Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroadEn_03431
• Subject: NM_001330112.2
• Aligned Length: 2712
• Identities: 2505
• Gaps: 207

Alignment

Query    1  ATGAGTGGAGGATCTCAAGTCCACATTTTTTGGGGTGCTCCAATTGCTCCACTGAAAATCACAGTATCAGAAGA  74
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct    1  ATGAGTGGAGGATCTCAAGTCCACATTTTTTGGGGTGCTCCAATTGCTCCACTGAAAATCACAGTATCAGAAGA  74

Query   75  CACAGCTTCTTTAATGTCTGTTGCTGACCCCTGGAAAAAAATTCAGCTTTTATACAGTCAACATTCTTTATATC  148
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct   75  CACAGCTTCTTTAATGTCTGTTGCTGACCCCTGGAAAAAAATTCAGCTTTTATACAGTCAACATTCTTTATATC  148

Query  149  TGAAGGATGAAAAACAGCACAAAAATCTTGAAAACTATAAAGTCCCAGAATCTATTGGTTCTCCAGATCTTAGT  222
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  149  TGAAGGATGAAAAACAGCACAAAAATCTTGAAAACTATAAAGTCCCAGAATCTATTGGTTCTCCAGATCTTAGT  222

Query  223  GGTCATTTCTTAGCAAACTGTATGAATAGACATGTTCATGTGAAAGATGACTTTGTACGTTCTGTTTCTGAAAC  296
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  223  GGTCATTTCTTAGCAAACTGTATGAATAGACATGTTCATGTGAAAGATGACTTTGTACGTTCTGTTTCTGAAAC  296

Query  297  ACAGAATATAGAATCCCAGAAGATTCACTCCTCTAGACTGAGTGATATAACTAGCTCTAATATGCAAATATGTG  370
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  297  ACAGAATATAGAATCCCAGAAGATTCACTCCTCTAGACTGAGTGATATAACTAGCTCTAATATGCAAATATGTG  370

Query  371  GATTTAAAAGCACAGTTCCGCATTTCACCGAAGAAGAAAAGTATCAAAAGCTTCTCAGTGAAAATAAAATTAGA  444
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  371  GATTTAAAAGCACAGTTCCGCATTTCACCGAAGAAGAAAAGTATCAAAAGCTTCTCAGTGAAAATAAAATTAGA  444

Query  445  GATGAACAGCCTAAACATCAGCCAGATATATGTGGTAAGAACTTTAACACAAATTTGTTTCAGTTGGGCCATAA  518
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  445  GATGAACAGCCTAAACATCAGCCAGATATATGTGGTAAGAACTTTAACACAAATTTGTTTCAGTTGGGCCATAA  518

Query  519  ATGTGCAGCTGTGTTGGATTTGGTTTGTAGTACTGAAAAAATTAATATAGGGCCTGAAGTGGTACAAAGAGAGT  592
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  519  ATGTGCAGCTGTGTTGGATTTGGTTTGTAGTACTGAAAAAATTAATATAGGGCCTGAAGTGGTACAAAGAGAGT  592

Query  593  GTGTGCCAACAGAATATCATGAAATACAAAACCAGTGTTTGGGATTATTTTCCTCGAACGCAGTAGATAAGTCA  666
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  593  GTGTGCCAACAGAATATCATGAAATACAAAACCAGTGTTTGGGATTATTTTCCTCGAACGCAGTAGATAAGTCA  666

Query  667  AGGTCTGAAGCAGCAGTTAGGAAGGTCTCAGACCTTAAAATATCAACTGATACAGAATTTCTCAGTATAATTAC  740
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  667  AGGTCTGAAGCAGCAGTTAGGAAGGTCTCAGACCTTAAAATATCAACTGATACAGAATTTCTCAGTATAATTAC  740

Query  741  CTCCAGCCAGGTTGCTTTTTTAGCTCAAAAGAAAGATAAAAGGCGGAGTCCTGTAAATAAAGGGAATGTAAACA  814
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  741  CTCCAGCCAGGTTGCTTTTTTAGCTCAAAAGAAAGATAAAAGGCGGAGTCCTGTAAATAAAGGGAATGTAAACA  814

Query  815  TGGAGACTGAACCAAAGGCAAGTTACGGGGAGATAAGAATACCTGAAGAGAATTCGATTCAGCTTGATGGTTTT  888
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  815  TGGAGACTGAACCAAAGGCAAGTTACGGGGAGATAAGAATACCTGAAGAGAATTCGATTCAGCTTGATGGTTTT  888

Query  889  ACAGAAGCATATGAAAGTGGACAAAACCAAGCATATTCCCTTGAACTTTTTAGTCCTGTTTGTCCTAAAACAGA  962
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  889  ACAGAAGCATATGAAAGTGGACAAAACCAAGCATATTCCCTTGAACTTTTTAGTCCTGTTTGTCCTAAAACAGA  962

Query  963  AAATAGCCGCATTCACATAAACTCTGATAAAGGTCTTGAAGAACATACAGGATCTCAAGAACTTTTCAGTTCTG  1036
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  963  AAATAGCCGCATTCACATAAACTCTGATAAAGGTCTTGAAGAACATACAGGATCTCAAGAACTTTTCAGTTCTG  1036

Query 1037  AAGATGAACTGCCACCAAATGAGATACGTATTGAGTTGTGTAGCTCAGGAATACTGTGTTCCCAACTAAATACC  1110
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1037  AAGATGAACTGCCACCAAATGAGATACGTATTGAGTTGTGTAGCTCAGGAATACTGTGTTCCCAACTAAATACC  1110

Query 1111  TTCCACAAAAGTGCTATTAAAAGAAGCTGTACCTCTGAAGATAAAGTGGGCCAGTCTGAAGCTCTATCTAGAGT  1184
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1111  TTCCACAAAAGTGCTATTAAAAGAAGCTGTACCTCTGAAGATAAAGTGGGCCAGTCTGAAGCTCTATCTAGAGT  1184

Query 1185  CCTTCAAGTAGCTAAGAAAATGAAGTTGATTTCTAATGGAGGAGATTCTGCTGTAGAAATGGATCGGAGAAATG  1258
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1185  CCTTCAAGTAGCTAAGAAAATGAAGTTGATTTCTAATGGAGGAGATTCTGCTGTAGAAATGGATCGGAGAAATG  1258

Query 1259  TGTCTGAATTTAAGAGTATTAAAAAAACATCATTAATAAAAAACTGTGATTCTAAAAGCCAGAAGTATAATTGT  1332
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1259  TGTCTGAATTTAAGAGTATTAAAAAAACATCATTAATAAAAAACTGTGATTCTAAAAGCCAGAAGTATAATTGT  1332

Query 1333  TTAGTCATGGTGCTATCTCCATGCCATGTGAAGGAAATAAACATAAAATTCGGACCAAATTCTGGCTCTAAAGT  1406
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1333  TTAGTCATGGTGCTATCTCCATGCCATGTGAAGGAAATAAACATAAAATTCGGACCAAATTCTGGCTCTAAAGT  1406

Query 1407  GCCTTTAGCAACAGTTACAGTAATTGATCAATCAGAAACTAAGAAGAAGGTTTTTCTGTGGAGGACTGCAGCAT  1480
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1407  GCCTTTAGCAACAGTTACAGTAATTGATCAATCAGAAACTAAGAAGAAGGTTTTTCTGTGGAGGACTGCAGCAT  1480

Query 1481  TTTGGGCATTTACAGTGTTTCTTGGAGATATAATTTTACTCACAGATGTTGTTATTCATGAGGACCAATGGATT  1554
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1481  TTTGGGCATTTACAGTGTTTCTTGGAGATATAATTTTACTCACAGATGTTGTTATTCATGAGGACCAATGGATT  1554

Query 1555  GGCGAGACAGTACTACAATCAACATTTAGCAGTCAGTTATTAAATCTTGGGAGTTATTCATCTATTCAGCCTGA  1628
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1555  GGCGAGACAGTACTACAATCAACATTTAGCAGTCAGTTATTAAATCTTGGGAGTTATTCATCTATTCAGCCTGA  1628

Query 1629  AGAATATTCCAGTGTAGTTAGTGAAGTTGTACTTCAAGACTTACTGGCATATGTGTCCTCAAAACATTCCTACC  1702
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1629  AGAATATTCCAGTGTAGTTAGTGAAGTTGTACTTCAAGACTTACTGGCATATGTGTCCTCAAAACATTCCTACC  1702

Query 1703  TCAGAGATCTTCCTCCGAGGCAGCCTCAGAGGGTGAACAGTATAGACTTTGTAGAATTGGAGCACCTTCAACCT  1776
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1703  TCAGAGATCTTCCTCCGAGGCAGCCTCAGAGGGTGAACAGTATAGACTTTGTAGAATTGGAGCACCTTCAACCT  1776

Query 1777  GATGTATTAGTCCACGCAGTACTAAGAGTTGTTGATTTCACTATACTGACAGAGGCAGTATACAGTTATAGAGG  1850
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1777  GATGTATTAGTCCACGCAGTACTAAGAGTTGTTGATTTCACTATACTGACAGAGGCAGTATACAGTTATAGAGG  1850

Query 1851  ACAGAAGCAGAAAAAAGTTATGTTAACAGTGGAACAGGCCCAAGATCAACATTATGCGCTTGTATTATGGGGTC  1924
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1851  ACAGAAGCAGAAAAAAGTTATGTTAACAGTGGAACAGGCCCAAGATCAACATTATGCGCTTGTATTATGGGGTC  1924

Query 1925  CTGGAGCAGCCTGGTACCCTCAACTTCAAAGGAAAAA-------------------------------------  1961
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||                                     
Sbjct 1925  CTGGAGCAGCCTGGTACCCTCAACTTCAAAGGAAAAAAGGTTATATTTGGGAATTTAAATATCTTTTTGTTCAG  1998

Query 1962  --------------------------------------------------------------------------  1961
                                                                                      
Sbjct 1999  TGCAATTACACACTAGAAAACCTAGAATTGCATACAACGCCTTGGTCATCCTGTGAGTGCTTGTTTGATGATGA  2072

Query 1962  --------------------------------------------------------------------------  1961
                                                                                      
Sbjct 2073  TATAAGGGCAATTACATTTAAAGCAAAATTTCAAAAAAGTGCACCCTCCTTTGTGAAGATATCAGACTTAGCAA  2146

Query 1962  ----------------------AGGAGTGGTTCTGATTAAAGCCCAGATTTCAGAGCTGGCATTTCCTATTACA  2013
                                  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2147  CCCACCTAGAGGATAAGTGTTCAGGAGTGGTTCTGATTAAAGCCCAGATTTCAGAGCTGGCATTTCCTATTACA  2220

Query 2014  GCATCTCAGAAGATAGCGCTAAATGCTCACAGTTCTCTGAAGAGTATTTTTTCTTCTCTTCCCAACATCGTATA  2087
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2221  GCATCTCAGAAGATAGCGCTAAATGCTCACAGTTCTCTGAAGAGTATTTTTTCTTCTCTTCCCAACATCGTATA  2294

Query 2088  TACTGGTTGTGCAAAATGTGGATTGGAACTAGAAACAGATGAGAACAGGATCTACAAACAATGTTTTAGCTGCT  2161
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2295  TACTGGTTGTGCAAAATGTGGATTGGAACTAGAAACAGATGAGAACAGGATCTACAAACAATGTTTTAGCTGCT  2368

Query 2162  TGCCATTTACTATGAAGAAAATATATTATAGGCCAGCGTTAATGACTGCCATTGATGGAAGACATGATGTTTGT  2235
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2369  TGCCATTTACTATGAAGAAAATATATTATAGGCCAGCGTTAATGACTGCCATTGATGGAAGACATGATGTTTGT  2442

Query 2236  ATCCGTGTAGAATCAAAGCTGATAGAGAAGATTCTTCTCAACATTTCTGCAGACTGCCTCAACAGAGTGATAGT  2309
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2443  ATCCGTGTAGAATCAAAGCTGATAGAGAAGATTCTTCTCAACATTTCTGCAGACTGCCTCAACAGAGTGATAGT  2516

Query 2310  TCCTTCCTCAGAGATCACCTATGGGATGGTCGTGGCAGACCTGTTCCACTCCTTGTTGGCAGTCAGCGCAGAAC  2383
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2517  TCCTTCCTCAGAGATCACCTATGGGATGGTCGTGGCAGACCTGTTCCACTCCTTGTTGGCAGTCAGCGCAGAAC  2590

Query 2384  CTTGTGTATTAAAGATTCAGAGCCTTTTTGTGTTAGATGAAAACAGCTATCCATTACAACAAGATTTCTCCCTC  2457
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2591  CTTGTGTATTAAAGATTCAGAGCCTTTTTGTGTTAGATGAAAACAGCTATCCATTACAACAAGATTTCTCCCTC  2664

Query 2458  CTGGATTTTTATCCTGACATTGTAAAGCATGGAGCCAATGCCCGTCTC  2505
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2665  CTGGATTTTTATCCTGACATTGTAAAGCATGGAGCCAATGCCCGTCTC  2712