Nucleotide Global Alignment
Description
- Query:
- ccsbBroadEn_01287
- Subject:
- XM_017008422.2
- Aligned Length:
- 1405
- Identities:
- 939
- Gaps:
- 209
Alignment
Query 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Sbjct 1 ATGAGCCTCCATTTCTTATACTACTGCAGTGAACCAACATTGGATGTGAAAATTGCCTTTTGTCAGGGATTCGA 74
Query 1 ----------------------------------------ATGAGCAGAAGCAAGCGTGACAACAATTTTTATA 34
|||||||.||||||...|||||||.|.||.||.|
Sbjct 75 TAAACAAGTGGATGTGTCATATATTGCCAAACATTACAACATGAGCAAAAGCAAAGTTGACAACCAGTTCTACA 148
Query 35 GTGTAGAGATTGGAGATTCTACATTCACAGTCCTGAAACGATATCAGAATTTAAAACCTATAGGCTCAGGAGCT 108
||||.||..|.|||||.||.||.||||||||.||.||.||.||.||||||.||||.|||||.|||||.||.|||
Sbjct 149 GTGTGGAAGTGGGAGACTCAACCTTCACAGTTCTCAAGCGCTACCAGAATCTAAAGCCTATTGGCTCTGGGGCT 222
Query 109 CAAGGAATAGTATGCGCAGCTTATGATGCCATTCTTGAAAGAAATGTTGCAATCAAGAAGCTAAGCCGACCATT 182
||.||.|||||.||.||.||.||||||||..|.|||||.||||||||.||.||.||||||||.|||.||||.||
Sbjct 223 CAGGGCATAGTTTGTGCCGCGTATGATGCTGTCCTTGACAGAAATGTGGCCATTAAGAAGCTCAGCAGACCCTT 296
Query 183 TCAGAATCAGACTCATGCCAAGCGGGCCTACAGAGAGCTAGTTCTTATGAAATGTGTTAATCACAAAAATATAA 256
||||||.||.||.|||||||||.|.||.|||.|.|||||.||.||.|||||.|||||.||.||.|||||.||.|
Sbjct 297 TCAGAACCAAACACATGCCAAGAGAGCGTACCGGGAGCTGGTCCTCATGAAGTGTGTGAACCATAAAAACATTA 370
Query 257 TTGGCCTTTTGAATGTTTTCACACCACAGAAATCCCTAGAAGAATTTCAAGATGTTTACATAGTCATGGAGCTC 330
||.|..|.||.|||||.||||||||.||||||.|.||.||.||.||.||||||||||||.||||.|||||.||.
Sbjct 371 TTAGTTTATTAAATGTCTTCACACCCCAGAAAACGCTGGAGGAGTTCCAAGATGTTTACTTAGTAATGGAACTG 444
Query 331 ATGGATGCAAATCTT-TGCCAAGTGATTCAGATGGAGCTAGATCATGAAAGAATGTCCTACCTTCTCTATCAGA 403
||||||||.|| ||| ||.|||||||||||||||||..||||.|||||..|||||||.|||||.||.||.||.|
Sbjct 445 ATGGATGCCAA-CTTATGTCAAGTGATTCAGATGGAATTAGACCATGAGCGAATGTCTTACCTGCTGTACCAAA 517
Query 404 TGCTGTGTGGAATCAAGCACCTTCATTCTGCTGGAATTATTCATCGGGACTTAAAGCCCAGTAATATAGTAGTA 477
||.|||||||.||.||||||||.||||||||||||||||||||..||||.|||||.||.|||||.||.|||||.
Sbjct 518 TGTTGTGTGGCATTAAGCACCTCCATTCTGCTGGAATTATTCACAGGGATTTAAAACCAAGTAACATTGTAGTC 591
Query 478 AAATCTGATTGCACTTTGAAGATTCTTGACTTCGGTCTGGCCAGGACTGCAGGAACGAGTTTTATGATGACGCC 551
||.|||||||||||.|||||.||.||.|||||.||.|||||||||||.|||||.||.||.||.||||||||.||
Sbjct 592 AAGTCTGATTGCACATTGAAAATCCTGGACTTTGGACTGGCCAGGACAGCAGGCACAAGCTTCATGATGACTCC 665
Query 552 TTATGTAGTGACTCGCTACTACAGAGCACCCGAGGTCATCCTTGGCATGGGCTACAAGGAAAACGTTGACATTT 625
.|||||.|||||.||.||.||||||||.||.|||||||||||.||.||||||||||||||.||||
Sbjct 666 ATATGTGGTGACACGTTATTACAGAGCCCCTGAGGTCATCCTGGGGATGGGCTACAAGGAGAACG--------- 730
Query 626 GGTCAGTTGGGTGCATCATGGGAGAAATGATCAAAGGTGGTGTTTTGTTCCCAGGTACAGATCATATTGATCAG 699
|||||||.|||
Sbjct 731 ---------------------------------------------------------------ATATTGACCAG 741
Query 700 TGGAATAAAGTTATTGAACAGCTTGGAACACCATGTCCTGAATTCATGAAGAAACTGCAACCAACAGTAAGGAC 773
||||||||.||.||||||||.||.||||||||||||||.|||||||||||||||.|||||||.||||||||.|.
Sbjct 742 TGGAATAAGGTAATTGAACAACTAGGAACACCATGTCCAGAATTCATGAAGAAATTGCAACCCACAGTAAGAAA 815
Query 774 TTACGTTGAAAACAGACCTAAATATGCTGGATATAGCTTTGAGAAACTCTTCCCTGATGTCCTTTTCCCAGCTG 847
.||.||.||.||..|.||.||.|||||.|||...|.|||....|||||||||||.|||..|||.||||||||.|
Sbjct 816 CTATGTGGAGAATCGGCCCAAGTATGCGGGACTCACCTTCCCCAAACTCTTCCCAGATTCCCTCTTCCCAGCGG 889
Query 848 ACTCAGAACACAACAAACTTAAAGCCAGTCAGGCAAGGGATTTGTTATCCAAAATGCTGGTAATAGATGCATCT 921
||||.||.|||||.|||||.||||||||.||.||.|||||.|||||.||.||.|||||.||.||.||..||.|.
Sbjct 890 ACTCCGAGCACAATAAACTCAAAGCCAGCCAAGCCAGGGACTTGTTGTCAAAGATGCTAGTGATTGACCCAGCA 963
Query 922 AAAAGGATCTCTGTAGATGAAGCTCTCCAACACCCGTACATCAATGTCTGGTATGATCCTTCTGAAGCAGAAGC 995
|||||.||.||.||.||.||.||..|.||.||.||.||||||||.|||||||||||.||..|.||||..||.||
Sbjct 964 AAAAGAATATCAGTGGACGACGCCTTACAGCATCCCTACATCAACGTCTGGTATGACCCAGCCGAAGTGGAGGC 1037
Query 996 TCCACCACCAAAGATCCCTGACAAGCAGTTAGATGAAAGGGAACACACAATAGAAGAGTGGAAAGAATTGATAT 1069
.||.|||||..||||...||||||||||||.||||||||.|||||||||||.|||||.|||||||||.|.||.|
Sbjct 1038 GCCTCCACCTCAGATATATGACAAGCAGTTGGATGAAAGAGAACACACAATTGAAGAATGGAAAGAACTTATCT 1111
Query 1070 ATAAGGAAGTTATGGACTTGGAGGAGAGAACCAAGAATGGAGTTATACGGGGGCAGCCCTCTCCTTTAGGTGCA 1143
|.||||||||.|||.|.|..||.||.|..||.||.|||||.||..||...||.|||||.|||||||.|||||||
Sbjct 1112 ACAAGGAAGTAATGAATTCAGAAGAAAAGACTAAAAATGGTGTAGTAAAAGGACAGCCTTCTCCTTCAGGTGCA 1185
Query 1144 GCAGTGATCAATGGCTCTCAGCA---------TCCATCATCATCGTCGTCTGTCAATGATGTGTCTTCAATGTC 1208
||||||| .||||| |||.|| ||||.||||||||||||||..|.||.||.|||||
Sbjct 1186 GCAGTGA----------ACAGCAGTGAGAGTCTCCCTC--CATCCTCGTCTGTCAATGACATCTCCTCCATGTC 1247
Query 1209 AACAGATCCGACTTTGGCCTCTGATACAGACAGCAGTCTAGAAGCAGCAGCTGGGCCTCTGGGCTGCTGTAGA 1281
.||.||.|.|||..||||.|||||.||.||||||||.||.|||||..|.||.||.||.|||||.||.||.||.
Sbjct 1248 CACCGACCAGACCCTGGCATCTGACACTGACAGCAGCCTGGAAGCCTCGGCAGGACCCCTGGGTTGTTGCAGG 1320