Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroadEn_03940
• Subject: NM_001001740.3
• Aligned Length: 2193
• Identities: 2121
• Gaps: 72

Alignment

Query    1  ATGTCTGGTAGCCGCCAGGCCGGGTCGGGCTCCGCTGGGACAAGCCCCGGGTCCTCGGCGGCCTCCTCGGTGAC  74
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct    1  ATGTCTGGTAGCCGCCAGGCCGGGTCGGGCTCCGCTGGGACAAGCCCCGGGTCCTCGGCGGCCTCCTCGGTGAC  74

Query   75  TTCCGCCTCCTCGTCTTTATCCTCTTCCCCGTCGCCGCCTTCCGTGGCGGTTTCGGCGGCAGCGCTGGTGTCCG  148
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct   75  TTCCGCCTCCTCGTCTTTATCCTCTTCCCCGTCGCCGCCTTCCGTGGCGGTTTCGGCGGCAGCGCTGGTGTCCG  148

Query  149  GCGGGGTGGCCCAGGCCGCCGGCTCGGGCGGCCTCGGGGGCCCGGTGCGGCCTGTGTTGGTGGCGCCCGCCGTA  222
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  149  GCGGGGTGGCCCAGGCCGCCGGCTCGGGCGGCCTCGGGGGCCCGGTGCGGCCTGTGTTGGTGGCGCCCGCCGTA  222

Query  223  TCGGGTAGCGGCGGCGGGGCGGTGTCCACGGGCCTGTCCCGGCACAGCTGCGCGGCCAGGCCCAGCGCCGGCGT  296
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  223  TCGGGTAGCGGCGGCGGGGCGGTGTCCACGGGCCTGTCCCGGCACAGCTGCGCGGCCAGGCCCAGCGCCGGCGT  296

Query  297  AGGAGGCAGCAGCTCCAGCCTAGGCAGCGGCAGCAGGAAGCGACCTCTCCTCGCCCCCCTCTGCAACGGGCTCA  370
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  297  AGGAGGCAGCAGCTCCAGCCTAGGCAGCGGCAGCAGGAAGCGACCTCTCCTCGCCCCCCTCTGCAACGGGCTCA  370

Query  371  TCAACTCCTACGAGGACAAAAGCAACGACTTCGTATGCCCCATCTGCTTTGATATGATTGAAGAAGCATACATG  444
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  371  TCAACTCCTACGAGGACAAAAGCAACGACTTCGTATGCCCCATCTGCTTTGATATGATTGAAGAAGCATACATG  444

Query  445  ACAAAATGTGGCCACAGCTTTTGCTACAAGTGTATTCATCAGAGTTTGGAGGACAATAATAGATGTCCCAAGTG  518
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  445  ACAAAATGTGGCCACAGCTTTTGCTACAAGTGTATTCATCAGAGTTTGGAGGACAATAATAGATGTCCCAAGTG  518

Query  519  TAACTATGTTGTGGACAATATTGACCATCTGTATCCTAATTTCTTGGTGAATGAACTCATTCTTAAACAGAAGC  592
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  519  TAACTATGTTGTGGACAATATTGACCATCTGTATCCTAATTTCTTGGTGAATGAACTCATTCTTAAACAGAAGC  592

Query  593  AAAGATTTGAGGAAAAGAGGTTCAAATTGGACCACTCAGTGAGTAGCACCAATGGCCACAGGTGGCAGATATTT  666
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||            ||||||||||||||||||||||||
Sbjct  593  AAAGATTTGAGGAAAAGAGGTTCAAATTGGACCACTCA------------AATGGCCACAGGTGGCAGATATTT  654

Query  667  CAAGATTGGTTGGGAACTGACCAAGATAACCTTGATTTGGCCAATGTCAATCTTATGTTGGAGTTACTAGTGCA  740
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  655  CAAGATTGGTTGGGAACTGACCAAGATAACCTTGATTTGGCCAATGTCAATCTTATGTTGGAGTTACTAGTGCA  728

Query  741  GAAGAAGAAACAACTGGAAGCAGAATCACATGCAGCCCAACTACAGATTCTTATGGAATTCCTCAAGGTTGCAA  814
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  729  GAAGAAGAAACAACTGGAAGCAGAATCACATGCAGCCCAACTACAGATTCTTATGGAATTCCTCAAGGTTGCAA  802

Query  815  GAAGAAATAAGAGAGAGCAACTGGAACAGATCCAGAAGGAGCTAAGTGTTTTGGAAGAGGATATTAAGAGAGTG  888
            |||||||||||||||||                                                         
Sbjct  803  GAAGAAATAAGAGAGAG---------------------------------------------------------  819

Query  889  GAAGAAATGAGTGGCTTATACTCTCCTGTCAGTGAGGATAGCACAGTGCCTCAATTTGAAGCTCCTTCTCCATC  962
               |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  820  ---GAAATGAGTGGCTTATACTCTCCTGTCAGTGAGGATAGCACAGTGCCTCAATTTGAAGCTCCTTCTCCATC  890

Query  963  ACACAGTAGTATTATTGATTCCACAGAATACAGCCAACCTCCAGGTTTCAGTGGCAGTTCTCAGACAAAGAAAC  1036
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  891  ACACAGTAGTATTATTGATTCCACAGAATACAGCCAACCTCCAGGTTTCAGTGGCAGTTCTCAGACAAAGAAAC  964

Query 1037  AGCCTTGGTATAATAGCACGTTAGCATCAAGACGAAAACGACTTACTGCTCATTTTGAAGACTTGGAGCAGTGT  1110
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  965  AGCCTTGGTATAATAGCACGTTAGCATCAAGACGAAAACGACTTACTGCTCATTTTGAAGACTTGGAGCAGTGT  1038

Query 1111  TACTTTTCTACAAGGATGTCTCGTATCTCAGATGACAGTCGAACTGCAAGCCAGTTGGATGAATTTCAGGAATG  1184
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1039  TACTTTTCTACAAGGATGTCTCGTATCTCAGATGACAGTCGAACTGCAAGCCAGTTGGATGAATTTCAGGAATG  1112

Query 1185  CTTGTCCAAGTTTACTCGATATAATTCAGTACGACCTTTAGCCACATTGTCATATGCTAGTGATCTCTATAATG  1258
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1113  CTTGTCCAAGTTTACTCGATATAATTCAGTACGACCTTTAGCCACATTGTCATATGCTAGTGATCTCTATAATG  1186

Query 1259  GTTCCAGTATAGTCTCTAGTATTGAATTTGACCGGGATTGTGACTATTTTGCGATTGCTGGAGTTACAAAGAAG  1332
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1187  GTTCCAGTATAGTCTCTAGTATTGAATTTGACCGGGATTGTGACTATTTTGCGATTGCTGGAGTTACAAAGAAG  1260

Query 1333  ATTAAAGTCTATGAATATGACACTGTCATCCAGGATGCAGTGGATATTCATTACCCTGAGAATGAAATGACCTG  1406
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1261  ATTAAAGTCTATGAATATGACACTGTCATCCAGGATGCAGTGGATATTCATTACCCTGAGAATGAAATGACCTG  1334

Query 1407  CAATTCGAAAATCAGCTGTATCAGTTGGAGTAGTTACCATAAGAACCTGTTAGCTAGCAGTGATTATGAAGGCA  1480
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1335  CAATTCGAAAATCAGCTGTATCAGTTGGAGTAGTTACCATAAGAACCTGTTAGCTAGCAGTGATTATGAAGGCA  1408

Query 1481  CTGTTATTTTATGGGATGGATTCACAGGACAGAGGTCAAAGGTCTATCAGGAGCATGAGAAGAGGTGTTGGAGT  1554
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1409  CTGTTATTTTATGGGATGGATTCACAGGACAGAGGTCAAAGGTCTATCAGGAGCATGAGAAGAGGTGTTGGAGT  1482

Query 1555  GTTGACTTTAATTTGATGGATCCTAAACTCTTGGCTTCAGGTTCTGATGATGCAAAAGTGAAGCTGTGGTCTAC  1628
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1483  GTTGACTTTAATTTGATGGATCCTAAACTCTTGGCTTCAGGTTCTGATGATGCAAAAGTGAAGCTGTGGTCTAC  1556

Query 1629  CAATCTAGACAACTCAGTGGCAAGCATTGAGGCAAAGGCTAATGTGTGCTGTGTTAAATTCAGCCCCTCTTCCA  1702
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1557  CAATCTAGACAACTCAGTGGCAAGCATTGAGGCAAAGGCTAATGTGTGCTGTGTTAAATTCAGCCCCTCTTCCA  1630

Query 1703  GATACCATTTGGCTTTCGGCTGTGCAGATCACTGTGTCCACTACTATGATCTTCGTAACACTAAACAGCCAATC  1776
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1631  GATACCATTTGGCTTTCGGCTGTGCAGATCACTGTGTCCACTACTATGATCTTCGTAACACTAAACAGCCAATC  1704

Query 1777  ATGGTATTCAAAGGACACCGTAAAGCAGTCTCTTATGCAAAGTTTGTGAGTGGTGAGGAAATTGTCTCTGCCTC  1850
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1705  ATGGTATTCAAAGGACACCGTAAAGCAGTCTCTTATGCAAAGTTTGTGAGTGGTGAGGAAATTGTCTCTGCCTC  1778

Query 1851  AACAGACAGTCAGCTAAAACTGTGGAATGTAGGGAAACCATACTGCCTACGTTCCTTCAAGGGTCATATCAATG  1924
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1779  AACAGACAGTCAGCTAAAACTGTGGAATGTAGGGAAACCATACTGCCTACGTTCCTTCAAGGGTCATATCAATG  1852

Query 1925  AAAAAAACTTTGTAGGCCTGGCTTCCAATGGAGATTATATAGCTTGTGGAAGTGAAAATAACTCTCTCTACCTG  1998
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1853  AAAAAAACTTTGTAGGCCTGGCTTCCAATGGAGATTATATAGCTTGTGGAAGTGAAAATAACTCTCTCTACCTG  1926

Query 1999  TACTATAAAGGACTTTCTAAGACTTTGCTAACTTTTAAGTTTGATACAGTCAAAAGTGTTCTCGACAAAGACCG  2072
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1927  TACTATAAAGGACTTTCTAAGACTTTGCTAACTTTTAAGTTTGATACAGTCAAAAGTGTTCTCGACAAAGACCG  2000

Query 2073  AAAAGAAGATGATACAAATGAATTTGTTAGTGCTGTGTGCTGGAGGGCACTACCAGATGGGGAGTCCAATGTGC  2146
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2001  AAAAGAAGATGATACAAATGAATTTGTTAGTGCTGTGTGCTGGAGGGCACTACCAGATGGGGAGTCCAATGTGC  2074

Query 2147  TGATTGCTGCTAACAGTCAGGGTACAATTAAGGTGCTAGAATTGGTA  2193
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2075  TGATTGCTGCTAACAGTCAGGGTACAATTAAGGTGCTAGAATTGGTA  2121