Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroadEn_01484
• Subject: NM_001322871.2
• Aligned Length: 2385
• Identities: 2289
• Gaps: 96

Alignment

Query    1  ATGGATCATTTGAACGAGGCAACTCAGGGGAAAGAACATTCAGAAATGTCTAACAATGTGAGTGATCCGAAGGG  74
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct    1  ATGGATCATTTGAACGAGGCAACTCAGGGGAAAGAACATTCAGAAATGTCTAACAATGTGAGTGATCCGAAGGG  74

Query   75  TCCACCAGCCAAGATTGCCCGCCTGGAGCAGAACGGGAGCCCGCTAGGAAGAGGAAGGCTTGGGAGTACAGGTG  148
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct   75  TCCACCAGCCAAGATTGCCCGCCTGGAGCAGAACGGGAGCCCGCTAGGAAGAGGAAGGCTTGGGAGTACAGGTG  148

Query  149  CAAAAATGCAGGGAGTGCCTTTAAAACACTCGGGCCATCTGATGAAAACCAACCTTAGGAAAGGAACCATGCTG  222
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  149  CAAAAATGCAGGGAGTGCCTTTAAAACACTCGGGCCATCTGATGAAAACCAACCTTAGGAAAGGAACCATGCTG  222

Query  223  CCAGTTTTCTGTGTGGTGGAACATTATGAAAACGCCATTGAATATGATTGCAAGGAGGAGCATGCAGAATTTGT  296
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  223  CCAGTTTTCTGTGTGGTGGAACATTATGAAAACGCCATTGAATATGATTGCAAGGAGGAGCATGCAGAATTTGT  296

Query  297  GCTGGTGAGAAAGGATATGCTTTTCAACCAGCTGATCGAAATGGCATTGCTGTCTCTAGGTTATTCACATAGCT  370
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  297  GCTGGTGAGAAAGGATATGCTTTTCAACCAGCTGATCGAAATGGCATTGCTGTCTCTAGGTTATTCACATAGCT  370

Query  371  CTGCTGCCCAGGCCAAAGGGCTAATCCAGGTTGGAAAGTGGAATCCAGTTCCACTGTCTTACGTGACAGATGCC  444
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  371  CTGCTGCCCAGGCCAAAGGGCTAATCCAGGTTGGAAAGTGGAATCCAGTTCCACTGTCTTACGTGACAGATGCC  444

Query  445  CCTGATGCTACAGTAGCAGATATGCTTCAAGATGTGTATCATGTGGTCACATTGAAAATTCAGTTACACAGTTG  518
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  445  CCTGATGCTACAGTAGCAGATATGCTTCAAGATGTGTATCATGTGGTCACATTGAAAATTCAGTTACACAGTTG  518

Query  519  CCCCAAACTAGAAGACTTGCCTCCCGAACAATGGTCGCACACCACAGTGAGGAATGCTCTGAAGGACTTACTGA  592
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  519  CCCCAAACTAGAAGACTTGCCTCCCGAACAATGGTCGCACACCACAGTGAGGAATGCTCTGAAGGACTTACTGA  592

Query  593  AAGATATGAATCAGAGTTCATTGGCCAAGGAGTGCCCCCTTTCACAGAGTATGATTTCTTCCATTGTGAACAGT  666
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  593  AAGATATGAATCAGAGTTCATTGGCCAAGGAGTGCCCCCTTTCACAGAGTATGATTTCTTCCATTGTGAACAGT  666

Query  667  ACTTACTATGCAAATGTCTCAGCAGCAAAATGTCAAGAATTTGGAAGGTGGTACAAACATTTCAAGAAGACAAA  740
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  667  ACTTACTATGCAAATGTCTCAGCAGCAAAATGTCAAGAATTTGGAAGGTGGTACAAACATTTCAAGAAGACAAA  740

Query  741  AGATATGATGGTTGAAATGGATAGTCTTTCTGAGCTATCCCAGCAAGGCGCCAATCATGTCAATTTTGGCCAGC  814
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  741  AGATATGATGGTTGAAATGGATAGTCTTTCTGAGCTATCCCAGCAAGGCGCCAATCATGTCAATTTTGGCCAGC  814

Query  815  AACCAGTTCCAGGGAACACAGCCGAGCAGCCTCCATCCCCTGCGCAGCTCTCCCATGGCAGCCAGCCCTCTGTC  888
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  815  AACCAGTTCCAGGGAACACAGCCGAGCAGCCTCCATCCCCTGCGCAGCTCTCCCATGGCAGCCAGCCCTCTGTC  888

Query  889  CGGACACCTCTTCCAAACCTGCACCCTGGGCTCGTATCAACACCTATCAGTCCTCAATTGGTCAACCAGCAGCT  962
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  889  CGGACACCTCTTCCAAACCTGCACCCTGGGCTCGTATCAACACCTATCAGTCCTCAATTGGTCAACCAGCAGCT  962

Query  963  GGTGATGGCTCAGCTGCTGAACCAGCAGTATGCAGTGAATAGACTTTTAGCCCAGCAGTCCTTAAACCAACAAT  1036
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  963  GGTGATGGCTCAGCTGCTGAACCAGCAGTATGCAGTGAATAGACTTTTAGCCCAGCAGTCCTTAAACCAACAAT  1036

Query 1037  ACTTGAACCACCCTCCCCCTGTCAGTAGATCTATGAATAAGCCTTTGGAGCAACAGGTTTCGACCAACACAGAG  1110
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1037  ACTTGAACCACCCTCCCCCTGTCAGTAGATCTATGAATAAGCCTTTGGAGCAACAGGTTTCGACCAACACAGAG  1110

Query 1111  GTGTCTTCCGAAATCTACCAGTGGGTACGCGATGAACTGAAACGAGCAGGAATCTCCCAGGCGGTATTTGCACG  1184
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1111  GTGTCTTCCGAAATCTACCAGTGGGTACGCGATGAACTGAAACGAGCAGGAATCTCCCAGGCGGTATTTGCACG  1184

Query 1185  TGTGGCTTTTAACAGAACTCAGGGCTTGCTTTCAGAAATCCTCCGAAAGGAAGAGGACCCCAAGACTGCATCCC  1258
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1185  TGTGGCTTTTAACAGAACTCAGGGCTTGCTTTCAGAAATCCTCCGAAAGGAAGAGGACCCCAAGACTGCATCCC  1258

Query 1259  AGTCTTTGCTGGTAAACCTTCGGGCTATGCAGAATTTCTTGCAGTTACCGGAAGCTGAAAGAGACCGAATATAC  1332
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1259  AGTCTTTGCTGGTAAACCTTCGGGCTATGCAGAATTTCTTGCAGTTACCGGAAGCTGAAAGAGACCGAATATAC  1332

Query 1333  CAGGACGAAAGGGAAAGGAGCTTGAATGCTGCCTCGGCCATGGGTCCTGCCCCCCTCATCAGCACACCACCCAG  1406
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1333  CAGGACGAAAGGGAAAGGAGCTTGAATGCTGCCTCGGCCATGGGTCCTGCCCCCCTCATCAGCACACCACCCAG  1406

Query 1407  CCGTCCTCCCCAGGTGAAAACAGCTACTATTGCCACTGAAAGGAATGGGAAACCAGAGAACAATACCATGAACA  1480
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1407  CCGTCCTCCCCAGGTGAAAACAGCTACTATTGCCACTGAAAGGAATGGGAAACCAGAGAACAATACCATGAACA  1480

Query 1481  TTAATGCTTCCATTTATGATGAGATTCAGCAGGAAATGAAGCGTGCTAAAGTGTCTCAAGCACTGTTTGCAAAG  1554
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1481  TTAATGCTTCCATTTATGATGAGATTCAGCAGGAAATGAAGCGTGCTAAAGTGTCTCAAGCACTGTTTGCAAAG  1554

Query 1555  GTTGCAGCAACCAAAAGCCAGGGATGGTTGTGCGAGCTGTTACGCTGGAAAGAAGATCCTTCTCCAGAAAACAG  1628
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1555  GTTGCAGCAACCAAAAGCCAGGGATGGTTGTGCGAGCTGTTACGCTGGAAAGAAGATCCTTCTCCAGAAAACAG  1628

Query 1629  AACCCTGTGGGAGAACCTCTCCATGATCCGAAGGTTCCTCAGTCTTCCTCAGCCAGAACGTGATGCCATTTATG  1702
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1629  AACCCTGTGGGAGAACCTCTCCATGATCCGAAGGTTCCTCAGTCTTCCTCAGCCAGAACGTGATGCCATTTATG  1702

Query 1703  AACAGGAGAGCAACGCGGTGCATCACCATGGCGACAGGCCGCCCCACATTATCCATGTTCCAGCAGAGCAGAT-  1775
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
Sbjct 1703  AACAGGAGAGCAACGCGGTGCATCACCATGGCGACAGGCCGCCCCACATTATCCATGTTCCAGCAGAGCAGATT  1776

Query 1776  --------------------------------------------------------------------------  1775
                                                                                      
Sbjct 1777  CAGAGCCCCTCTCCCACCACCCTTGGGAAAGGAGAGTCTAGAGGCGTTTTCTTACCAGGCCTGCCGACCCCTGC  1850

Query 1776  ---------------------TCAGCAACAGCAGCAGCAACAGCAACAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGGCACCGC  1828
                                 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1851  ACCATGGCTCGGTGCTGCTCCTCAGCAACAGCAGCAGCAACAGCAACAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGGCACCGC  1924

Query 1829  CGCCTCCACAGCCACAGCAGCAGCCACAGACAGGCCCTCGGCTCCCCCCACGGCAACCCACGGTGGCCTCTCCA  1902
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1925  CGCCTCCACAGCCACAGCAGCAGCCACAGACAGGCCCTCGGCTCCCCCCACGGCAACCCACGGTGGCCTCTCCA  1998

Query 1903  GCAGAGTCAGATGAGGAAAACCGACAGAAGACCCGGCCACGAACAAAAATTTCAGTGGAAGCCTTGGGAATCCT  1976
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1999  GCAGAGTCAGATGAGGAAAACCGACAGAAGACCCGGCCACGAACAAAAATTTCAGTGGAAGCCTTGGGAATCCT  2072

Query 1977  CCAGAGTTTCATACAAGACGTGGGCCTGTACCCTGACGAAGAGGCCATCCAGACTCTGTCTGCCCAGCTCGACC  2050
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2073  CCAGAGTTTCATACAAGACGTGGGCCTGTACCCTGACGAAGAGGCCATCCAGACTCTGTCTGCCCAGCTCGACC  2146

Query 2051  TTCCCAAGTACACCATCATCAAGTTCTTTCAGAACCAGCGGTACTATCTCAAGCACCACGGCAAACTGAAGGAC  2124
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2147  TTCCCAAGTACACCATCATCAAGTTCTTTCAGAACCAGCGGTACTATCTCAAGCACCACGGCAAACTGAAGGAC  2220

Query 2125  AATTCCGGTTTAGAGGTCGATGTGGCAGAATATAAAGAAGAGGAGCTGCTGAAGGATTTGGAAGAGAGTGTCCA  2198
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2221  AATTCCGGTTTAGAGGTCGATGTGGCAGAATATAAAGAAGAGGAGCTGCTGAAGGATTTGGAAGAGAGTGTCCA  2294

Query 2199  AGATAAAAATACTAACACCCTTTTTTCAGTGAAACTAGAAGAAGAGCTGTCAGTGGAAGGAAACACAGACATTA  2272
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2295  AGATAAAAATACTAACACCCTTTTTTCAGTGAAACTAGAAGAAGAGCTGTCAGTGGAAGGAAACACAGACATTA  2368

Query 2273  ATACTGATTTGAAAGAC  2289
            |||||||||||||||||
Sbjct 2369  ATACTGATTTGAAAGAC  2385