Nucleotide Global Alignment
Description
- Query:
- ccsbBroadEn_02232
- Subject:
- XR_001783670.1
- Aligned Length:
- 3298
- Identities:
- 2117
- Gaps:
- 891
Alignment
Query 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Sbjct 1 GCCTTGTGGGCGTTAGCTGGTCTGGTCCCGCCCCTAGACCTCCGTGAGGACGGCCACGCGTGGACCAGCGTTAG 74
Query 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Sbjct 75 AGAACCACATTGGGGTTCACTGCCCGGCGCACAGAGCTCGAGGTCCTGCTGGGGCCGGCGCGAGCGAAGAGTCC 148
Query 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Sbjct 149 AAATTAGGTAACGCGTGGACACAGTTCTGCGCATGTGCAAGAGGAGCCGGAGTTTCACTTTGTAACTTTTAAGT 222
Query 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Sbjct 223 GGTGCGGACGCCACCCCGCCTCGCCAGGTACGGACTGACCACTCCCCCGGGCGCGCGCGCCGCGCCGCCGCCGC 296
Query 1 ----------------ATGATGGACTCCCCGTTCCTGGAGCTGTGGCAGTCCAAGGCAGTGTCCATCAGGGAGC 58
||||....|||||||||||||||.|..||||.|||||||||.||||...||.|.||||
Sbjct 297 AGGGAGAGAAGGCACAATGACCAGCTCCCCGTTCCTGGATCCCTGGCCGTCCAAGGCTGTGTTTGTCCGTGAGC 370
Query 59 AGCTGGGACTCGGGGACCGGCCCAACGACTCCTATTGCTACAACTCGGCCAAAAACAGCACCGTGCTCCAGGGG 132
..|||||.||.||.||.||.|||||.||||||||||||||||||||.||||||||||||||.||||||||.|||
Sbjct 371 GCCTGGGTCTTGGCGAACGTCCCAATGACTCCTATTGCTACAACTCAGCCAAAAACAGCACTGTGCTCCAAGGG 444
Query 133 GTCACCTTTGGTGGCATCCCCACTGTCCTGCTCATAGACGTCAGCTGCTTCCTGTTCTTAATCTTGGTGTTTTC 206
|||||||||||.|||||||||||||||||||||.||||.|||||.|||||.|||||..|||||.||||||||||
Sbjct 445 GTCACCTTTGGAGGCATCCCCACTGTCCTGCTCTTAGATGTCAGTTGCTTTCTGTTTCTAATCCTGGTGTTTTC 518
Query 207 TATTATAAGAAGAAGATTCTGGGACTATGGCCGCATTGCCCTGGTGTCAGAAGCAGACAGCGAGTCCAGATTTC 280
.||.|||||.||||||||||||||.|||||||||||.||||||||.||||||||||.|||.|||.||||.||.|
Sbjct 519 CATCATAAGGAGAAGATTCTGGGATTATGGCCGCATAGCCCTGGTATCAGAAGCAGGCAGTGAGGCCAGGTTCC 592
Query 281 AGAGATTGTCATCGACTTCCTCCTCAGGTCAACAAGACTTTGAAAATGAGCTGGGATGCTGTCCCTGGCTGACT 354
|||||.||||.| |||||||||||||.|||||||||||||||||.|||||||||||||||||.||||||||.
Sbjct 593 AGAGACTGTCCT---CTTCCTCCTCAGGGCAACAAGACTTTGAAAACGAGCTGGGATGCTGTCCTTGGCTGACG 663
Query 355 GCCATCTTCCGTCTGCATGATGACCAGATCCTGGAATGGTGTGGGGAGGACGCCATCCACTACCTGTCCTTCCA 428
|||||||||||.||||||||.||||||||||||||.|||||.||.|||||||||||||||||||||||.||.||
Sbjct 664 GCCATCTTCCGCCTGCATGACGACCAGATCCTGGAGTGGTGCGGAGAGGACGCCATCCACTACCTGTCTTTTCA 737
Query 429 GAGGCACATCATCTTCCTGTTGGTGGTGGTCAGCTTTTTGTCCCTGTGTGTCATCCTGCCTGTCAACCTCTCAG 502
|||||||||||||||||||.||||||||.|||||||.||||||||||||||||||.||||||||||||||||.|
Sbjct 738 GAGGCACATCATCTTCCTGCTGGTGGTGATCAGCTTCTTGTCCCTGTGTGTCATCTTGCCTGTCAACCTCTCGG 811
Query 503 GGGACTTGCTGGACAAAGACCCGTATAGTTTTGGGAGGACAACAATAGCAAACCTACAGACTGACAATGACCTC 576
|.||||||||||..||||||||.||.||.||||||||||||||.|||||.|||||.||||||||||||||||||
Sbjct 812 GAGACTTGCTGGGTAAAGACCCTTACAGCTTTGGGAGGACAACGATAGCTAACCTGCAGACTGACAATGACCTC 885
Query 577 CTTTGGCTGCACACCATCTT-TGCTGTCATTTACCTCTTCCTCACTGTGGGTTTCATGCGGCACCACACTCAGT 649
||.|||||||||||..|||| .|| |||||.||||||||||||||.|||||.||||||.||||.|||||.|.||
Sbjct 886 CTCTGGCTGCACACTGTCTTCAGC-GTCATCTACCTCTTCCTCACGGTGGGCTTCATGTGGCATCACACACGGT 958
Query 650 CCATTAAGTACAAAGAGGAGAACCTGGTGAGGCGGACCCTGTTCATCACAGGACTCCCCAGAGATGCCAGGAAG 723
||||.|..|||||||||||||..||||||||.|..|||.|||||||||||||||||||||||||.|||||.|||
Sbjct 959 CCATCAGATACAAAGAGGAGAGTCTGGTGAGACAAACCTTGTTCATCACAGGACTCCCCAGAGAAGCCAGAAAG 1032
Query 724 GAGACTGTGGAGAGCCACTTCCGGGACGCGTATCCCACGTGTGAGGTGGTTGATGTGCAGCTGTGCTACAACGT 797
|||||||||||||||||||||||.||.|||||||||||||||||||||||.|||||.|||||||||||||.|||
Sbjct 1033 GAGACTGTGGAGAGCCACTTCCGAGATGCGTATCCCACGTGTGAGGTGGTGGATGTCCAGCTGTGCTACAGCGT 1106
Query 798 GGCCAAACTGATCTACCTGTGCAAGGAGAAAAAGAAGACTGAGAAGAGCCTGACCTATTACACAAACCTGCAGG 871
|||.||.|||||||||||||||||.||||.|||||||||.|||||||||||.||||||||||||||||||||||
Sbjct 1107 GGCTAAGCTGATCTACCTGTGCAAAGAGAGAAAGAAGACCGAGAAGAGCCTTACCTATTACACAAACCTGCAGG 1180
Query 872 TGAAGACAGGCCAGCGGACCCTCATCAACCCCAAGCCCTGTGGCCAGTTTTGCTGCTGTGAAGTGCTGGGCTGT 945
.|||||||||||..|||||||||||||||||||||||.|||||||||||.||||||||||||||.|.|||.|||
Sbjct 1181 CGAAGACAGGCCGACGGACCCTCATCAACCCCAAGCCTTGTGGCCAGTTCTGCTGCTGTGAAGTTCAGGGTTGT 1254
Query 946 GAGTGGGAAGACGCCATCTCTTACTACACACGGATGAAGGACAGGCTGCTGGAGAGGATCACAGAGGAAGAACG 1019
|||.|||||||.||.||.|||||||||||.||.|||||.|||||.|||||||||||||||||||..|||||..|
Sbjct 1255 GAGCGGGAAGATGCTATTTCTTACTACACTCGAATGAATGACAGCCTGCTGGAGAGGATCACAGCCGAAGAGAG 1328
Query 1020 CCACGTCCAGGACCAGCCCCTGGGAATGGCCTTCGTCACCTTCCAGGAGAAGTCCATGGCCACCTACATCCTGA 1093
||..|||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||..||||||||||||||.||||||||.||||
Sbjct 1329 CCGGGTCCAGGACCAGCCCCTGGGAATGGCCTTTGTCACCTTCCGTGAGAAGTCCATGGCTACCTACATACTGA 1402
Query 1094 AAGATTTCAATGCCTGCAAGTGTCAGAGCCTTCAGTGCAAAGGTGAGCCCCAGCCGTCCTCCCATAGCAGGGAG 1167
||||.|||||||||||||||||.|||.||||||.|||||||||.|||||||||||.||||||.|||||||.|||
Sbjct 1403 AAGACTTCAATGCCTGCAAGTGCCAGGGCCTTCGGTGCAAAGGGGAGCCCCAGCCATCCTCCTATAGCAGAGAG 1476
Query 1168 CTCTATACCTCCAAGTGGACAGTCACCTTTG-CTGCTGACCCTGAGGACATCTGCTGGAAGAACCTCTCTATCC 1240
||||.|..||||||||||||.|||||.|||| ||.|| |.|||||||||||||||||||||||||||||.||||
Sbjct 1477 CTCTGTGTCTCCAAGTGGACGGTCACTTTTGCCTCCT-ATCCTGAGGACATCTGCTGGAAGAACCTCTCCATCC 1549
Query 1241 AGGGCCTCCGCTGGTGGCTACAGTGGCTGGGCATCAACTTCACCCTCTTCCTGGGGCTATTTTTCCTGACCACA 1314
|||||.|.|||||||||||.|||||||||||.|||||||||.|.||.||..|||.|||.||||||||||||||.
Sbjct 1550 AGGGCGTTCGCTGGTGGCTCCAGTGGCTGGGTATCAACTTCTCTCTGTTTGTGGTGCTGTTTTTCCTGACCACG 1623
Query 1315 CCCTCCATCATCCTGTCCACCATGGACAAGTTTAATGTCACCAAACCCATCCATGCGCTGAATAACCCGATCAT 1388
|||||||||||..||||.||||||||||||||.|||||.||||||||||||||.||.|||||||||||..||||
Sbjct 1624 CCCTCCATCATTATGTCTACCATGGACAAGTTCAATGTTACCAAACCCATCCACGCACTGAATAACCCCGTCAT 1697
Query 1389 CAGCCAGTTCTTCCCCACCCTCCTGCTCTGGTCCTTCTCGGCCCTGCTCCCCTCCATTGTCTACTACTCTACAC 1462
||||||||||||||||||.||||||||.|||||||||||.||.|||||.||.|||||||||||||||||.||.|
Sbjct 1698 CAGCCAGTTCTTCCCCACACTCCTGCTGTGGTCCTTCTCTGCGCTGCTTCCGTCCATTGTCTACTACTCCACGC 1771
Query 1463 TGCTGGAGTCTCACTGGACCAAGTCGGGGGAAAACCAGATCATGATGACCAAAGTCTACATATTCTTGATCTTC 1536
||||||||||.||||||||.|.|||.||||||||||.|||||||.||.|.||.|||||||||||.|||||||||
Sbjct 1772 TGCTGGAGTCCCACTGGACAAGGTCAGGGGAAAACCGGATCATGGTGTCGAAGGTCTACATATTTTTGATCTTC 1845
Query 1537 ATGGTGCTGATCCTGCCCTCCCTGGGTCTCACCAGTCTAGATTTTTTCTTCCGGTGGCTCTTTGACAAAACTTC 1610
|||||||||||||||||||||||.|||||||||||..|.|||||.|||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1846 ATGGTGCTGATCCTGCCCTCCCTCGGTCTCACCAGCTTGGATTTCTTCTTCCGGTGGCTCTTTGACAAAACTTC 1919
Query 1611 CTCGGAGGCCTCCATCAGGTTGGAGTGCGTCTTCCTGCCTGACCAGGGTGCCTTCTTTGTGAACTATGTCATCG 1684
||||||..||||.||||||.|.|||||.|||||||||||.||||||||||||||||||||||||||.|||||||
Sbjct 1920 CTCGGAAACCTCAATCAGGCTAGAGTGTGTCTTCCTGCCAGACCAGGGTGCCTTCTTTGTGAACTACGTCATCG 1993
Query 1685 CCTCGGCCTTCATCGGCAATGGCATGGAGCTGCTGCGGCTGCCAGGTCTCATCCTCTATACCTTCCGCATGATC 1758
||||.|||||||||||||.|||||||||||||.||||.|||||.||.|||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1994 CCTCAGCCTTCATCGGCAGTGGCATGGAGCTGTTGCGCCTGCCCGGCCTCATCCTCTATACCTTCCGCATGATC 2067
Query 1759 ATGGCCAAGACGGCTGCTGACCGCAGGAATGTCAAGCAGAACCAGGCCTTCCAGTACGAGTTTGGAGCCATGTA 1832
||||||||||||||.|||||||||||||||||.||||||||||||||.||..|.||||||||||||||||||||
Sbjct 2068 ATGGCCAAGACGGCCGCTGACCGCAGGAATGTTAAGCAGAACCAGGCTTTTGAATACGAGTTTGGAGCCATGTA 2141
Query 1833 TGCATGGATGCTGTGTGTCTTCACTGTCATCGTGGCCTACAGCATCACTTGTCCCATCATCGCGCCATTTGGCC 1906
|||.||||||||||||||||||||.||||||.||||.|||||||||||.||.|||||.||||.|||.|||||||
Sbjct 2142 TGCGTGGATGCTGTGTGTCTTCACCGTCATCATGGCTTACAGCATCACCTGCCCCATTATCGTGCCCTTTGGCC 2215
Query 1907 TCATCTACATCCTGCTCAAGCACATGGTGGACCGGCACAACCTCTACTTCGTCTACCTCCCAGCCAAGCTGGAG 1980
||||||||||||||||.||||||||||||||||||||.|||||||||||||..||||||||.||.||.||||||
Sbjct 2216 TCATCTACATCCTGCTTAAGCACATGGTGGACCGGCATAACCTCTACTTCGCTTACCTCCCGGCTAAACTGGAG 2289
Query 1981 AAGGGGATCCACTTTGCCGCTGTGAACCAGGCCTTGGCAGCCCCCATCCTGTGCCTCTTCTGGCTCTACTTCTT 2054
|||.||||||||||.|||||.||||||||||||.||||.|||||||||||.||||||||||||||||.|||.||
Sbjct 2290 AAGAGGATCCACTTCGCCGCCGTGAACCAGGCCCTGGCCGCCCCCATCCTCTGCCTCTTCTGGCTCTTCTTTTT 2363
Query 2055 TTCCTTCCTGCGCCTG------------------------------------------------------GGTA 2074
.||||||||.||.||| |||.
Sbjct 2364 CTCCTTCCTCCGTCTGGAGCAAGCATAACAGGAAGCGCCAGCCTCCCTCAAGACTGCGCGTATGTTCCCAGGTC 2437
Query 2075 TGAAGGCCCCCGCCACTCTGTTCACCTTCCTGGTGCTGCTGCTCACCATCCTGGTCTGCCTGGCT-CACACCTG 2147
|||.||||||.|||||.||.||||||||||||||..|.||||||||||||||||.|||||| ||| .|||||||
Sbjct 2438 TGACGGCCCCGGCCACGCTCTTCACCTTCCTGGTTGTTCTGCTCACCATCCTGGCCTGCCT-GCTGTACACCTG 2510
Query 2148 CTTTGGATGCTTCAAGCACCTCAGCCCTCTGAACTACAAAACAGAAGAGCCTGCAAGTGACAAAGGAAGTGAGG 2221
|||||||||||||||||||||||||||...|||||||||.||||||||..|.||.||||||||||||||.||.|
Sbjct 2511 CTTTGGATGCTTCAAGCACCTCAGCCCATGGAACTACAAGACAGAAGAATCAGCTAGTGACAAAGGAAGCGAAG 2584
Query 2222 CAGAGGCCCACATGCCCCCACCGTTCACACCCTACGTGCCTCGGATTCTGAACGGCTTGGCCTCGGAGAGGACA 2295
|.|||||||||.|||||||.||.|||||||||||.||||||||||||||||||||.||||||||.|||||||||
Sbjct 2585 CCGAGGCCCACGTGCCCCCGCCATTCACACCCTATGTGCCTCGGATTCTGAACGGTTTGGCCTCAGAGAGGACA 2658
Query 2296 GCACTG-TCTCCGCAGCAGCAGCAGCAGCAGACCTATGGTGCCATCCACAACATCAGCGGGACTATCCCTGGAC 2368
|| | |.|||.|| |||||||||||||||||.||||||||||..||||||||.||||||.|.|||||.|
Sbjct 2659 GC---GTTATCCCCA----CAGCAGCAGCAGACCTACGGTGCCATCCGTAACATCAGTGGGACTCTTCCTGGGC 2725
Query 2369 AGTGCTTGGCGC-AGAGCGCCACGGGCAGTGTGGCTGCTGCCCCCCAGGAGGCC-------------------- 2421
||..|.||||.| |||.| |.|..||||.||.||||..||||..||||||..||
Sbjct 2726 AGCCCGTGGCTCAAGATC-CTAGTGGCACTGCGGCTTATGCCTACCAGGAATCCTGAGAGTGGACAAGCTGGTC 2798
Query 2422 -------------------------------------------------------------------------- 2421
Sbjct 2799 TGGCAGGCTGGGAGCATCTAGGAATACCGAGGGACACAAGGGGCTAGAGCCCCAGACAGGCTCTTGAGGGTTTT 2872
Query 2422 -------------------------------------------------------------------------- 2421
Sbjct 2873 GCTGCTTAAAACCCCCGTATTGTGAGAAGAGGAAACCAGCGGGTCGTGGGGCTCTGGGTAACCGGGCTGAGGGT 2946
Query 2422 -------------------------------------------------------------------------- 2421
Sbjct 2947 ATCCATCCGGTGGGGCTGCTGTCCCTGGGAGCCATCTGTAAGGTTTCTTTTCTGGTCCCAGTGTGGGGAACATT 3020
Query 2422 -------------------------------------------------------------------------- 2421
Sbjct 3021 TACAGCTCCCTCTTGTGGTCATCTGAGGATATGCACTTTTATTCCCCCATACACTGCTCAGGATGCTCTCTGTA 3094
Query 2422 -------------------------------------------------------------------------- 2421
Sbjct 3095 GTGAGCATGGTGTATGTCCCTAGTGGTTTGTGGCCAAGATCATGTGTTGGGCTTTTGCCTTTAGGGAGATCATA 3168
Query 2422 -------------------------------------------------------------------------- 2421
Sbjct 3169 TTTGGGGACTTCTGGTTGATGGGGAGATGCGTCCAGGAAAGACTTAGTCCCTCTGAGCCCTGGAACACTGCTTA 3242
Query 2422 ------------------------------------------ 2421
Sbjct 3243 GCCTTCTGCAAGCTGATGAATAGCGCATCAGTTGGGTCTGAG 3284
