Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroadEn_02460
• Subject: XR_940363.2
• Aligned Length: 2935
• Identities: 2028
• Gaps: 907

Alignment

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct    1  AGTGGCAAGCGCGGGCAGGACCGCGTTGCGTCATCGGGGCGCGCGCCTCAGAGAGAGCTGTGGTTGCCGGAAGT  74

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct   75  TGAGCGGCGGATCCAATTCCTGTATCTTCACCTTGTCTACCGGGATTTCTAGAGCAGCCTTGTGAGAGACATTT  148

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct  149  CTGAGACCTGTATGTCCTGCGTCTATGATTCTTCCCTGATCAAGGCTTCTCAAACCCCATAATGCTGGTATCCA  222

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct  223  GTGCATCCGTTCTCAAAAACTGAAGCTGATGGACACCAGATTGCATGTGAAGGTGAAGGATATTATAGCAGAAG  296

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct  297  GAAACCAAAATAAAAGAAAAACAGCTCCTGGAAGTAACCAATGAGAAGGACAGATAAGAGTTTGAAGACTGTGG  370

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct  371  ATGTGACTGCTTGTTCCCTGGTTGACACACTGAAGAAGAAATCATGTTGATTCAGAGTTGGCTTGGAGGCAAGA  444

Query    1  ----ATGGCGGCAGCTACGGGGGATCCTGGACTCTCTAAACTGCAGTTTGCCCCTTTTAGTAGTGCCTTGGATG  70
                ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  445  AATAATGGCGGCAGCTACGGGGGATCCTGGACTCTCTAAACTGCAGTTTGCCCCTTTTAGTAGTGCCTTGGATG  518

Query   71  TTGGGTTTTGGCATGAGTTGACCCAGAAGAAGCTGAACGAGTATCGGCTGGATGAAGCTCCCAAGGACATTAAG  144
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  519  TTGGGTTTTGGCATGAGTTGACCCAGAAGAAGCTGAACGAGTATCGGCTGGATGAAGCTCCCAAGGACATTAAG  592

Query  145  GGTTATTACTACAATGGTGACTCTGCTGGGCTGCCAGCTCGCTTAACATTGGAGTTCAGTGCTTTTGACATGAG  218
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  593  GGTTATTACTACAATGGTGACTCTGCTGGGCTGCCAGCTCGCTTAACATTGGAGTTCAGTGCTTTTGACATGAG  666

Query  219  TGCTCCCACCCCAGCCCGTTGCTGCCCAGCTATTGGAACACTGTATAACACCAACACACTCGAGTCTTTCAAGA  292
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  667  TGCTCCCACCCCAGCCCGTTGCTGCCCAGCTATTGGAACACTGTATAACACCAACACACTCGAGTCTTTCAAGA  740

Query  293  CTGCAGATAAGAAGCTCCTTTTGGAACAAGCAGCAAATGAGATATGGGAATCCATAAAATCAGGCACTGCTCTT  366
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  741  CTGCAGATAAGAAGCTCCTTTTGGAACAAGCAGCAAATGAGATATGGGAATCCATAAAATCAGGCACTGCTCTT  814

Query  367  GAAAACCCTGTACTCCTCAACAAGTTCCTCCTCTTGACATTTGCAGATCTAAAGAAGTACCACTTCTACTATTG  440
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  815  GAAAACCCTGTACTCCTCAACAAGTTCCTCCTCTTGACATTTGCAGATCTAAAGAAGTACCACTTCTACTATTG  888

Query  441  GTTTTGCTATCCTGCCCTCTGTCTTCCAGAGAGTTTACCTCTCATTCAGGGGCCAGTGGGTTTGGATCAAAGGT  514
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  889  GTTTTGCTATCCTGCCCTCTGTCTTCCAGAGAGTTTACCTCTCATTCAGGGGCCAGTGGGTTTGGATCAAAGGT  962

Query  515  TTTCACTAAAACAGATTGAAGCACTAGAGTGTGCATATGATAATCTTTGTCAAACAGAAGGAGTCACAGCTCTT  588
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  963  TTTCACTAAAACAGATTGAAGCACTAGAGTGTGCATATGATAATCTTTGTCAAACAGAAGGAGTCACAGCTCTT  1036

Query  589  CCTTACTTCTTAATCAAGTATGATGAGAACATGGTGCTGGTTTCCTTGCTTAAACACTACAGTGATTTCTTCCA  662
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1037  CCTTACTTCTTAATCAAGTATGATGAGAACATGGTGCTGGTTTCCTTGCTTAAACACTACAGTGATTTCTTCCA  1110

Query  663  AGGTCAAAGGACGAAGATAACAATTGGTGTATATGATCCCTGTAACTTAGCCCAGTACCCTGGATGGCCTTTGA  736
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1111  AGGTCAAAGGACGAAGATAACAATTGGTGTATATGATCCCTGTAACTTAGCCCAGTACCCTGGATGGCCTTTGA  1184

Query  737  GGAATTTTTTGGTCCTAGCAGCCCACAGATGGAGTAGCAGTTTCCAGTCTGTTGAAGTTGTTTGCTTCCGTGAC  810
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1185  GGAATTTTTTGGTCCTAGCAGCCCACAGATGGAGTAGCAGTTTCCAGTCTGTTGAAGTTGTTTGCTTCCGTGAC  1258

Query  811  CGTACCATGCAGGGGGCGAGAGACGTTGCCCACAGCATCATCTTCGAAGTGAAGCTTCCAGAAATGGCATTTAG  884
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1259  CGTACCATGCAGGGGGCGAGAGACGTTGCCCACAGCATCATCTTCGAAGTGAAGCTTCCAGAAATGGCATTTAG  1332

Query  885  CCCAGATTGTCCTAAAGCAGTTGGATGGGAAAAGAACCAGAAAGGAGGCATGGGACCAAGGATGGTGAACCTCA  958
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1333  CCCAGATTGTCCTAAAGCAGTTGGATGGGAAAAGAACCAGAAAGGAGGCATGGGACCAAGGATGGTGAACCTCA  1406

Query  959  GTGAATGTATGGACCCTAAAAGGTTAGCTGAGTCATCAGTGGATCTAAATCTCAAACTGATGTGTTGGAGATTG  1032
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1407  GTGAATGTATGGACCCTAAAAGGTTAGCTGAGTCATCAGTGGATCTAAATCTCAAACTGATGTGTTGGAGATTG  1480

Query 1033  GTTCCTACTTTAGACTTGGACAAGGTTGTGTCTGTCAAATGTCTGCTGCTTGGAGCCGGCACCTTGGGTTGCAA  1106
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1481  GTTCCTACTTTAGACTTGGACAAGGTTGTGTCTGTCAAATGTCTGCTGCTTGGAGCCGGCACCTTGGGTTGCAA  1554

Query 1107  TGTAGCTAGGACGTTGATGGGTTGGGGCGTGAGACACATCACATTTGTGGACAATGCCAAGATCTCCTACTCCA  1180
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1555  TGTAGCTAGGACGTTGATGGGTTGGGGCGTGAGACACATCACATTTGTGGACAATGCCAAGATCTCCTACTCCA  1628

Query 1181  ATCCTGTGAGGCAGCCTCTCTATGAGTTTGAAGATTGCCTAGGGGGTGGTAAGCCCAAGGCTCTGGCAGCAGCG  1254
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1629  ATCCTGTGAGGCAGCCTCTCTATGAGTTTGAAGATTGCCTAGGGGGTGGTAAGCCCAAGGCTCTGGCAGCAGCG  1702

Query 1255  GACCGGCTCCAGAAAATATTCCCCGGTGTGAATGCCAGAGGATTCAACATGAGCATACCTATGCCTGGGCATCC  1328
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1703  GACCGGCTCCAGAAAATATTCCCCGGTGTGAATGCCAGAGGATTCAACATGAGCATACCTATGCCTGGGCATCC  1776

Query 1329  AGTGAACTTCTCCAGTGTCACTCTGGAGCAAGCCCGCAGAGATGTGGAGCAACTGGAGCAGCTCATCGAAAGCC  1402
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1777  AGTGAACTTCTCCAGTGTCACTCTGGAGCAAGCCCGCAGAGATGTGGAGCAACTGGAGCAGCTCATCGAAAGCC  1850

Query 1403  ATGATGTCGTCTTCCTATTGATGGACACCAGGGAGAGCCGGTGGCTTCCTGCCGTCATTGCTGCAAGCAAGAGA  1476
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1851  ATGATGTCGTCTTCCTATTGATGGACACCAGGGAGAGCCGGTGGCTTCCTGCCGTCATTGCTGCAAGCAAGAGA  1924

Query 1477  AAGCTGGTCATCAATGCTGCTTTGGGATTTGACACATTTGTTGTCATGAGACATGGTCTGAAGAAACCAAAGCA  1550
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1925  AAGCTGGTCATCAATGCTGCTTTGGGATTTGACACATTTGTTGTCATGAGACATGGTCTGAAGAAACCAAAGCA  1998

Query 1551  GCAAGGAGCTGGGGACTTGTGTCCAAACCACCCTGTGGCATCTGCTGACCTCCTGGGCTCATCGCTTTTTGCCA  1624
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1999  GCAAGGAGCTGGGGACTTGTGTCCAAACCACCCTGTGGCATCTGCTGACCTCCTGGGCTCATCGCTTTTTGCCA  2072

Query 1625  ACATCCCTGGTTACAAGCTTGGCTGCTACTTCTGCAATGATGTGGTGGCCCCAGGAGATTCAACCAGAGACCGG  1698
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2073  ACATCCCTGGTTACAAGCTTGGCTGCTACTTCTGCAATGATGTGGTGGCCCCAGGAGATTCAACCAGAGACCGG  2146

Query 1699  ACCTTGGACCAGCAGTGCACTGTGAGTCGTCCAGGACTGGCCGTGATTGCAGGAGCCCTGGCCGTGGAATTGAT  1772
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2147  ACCTTGGACCAGCAGTGCACTGTGAGTCGTCCAGGACTGGCCGTGATTGCAGGAGCCCTGGCCGTGGAATTGAT  2220

Query 1773  GGTATCTGTTTTGCAGCATCCAGAAGGGGGCTATGCCATTGCCAGCAGCAGTGACGATCGGATGAATGAGCCTC  1846
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2221  GGTATCTGTTTTGCAGCATCCAGAAGGGGGCTATGCCATTGCCAGCAGCAGTGACGATCGGATGAATGAGCCTC  2294

Query 1847  CAACCTCTCTTGGGCTTGTGCCTCACCAG---------------------------------------------  1875
            |||||||||||||||||||||||||||||                                             
Sbjct 2295  CAACCTCTCTTGGGCTTGTGCCTCACCAGATCCGGGGATTTCTTTCACGGTTTGATAATGTCCTTCCCGTCAGC  2368

Query 1876  ------------------------------------GTTCTTGATCAATATGAACGAGAAGGATTTAACTTCCT  1913
                                                ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2369  CTGGCATTTGACAAATGTACAGCTTGTTCTTCCAAAGTTCTTGATCAATATGAACGAGAAGGATTTAACTTCCT  2442

Query 1914  AGCCAAGGTGTTTAATTCTTCACATTCCTTCTTAGAAGACTTGACTGGTCTTACATTGCTGCATCAAGAAACCC  1987
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2443  AGCCAAGGTGTTTAATTCTTCACATTCCTTCTTAGAAGACTTGACTGGTCTTACATTGCTGCATCAAGAAACCC  2516

Query 1988  AAGCTGCTG-----------------------------------------------------------------  1996
            |||||||||                                                                 
Sbjct 2517  AAGCTGCTGAGCATCTTTGAGATCTTCGGCTCTGGATGAAGCAGGAGAGGCAGAACATAAACAAATGGACGGAA  2590

Query 1997  ----------------------------------------------------------------------AGAT  2000
                                                                                  ||||
Sbjct 2591  GAATCAAGCACTTCTGTGAATGGAATCTTTTATTCCTCGCCCATCTGATTCTTGGCTGCTTTGTTCCATAAGAT  2664

Query 2001  CTGGGACATGAGCGATGATGAGACCATC----------------------------------------------  2028
            ||||||||||||||||||||||||||||                                              
Sbjct 2665  CTGGGACATGAGCGATGATGAGACCATCTGAGATGGCCCCGCTGTGGGGCTGACTTCTCCCCGGCCGCCTGCTG  2738

Query 2029  --------------------------------------------------------------------------  2028
                                                                                      
Sbjct 2739  AGGAGCTCTCCATCGCCAGAGCAGGACTGCTGACCCCAGGCCTGGTGATTCTGGGCCCCTCCTCCATACCCCGA  2812

Query 2029  --------------------------------------------------------------------------  2028
                                                                                      
Sbjct 2813  GGTCTGGGATTCCCCCCTCTGCTGCCCAGGAGTGGCCAGTGTTCGGCGTTGCTCGGGATTCAAGATACCACCAG  2886

Query 2029  -------------------------------------------------  2028
                                                             
Sbjct 2887  TTCAGAGCTAAATAATAACCTTGGCCTTGGCCTTGCTATTGACCTGGGA  2935