Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroadEn_03879
• Subject: XR_001752579.2
• Aligned Length: 3136
• Identities: 2011
• Gaps: 1125

Alignment

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct    1  AGAGGGACCGGCTGTGTCAGAGGCAAGCAAACAAGTATTAGAGTGCAAGACTGTGGGCGGAGAGAGGAAGCCCG  74

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct   75  AGCCGCCAGCAGGGAGCTTCGGAGAGAGAAAGCCCAGGAACATCCCAGAGAGAGCTGGGCCCATCCTCAGCCCT  148

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct  149  ACCCAGCCCCGCAGCCCCTAGCCCTCCGCCCAGAAACCCAGCCCTGTCCGGCGTGCCGCTCTTCTCCTCCAGGC  222

Query    1  ---------------------------------------------------ATGGCAGTGTACCGCCTGTGTGT  23
                                                               |||||||||||||||||||||||
Sbjct  223  CGGCTGCTGCTGCGGCCAGCGTTGCCGGGGCATCCCTTCCTCCTTCCCATCATGGCAGTGTACCGCCTGTGTGT  296

Query   24  GACCACTGGTCCCTACCTGAGGGCCGGCACACTGGACAACATCTCTGTCACACTGGTGGGCACGTGTGGTGAAA  97
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  297  GACCACTGGTCCCTACCTGAGGGCCGGCACACTGGACAACATCTCTGTCACACTGGTGGGCACGTGTGGTGAAA  370

Query   98  GCCCCAAGCAGCGGCTAGATCGAATGGGCAGGGACTTCGCCCCTGGATCGGTACAGAAGTACAAGGTGCGTTGC  171
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  371  GCCCCAAGCAGCGGCTAGATCGAATGGGCAGGGACTTCGCCCCTGGATCGGTACAGAAGTACAAGGTGCGTTGC  444

Query  172  ACAGCGGAGCTGGGTGAGCTCTTGCTGCTGCGTGTACACAAGGAGCGCTACGCTTTCTTCCGCAAGGACTCTTG  245
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  445  ACAGCGGAGCTGGGTGAGCTCTTGCTGCTGCGTGTACACAAGGAGCGCTACGCTTTCTTCCGCAAGGACTCTTG  518

Query  246  GTACTGTAGCCGCATCTGTGTCACCGAACCGGATGGTAGTGTATCCCACTTCCCCTGCTATCAGTGGATTGAAG  319
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  519  GTACTGTAGCCGCATCTGTGTCACCGAACCGGATGGTAGTGTATCCCACTTCCCCTGCTATCAGTGGATTGAAG  592

Query  320  GCTACTGCACCGTGGAGCTGAGGCCAGGAACAGCAAGAACTATTTGTCAGGACTCTCTTCCCCTCCTCCTGGAT  393
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  593  GCTACTGCACCGTGGAGCTGAGGCCAGGAACAGCAAGAACTATTTGTCAGGACTCTCTTCCCCTCCTCCTGGAT  666

Query  394  CACAGGACACGGGAGCTCCGGGCCCGACAAGAATGCTACCGCTGGAAGATCTATGCCCCTGGCTTCCCCTGCAT  467
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  667  CACAGGACACGGGAGCTCCGGGCCCGACAAGAATGCTACCGCTGGAAGATCTATGCCCCTGGCTTCCCCTGCAT  740

Query  468  GGTAGACGTCAACAGCTTTCAGGAGATGGAGTCAGACAAGAAATTTGCCTTGACAAAGACGACAACTTGTGTAG  541
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  741  GGTAGACGTCAACAGCTTTCAGGAGATGGAGTCAGACAAGAAATTTGCCTTGACAAAGACGACAACTTGTGTAG  814

Query  542  ACCAGGGTGACAGCAGTGGGAATCGGTACCTGCCCGGCTTCCCCATGAAAATTGACATCCCATCCCTGATGTAC  615
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  815  ACCAGGGTGACAGCAGTGGGAATCGGTACCTGCCCGGCTTCCCCATGAAAATTGACATCCCATCCCTGATGTAC  888

Query  616  ATGGAGCCCAATGTTCGATACTCAGCCACCAAGACGATCTCGCTGCTCTTCAATGCCATCCCTGCGTCCTTGGG  689
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  889  ATGGAGCCCAATGTTCGATACTCAGCCACCAAGACGATCTCGCTGCTCTTCAATGCCATCCCTGCGTCCTTGGG  962

Query  690  AATGAAGCTTCGAGGGCTGTTGGATCGCAAGGGCTCCTGGAAGAAGCTGGATGACATGCAGAACATCTTCTGGT  763
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  963  AATGAAGCTTCGAGGGCTGTTGGATCGCAAGGGCTCCTGGAAGAAGCTGGATGACATGCAGAACATCTTCTGGT  1036

Query  764  GCCATAAGACCTTCACGACAAAGTATGTCACAGAGCACTGGTGTGAAGATCACTTCTTTGGGTACCAGTACCTG  837
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1037  GCCATAAGACCTTCACGACAAAGTATGTCACAGAGCACTGGTGTGAAGATCACTTCTTTGGGTACCAGTACCTG  1110

Query  838  AATGGTGTCAATCCCGTCATGCTCCACTGCATCTCTAGCTTGCCCAGCAAGCTGCCTGTCACCAATGACATGGT  911
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1111  AATGGTGTCAATCCCGTCATGCTCCACTGCATCTCTAGCTTGCCCAGCAAGCTGCCTGTCACCAATGACATGGT  1184

Query  912  GGCCCCCTTGCTGGGACAGGACACATGCCTGCAGACAGAGCTAGAGAGGGGGAACATCTTCCTAGCGGACTACT  985
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1185  GGCCCCCTTGCTGGGACAGGACACATGCCTGCAGACAGAGCTAGAGAGGGGGAACATCTTCCTAGCGGACTACT  1258

Query  986  GGATCCTGGCGGAGGCCCCCACCCACTGCCTAAACGGCCGCCAGCAGTACGTGGCCGCCCCACTGTGCCTGCTG  1059
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1259  GGATCCTGGCGGAGGCCCCCACCCACTGCCTAAACGGCCGCCAGCAGTACGTGGCCGCCCCACTGTGCCTGCTG  1332

Query 1060  TGGCTCAGCCCCCAGGGGGCGCTGGTGCCCTTGGCCATCCAGCTCAGCCAGACCCCCGGGCCTGACAGCCCCAT  1133
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1333  TGGCTCAGCCCCCAGGGGGCGCTGGTGCCCTTGGCCATCCAGCTCAGCCAGACCCCCGGGCCTGACAGCCCCAT  1406

Query 1134  CTTCCTGCCCACTGACTCCGAATGGGACTGGCTGCTGGCCAAGACGTGGGTGCGCAACTCTGAGTTCCTGGTGC  1207
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1407  CTTCCTGCCCACTGACTCCGAATGGGACTGGCTGCTGGCCAAGACGTGGGTGCGCAACTCTGAGTTCCTGGTGC  1480

Query 1208  ACGAAAACAACACGCACTTTCTGTGCACGCATTTGCTGTGCGAGGCCTTCGCCATGGCCACGCTGCGCCAGCTG  1281
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1481  ACGAAAACAACACGCACTTTCTGTGCACGCATTTGCTGTGCGAGGCCTTCGCCATGGCCACGCTGCGCCAGCTG  1554

Query 1282  CCGCTCTGCCACCCCATCTACAAGCTCCTACTCCCCCACACTCGATACACGCTGCAGGTGAACACCATCGCGAG  1355
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1555  CCGCTCTGCCACCCCATCTACAAGCTCCTACTCCCCCACACTCGATACACGCTGCAGGTGAACACCATCGCGAG  1628

Query 1356  GGCCACGCTGCTCAACCCCGAGGGCCTCGTGGACCAGGTCACGTCCATCGGGAGGCAAGGCCTCATCTACCTCA  1429
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1629  GGCCACGCTGCTCAACCCCGAGGGCCTCGTGGACCAGGTCACGTCCATCGGGAGGCAAGGCCTCATCTACCTCA  1702

Query 1430  TGAGCACGGGCCTGGCCCACTTCACCTACACCAATTTCTGCCTTCCGGACAGCCTGCGGGCCCGCGGCGTCCTG  1503
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1703  TGAGCACGGGCCTGGCCCACTTCACCTACACCAATTTCTGCCTTCCGGACAGCCTGCGGGCCCGCGGCGTCCTG  1776

Query 1504  GCTATCCCCAACTACCACTACCGAGACGACGGCCTGAAGATCTGGGCGGCCATTGAGAGCTTTGTCTCAGAAAT  1577
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||                 
Sbjct 1777  GCTATCCCCAACTACCACTACCGAGACGACGGCCTGAAGATCTGGGCGGCCATTGAG-----------------  1833

Query 1578  CGTGGGCTACTATTATCCCAGTGACGCATCTGTGCAGCAGGATTCGGAGCTGCAGGCCTGGACTGGCGAGATTT  1651
                                                                                      
Sbjct 1834  --------------------------------------------------------------------------  1833

Query 1652  TTGCTCAGGCGTTCCTGGGCCGGGAAAGCTCAGGTTTCCCAAGCCGGCTGTGCACCCCAGGAGAGATGGTGAAG  1725
                                           |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1834  -------------------------------AGGTTTCCCAAGCCGGCTGTGCACCCCAGGAGAGATGGTGAAG  1876

Query 1726  TTCCTCACTGCAATCATCTTCAATTGCTCTGCCCAGCACGCTGCTGTCAACAGTGGGCAGCATGACTTTGGGGC  1799
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1877  TTCCTCACTGCAATCATCTTCAATTGCTCTGCCCAGCACGCTGCTGTCAACAGTGGGCAGCATGACTTTGGGGC  1950

Query 1800  CTGGATGCCCAATGCTCCATCATCCATGAGGCAGCCCCCACCCCAGACCAAGGGGACCACCACCCTGAAGACTT  1873
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1951  CTGGATGCCCAATGCTCCATCATCCATGAGGCAGCCCCCACCCCAGACCAAGGGGACCACCACCCTGAAGACTT  2024

Query 1874  ACCTAGACACCCTCCCTGAAGTGAACATCAGCTGTAACAACCTCCTCCTCTTCTGGTTGGTTAGCCAAGAACCC  1947
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2025  ACCTAGACACCCTCCCTGAAGTGAACATCAGCTGTAACAACCTCCTCCTCTTCTGGTTGGTTAGCCAAGAACCC  2098

Query 1948  AAGGACCAGAGGCCCCTGGGCACCTACCCAGATGAGCACTTCACAGAGGAGGCCCCGAGGCGGAGCATCGCCGC  2021
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2099  AAGGACCAGAGGCCCCTGGGCACCTACCCAGATGAGCACTTCACAGAGGAGGCCCCGAGGCGGAGCATCGCCGC  2172

Query 2022  CTTCCAGAGCCGCCTGGCCCAGATCTCAAGGGACATCCAGGAGCGGAACCAGGGTCTGGCACTGCCCTACACCT  2095
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2173  CTTCCAGAGCCGCCTGGCCCAGATCTCAAGGGACATCCAGGAGCGGAACCAGGGTCTGGCACTGCCCTACACCT  2246

Query 2096  ACCTGGACCCTCCCCTCATTGAGAACAGCGTCTCCATC------------------------------------  2133
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||                                    
Sbjct 2247  ACCTGGACCCTCCCCTCATTGAGAACAGCGTCTCCATCTAACCACCCCCAAATACCACCCAAGAAGAAAGAAAG  2320

Query 2134  --------------------------------------------------------------------------  2133
                                                                                      
Sbjct 2321  GTCCAAGCATGAGGAGGACCAGTTCCTCAGGTCCTCCAGACCCTTCCATCCTCCCTGTTCTCAGTTCACCTGAA  2394

Query 2134  --------------------------------------------------------------------------  2133
                                                                                      
Sbjct 2395  CCTTCTCTTCTGCACATGGAGACTTTTGCAGCCAAGATGGCTCTGACATCATACAAACTGGGCCCTGAGCTGTG  2468

Query 2134  --------------------------------------------------------------------------  2133
                                                                                      
Sbjct 2469  AGAGACCAGCACAGCAGCGTCCAGGTTAAAAGCCGCTGACCAAAGTCCAATGCACAATAGCCCCTCCGAAAGGA  2542

Query 2134  --------------------------------------------------------------------------  2133
                                                                                      
Sbjct 2543  AGGAACCGCTTCACTTCTTGCCCCACTTGGGGCAGCCTCTTGTTCCAGCCTCTTGGAATGCCCAGCTTGGGTTT  2616

Query 2134  --------------------------------------------------------------------------  2133
                                                                                      
Sbjct 2617  CTGAGCTTTTCTCCCTCATCCTCCCCAATCCCCAAACTCCTTCTCCTACCATGCCTTTCTACGTTCTCTTTCTT  2690

Query 2134  --------------------------------------------------------------------------  2133
                                                                                      
Sbjct 2691  CCAAGCCTAGAGCCACCAGCCCAGCTTCCTTCTCTGGAAAAGCCTGGAAACTGGGCACAGAAGGACTGTGTGCC  2764

Query 2134  --------------------------------------------------------------------------  2133
                                                                                      
Sbjct 2765  TGGGTCTAACATGTGGTCCCCTTTGTCCCTAGCACCTTTAAGGGGAGGGGAAGAATTGGAGGGCAGCTTGCCTG  2838

Query 2134  --------------------------------------------------------------------------  2133
                                                                                      
Sbjct 2839  GACCCCTAACGGCTGTTCTCAGGAACAGGTTCCCAGGCCTGGGGTGTTTGTGGAGATCTGTCTTTCTCCAAAGA  2912

Query 2134  --------------------------------------------------------------------------  2133
                                                                                      
Sbjct 2913  TTTCATCCAACTCCCCTTTCATCCCACTCCCTTTCATCCCATTTTTTTCTTTCTGTCCTTGAGCCCAGTGAGTT  2986

Query 2134  ----------------------------  2133
                                        
Sbjct 2987  CAATAAAAACCAAAATATTTGGCTCTCA  3014