Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroadEn_04565
• Subject: XR_002957852.1
• Aligned Length: 3186
• Identities: 2310
• Gaps: 876

Alignment

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct    1  CTTCCGGAAGAAGAACGGCGGGCGGCGAGGGTCATTCCCAGCCGCAAACTGAGTGCGCTGAGCGGGGAAGCGCA  74

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct   75  AAGGGGCAAGTTACCCGTCCTGGCGTTTCTGGGGTTCGCCTCGGAGGCTAGCCTCGGTGCTCTCGCAGGCTCGC  148

Query    1  -------------------------------------------------------------------------A  1
                                                                                     |
Sbjct  149  TCGCTTCTGCATCCCCGTTGCCGCCCGGAGCCAACTCTTAAGTTCTGGACGCCAGGCCTGAGGCAGTTCCGCCA  222

Query    2  TGGACTTCTCCAAGTTCCTGGCAGACGACTTCGACGTGAAGGAGTGGATCAATGCGGCCTTCAGGGCCGGCTCC  75
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  223  TGGACTTCTCCAAGTTCCTGGCAGACGACTTCGACGTGAAGGAGTGGATCAATGCGGCCTTCAGGGCCGGCTCC  296

Query   76  AAGGAGGCGGCGTCCGGGAAGGCGGATGGCCACGCAGCCACCCTGGTGATGAAGCTGCAGCTGTTCATCCAAGA  149
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  297  AAGGAGGCGGCGTCCGGGAAGGCGGATGGCCACGCAGCCACCCTGGTGATGAAGCTGCAGCTGTTCATCCAAGA  370

Query  150  GGTGAACCACGCCGTGGAGGAAACAAGTCACCAAGCTCTCCAGAACATGCCCAAAGTGCTCCGTGATGTTGAAG  223
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  371  GGTGAACCACGCCGTGGAGGAAACAAGTCACCAAGCTCTCCAGAACATGCCCAAAGTGCTCCGTGATGTTGAAG  444

Query  224  CCCTAAAACAGGAGGCATCTTTCCTGAAAGAACAGATGATTCTTGTCAAGGAGGACATTAAAAAATTTGAACAG  297
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  445  CCCTAAAACAGGAGGCATCTTTCCTGAAAGAACAGATGATTCTTGTCAAGGAGGACATTAAAAAATTTGAACAG  518

Query  298  GACACATCTCAATCCATGCAGGTGTTGGTAGAAATTGACCAAGTGAAGTCCAGAATGCAACTTGCTGCCGAATC  371
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  519  GACACATCTCAATCCATGCAGGTGTTGGTAGAAATTGACCAAGTGAAGTCCAGAATGCAACTTGCTGCCGAATC  592

Query  372  TCTTCAGGAAGCAGATAAGTGGAGCACGTTGAGCGCCGATATTGAGGAGACATTTAAGACTCAGGACATAGCTG  445
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  593  TCTTCAGGAAGCAGATAAGTGGAGCACGTTGAGCGCCGATATTGAGGAGACATTTAAGACTCAGGACATAGCTG  666

Query  446  TGATTTCTGCCAAGCTAACAGGTATGCAGAACAGCTTAATGATGCTTGTTGATACACCAGACTACTCAGAAAAG  519
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  667  TGATTTCTGCCAAGCTAACAGGTATGCAGAACAGCTTAATGATGCTTGTTGATACACCAGACTACTCAGAAAAG  740

Query  520  TGTGTGCACTTGGAGGCACTGAAGAACAGGCTGGAGGCCCTAGCCAGTCCACAGATTGTAGCGGCATTCACCTC  593
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  741  TGTGTGCACTTGGAGGCACTGAAGAACAGGCTGGAGGCCCTAGCCAGTCCACAGATTGTAGCGGCATTCACCTC  814

Query  594  TCAGGCTGTAGATCAGTCCAAAGTGTTTGTGAAGGTGTTTACTGAAATTGACCGGATGCCCCAGCTCCTGGCCT  667
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  815  TCAGGCTGTAGATCAGTCCAAAGTGTTTGTGAAGGTGTTTACTGAAATTGACCGGATGCCCCAGCTCCTGGCCT  888

Query  668  ACTACTACAAGTGTCACAAGGTGCAGCTTTTAGCAGCCTGGCAAGAGCTGTGTCAAAGTGACCTATCCCTGGAC  741
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  889  ACTACTACAAGTGTCACAAGGTGCAGCTTTTAGCAGCCTGGCAAGAGCTGTGTCAAAGTGACCTATCCCTGGAC  962

Query  742  CGGCAGCTTACCGGACTCTATGATGCCTTGCTTGGTGCTTGGCACACACAAATCCAGTGGGCTACACAGGTTTT  815
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  963  CGGCAGCTTACCGGACTCTATGATGCCTTGCTTGGTGCTTGGCACACACAAATCCAGTGGGCTACACAGGTTTT  1036

Query  816  CCAGAAGCCCCACGAGGTGGTAATGGTGCTGCTGATTCAGACCCTGGGGGCCCTCATGCCCTCGCTGCCCTCCT  889
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1037  CCAGAAGCCCCACGAGGTGGTAATGGTGCTGCTGATTCAGACCCTGGGGGCCCTCATGCCCTCGCTGCCCTCCT  1110

Query  890  GCCTCAGCAACGGCGTGGAGAGGGCAGGGCCCGAGCAGGAGCTCACCAGGCTGCTGGAGTTCTACGACGCCACC  963
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1111  GCCTCAGCAACGGCGTGGAGAGGGCAGGGCCCGAGCAGGAGCTCACCAGGCTGCTGGAGTTCTACGACGCCACC  1184

Query  964  GCCCACTTCGCCAAGGGCTTGGAGATGGCACTGCTCCCCCACCTACATGAACACAATCTGGTAAAAGTCACGGA  1037
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1185  GCCCACTTCGCCAAGGGCTTGGAGATGGCACTGCTCCCCCACCTACATGAACACAATCTGGTAAAAGTCACGGA  1258

Query 1038  GCTGGTGGATGCTGTGTATGATCCATACAAACCCTACCAGCTGAAGTATGGCGACATGGAAGAGAGCAACCTCC  1111
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1259  GCTGGTGGATGCTGTGTATGATCCATACAAACCCTACCAGCTGAAGTATGGCGACATGGAAGAGAGCAACCTCC  1332

Query 1112  TCATCCAGATGAGTGCTGTGCCTCTGGAGCATGGGGAAGTGATTGACTGTGTGCAGGAGCTGAGCCACTCCGTG  1185
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1333  TCATCCAGATGAGTGCTGTGCCTCTGGAGCATGGGGAAGTGATTGACTGTGTGCAGGAGCTGAGCCACTCCGTG  1406

Query 1186  AACAAGCTGTTTGGTCTGGCGTCTGCAGCCGTTGACAGATGCGTCAGATTCACCAATGGCCTGGGGACCTGCGG  1259
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1407  AACAAGCTGTTTGGTCTGGCGTCTGCAGCCGTTGACAGATGCGTCAGATTCACCAATGGCCTGGGGACCTGCGG  1480

Query 1260  CCTGTTGTCAGCCCTGAAATCCCTCTTTGCCAAGTATGTGTCTGATTTCACCAGCACTCTCCAGTCCATACGAA  1333
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1481  CCTGTTGTCAGCCCTGAAATCCCTCTTTGCCAAGTATGTGTCTGATTTCACCAGCACTCTCCAGTCCATACGAA  1554

Query 1334  AGAAGTGCAAACTGGACCACATTCCTCCCAACTCCCTCTTCCAGGAAGATTGGACGGCTTTTCAGAACTCCATT  1407
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1555  AGAAGTGCAAACTGGACCACATTCCTCCCAACTCCCTCTTCCAGGAAGATTGGACGGCTTTTCAGAACTCCATT  1628

Query 1408  AGGATAATAGCCACCTGTGGAGAGCTTTTGCGGCATTGTGGGGACTTCGAGCAGCAGCTAGCCAACAGGATTTT  1481
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1629  AGGATAATAGCCACCTGTGGAGAGCTTTTGCGGCATTGTGGGGACTTCGAGCAGCAGCTAGCCAACAGGATTTT  1702

Query 1482  GTCCACAGCTGGGAAGTATCTATCTGATTCCTGCAGCCCCCGGAGCCTGGCTGGTTTTCAGGAGAGCATCTTGA  1555
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1703  GTCCACAGCTGGGAAGTATCTATCTGATTCCTGCAGCCCCCGGAGCCTGGCTGGTTTTCAGGAGAGCATCTTGA  1776

Query 1556  CAGACAAGAAGAACTCTGCCAAGAACCCATGGCAAGAATATAATTACCTCCAGAAAGATAACCCTGCTGAATAT  1629
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1777  CAGACAAGAAGAACTCTGCCAAGAACCCATGGCAAGAATATAATTACCTCCAGAAAGATAACCCTGCTGAATAT  1850

Query 1630  GCCAGTTTAATGGAAATACTTTATACCCTTAAGGAAAAAGGGTCAAGCAACCACAACCTGCTGGCTGCACCTCG  1703
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1851  GCCAGTTTAATGGAAATACTTTATACCCTTAAGGAAAAAGGGTCAAGCAACCACAACCTGCTGGCTGCACCTCG  1924

Query 1704  AGCAGCGCTGACTCGGCTTAACCAGCAGGCCCACCAGCTGGCTTTCGATTCCGTGTTCCTGCGCATCAAACAAC  1777
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1925  AGCAGCGCTGACTCGGCTTAACCAGCAGGCCCACCAGCTGGCTTTCGATTCCGTGTTCCTGCGCATCAAACAAC  1998

Query 1778  AGCTGTTGCTTATTTCGAAGATGGACAGCTGGAATACGGCTGGCATCGGAGAAACCCTCACAGATGAACTGCCC  1851
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1999  AGCTGTTGCTTATTTCGAAGATGGACAGCTGGAATACGGCTGGCATCGGAGAAACCCTCACAGATGAACTGCCC  2072

Query 1852  GCCTTTAGTCTCACCCCTCTCGAGTACATCAGCAACATCGGGCAGTACATCATGTCCCTCCCCCTGAATCTTGA  1925
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2073  GCCTTTAGTCTCACCCCTCTCGAGTACATCAGCAACATCGGGCAGTACATCATGTCCCTCCCCCTGAATCTTGA  2146

Query 1926  GCCATTTGTGACTCAGGAGGACTCTGCCTTAGAGTTGGCATTGCACGCTGGAAAGCTGCCATTTCCTCCTGAGC  1999
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2147  GCCATTTGTGACTCAGGAGGACTCTGCCTTAGAGTTGGCATTGCACGCTGGAAAGCTGCCATTTCCTCCTGAGC  2220

Query 2000  AGGGGGATGAATTGCCCGAGCTGGACAACATGGCTGACAACTGGCTGGGCTCGATCGCCAGAGCCACAATGCAG  2073
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2221  AGGGGGATGAATTGCCCGAGCTGGACAACATGGCTGACAACTGGCTGGGCTCGATCGCCAGAGCCACAATGCAG  2294

Query 2074  ACCTACTGTGATGCGATCCTACAGATCCCTGAGCTGAGCCCACACTCTGCCAAGCAGCTGGCCACTGACATC--  2145
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  
Sbjct 2295  ACCTACTGTGATGCGATCCTACAGATCCCTGAGCTGAGCCCACACTCTGCCAAGCAGCTGGCCACTGACATCGG  2368

Query 2146  --------------------------------------------------------------------------  2145
                                                                                      
Sbjct 2369  TGGGTCCCCACAAGACAGGCGGTGGGAGGGACAGCTCTTGCCTGCTGCATCTGTCAGTTTCTCCTTTGCCCTCC  2442

Query 2146  --------------------------------------------------------------------------  2145
                                                                                      
Sbjct 2443  AGGAATCTCATCCCAAGTCTTCCCTTAGCTTCAGCTGTGGATTTGGCTCTGAAGCTGGTTGAAAATTCAGGTTC  2516

Query 2146  --------------------------------------------------------------------------  2145
                                                                                      
Sbjct 2517  TCCAGGCCCTGCCCCAGAGATTCTGACTTAGCAAGACCGGGCTGAAGCTCAGACATCTATGTTTTCGAAGAGGA  2590

Query 2146  --------------------------------------------------------------------------  2145
                                                                                      
Sbjct 2591  CTTGAGAACCGTTGAGGGGAGCTTCAGTGAGATAAGATTCAGCGAGTCCTGCAGCCTGGCCCCACCTGGCCCGC  2664

Query 2146  --------------------------------------------------------------------------  2145
                                                                                      
Sbjct 2665  TCCATTTGTGCCATAATTCCCAACCAGTGTTTAATGAGCTCTTACTGCATACCAGGCATGCCTGGCGCTGGACC  2738

Query 2146  ----------------------------------------------GACTATCTGATCAACGTGATGGATGCCC  2173
                                                          ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2739  AAGCACTCGCACCCATCGTCTTATGTAATTCCAAACTCCCCTGTGAGACTATCTGATCAACGTGATGGATGCCC  2812

Query 2174  TGGGCCTGCAGCCGTCCCGCACCCTCCAGCACATCGTGACGCTACTGAAGACCAGGCCTGAGGACTATAGACAG  2247
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2813  TGGGCCTGCAGCCGTCCCGCACCCTCCAGCACATCGTGACGCTACTGAAGACCAGGCCTGAGGACTATAGACAG  2886

Query 2248  GTCAGCAAAGGCCTGCCCCGTCGCCTGGCCACCACCGTGGCCACCATGCGGAGTGTGAATTAC-----------  2310
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||           
Sbjct 2887  GTCAGCAAAGGCCTGCCCCGTCGCCTGGCCACCACCGTGGCCACCATGCGGAGTGTGAATTACTGACCCCACCA  2960

Query 2311  --------------------------------------------------------------------------  2310
                                                                                      
Sbjct 2961  CACACCGGACCACCAAGAGAGCCAGGGCTGCTGTTTCGCGACTCACCAGCACAGATTTGCTCAGAAACTCTGCC  3034

Query 2311  --------------------------------------------------------------------------  2310
                                                                                      
Sbjct 3035  CAAGATTGGGCAGAAGTTACTTTAAAAAGACTTGGTTCAGCTGGTCACGGTGGCTCACGCCTGTAATCCCAGCA  3108

Query 2311  --------------------------------------------------------------------------  2310
                                                                                      
Sbjct 3109  CTTTGGGAGGCCAAGCCAGATGGATCATGAAGCCAGGAGTTCGAGACCAGCCTGACCAACATGGTGAAACCCCA  3182

Query 2311  ----  2310
                
Sbjct 3183  TCTC  3186