Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroadEn_03940
• Subject: XM_017002069.2
• Aligned Length: 2281
• Identities: 1739
• Gaps: 530

Alignment

Query    1  ATGTCTGGTAGCCGCCAGGCCGGGTCGGGCTCCGCTGGGACAAGCCCCGGGTCCTCGGCGGCCTCCTCGGTGAC  74
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct    1  ATGTCTGGTAGCCGCCAGGCCGGGTCGGGCTCCGCTGGGACAAGCCCCGGGTCCTCGGCGGCCTCCTCGGTGAC  74

Query   75  TTCCGCCTCCTCGTCTTTATCCTCTTCCCCGTCGCCGCCTTCCGTGGCGGTTTCGGCGGCAGCGCTGGTGTCCG  148
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct   75  TTCCGCCTCCTCGTCTTTATCCTCTTCCCCGTCGCCGCCTTCCGTGGCGGTTTCGGCGGCAGCGCTGGTGTCCG  148

Query  149  GCGGGGTGGCCCAGGCCGCCGGCTCGGGCGGCCTCGGGGGCCCGGTGCGGCCTGTGTTGGTGGCGCCCGCCGTA  222
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  149  GCGGGGTGGCCCAGGCCGCCGGCTCGGGCGGCCTCGGGGGCCCGGTGCGGCCTGTGTTGGTGGCGCCCGCCGTA  222

Query  223  TCGGGTAGCGGCGGCGGGGCGGTGTCCACGGGCCTGTCCCGGCACAGCTGCGCGGCCAGGCCCAGCGCCGGCGT  296
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  223  TCGGGTAGCGGCGGCGGGGCGGTGTCCACGGGCCTGTCCCGGCACAGCTGCGCGGCCAGGCCCAGCGCCGGCGT  296

Query  297  AGGAGGCAGCAGCTCCAGCCTAGGCAGCGGCAGCAGGAAGCGACCTCTCCTCGCCCCCCTCTGCAACGGGCTCA  370
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  297  AGGAGGCAGCAGCTCCAGCCTAGGCAGCGGCAGCAGGAAGCGACCTCTCCTCGCCCCCCTCTGCAACGGGCTCA  370

Query  371  TCAACTCCTACGAGGACAAAAGCAACGACTTCGTATGCCCCATCTGCTTTGATATGATTGAAGAAGCATACATG  444
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  371  TCAACTCCTACGAGGACAAAAGCAACGACTTCGTATGCCCCATCTGCTTTGATATGATTGAAGAAGCATACATG  444

Query  445  ACAAAATGTGGCCACAGCTTTTGCTACAAGTGTATTCATCAGAGTTTGGAGGACAATAATAGATGTCCCAAGTG  518
            |||||||||||||||||||||||                                                   
Sbjct  445  ACAAAATGTGGCCACAGCTTTTG---------------------------------------------------  467

Query  519  TAACTATGTTGTGGACAATATTGACCATCTGTATCCTAATTTCTTGGTGAATGAACTCATTCTTAAACAGAAGC  592
                                                                                      
Sbjct  468  --------------------------------------------------------------------------  467

Query  593  AAAGATTTGAGGAAAAGAGGTTCAAATTGGACCACTCAGTGAGTAGCACCAATGGCCACAGGTGGCAGATATTT  666
                                                                                      
Sbjct  468  --------------------------------------------------------------------------  467

Query  667  CAAGATTGGTTGGGAACTGACCAAGATAACCTTGATTTGGCCAATGTCAATCTTATGTTGGAGTTACTAGTGCA  740
                                                                                      
Sbjct  468  --------------------------------------------------------------------------  467

Query  741  GAAGAAGAAACAACTGGAAGCAGAATCACATGCAGCCCAACTACAGATTCTTATGGAATTCCTCAAGGTTGCAA  814
                                  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  468  ----------------------GAATCACATGCAGCCCAACTACAGATTCTTATGGAATTCCTCAAGGTTGCAA  519

Query  815  GAAGAAATAAGAGAGAGCAACTGGAACAGATCCAGAAGGAGCTAAGTGTTTTGGAAGAGGATATTAAGAGAGTG  888
            |||||||||||||||                                                           
Sbjct  520  GAAGAAATAAGAGAG-----------------------------------------------------------  534

Query  889  GAAGAAATGAGTGGCTTATACTCTCCTGTCAGTGAGGATAGCACAGTGCCTCAATTTGAAGCTCCTTCTCCATC  962
                                                                                      
Sbjct  535  --------------------------------------------------------------------------  534

Query  963  ACACAGTAGTATTATTGATTCCACAGAATACAGCCAACCTCCAGGTTTCAGTGGCAGTTCTCAGACAAAGAAAC  1036
                ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  535  ----AGTAGTATTATTGATTCCACAGAATACAGCCAACCTCCAGGTTTCAGTGGCAGTTCTCAGACAAAGAAAC  604

Query 1037  AGCCTTGGTATAATAGCACGTTAGCATCAAGACGAAAACGACTTACTGCTCATTTTGAAGACTTGGAGCAGTGT  1110
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  605  AGCCTTGGTATAATAGCACGTTAGCATCAAGACGAAAACGACTTACTGCTCATTTTGAAGACTTGGAGCAGTGT  678

Query 1111  TACTTTTCTACAAGGATGTCTCGTATCTCAGATGACAGTCGAACTGCAAGCCAGTTGGATGAATTTCAGGAATG  1184
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  679  TACTTTTCTACAAGGATGTCTCGTATCTCAGATGACAGTCGAACTGCAAGCCAGTTGGATGAATTTCAGGAATG  752

Query 1185  CTTGTCCAAGTTTACTCGATATAATTCAGTACGACCTTTAGCCACATTGTCATATGCTAGTGATCTCTATAATG  1258
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  753  CTTGTCCAAGTTTACTCGATATAATTCAGTACGACCTTTAGCCACATTGTCATATGCTAGTGATCTCTATAATG  826

Query 1259  GTTCCAGTATAGTCTCTAGTATTGAATTTGACCGGGATTGTGACTATTTTGCGATTGCTGGAGTTACAAAGAAG  1332
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  827  GTTCCAGTATAGTCTCTAGTATTGAATTTGACCGGGATTGTGACTATTTTGCGATTGCTGGAGTTACAAAGAAG  900

Query 1333  ATTAAAGTCTATGAATATGACACTGTCATCCAGGATGCAGTGGATATTCATTACCCTGAGAATGAAATGACCTG  1406
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  901  ATTAAAGTCTATGAATATGACACTGTCATCCAGGATGCAGTGGATATTCATTACCCTGAGAATGAAATGACCTG  974

Query 1407  CAATTCGAAAATCAGCTGTATCAGTTGGAGTAGTTACCATAAGAACCTGTTAGCTAGCAGTGATTATGAAGGCA  1480
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  975  CAATTCGAAAATCAGCTGTATCAGTTGGAGTAGTTACCATAAGAACCTGTTAGCTAGCAGTGATTATGAAGGCA  1048

Query 1481  CTGTTATTTTATGGGATGGATTCACAGGACAGAGGTCAAAGGTCTATCAGGAGCATGAGAAGAGGTGTTGGAGT  1554
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1049  CTGTTATTTTATGGGATGGATTCACAGGACAGAGGTCAAAGGTCTATCAGGAGCATGAGAAGAGGTGTTGGAGT  1122

Query 1555  GTTGACTTTAATTTGATGGATCCTAAACTCTTGGCTTCAGGTTCTGATGATGCAAAAGTGAAGCTGTGGTCTAC  1628
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1123  GTTGACTTTAATTTGATGGATCCTAAACTCTTGGCTTCAGGTTCTGATGATGCAAAAGTGAAGCTGTGGTCTAC  1196

Query 1629  CAATCTAGACAACTCAGTGGCAAGCATTGAGGCAAAGGCTAATGTGTGCTGTGTTAAATTCAGCCCCTCTTCCA  1702
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1197  CAATCTAGACAACTCAGTGGCAAGCATTGAGGCAAAGGCTAATGTGTGCTGTGTTAAATTCAGCCCCTCTTCCA  1270

Query 1703  GATACCATTTGGCTTTCGGCTGTGCAGATCACTGTGTCCACTACTATGATCTTCGTAACACTAAACAGCCAATC  1776
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1271  GATACCATTTGGCTTTCGGCTGTGCAGATCACTGTGTCCACTACTATGATCTTCGTAACACTAAACAGCCAATC  1344

Query 1777  ATGGTATTCAAAGGACACCGTAAAGCAGTCTCTTATGCAAAGTTTGTGAGTGGTGAGGAAATTGTCTCTGCCTC  1850
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1345  ATGGTATTCAAAGGACACCGTAAAGCAGTCTCTTATGCAAAGTTTGTGAGTGGTGAGGAAATTGTCTCTGCCTC  1418

Query 1851  AACAGACAGTCAGCTAAAACTGTGGAATGTAGGGAAACCATACTGCCTACGTTCCTTCAAGGGTCATATCAATG  1924
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1419  AACAGACAGTCAGCTAAAACTGTGGAATGTAGGGAAACCATACTGCCTACGTTCCTTCAAGGGTCATATCAATG  1492

Query 1925  AAAAAAACTTTGTAGGCCTGGCTTCCAATGGAGATTATATAGCTTGTGGAAGTGAAAATAACTCTCTCTACCTG  1998
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1493  AAAAAAACTTTGTAGGCCTGGCTTCCAATGGAGATTATATAGCTTGTGGAAGTGAAAATAACTCTCTCTACCTG  1566

Query 1999  TACTATAAAGGACTTTCTAAGACTTTGCTAACTTTTAAGTTTGATACAGTCAAAAGTGTTCTCGACAAAGACCG  2072
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1567  TACTATAAAGGACTTTCTAAGACTTTGCTAACTTTTAAGTTTGATACAGTCAAAAGTGTTCTCGACAAAGACCG  1640

Query 2073  AAAAGAAGATGATACAAATGAATTTGTTAGTGCTGTGTGCTGGAGGGCACTACCAGATGGGGAGTCC---AATG  2143
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.| |||   ||| 
Sbjct 1641  AAAAGAAGATGATACAAATGAATTTGTTAGTGCTGTGTGCTGGAGGGCACTACCAGATGGGTA-TCCTAGAAT-  1712

Query 2144  TGC-TG-----------------ATTGCTGCTAACAGTCAGGGTACAATTAAGGTGC--------------TAG  2185
            ||| ||                 ||..||| |.|||       |.||||...||.||              |||
Sbjct 1713  TGCATGGGAGAAGCAAAGATCCCATCTCTG-TCACA-------TCCAATCTTGGAGCCACCGGTGGAAATTTAG  1778

Query 2186  AATTGGTA-----------------------------------------------------  2193
            ||.||..|                                                     
Sbjct 1779  AAGTGCCAAAGTGTTTCCAACAGTCGCTGCCGCAAACCTATTCTTTCTTTACAGGAGTGAT  1839