||||||||||||.|||||
Sbjct  883  AGAGATTTGTTATCCAAAATGCTAGTAATAGATGCATCCAAAAGGATCTCCGTAGATGAAGCTCTCCAGCACCC  956

Query  957  GTACATCAATGTCTGGTATGATCCTTCTGAAGCAGAAGCTCCACCACCAAAGATCCCTGACAAGCAGTTAGATG  1030
            .||||||||.|||||||||||||||||.|||||||||||.|||||||||||||||||.||||||||||||||||
Sbjct  957  ATACATCAACGTCTGGTATGATCCTTCAGAAGCAGAAGCCCCACCACCAAAGATCCCGGACAAGCAGTTAGATG  1030

Query 1031  AAAGGGAACACACAATAGAAGAGTGGAAAGAATTGATATATAAGGAAGTTATGGACTTGGAGGAGAGAACCAAG  1104
            |.|||||.|||||||||||.||||||||||||.|||||||.|||||.||.|||||.||||||||..||||.|||
Sbjct 1031  AGAGGGAGCACACAATAGAGGAGTGGAAAGAACTGATATACAAGGAGGTAATGGATTTGGAGGAACGAACTAAG  1104

Query 1105  AATGGAGTTATACGGGGGCAGCCCTCTCCTTTAGGTGCAGCAGTGATCAATGGCTCTCAGCATCCATCATCATC  1178
            ||||||||.|||.|.||||||||.||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||.||.||
Sbjct 1105  AATGGAGTCATAAGAGGGCAGCCGTCTCCTTTAGGTGCAGCAATGATCAATGGCTCTCAGCATCCATCGTCTTC  1178

Query 1179  GTCGTCTGTCAATGATGTGTCTTCAATGTCAACAGATCCGACTTTGGCCTCTGATACAGACAGCAGTCTAGAAG  1252
            |.|||||||||||||..|||||||||||||.||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||
Sbjct 1179  GCCGTCTGTCAATGACATGTCTTCAATGTCCACAGATCCGACTTTGGCCTCGGATACAGACAGCAGTCTAGAAG  1252

Query 1253  CAGCAGCTGGGCCTCTGGGCTGCTGTAGA  1281
            ||.|||||||.||||||||||||||||||
Sbjct 1253  CATCAGCTGGACCTCTGGGCTGCTGTAGA  1281