Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroadEn_01287
• Subject: XM_005263131.3
• Aligned Length: 1405
• Identities: 1000
• Gaps: 137

Alignment

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct    1  ATGAGCCTCCATTTCTTATACTACTGCAGTGAACCAACATTGGATGTGAAAATTGCCTTTTGTCAGGGATTCGA  74

Query    1  ----------------------------------------ATGAGCAGAAGCAAGCGTGACAACAATTTTTATA  34
                                                    |||||||.||||||...|||||||.|.||.||.|
Sbjct   75  TAAACAAGTGGATGTGTCATATATTGCCAAACATTACAACATGAGCAAAAGCAAAGTTGACAACCAGTTCTACA  148

Query   35  GTGTAGAGATTGGAGATTCTACATTCACAGTCCTGAAACGATATCAGAATTTAAAACCTATAGGCTCAGGAGCT  108
            ||||.||..|.|||||.||.||.||||||||.||.||.||.||.||||||.||||.|||||.|||||.||.|||
Sbjct  149  GTGTGGAAGTGGGAGACTCAACCTTCACAGTTCTCAAGCGCTACCAGAATCTAAAGCCTATTGGCTCTGGGGCT  222

Query  109  CAAGGAATAGTATGCGCAGCTTATGATGCCATTCTTGAAAGAAATGTTGCAATCAAGAAGCTAAGCCGACCATT  182
            ||.||.|||||.||.||.||.||||||||..|.|||||.||||||||.||.||.||||||||.|||.||||.||
Sbjct  223  CAGGGCATAGTTTGTGCCGCGTATGATGCTGTCCTTGACAGAAATGTGGCCATTAAGAAGCTCAGCAGACCCTT  296

Query  183  TCAGAATCAGACTCATGCCAAGCGGGCCTACAGAGAGCTAGTTCTTATGAAATGTGTTAATCACAAAAATATAA  256
            ||||||.||.||.|||||||||.|.||.|||.|.|||||.||.||.|||||.|||||.||.||.|||||.||.|
Sbjct  297  TCAGAACCAAACACATGCCAAGAGAGCGTACCGGGAGCTGGTCCTCATGAAGTGTGTGAACCATAAAAACATTA  370

Query  257  TTGGCCTTTTGAATGTTTTCACACCACAGAAATCCCTAGAAGAATTTCAAGATGTTTACATAGTCATGGAGCTC  330
            ||.|..|.||.|||||.||||||||.||||||.|.||.||.||.||.||||||||||||.||||.|||||.||.
Sbjct  371  TTAGTTTATTAAATGTCTTCACACCCCAGAAAACGCTGGAGGAGTTCCAAGATGTTTACTTAGTAATGGAACTG  444

Query  331  ATGGATGCAAATCTT-TGCCAAGTGATTCAGATGGAGCTAGATCATGAAAGAATGTCCTACCTTCTCTATCAGA  403
            ||||||||.|| ||| ||.|||||||||||||||||..||||.|||||..|||||||.|||||.||.||.||.|
Sbjct  445  ATGGATGCCAA-CTTATGTCAAGTGATTCAGATGGAATTAGACCATGAGCGAATGTCTTACCTGCTGTACCAAA  517

Query  404  TGCTGTGTGGAATCAAGCACCTTCATTCTGCTGGAATTATTCATCGGGACTTAAAGCCCAGTAATATAGTAGTA  477
            ||.|||||||.||.||||||||.||||||||||||||||||||..||||.|||||.||.|||||.||.|||||.
Sbjct  518  TGTTGTGTGGCATTAAGCACCTCCATTCTGCTGGAATTATTCACAGGGATTTAAAACCAAGTAACATTGTAGTC  591

Query  478  AAATCTGATTGCACTTTGAAGATTCTTGACTTCGGTCTGGCCAGGACTGCAGGAACGAGTTTTATGATGACGCC  551
            ||.|||||||||||.|||||.||.||.|||||.||.|||||||||||.|||||.||.||.||.||||||||.||
Sbjct  592  AAGTCTGATTGCACATTGAAAATCCTGGACTTTGGACTGGCCAGGACAGCAGGCACAAGCTTCATGATGACTCC  665

Query  552  TTATGTAGTGACTCGCTACTACAGAGCACCCGAGGTCATCCTTGGCATGGGCTACAAGGAAAACGTTGACATTT  625
            .|||||.|||||.||.||.||||||||.||.|||||||||||.||.||||||||||||||.|||||||||||.|
Sbjct  666  ATATGTGGTGACACGTTATTACAGAGCCCCTGAGGTCATCCTGGGGATGGGCTACAAGGAGAACGTTGACATGT  739

Query  626  GGTCAGTTGGGTGCATCATGGGAGAAATGATCAAAGGTGGTGTTTTGTTCCCAGGTACAGATCATATTGATCAG  699
            |||||||.|||||||||||||||||||||||.|||||||..||..||||.||.||.||.|||||||||||.|||
Sbjct  740  GGTCAGTAGGGTGCATCATGGGAGAAATGATAAAAGGTGCAGTGCTGTTTCCTGGCACTGATCATATTGACCAG  813

Query  700  TGGAATAAAGTTATTGAACAGCTTGGAACACCATGTCCTGAATTCATGAAGAAACTGCAACCAACAGTAAGGAC  773
            ||||||||.||.||||||||.||.||||||||||||||.|||||||||||||||.|||||||.||||||||.|.
Sbjct  814  TGGAATAAGGTAATTGAACAACTAGGAACACCATGTCCAGAATTCATGAAGAAATTGCAACCCACAGTAAGAAA  887

Query  774  TTACGTTGAAAACAGACCTAAATATGCTGGATATAGCTTTGAGAAACTCTTCCCTGATGTCCTTTTCCCAGCTG  847
            .||.||.||.||..|.||.||.|||||.|||...|.|||....|||||||||||.|||..|||.||||||||.|
Sbjct  888  CTATGTGGAGAATCGGCCCAAGTATGCGGGACTCACCTTCCCCAAACTCTTCCCAGATTCCCTCTTCCCAGCGG  961

Query  848  ACTCAGAACACAACAAACTTAAAGCCAGTCAGGCAAGGGATTTGTTATCCAAAATGCTGGTAATAGATGCATCT  921
            ||||.||.|||||.|||||.||||||||.||.||.|||||.|||||.||.||.|||||.||.||.||..||.|.
Sbjct  962  ACTCCGAGCACAATAAACTCAAAGCCAGCCAAGCCAGGGACTTGTTGTCAAAGATGCTAGTGATTGACCCAGCA  1035

Query  922  AAAAGGATCTCTGTAGATGAAGCTCTCCAACACCCGTACATCAATGTCTGGTATGATCCTTCTGAAGCAGAAGC  995
            |||||.||.||.||.||.||.||..|.||.||.||.||||||||.|||||||||||.||..|.||||..||.||
Sbjct 1036  AAAAGAATATCAGTGGACGACGCCTTACAGCATCCCTACATCAACGTCTGGTATGACCCAGCCGAAGTGGAGGC  1109

Query  996  TCCACCACCAAAGATCCCTGACAAGCAGTTAGATGAAAGGGAACACACAATAGAAGAGTGGAAAGAATTGATAT  1069
            .||.|||||..||||...||||||||||||.||||||||.|||||||||||.|||||.|||||||||.|.||.|
Sbjct 1110  GCCTCCACCTCAGATATATGACAAGCAGTTGGATGAAAGAGAACACACAATTGAAGAATGGAAAGAACTTATCT  1183

Query 1070  ATAAGGAAGTTATGGACTTGGAGGAGAGAACCAAGAATGGAGTTATACGGGGGCAGCCCTCTCCTTTAGGTGCA  1143
            |.||||||||.|||.|.|..||.||.|..||.||.|||||.||..||...||.|||||.|||||||.|||||||
Sbjct 1184  ACAAGGAAGTAATGAATTCAGAAGAAAAGACTAAAAATGGTGTAGTAAAAGGACAGCCTTCTCCTTCAGGTGCA  1257

Query 1144  GCAGTGATCAATGGCTCTCAGCA---------TCCATCATCATCGTCGTCTGTCAATGATGTGTCTTCAATGTC  1208
            |||||||          .|||||         |||.||  ||||.||||||||||||||..|.||.||.|||||
Sbjct 1258  GCAGTGA----------ACAGCAGTGAGAGTCTCCCTC--CATCCTCGTCTGTCAATGACATCTCCTCCATGTC  1319

Query 1209  AACAGATCCGACTTTGGCCTCTGATACAGACAGCAGTCTAGAAGCAGCAGCTGGGCCTCTGGGCTGCTGTAGA  1281
            .||.||.|.|||..||||.|||||.||.||||||||.||.|||||..|.||.||.||.|||||.||.||.||.
Sbjct 1320  CACCGACCAGACCCTGGCATCTGACACTGACAGCAGCCTGGAAGCCTCGGCAGGACCCCTGGGTTGTTGCAGG  1392