Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroadEn_05500
• Subject: XM_017010828.1
• Aligned Length: 2838
• Identities: 2712
• Gaps: 126

Alignment

Query    1  ATGGAGAGCTTCCACACCAGATTTAGTGCCTGGACACCTTTTAGCAACAAGTCATTAAATAGACAGCTCTTTCA  74
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct    1  ATGGAGAGCTTCCACACCAGATTTAGTGCCTGGACACCTTTTAGCAACAAGTCATTAAATAGACAGCTCTTTCA  74

Query   75  GGAAAGAGTGGCTCTTATAAGTCATTGGTTTGACCTCTGGACTAACAAGCAACGTCAAGAATTCTTATTCGCAA  148
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct   75  GGAAAGAGTGGCTCTTATAAGTCATTGGTTTGACCTCTGGACTAACAAGCAACGTCAAGAATTCTTATTCGCAA  148

Query  149  TTTTTTTAAGATGCACTAAATCACAATTAAGGTTTGTCCAAGACTGGTTTTCAGAAAGGATGCAAGTGGCCAAA  222
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  149  TTTTTTTAAGATGCACTAAATCACAATTAAGGTTTGTCCAAGACTGGTTTTCAGAAAGGATGCAAGTGGCCAAA  222

Query  223  GTGGACTTCTCTACAGTGTTACCACGCTTCATTTCTCTATATATCTTTTCCTTTTTGAGTCCGAAAGATTTGTG  296
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  223  GTGGACTTCTCTACAGTGTTACCACGCTTCATTTCTCTATATATCTTTTCCTTTTTGAGTCCGAAAGATTTGTG  296

Query  297  TGCCGCTGCCCAAGTCAGCTGGCCCTGGAAGTTTTTAACTGAACAGGATTGCTTATGGATGCCCAAATGCGTTA  370
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  297  TGCCGCTGCCCAAGTCAGCTGGCCCTGGAAGTTTTTAACTGAACAGGATTGCTTATGGATGCCCAAATGCGTTA  370

Query  371  AGTTCGGATGGTTTCTGCCCTATACTCCAACAGATAATGAGTATGGTGCTTGGAAGCGCCATTACATTGCTTGT  444
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  371  AGTTCGGATGGTTTCTGCCCTATACTCCAACAGATAATGAGTATGGTGCTTGGAAGCGCCATTACATTGCTTGT  444

Query  445  GTGTCCCACTTAGACTGGCTGACACCTAGGGAGGCTGCTGCTACTTATGGGACGCTGAATGAACCCAAAACAGA  518
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  445  GTGTCCCACTTAGACTGGCTGACACCTAGGGAGGCTGCTGCTACTTATGGGACGCTGAATGAACCCAAAACAGA  518

Query  519  AGATGAGGAACTACTGGAGAGACAAAGAGAAAAGTGCCTGAGGAAAAGAATTTGGGAGAAAATTGCACTACGTA  592
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  519  AGATGAGGAACTACTGGAGAGACAAAGAGAAAAGTGCCTGAGGAAAAGAATTTGGGAGAAAATTGCACTACGTA  592

Query  593  AGAAGGAGTTATTCAAAGTTCGACCCCCTTGGGTGAGTGGAACTTGCTGCTCTAGCGTGCTAAAGCCCAGATGC  666
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  593  AGAAGGAGTTATTCAAAGTTCGACCCCCTTGGGTGAGTGGAACTTGCTGCTCTAGCGTGCTAAAGCCCAGATGC  666

Query  667  CAACCACGCCTCTCCCAGACTGTAAGGGAGCGAGTGGGATTACATGAAGCTTTGGAGAAACAGCTTGTTTTGAC  740
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  667  CAACCACGCCTCTCCCAGACTGTAAGGGAGCGAGTGGGATTACATGAAGCTTTGGAGAAACAGCTTGTTTTGAC  740

Query  741  ATCGTTAGAAACCTTGCCCAAGCGAAGCAATATTTCTGGAAGCCATTCCTACCCTTTATTATCAAAGAAAAATT  814
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  741  ATCGTTAGAAACCTTGCCCAAGCGAAGCAATATTTCTGGAAGCCATTCCTACCCTTTATTATCAAAGAAAAATT  814

Query  815  GGCATGGAGTTCATAAAAATGATGACAGATCTTCATATGCTCTCCGGCCACACTTCATGTTAATATCATCCCGG  888
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  815  GGCATGGAGTTCATAAAAATGATGACAGATCTTCATATGCTCTCCGGCCACACTTCATGTTAATATCATCCCGG  888

Query  889  ATTCCTGCGTATGAGATGGTGATGGAGAGTGTGAAGGCTGGTGTTGTTTCTGTGGTATATGAACACAGCGTAAC  962
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  889  ATTCCTGCGTATGAGATGGTGATGGAGAGTGTGAAGGCTGGTGTTGTTTCTGTGGTATATGAACACAGCGTAAC  962

Query  963  CTTGGAAAGCCTTCTGTATCTTATAGAAAAAGCTCTGGATGGGCAGAAGGCACAGAGCATCGGAATATTTAGCG  1036
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  963  CTTGGAAAGCCTTCTGTATCTTATAGAAAAAGCTCTGGATGGGCAGAAGGCACAGAGCATCGGAATATTTAGCG  1036

Query 1037  ATGGAGACAGCAGAGAAATCAATTTACTCCAAGGCTATAAAATTGGTGTTAAAAATTTACTGAGGCCTGAAGTG  1110
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1037  ATGGAGACAGCAGAGAAATCAATTTACTCCAAGGCTATAAAATTGGTGTTAAAAATTTACTGAGGCCTGAAGTG  1110

Query 1111  AGAGATTTCTGGGAGAAATTAGGAAGCTATGTGGCCACTGAAGAAGAAGGGGGTCACGTGGACTTCTTCGTGCC  1184
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1111  AGAGATTTCTGGGAGAAATTAGGAAGCTATGTGGCCACTGAAGAAGAAGGGGGTCACGTGGACTTCTTCGTGCC  1184

Query 1185  CCTTGGAGCATCAGAGGCAGGAATTGAAGTTCTTTCCCAGCTGTCTCAACTAACTGGCACGTTCTTTACGGCCC  1258
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1185  CCTTGGAGCATCAGAGGCAGGAATTGAAGTTCTTTCCCAGCTGTCTCAACTAACTGGCACGTTCTTTACGGCCC  1258

Query 1259  CCACTGGGATTGCAACTGGCTCTTACCAGCACATTCTTAGTGATTGGCTGGGATCCCAATGGGGAAAGGCCCCC  1332
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1259  CCACTGGGATTGCAACTGGCTCTTACCAGCACATTCTTAGTGATTGGCTGGGATCCCAATGGGGAAAGGCCCCC  1332

Query 1333  TCTTCCATCTACTTCTGCGAATCGAAGCTACAGACGTGGTCCAGCTTCACAGACTTCCTAGAAGAAACCTTGAA  1406
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1333  TCTTCCATCTACTTCTGCGAATCGAAGCTACAGACGTGGTCCAGCTTCACAGACTTCCTAGAAGAAACCTTGAA  1406

Query 1407  AACAGTAAGGAAGCAGCTGTATCCTTTCTTCAAGGAACTGCAGAAGAGCATCAGTGGCAGGATGATAGGGCAGT  1480
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1407  AACAGTAAGGAAGCAGCTGTATCCTTTCTTCAAGGAACTGCAGAAGAGCATCAGTGGCAGGATGATAGGGCAGT  1480

Query 1481  TTATGTTTGACACCATGGGTATGACCAACATTCTAAACAACCAAGATACTGCGCAAGCTCTGGCAGATGGATTG  1554
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1481  TTATGTTTGACACCATGGGTATGACCAACATTCTAAACAACCAAGATACTGCGCAAGCTCTGGCAGATGGATTG  1554

Query 1555  ATGGAGTTGTCAAAAGAAGATTCT--------------------------------------------------  1578
            ||||||||||||||||||||||||                                                  
Sbjct 1555  ATGGAGTTGTCAAAAGAAGATTCTGACAAACCTCTGGAATTTTTGTCGTATTTTCTGCTGAAGAAATGTGGCAA  1628

Query 1579  --------------------------------------------------------------------------  1578
                                                                                      
Sbjct 1629  AAAGATCAAAGATGTTGAAGGAAATGTTATTCCAACAAAATGTGACCCAAAGACAACATTCAGTTTATTCATGA  1702

Query 1579  --GAAAGAAATGTTGTAGAAGACAATTCTTGGGACACAAAGTCCAGGCTCAGCAAAAATGATTTAAATTTTGAA  1650
              ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1703  AGGAAAGAAATGTTGTAGAAGACAATTCTTGGGACACAAAGTCCAGGCTCAGCAAAAATGATTTAAATTTTGAA  1776

Query 1651  GCACTGATTAATCTGGAGAGAATACTCCAGAAGGACTCAGCAGAAAAGCGAGCTAGAGTTGTCAGAGAACTCTT  1724
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1777  GCACTGATTAATCTGGAGAGAATACTCCAGAAGGACTCAGCAGAAAAGCGAGCTAGAGTTGTCAGAGAACTCTT  1850

Query 1725  ACAGAGTGAGAGAAAATACGTGCAGATACTGGAAATTGTGAGAGATGTTTATGTCGCACCACTGAAAGCAGCAT  1798
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1851  ACAGAGTGAGAGAAAATACGTGCAGATACTGGAAATTGTGAGAGATGTTTATGTCGCACCACTGAAAGCAGCAT  1924

Query 1799  TGTCATCAAACAGAGCGATTCTGAGTGCTGCCAATATCCAGATCATTTTCTGTGACATTCTACAGATTTTAAGT  1872
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1925  TGTCATCAAACAGAGCGATTCTGAGTGCTGCCAATATCCAGATCATTTTCTGTGACATTCTACAGATTTTAAGT  1998

Query 1873  CTCAACAGGCAGTTTCTAGATAACCTGAGAGACAGACTGCAGGAATGGGGCCCAGCTCACTGTGTGGGAGAAAT  1946
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1999  CTCAACAGGCAGTTTCTAGATAACCTGAGAGACAGACTGCAGGAATGGGGCCCAGCTCACTGTGTGGGAGAAAT  2072

Query 1947  AGTCACGAAGTTTGGAAGCCAGTTAAACACATATACCAATTTCTTCAACAATTACCCTGTCATTCTGAAAACTA  2020
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2073  AGTCACGAAGTTTGGAAGCCAGTTAAACACATATACCAATTTCTTCAACAATTACCCTGTCATTCTGAAAACTA  2146

Query 2021  TTGAGAAGTGCAGAGAAATGATACCAGCATTCCGAACTTTCCTGAAGAGGCATGATAAGACCATTGTTACCAAA  2094
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2147  TTGAGAAGTGCAGAGAAATGATACCAGCATTCCGAACTTTCCTGAAGAGGCATGATAAGACCATTGTTACCAAA  2220

Query 2095  ATGCTGAGCCTGCCAGAGCTGCTGCTGTACCCATCCCGAAGATTTGAAGAATACCTTAATCTTCTCTACGCTGT  2168
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2221  ATGCTGAGCCTGCCAGAGCTGCTGCTGTACCCATCCCGAAGATTTGAAGAATACCTTAATCTTCTCTACGCTGT  2294

Query 2169  CAGGCTTCATACCCCTGCAGAGCATGTTGACCGTGGGGACTTGACCACTGCAATTGACCAAATCAAAAAATATA  2242
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2295  CAGGCTTCATACCCCTGCAGAGCATGTTGACCGTGGGGACTTGACCACTGCAATTGACCAAATCAAAAAATATA  2368

Query 2243  AAGGTTATATAGATCAGATGAAGCAAAACATCACTATGAAGGATCATCTGTCAGATATACAGAGAATCATCTGG  2316
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2369  AAGGTTATATAGATCAGATGAAGCAAAACATCACTATGAAGGATCATCTGTCAGATATACAGAGAATCATCTGG  2442

Query 2317  GGATGCCCTACTCTATCAGAAGTAAACAGATATCTGATTAGGGTACAAGATGTAGCCCAACTTCATTGCTGTGA  2390
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2443  GGATGCCCTACTCTATCAGAAGTAAACAGATATCTGATTAGGGTACAAGATGTAGCCCAACTTCATTGCTGTGA  2516

Query 2391  TGAAGAAATAAGTTTCTCTTTAAGGCTCTATGAACACATCCATGATCTCAGCCTTTTCCTCTTCAATGATGCCC  2464
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2517  TGAAGAAATAAGTTTCTCTTTAAGGCTCTATGAACACATCCATGATCTCAGCCTTTTCCTCTTCAATGATGCCC  2590

Query 2465  TGCTCGTTTCTAGTCGGGGCACATCTCACACTCCATTTGAGAGGACTTCAAAAACAACCTACCAGTTCATTGCA  2538
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2591  TGCTCGTTTCTAGTCGGGGCACATCTCACACTCCATTTGAGAGGACTTCAAAAACAACCTACCAGTTCATTGCA  2664

Query 2539  TCAGTGGCCCTTCATCGGTTACTCATAGAAAATATTCCAGATTCCAAGTATGTCAAGAATGCATTTATTCTTCA  2612
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2665  TCAGTGGCCCTTCATCGGTTACTCATAGAAAATATTCCAGATTCCAAGTATGTCAAGAATGCATTTATTCTTCA  2738

Query 2613  GGGTCCAAAATATAAATGGATTTGTGCTACAGAAATAGAGGATGATAAGTTCCTATGGCTGTCAGTACTTCGAA  2686
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2739  GGGTCCAAAATATAAATGGATTTGTGCTACAGAAATAGAGGATGATAAGTTCCTATGGCTGTCAGTACTTCGAA  2812

Query 2687  ATGCAATCAAAAGCAGTATGGAGAAG  2712
            ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2813  ATGCAATCAAAAGCAGTATGGAGAAG  2838