Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroadEn_01821
• Subject: NM_001297589.1
• Aligned Length: 2191
• Identities: 1550
• Gaps: 413

Alignment

Query    1  ------------------------------------------------------------------ATGACCAC  8
                                                                              ||||||||
Sbjct    1  ATGATTTCACCTTCACTTGAACTGCTTCATTCAGGACTCTGCAAATTCCCTGAAGTAGAAGGAAAAATGACCAC  74

Query    9  GTTGAAGGAGGCAGTGACCTTCAAGGACGTGGCTGTGGTCTTCACTGAGGAAGAGCTGAGGCTGCTGGACCTTG  82
            .||.||.|||||||||||.||||||||.|||||||||||||||||||||||.||||||.||||||||||||.||
Sbjct   75  ATTCAAAGAGGCAGTGACATTCAAGGATGTGGCTGTGGTCTTCACTGAGGAGGAGCTGGGGCTGCTGGACCCTG  148

Query   83  CCCAGAGGAAACTGTACCGAGAAGTGATGCTGGAGAACTTCAGGAACCTGCTCTCAGTGGGGCATCAATCACTC  156
            ||||||||||.|||||||||||.||||||||.||||||||||||||||||||||||||.|||.|||||.||.||
Sbjct  149  CCCAGAGGAAGCTGTACCGAGATGTGATGCTAGAGAACTTCAGGAACCTGCTCTCAGTAGGGAATCAACCATTC  222

Query  157  CACAGAGATACTTTCCACTTCCTAAAGGAA-GAAAAGTTTTGGATGATGGAGACAGCAACCCAAAGAGAAGGGA  229
            |||..||||||||||||||| ||.|.|||| |||||||||||||.||||.|||||.|||.||||||||||||||
Sbjct  223  CACCAAGATACTTTCCACTT-CTTAGGGAAGGAAAAGTTTTGGAAGATGAAGACAACAAGCCAAAGAGAAGGGA  295

Query  230  ATTTAGGAGGCAAGATCCAAATGGAGATGGAGACTGTTTCAGAATCAGGAACACATGAAGGCTTGTTCAGTCAT  303
            |||.||||||||||||||||||.|||||||||||||||.|||||.|||||.|||||||||..|.||.|.||||.
Sbjct  296  ATTCAGGAGGCAAGATCCAAATTGAGATGGAGACTGTTCCAGAAGCAGGACCACATGAAGAGTGGTCCTGTCAG  369

Query  304  CAAACCTGGGAACAAATTTCAAGTGACTTAACCAGGTTTCAAGACTCCAT--GGTAAACAGCTTTCAGTTCTCC  375
            ||||..||||||||||||.||||||||.|||||||||.||||.|||||||  ||  |||||||.||||||||.|
Sbjct  370  CAAATATGGGAACAAATTGCAAGTGACCTAACCAGGTCTCAAAACTCCATAAGG--AACAGCTCTCAGTTCTTC  441

Query  376  AAACAAGATGATATGCCCTGCCAGGTTGATGCAGGACTATCTATAATTCACGTAAGACAGAAACCTT-CTGAGG  448
            |||.|||.||||.|.|||||||||.||||.|||.||||||||||||.||||||...||||||||||| |.|..|
Sbjct  442  AAAGAAGGTGATGTCCCCTGCCAGATTGAGGCAAGACTATCTATAAGTCACGTGCAACAGAAACCTTACCGTTG  515

Query  449  GTAGGACGTGTAAAAAGTCCTTTAGTGATGTCTCCGTCCTTGATCTTCATCAACAACTACAGTCAAGAGAGAAG  522
            ..|.|| .||||||.|||||||.||||||||.||.|||.|||||||||||||||||..|||.|||.|||||||.
Sbjct  516  TAATGA-ATGTAAACAGTCCTTCAGTGATGTTTCTGTCTTTGATCTTCATCAACAATCACACTCAGGAGAGAAA  588

Query  523  TCTCATACATGTGATGAATGTGGAAAGAGTTTCTGTTATAGCTCAGCTCTTCGTATTCATCAGAGAGTTCACAT  596
            |||||||||||||.|||.||||||||.||.||||||||.|||.||||.||||.|||||||||||||||.||.||
Sbjct  589  TCTCATACATGTGGTGAGTGTGGAAAAAGCTTCTGTTACAGCCCAGCCCTTCATATTCATCAGAGAGTCCATAT  662

Query  597  GGGGGAGAAACTCTATAATTGTGATGTGTGTGGTAAGGAATTCAATCAGAGCTCACATCTGCAAATTCATCAGA  670
            |||.||.|||..||||||.|||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||.||||||||
Sbjct  663  GGGAGAAAAATGCTATAAGTGTGATGTGTGTGGTAAGGAATTTAATCAGAGCTCACATCTGCAAACTCATCAGA  736

Query  671  GAATCCACACTGGAGAGAAACCATTCAAATGTGAGCAGTGTGGGAAAGGCTTTAGTCGTAGATCAGGACTTTAT  744
            ||.||||.|||||||||||||||||||||||||.|||.||||||||||||||...|.|||||||||.||||.||
Sbjct  737  GAGTCCATACTGGAGAGAAACCATTCAAATGTGGGCAATGTGGGAAAGGCTTCCATAGTAGATCAGCACTTAAT  810

Query  745  GTTCATCGTAAATTACACACAGGAGTGAAACCTCATATTTGTGAGAAATGTGGGAAGGCCTTCATTCATGATTC  818
            ||||||.|.|||||.||||||||||.|||||||.|||.|||||||.||||||||||.|||||||||||||||||
Sbjct  811  GTTCATTGCAAATTGCACACAGGAGAGAAACCTTATAATTGTGAGGAATGTGGGAAAGCCTTCATTCATGATTC  884

Query  819  CCAGCTTCAGGAACATCAAAGAATCCATACTGGGGAGAAGCCATTCAAATGTGATATATGTTGTAAGAGCTTCC  892
            .||||||||.||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||
Sbjct  885  ACAGCTTCAAGAACATCAGAGAATCCATACTGGGGAGAAGCCATTCAAATGTGATATATGTGGTAAGAGCTTCC  958

Query  893  GTAGTAGAGCAAATCTTAATAGGCATTCCATGGTTCACATGCGAGAGAAACCATTCAGATGTGATACATGTGGT  966
            ||..||||.|||..|||||||||||||||||||||||||...||||.||||||||||||||||||||||||||.
Sbjct  959  GTGTTAGATCAAGACTTAATAGGCATTCCATGGTTCACACAGGAGAAAAACCATTCAGATGTGATACATGTGGC  1032

Query  967  AAGAGCTTTGGTCTGAAATCAGCACTTAATAGTCATCGCATGGTCCACACAGGAGAGAAACGGTACAAATGTGA  1040
            ||||.||||.|||.||.|||||||||||||||||||..|||||||||||.||.||||||.|..|||||||||||
Sbjct 1033  AAGAACTTTCGTCAGAGATCAGCACTTAATAGTCATTCCATGGTCCACATAGAAGAGAAGCCATACAAATGTGA  1106

Query 1041  GGAATGTGGAAAACGCTTCATTTATAGGCAAGATCTTTATAAGCATCAGATAGACCACACAGGGGAGAAGCCAT  1114
            |.|||||||||||.|||||||||.|||||.||||.|||.||||||||||||.|.|||||||||.|||||.||||
Sbjct 1107  GCAATGTGGAAAAGGCTTCATTTGTAGGCGAGATTTTTGTAAGCATCAGATGGTCCACACAGGAGAGAAACCAT  1180

Query 1115  ATAATTGTAAAGAATGTGGAAAGAGCTTCAGATGGGCCTCAGGTCTTTCAAGACATGTGCGAGTCCACAGTGGA  1188
            |||||||||||||||||||.||||.||||||||||.|||||.||||||..|..|||..||.|||||||||||||
Sbjct 1181  ATAATTGTAAAGAATGTGGGAAGACCTTCAGATGGTCCTCATGTCTTTTGAACCATCAGCAAGTCCACAGTGGA  1254

Query 1189  GAGACAACATTCAAATGTGAAGAATGTGGGAAGGGATTTTATACAAATTCACAACGTTATTCTCACCAGAGAGC  1262
            .|.|.|.|.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||.|.|||.||.||||||.|
Sbjct 1255  CAAAAATCCTTCAAATGTGAAGAATGTGGGAAGGGATTTTATACAAATTCACGACGATCTTCCCATCAGAGATC  1328

Query 1263  GCACAGTGGAGAAAAGCCATATAGATGTGAGGAGTGTGGGAAGGGCTACAAAAGGAGGTTGGATCTTGACTTTC  1336
            .||||.|||||||||||||||||..||||||||||||||.||||.|||.||||||||||||||||||||.||||
Sbjct 1329  CCACAATGGAGAAAAGCCATATAACTGTGAGGAGTGTGGTAAGGACTATAAAAGGAGGTTGGATCTTGAGTTTC  1402

Query 1337  ATCAGAGGGTCCACAGAGGAGAGAAACCCTATAATTGTAAGGAATGTGGGAAGAGCTTTGGCTGGGCCTCGTGT  1410
            |.|||||||||||||..||.||||.||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||.|||
Sbjct 1403  ACCAGAGGGTCCACACGGGTGAGAGACCCTATAATTGTAAGGAATGTGGCAAGAGCTTTGGCTGGGCCTCCTGT  1476

Query 1411  CTTTTGAATCATCAGAGAATCCACAGTGGAGAAAAACCATTTAAATGTGAAGAATGTGGGAAAAGATTTACTCA  1484
            ||||||||.||||||                                                           
Sbjct 1477  CTTTTGAAACATCAG-----------------------------------------------------------  1491

Query 1485  GAATTCACAACTTTATACCCATCGTAGAGTCCACAGTGGAGAAAAACCATTCAAATGTGAAGAGTGTGGGAAAA  1558
                                     |||.||||||||||.||||||||.||||||||||||||||||||.||.|
Sbjct 1492  -------------------------AGACTCCACAGTGGGGAAAAACCTTTCAAATGTGAAGAGTGTGGAAAGA  1540

Query 1559  GATTTACTCAGAATTCACAACTTTATTCTCATCGCAGAGTCCACACTGGAGTAAAGCCATACAAATGTGAAGAG  1632
            ||||||||||||.||||||||||.||||.||||..|.|..|||.|||||||.|||||.||||||||||||..||
Sbjct 1541  GATTTACTCAGAGTTCACAACTTCATTCCCATCAGACATGCCATACTGGAGAAAAGCTATACAAATGTGAGCAG  1614

Query 1633  TGTGGGAAGGGCTTCAACAGTAAGTTTAATCTTGACATGCACCAGAGGGTCCACACCGGAGAGAGACCTTATAA  1706
            ||||.||||||.|.|||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||...||||||.||||.|||||
Sbjct 1615  TGTGAGAAGGGGTACAACAGTAAATTTAATCTTGACATGCACCAGAGGGTCCACGGGGGAGAGCGACCCTATAA  1688

Query 1707  TTGTAAAGAATGTGGGAAGAGCTTTAGCCGGGCCTCAAGTATTTTGAATCATAAGAGACTCCATGGTGATGAAA  1780
            ||||||.||||||||.|||||||||.||.||||.|||.||.|||||||.|||.||||||||||..|||..||||
Sbjct 1689  TTGTAAGGAATGTGGAAAGAGCTTTGGCTGGGCTTCATGTCTTTTGAAACATCAGAGACTCCACAGTGGAGAAA  1762

Query 1781  AGCCATTCAAATGTGAAGAGTGTGGGAAGAGATTTACTGAGAATTCACAGCTTCATTCCCATCAG--AGGGTTC  1852
            |||||||.||||.||  ||||||||||||||||.||||.||||||||||||||||||..||||||  ||   ||
Sbjct 1763  AGCCATTGAAATCTG--GAGTGTGGGAAGAGATCTACTCAGAATTCACAGCTTCATTTACATCAGTAAG---TC  1831

Query 1853  ACACTGGG-GAAAAGCCATACAAATGTGAGAAGTGTGGAAAGAGCTTCAGATGGGCCTCAACTCATCTAACCCA  1925
            ....|||| |||||||||||                                                      
Sbjct 1832  TATGTGGGAGAAAAGCCATA------------------------------------------------------  1851

Query 1926  TCAGAGACTCCACAGTAGAGAAAAACTACTTCAATGTGAGGACTGTGGGAAGAGCATTGTGCACAGTTCATGCC  1999
                                                                                      
Sbjct 1852  --------------------------------------------------------------------------  1851

Query 2000  TTAAAGACCAACAAAGAGACCAAAGTGGAGAGAAAACATCTAAATGTGAGGACTGTGGGAAGCGCTACAAGAGG  2073
                                                                                      
Sbjct 1852  --------------------------------------------------------------------------  1851

Query 2074  CGCTTGAATCTTGATACGCTTTTGTCATTATTTTTAAATGACACA  2118
                                                         
Sbjct 1852  ---------------------------------------------  1851