Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroadEn_05065
• Subject: NM_001331079.1
• Aligned Length: 2607
• Identities: 2565
• Gaps: 42

Alignment

Query    1  ------------------------------------------ATGTCATTTGTCAGAGTGAACCGCTGTGGTCC  32
                                                      ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct    1  ATGCGCGTGCGCACCGCTTTCGGGAGCTTTTGCACAGAGCTGATGTCATTTGTCAGAGTGAACCGCTGTGGTCC  74

Query   33  CCGAGTTGGTGTAAGAAAGACACCGAAAGTAAAGAAGAAGAAAACTTCAGTGAAACAAGAATGGGATAATACCG  106
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct   75  CCGAGTTGGTGTAAGAAAGACACCGAAAGTAAAGAAGAAGAAAACTTCAGTGAAACAAGAATGGGATAATACCG  148

Query  107  TGACTGATCTAACCGTTCATCGGGCAACTCCCGAAGATCTGGTACGCCGTCATGAAATACACAAATCGAAGAAT  180
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  149  TGACTGATCTAACCGTTCATCGGGCAACTCCCGAAGATCTGGTACGCCGTCATGAAATACACAAATCGAAGAAT  222

Query  181  AGAGCATTAGTACACTGGGAACTCCAAGAAAAAGCTTTGAAGAGAAAATGGAGGAAGCAGAAACCAGAAACTTT  254
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  223  AGAGCATTAGTACACTGGGAACTCCAAGAAAAAGCTTTGAAGAGAAAATGGAGGAAGCAGAAACCAGAAACTTT  296

Query  255  AAATCTTGAGAAAAGAAGATTGTCTATCATGAAGGAGATTCTTTCTGATCAATACCAGATGCAAGATGTGTTGG  328
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  297  AAATCTTGAGAAAAGAAGATTGTCTATCATGAAGGAGATTCTTTCTGATCAATACCAGATGCAAGATGTGTTGG  370

Query  329  AGAAATCTGATCATCTAATAGCTGCAGCAAAAGAGCTGTTTCCTCGTAGGCGCACAGGGTTTCCAAATGTAACA  402
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  371  AGAAATCTGATCATCTAATAGCTGCAGCAAAAGAGCTGTTTCCTCGTAGGCGCACAGGGTTTCCAAATGTAACA  444

Query  403  GTGGCTCCTGATTCCTCTCAGGGTCCCATTGTGGTAAATCAAGACCCTATCACCCAATCTATCTTTAATGAGTC  476
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  445  GTGGCTCCTGATTCCTCTCAGGGTCCCATTGTGGTAAATCAAGACCCTATCACCCAATCTATCTTTAATGAGTC  518

Query  477  TGTCATAGAACCTCAGGCTCTTAATGATGTAGATGGTGAAGAAGAAGGAACTGTTAATAGCCAGTCAGGAGAAA  550
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  519  TGTCATAGAACCTCAGGCTCTTAATGATGTAGATGGTGAAGAAGAAGGAACTGTTAATAGCCAGTCAGGAGAAA  592

Query  551  GTGAGAATGAGAATGAGTTGGATAACTCTCTAAACTCTCAGTCTAACACGAATACAGACAGGTTTCTCCAACAA  624
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  593  GTGAGAATGAGAATGAGTTGGATAACTCTCTAAACTCTCAGTCTAACACGAATACAGACAGGTTTCTCCAACAA  666

Query  625  CTAACAGAAGAGAATTTTGAGTTAATTAGTAAGTTGTGGACTGACATTCAGCAGAAAATAGCAACCCAGTCACA  698
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  667  CTAACAGAAGAGAATTTTGAGTTAATTAGTAAGTTGTGGACTGACATTCAGCAGAAAATAGCAACCCAGTCACA  740

Query  699  AATAACTCCTCCAGGAACGCCATCATCTGCTCTTTCATCAGGGGAGCAAAGAGCTGCTCTGAATGCTACCAATG  772
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  741  AATAACTCCTCCAGGAACGCCATCATCTGCTCTTTCATCAGGGGAGCAAAGAGCTGCTCTGAATGCTACCAATG  814

Query  773  CTGTCAAGAGACTCCAAACCAGGCTTCAGCCTGAAGAATCTACTGAGACTCTAGACTCAAGCTACGTTGTGGGA  846
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  815  CTGTCAAGAGACTCCAAACCAGGCTTCAGCCTGAAGAATCTACTGAGACTCTAGACTCAAGCTACGTTGTGGGA  888

Query  847  CACGTGCTGAACTCAAGGAAGCAAAAACAGCTGTTAAATAAAGTGAAAAGGAAACCGAATTTGCATGCTCTTTC  920
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  889  CACGTGCTGAACTCAAGGAAGCAAAAACAGCTGTTAAATAAAGTGAAAAGGAAACCGAATTTGCATGCTCTTTC  962

Query  921  CAAGCCGAAGAAAAACATATCATCAGGTAGCACAACCTCTGCAGACTTACCAAATAGGACTAATTCCAACCTGG  994
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  963  CAAGCCGAAGAAAAACATATCATCAGGTAGCACAACCTCTGCAGACTTACCAAATAGGACTAATTCCAACCTGG  1036

Query  995  ATGTCCTCAAACACATGATACATGAAGTGGAACATGAAATGGAAGAATATGAGCGGTGGACAGGTCGCGAGGTC  1068
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1037  ATGTCCTCAAACACATGATACATGAAGTGGAACATGAAATGGAAGAATATGAGCGGTGGACAGGTCGCGAGGTC  1110

Query 1069  AAGGGTCTGCAGAGCAGTCAGGGTCTTACAGGCTTCACTTTGTCGCTGGTGAGCTCCCTCTGTCGCCTGGTTCG  1142
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1111  AAGGGTCTGCAGAGCAGTCAGGGTCTTACAGGCTTCACTTTGTCGCTGGTGAGCTCCCTCTGTCGCCTGGTTCG  1184

Query 1143  GTACCTTAAAGAGAGTGAGATCCAGCTACGTAAAGAAGTAGAGACAAGGCAACAACTGGAACAAGTATTAGGTG  1216
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1185  GTACCTTAAAGAGAGTGAGATCCAGCTACGTAAAGAAGTAGAGACAAGGCAACAACTGGAACAAGTATTAGGTG  1258

Query 1217  ATCATCGAGAGCTCATTGATGCTCTGACAGCTGAAATTCTTCGTCTTAGAGAAGAAAACGCTGCTACACAGGCA  1290
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1259  ATCATCGAGAGCTCATTGATGCTCTGACAGCTGAAATTCTTCGTCTTAGAGAAGAAAACGCTGCTACACAGGCA  1332

Query 1291  AGACTTCAGCAGTACATGGTCACAACAGATGAGCAACTGATATCACTCACACATGCTATTAAGAACTGTCCTGT  1364
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1333  AGACTTCAGCAGTACATGGTCACAACAGATGAGCAACTGATATCACTCACACATGCTATTAAGAACTGTCCTGT  1406

Query 1365  GATAAATAACAGACAAGAAATTCAGGCATCAGAAAGCGGAGCCACAGGTAGAAGAGTTATGGACAGTCCAGAGC  1438
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1407  GATAAATAACAGACAAGAAATTCAGGCATCAGAAAGCGGAGCCACAGGTAGAAGAGTTATGGACAGTCCAGAGC  1480

Query 1439  GTCCAGTTGTAAATGCCAATGTCTCAGTGCCATTGATGTTCAGAGAGGAAGTGGCTGAATTCCCACAGGAAGAG  1512
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1481  GTCCAGTTGTAAATGCCAATGTCTCAGTGCCATTGATGTTCAGAGAGGAAGTGGCTGAATTCCCACAGGAAGAG  1554

Query 1513  TTGCCCGTTAAACTGTCTCAGGTGCCAGACCCTCCAGATAACATGAATCTGGCCAAGAATTTTCCAGCACATAT  1586
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1555  TTGCCCGTTAAACTGTCTCAGGTGCCAGACCCTCCAGATAACATGAATCTGGCCAAGAATTTTCCAGCACATAT  1628

Query 1587  TTTTGAGCCAGCTGTGTTGTTAACACCACCCAGGCAGAAGAGCAACTTAAAATTCTCTCCTCTTCAGGACGTAT  1660
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1629  TTTTGAGCCAGCTGTGTTGTTAACACCACCCAGGCAGAAGAGCAACTTAAAATTCTCTCCTCTTCAGGACGTAT  1702

Query 1661  TGAGAAGGACTGTTCAAACTCGTCCTGCTCCACGACTTCCTCCAACTGTGGAAATAATTGAGAAGGAACAAAAT  1734
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1703  TGAGAAGGACTGTTCAAACTCGTCCTGCTCCACGACTTCCTCCAACTGTGGAAATAATTGAGAAGGAACAAAAT  1776

Query 1735  TGGGAAGAGAAGACCTTACCTATTGATACAGACATTCAGAATTCAAGTGAAGAGAATCGTCTCTTCACTCAGAG  1808
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1777  TGGGAAGAGAAGACCTTACCTATTGATACAGACATTCAGAATTCAAGTGAAGAGAATCGTCTCTTCACTCAGAG  1850

Query 1809  ATGGAGAGTCTCTCACATGGGAGAAGATTTGGAGAACAAAACTCAGGCTCCTTTTGTTAACCTCTCACAGCCCC  1882
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1851  ATGGAGAGTCTCTCACATGGGAGAAGATTTGGAGAACAAAACTCAGGCTCCTTTTGTTAACCTCTCACAGCCCC  1924

Query 1883  TCTGCAATTCCCATTCCAACACTCAACAGTCAAGAAGCCCCACATTCTCAGAAGAGCTCCCAGTACTGGGAGAT  1956
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1925  TCTGCAATTCCCATTCCAACACTCAACAGTCAAGAAGCCCCACATTCTCAGAAGAGCTCCCAGTACTGGGAGAT  1998

Query 1957  GGGCAGCAGCTGAGAACAAATGAGTCATTAATACAAAGAAAGGACATAATGACACGAATTGCTGATTTGACATT  2030
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1999  GGGCAGCAGCTGAGAACAAATGAGTCATTAATACAAAGAAAGGACATAATGACACGAATTGCTGATTTGACATT  2072

Query 2031  GCAGAATTCAGCTATCAAGGCACATATGAATAATATTATTGAGCCCAGAGGAGAGCAAGGGGATGGACTCCGGG  2104
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2073  GCAGAATTCAGCTATCAAGGCACATATGAATAATATTATTGAGCCCAGAGGAGAGCAAGGGGATGGACTCCGGG  2146

Query 2105  AGTTGAACAAACAAGAAAGTGCAAGTGACATGACTTCTACTTTTCCAGTAGCACAGTCTCTAACACCAGGTAGT  2178
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2147  AGTTGAACAAACAAGAAAGTGCAAGTGACATGACTTCTACTTTTCCAGTAGCACAGTCTCTAACACCAGGTAGT  2220

Query 2179  ATGGAGGAACGGATTGCAGAATTGAATCGACAAAGTATGGAGGCTCGTGGAAAACTACTGCAGTTGATAGAGCA  2252
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2221  ATGGAGGAACGGATTGCAGAATTGAATCGACAAAGTATGGAGGCTCGTGGAAAACTACTGCAGTTGATAGAGCA  2294

Query 2253  GCAGAAACTTGTTGGTTTGAATCTTTCTCCACCAATGTCACCTGTTCAGTTACCTCTCAGAGCATGGACTGAAG  2326
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2295  GCAGAAACTTGTTGGTTTGAATCTTTCTCCACCAATGTCACCTGTTCAGTTACCTCTCAGAGCATGGACTGAAG  2368

Query 2327  GAGCAAAGAGGACAATTGAGGTATCTATTCCAGGAGCAGAAGCCCCAGAAAGCTCAAAATGTAGTACTGTCTCT  2400
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2369  GAGCAAAGAGGACAATTGAGGTATCTATTCCAGGAGCAGAAGCCCCAGAAAGCTCAAAATGTAGTACTGTCTCT  2442

Query 2401  CCCGTCAGCGGGATAAATACAAGAAGATCTTCCGGGGCTACTGGTAATTCTTGTTCTCCACTAAATGCCACCTC  2474
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2443  CCCGTCAGCGGGATAAATACAAGAAGATCTTCCGGGGCTACTGGTAATTCTTGTTCTCCACTAAATGCCACCTC  2516

Query 2475  AGGAAGTGGGAGATTCACACCTCTTAATCCAAGAGCAAAGATTGAGAAACAGAATGAAGAAGGCTGGTTTGCTC  2548
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2517  AGGAAGTGGGAGATTCACACCTCTTAATCCAAGAGCAAAGATTGAGAAACAGAATGAAGAAGGCTGGTTTGCTC  2590

Query 2549  TTTCTACCCATGTATCA  2565
            |||||||||||||||||
Sbjct 2591  TTTCTACCCATGTATCA  2607