Nucleotide Global Alignment
Description
- Query:
- ccsbBroadEn_01821
- Subject:
- NM_001297588.1
- Aligned Length:
- 2191
- Identities:
- 1550
- Gaps:
- 413
Alignment
Query 1 ------------------------------------------------------------------ATGACCAC 8
||||||||
Sbjct 1 ATGATTTCACCTTCACTTGAACTGCTTCATTCAGGACTCTGCAAATTCCCTGAAGTAGAAGGAAAAATGACCAC 74
Query 9 GTTGAAGGAGGCAGTGACCTTCAAGGACGTGGCTGTGGTCTTCACTGAGGAAGAGCTGAGGCTGCTGGACCTTG 82
.||.||.|||||||||||.||||||||.|||||||||||||||||||||||.||||||.||||||||||||.||
Sbjct 75 ATTCAAAGAGGCAGTGACATTCAAGGATGTGGCTGTGGTCTTCACTGAGGAGGAGCTGGGGCTGCTGGACCCTG 148
Query 83 CCCAGAGGAAACTGTACCGAGAAGTGATGCTGGAGAACTTCAGGAACCTGCTCTCAGTGGGGCATCAATCACTC 156
||||||||||.|||||||||||.||||||||.||||||||||||||||||||||||||.|||.|||||.||.||
Sbjct 149 CCCAGAGGAAGCTGTACCGAGATGTGATGCTAGAGAACTTCAGGAACCTGCTCTCAGTAGGGAATCAACCATTC 222
Query 157 CACAGAGATACTTTCCACTTCCTAAAGGAA-GAAAAGTTTTGGATGATGGAGACAGCAACCCAAAGAGAAGGGA 229
|||..||||||||||||||| ||.|.|||| |||||||||||||.||||.|||||.|||.||||||||||||||
Sbjct 223 CACCAAGATACTTTCCACTT-CTTAGGGAAGGAAAAGTTTTGGAAGATGAAGACAACAAGCCAAAGAGAAGGGA 295
Query 230 ATTTAGGAGGCAAGATCCAAATGGAGATGGAGACTGTTTCAGAATCAGGAACACATGAAGGCTTGTTCAGTCAT 303
|||.||||||||||||||||||.|||||||||||||||.|||||.|||||.|||||||||..|.||.|.||||.
Sbjct 296 ATTCAGGAGGCAAGATCCAAATTGAGATGGAGACTGTTCCAGAAGCAGGACCACATGAAGAGTGGTCCTGTCAG 369
Query 304 CAAACCTGGGAACAAATTTCAAGTGACTTAACCAGGTTTCAAGACTCCAT--GGTAAACAGCTTTCAGTTCTCC 375
||||..||||||||||||.||||||||.|||||||||.||||.||||||| || |||||||.||||||||.|
Sbjct 370 CAAATATGGGAACAAATTGCAAGTGACCTAACCAGGTCTCAAAACTCCATAAGG--AACAGCTCTCAGTTCTTC 441
Query 376 AAACAAGATGATATGCCCTGCCAGGTTGATGCAGGACTATCTATAATTCACGTAAGACAGAAACCTT-CTGAGG 448
|||.|||.||||.|.|||||||||.||||.|||.||||||||||||.||||||...||||||||||| |.|..|
Sbjct 442 AAAGAAGGTGATGTCCCCTGCCAGATTGAGGCAAGACTATCTATAAGTCACGTGCAACAGAAACCTTACCGTTG 515
Query 449 GTAGGACGTGTAAAAAGTCCTTTAGTGATGTCTCCGTCCTTGATCTTCATCAACAACTACAGTCAAGAGAGAAG 522
..|.|| .||||||.|||||||.||||||||.||.|||.|||||||||||||||||..|||.|||.|||||||.
Sbjct 516 TAATGA-ATGTAAACAGTCCTTCAGTGATGTTTCTGTCTTTGATCTTCATCAACAATCACACTCAGGAGAGAAA 588
Query 523 TCTCATACATGTGATGAATGTGGAAAGAGTTTCTGTTATAGCTCAGCTCTTCGTATTCATCAGAGAGTTCACAT 596
|||||||||||||.|||.||||||||.||.||||||||.|||.||||.||||.|||||||||||||||.||.||
Sbjct 589 TCTCATACATGTGGTGAGTGTGGAAAAAGCTTCTGTTACAGCCCAGCCCTTCATATTCATCAGAGAGTCCATAT 662
Query 597 GGGGGAGAAACTCTATAATTGTGATGTGTGTGGTAAGGAATTCAATCAGAGCTCACATCTGCAAATTCATCAGA 670
|||.||.|||..||||||.|||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||.||||||||
Sbjct 663 GGGAGAAAAATGCTATAAGTGTGATGTGTGTGGTAAGGAATTTAATCAGAGCTCACATCTGCAAACTCATCAGA 736
Query 671 GAATCCACACTGGAGAGAAACCATTCAAATGTGAGCAGTGTGGGAAAGGCTTTAGTCGTAGATCAGGACTTTAT 744
||.||||.|||||||||||||||||||||||||.|||.||||||||||||||...|.|||||||||.||||.||
Sbjct 737 GAGTCCATACTGGAGAGAAACCATTCAAATGTGGGCAATGTGGGAAAGGCTTCCATAGTAGATCAGCACTTAAT 810
Query 745 GTTCATCGTAAATTACACACAGGAGTGAAACCTCATATTTGTGAGAAATGTGGGAAGGCCTTCATTCATGATTC 818
||||||.|.|||||.||||||||||.|||||||.|||.|||||||.||||||||||.|||||||||||||||||
Sbjct 811 GTTCATTGCAAATTGCACACAGGAGAGAAACCTTATAATTGTGAGGAATGTGGGAAAGCCTTCATTCATGATTC 884
Query 819 CCAGCTTCAGGAACATCAAAGAATCCATACTGGGGAGAAGCCATTCAAATGTGATATATGTTGTAAGAGCTTCC 892
.||||||||.||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||
Sbjct 885 ACAGCTTCAAGAACATCAGAGAATCCATACTGGGGAGAAGCCATTCAAATGTGATATATGTGGTAAGAGCTTCC 958
Query 893 GTAGTAGAGCAAATCTTAATAGGCATTCCATGGTTCACATGCGAGAGAAACCATTCAGATGTGATACATGTGGT 966
||..||||.|||..|||||||||||||||||||||||||...||||.||||||||||||||||||||||||||.
Sbjct 959 GTGTTAGATCAAGACTTAATAGGCATTCCATGGTTCACACAGGAGAAAAACCATTCAGATGTGATACATGTGGC 1032
Query 967 AAGAGCTTTGGTCTGAAATCAGCACTTAATAGTCATCGCATGGTCCACACAGGAGAGAAACGGTACAAATGTGA 1040
||||.||||.|||.||.|||||||||||||||||||..|||||||||||.||.||||||.|..|||||||||||
Sbjct 1033 AAGAACTTTCGTCAGAGATCAGCACTTAATAGTCATTCCATGGTCCACATAGAAGAGAAGCCATACAAATGTGA 1106
Query 1041 GGAATGTGGAAAACGCTTCATTTATAGGCAAGATCTTTATAAGCATCAGATAGACCACACAGGGGAGAAGCCAT 1114
|.|||||||||||.|||||||||.|||||.||||.|||.||||||||||||.|.|||||||||.|||||.||||
Sbjct 1107 GCAATGTGGAAAAGGCTTCATTTGTAGGCGAGATTTTTGTAAGCATCAGATGGTCCACACAGGAGAGAAACCAT 1180
Query 1115 ATAATTGTAAAGAATGTGGAAAGAGCTTCAGATGGGCCTCAGGTCTTTCAAGACATGTGCGAGTCCACAGTGGA 1188
|||||||||||||||||||.||||.||||||||||.|||||.||||||..|..|||..||.|||||||||||||
Sbjct 1181 ATAATTGTAAAGAATGTGGGAAGACCTTCAGATGGTCCTCATGTCTTTTGAACCATCAGCAAGTCCACAGTGGA 1254
Query 1189 GAGACAACATTCAAATGTGAAGAATGTGGGAAGGGATTTTATACAAATTCACAACGTTATTCTCACCAGAGAGC 1262
.|.|.|.|.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||.|.|||.||.||||||.|
Sbjct 1255 CAAAAATCCTTCAAATGTGAAGAATGTGGGAAGGGATTTTATACAAATTCACGACGATCTTCCCATCAGAGATC 1328
Query 1263 GCACAGTGGAGAAAAGCCATATAGATGTGAGGAGTGTGGGAAGGGCTACAAAAGGAGGTTGGATCTTGACTTTC 1336
.||||.|||||||||||||||||..||||||||||||||.||||.|||.||||||||||||||||||||.||||
Sbjct 1329 CCACAATGGAGAAAAGCCATATAACTGTGAGGAGTGTGGTAAGGACTATAAAAGGAGGTTGGATCTTGAGTTTC 1402
Query 1337 ATCAGAGGGTCCACAGAGGAGAGAAACCCTATAATTGTAAGGAATGTGGGAAGAGCTTTGGCTGGGCCTCGTGT 1410
|.|||||||||||||..||.||||.||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||.|||
Sbjct 1403 ACCAGAGGGTCCACACGGGTGAGAGACCCTATAATTGTAAGGAATGTGGCAAGAGCTTTGGCTGGGCCTCCTGT 1476
Query 1411 CTTTTGAATCATCAGAGAATCCACAGTGGAGAAAAACCATTTAAATGTGAAGAATGTGGGAAAAGATTTACTCA 1484
||||||||.||||||
Sbjct 1477 CTTTTGAAACATCAG----------------------------------------------------------- 1491
Query 1485 GAATTCACAACTTTATACCCATCGTAGAGTCCACAGTGGAGAAAAACCATTCAAATGTGAAGAGTGTGGGAAAA 1558
|||.||||||||||.||||||||.||||||||||||||||||||.||.|
Sbjct 1492 -------------------------AGACTCCACAGTGGGGAAAAACCTTTCAAATGTGAAGAGTGTGGAAAGA 1540
Query 1559 GATTTACTCAGAATTCACAACTTTATTCTCATCGCAGAGTCCACACTGGAGTAAAGCCATACAAATGTGAAGAG 1632
||||||||||||.||||||||||.||||.||||..|.|..|||.|||||||.|||||.||||||||||||..||
Sbjct 1541 GATTTACTCAGAGTTCACAACTTCATTCCCATCAGACATGCCATACTGGAGAAAAGCTATACAAATGTGAGCAG 1614
Query 1633 TGTGGGAAGGGCTTCAACAGTAAGTTTAATCTTGACATGCACCAGAGGGTCCACACCGGAGAGAGACCTTATAA 1706
||||.||||||.|.|||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||...||||||.||||.|||||
Sbjct 1615 TGTGAGAAGGGGTACAACAGTAAATTTAATCTTGACATGCACCAGAGGGTCCACGGGGGAGAGCGACCCTATAA 1688
Query 1707 TTGTAAAGAATGTGGGAAGAGCTTTAGCCGGGCCTCAAGTATTTTGAATCATAAGAGACTCCATGGTGATGAAA 1780
||||||.||||||||.|||||||||.||.||||.|||.||.|||||||.|||.||||||||||..|||..||||
Sbjct 1689 TTGTAAGGAATGTGGAAAGAGCTTTGGCTGGGCTTCATGTCTTTTGAAACATCAGAGACTCCACAGTGGAGAAA 1762
Query 1781 AGCCATTCAAATGTGAAGAGTGTGGGAAGAGATTTACTGAGAATTCACAGCTTCATTCCCATCAG--AGGGTTC 1852
|||||||.||||.|| ||||||||||||||||.||||.||||||||||||||||||..|||||| || ||
Sbjct 1763 AGCCATTGAAATCTG--GAGTGTGGGAAGAGATCTACTCAGAATTCACAGCTTCATTTACATCAGTAAG---TC 1831
Query 1853 ACACTGGG-GAAAAGCCATACAAATGTGAGAAGTGTGGAAAGAGCTTCAGATGGGCCTCAACTCATCTAACCCA 1925
....|||| |||||||||||
Sbjct 1832 TATGTGGGAGAAAAGCCATA------------------------------------------------------ 1851
Query 1926 TCAGAGACTCCACAGTAGAGAAAAACTACTTCAATGTGAGGACTGTGGGAAGAGCATTGTGCACAGTTCATGCC 1999
Sbjct 1852 -------------------------------------------------------------------------- 1851
Query 2000 TTAAAGACCAACAAAGAGACCAAAGTGGAGAGAAAACATCTAAATGTGAGGACTGTGGGAAGCGCTACAAGAGG 2073
Sbjct 1852 -------------------------------------------------------------------------- 1851
Query 2074 CGCTTGAATCTTGATACGCTTTTGTCATTATTTTTAAATGACACA 2118
Sbjct 1852 --------------------------------------------- 1851