Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroadEn_03445
• Subject: NM_019078.1
• Aligned Length: 1700
• Identities: 1316
• Gaps: 199

Alignment

Query    1  ATGGCTGTGGAGTCCCAGGGCGGACGCCCACTTGTCCTG---------------GGCCTGCTGCT--------G  51
            |||||        |.||    ||||.||...||..||||               ||.||||||||        |
Sbjct    1  ATGGC--------CACA----GGACTCCAGGTTCCCCTGCCGCAGCTGGCCACAGGACTGCTGCTTCTCCTCAG  62

Query   52  TGT---GTGCTGGGCCCAGTGGTGTCCCATGCTGGGAAGATACTGTTGAT-CCCAGTGGATGGCAGCCACTGGC  121
            |||   |..||||||..||.|           |||||||.|.|||.||.| ||||.| ||||||||||||||||
Sbjct   63  TGTCCAGCCCTGGGCTGAGAG-----------TGGGAAGGTGCTGGTGGTGCCCACT-GATGGCAGCCACTGGC  124

Query  122  TGAGCATGCTTGGGGCCATCCAGCAGCTGCA-GCAGAGGGGACATGAAATAGTTGTCCTAGCA-CCTGACGCCT  193
            |.|||||||..|.||||.|.|.|.|.||.|| || |||.||.||..|..|.||.|||||  || ||||..|   
Sbjct  125  TCAGCATGCGGGAGGCCTTGCGGGACCTCCATGC-GAGAGGCCACCAGGTGGTGGTCCT--CACCCTGGAG---  192

Query  194  CGT-----TGTACATCAGAGACGGAGCA-TTTTACACCTTGAAGACGTACCCTGTGCCATTCCA------AAGG  255
             ||     |||||||||.||| .|||.| ||||.||||.|||..|||||     |||||||.||      .|||
Sbjct  193  -GTGAATATGTACATCAAAGA-AGAGAACTTTTTCACCCTGACAACGTA-----TGCCATTTCATGGACCCAGG  259

Query  256  GAGGATGTGAAAGAGTCTTTTGTTAGTCTCGGGCATAAT-----GTT-TTTG----AGAATGATTCTTTCCTGC  319
            ..|.||.||  |..|.||||||     ||.||.||.|.|     ||| ||||    ||||             |
Sbjct  260  ACGAATTTG--ATCGCCTTTTG-----CTGGGTCACACTCAATCGTTCTTTGAAACAGAA-------------C  313

Query  320  AGCGTGTGATCAAA---ACATACAAGAA----AAT-----AAAAAAGGACTCTGCT-AT-----GCTTTTGTCT  375
            |.|.|.||||.|||   .| ||.|||||    |||     |.||.|.|.||.||.| ||     |.|.||||.|
Sbjct  314  ATCTTCTGATGAAATTTTC-TAGAAGAATGGCAATTATGAACAATATGTCTTTGATCATACATAGGTCTTGTGT  386

Query  376  GGCTGTTCCCACTTACTGCACAACAAGGAGCTCATGGCCTCCCTGGCA---GAAAGC----AGCTTTGATGTCA  442
            ||        |..|||||||.||..|||..||.||       |.||||   |.|.||    ..|||||||||..
Sbjct  387  GG--------AGCTACTGCATAATGAGGCCCTGAT-------CAGGCACCTGCATGCTACTTCCTTTGATGTGG  445

Query  443  TGCTGACGGACCCTTTCCTTCCTTGCAGCCCCATCG---------TGGCCCAGTACCTGTCTCTGCCCACTGTA  507
            |.||.||.||||        ||||.|| ||.|..||         ||||..||||||||||..|.||..||||.
Sbjct  446  TTCTAACAGACC--------CCTTTCA-CCTCTGCGCGGCGGTGCTGGCTAAGTACCTGTCGATTCCTGCTGTG  510

Query  508  TTCTTCTTGCATGCAC-TGCCATGCAGCCTG-----GAATTTGAGGCTACCCAGTGCCCCAACCCATTCTCCTA  575
            ||.|||||| |.|.|| |.|||||     ||     ||.|||.|||..||.|||||.||.|||||.|.||||||
Sbjct  511  TTTTTCTTG-AGGAACATTCCATG-----TGATTTAGACTTTAAGGGCACACAGTGTCCAAACCCTTCCTCCTA  578

Query  576  CGTGCCCAGGCCTCTCTCCTCTCATTCAGATCACATGACCTTCCTGCAGCGGGTGAAGAACATGCTC------A  643
            ..|.||.||....||..|..|..|||||||.||||||||.||||||||..||||.||||||||||||      .
Sbjct  579  TATTCCTAGATTACTAACGACCAATTCAGACCACATGACATTCCTGCAAAGGGTCAAGAACATGCTCTACCCTC  652

Query  644  TTGCCTTTTCACAGAACTTTCTGTGCGACGTGGTTTATTCCCCGTATGCAACCCTTGCCTCAGAATTCCTTCAG  717
            |.|||.|.||      ||..||.|||.|.|..||||.|.|.||.|||||||.|||||||||.||..|..|||||
Sbjct  653  TGGCCCTGTC------CTACCTTTGCCATGCTGTTTCTGCTCCTTATGCAAGCCTTGCCTCTGAGCTTTTTCAG  720

Query  718  AGAGAGGTGACTGTCCAGGACCTATTGAGCTCTGCATCTGTCTGGCTGTTTAGAAGTGACTTTGTGAAGGATTA  791
            |||||||||.|.||...|||.||..|.|||..|||||||||.||||||||..||.|.||||||||||.||||||
Sbjct  721  AGAGAGGTGTCAGTGGTGGATCTTGTCAGCCATGCATCTGTGTGGCTGTTCCGAGGGGACTTTGTGATGGATTA  794

Query  792  CCCTAGGCCCATCATGCCCAATATGGTTTTTGTTGGTGGAATCAACTGCCTTCACCAA----AATCCACTATCC  861
            |||.|||||.|||||||||||.|||||.||..||||.||.||||||||    ..||||    ||.||||||||.
Sbjct  795  CCCCAGGCCGATCATGCCCAACATGGTCTTCATTGGGGGCATCAACTG----TGCCAACGGGAAGCCACTATCT  864

Query  862  CAGGAATTTGAAGCCTACATTAATGCTTCTGGAGAACATGGAATTGTGGTTTTCTCTTTGGGATCAATGGTCTC  935
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  865  CAGGAATTTGAAGCCTACATTAATGCTTCTGGAGAACATGGAATTGTGGTTTTCTCTTTGGGATCAATGGTCTC  938

Query  936  AGAAATTCCAGAGAAGAAAGCTATGGCAATTGCTGATGCTTTGGGCAAAATCCCTCAGACAGTCCTGTGGCGGT  1009
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  939  AGAAATTCCAGAGAAGAAAGCTATGGCAATTGCTGATGCTTTGGGCAAAATCCCTCAGACAGTCCTGTGGCGGT  1012

Query 1010  ACACTGGAACCCGACCATCGAATCTTGCGAACAACACGATACTTGTTAAGTGGCTACCCCAAAACGATCTGCTT  1083
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1013  ACACTGGAACCCGACCATCGAATCTTGCGAACAACACGATACTTGTTAAGTGGCTACCCCAAAACGATCTGCTT  1086

Query 1084  GGTCACCCGATGACCCGTGCCTTTATCACCCATGCTGGTTCCCATGGTGTTTATGAAAGCATATGCAATGGCGT  1157
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1087  GGTCACCCGATGACCCGTGCCTTTATCACCCATGCTGGTTCCCATGGTGTTTATGAAAGCATATGCAATGGCGT  1160

Query 1158  TCCCATGGTGATGATGCCCTTGTTTGGTGATCAGATGGACAATGCAAAGCGCATGGAGACTAAGGGAGCTGGAG  1231
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1161  TCCCATGGTGATGATGCCCTTGTTTGGTGATCAGATGGACAATGCAAAGCGCATGGAGACTAAGGGAGCTGGAG  1234

Query 1232  TGACCCTGAATGTTCTGGAAATGACTTCTGAAGATTTAGAAAATGCTCTAAAAGCAGTCATCAATGACAAAAGT  1305
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1235  TGACCCTGAATGTTCTGGAAATGACTTCTGAAGATTTAGAAAATGCTCTAAAAGCAGTCATCAATGACAAAAGT  1308

Query 1306  TACAAGGAGAACATCATGCGCCTCTCCAGCCTTCACAAGGACCGCCCGGTGGAGCCGCTGGACCTGGCCGTGTT  1379
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1309  TACAAGGAGAACATCATGCGCCTCTCCAGCCTTCACAAGGACCGCCCGGTGGAGCCGCTGGACCTGGCCGTGTT  1382

Query 1380  CTGGGTGGAGTTTGTGATGAGGCACAAGGGCGCGCCACACCTGCGCCCCGCAGCCCACGACCTCACCTGGTACC  1453
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1383  CTGGGTGGAGTTTGTGATGAGGCACAAGGGCGCGCCACACCTGCGCCCCGCAGCCCACGACCTCACCTGGTACC  1456

Query 1454  AGTACCATTCCTTGGACGTGATTGGTTTCCTCTTGGCCGTCGTGCTGACAGTGGCCTTCATCACCTTTAAATGT  1527
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1457  AGTACCATTCCTTGGACGTGATTGGTTTCCTCTTGGCCGTCGTGCTGACAGTGGCCTTCATCACCTTTAAATGT  1530

Query 1528  TGTGCTTATGGCTACCGGAAATGCTTGGGGAAAAAAGGGCGAGTTAAGAAAGCCCACAAATCCAAGACCCAT  1599
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1531  TGTGCTTATGGCTACCGGAAATGCTTGGGGAAAAAAGGGCGAGTTAAGAAAGCCCACAAATCCAAGACCCAT  1602