Nucleotide Global Alignment
Description
- Query:
- ccsbBroadEn_05864
- Subject:
- NM_001290469.1
- Aligned Length:
- 3120
- Identities:
- 2481
- Gaps:
- 141
Alignment
Query 1 ATGGGCCGTGGGGCTGGCCGTGAGTACTCACCTGCCGCCACCACGGCAGAGAATGGGGG----------CGGCA 64
||||||| .|.||
Sbjct 1 ----------------------------------------------------ATGGGGGACAAAAAAGATGACA 22
Query 65 AG---------AAGAAACAG-AAGGAGAA---------GGAACTGGATGAGCTGAAGAAGGAGGTGGCAATGGA 119
|| ||| ||.|| ||||..|| |||.||||||||.||.||||||||.|||||.|||..
Sbjct 23 AGAGCTCGCCCAAG-AAGAGCAAGGCCAAAGAGCGCCGGGACCTGGATGACCTCAAGAAGGAAGTGGCTATGAC 95
Query 120 TGACCACAAGCTGTCCTTGGATGAGCTGGGCCGCAAATACCA-AGTGGACCT--GTCCAAGGGCCTCACCAAC- 189
.||.||||||.||||..|.||.|||.|..||||.||||||.| |.|| .|| ||.| ||||.||.|| ||
Sbjct 96 AGAGCACAAGATGTCAGTAGAAGAGGTCTGCCGGAAATACAATACTG--ACTGCGTGC-AGGGTCTGAC--ACA 164
Query 190 CAG-CGGGCTCAGGACGTTCTGGCTCGAGATGGGCCCAACGCCCTCACACCACCTCCCACAACCCCTGAGTGGG 262
||| ...||.|||||..|.||.||.||.||||||||.|||||||||||||||||.|||||.|||||.||.||||
Sbjct 165 CAGTAAAGCCCAGGAGATCCTAGCCCGGGATGGGCCTAACGCCCTCACACCACCGCCCACCACCCCAGAATGGG 238
Query 263 TCAAGTTCTGCCGTCAGCTTTTCGGGGGGTTCTCCATCCTGCTGTGGATTGGGGCTATCCTCTGCTTCCTGGCC 336
|||||||||||||.|||||.||.||.||.|||||.||||||||||||||.|||||.|||||.||||||||||||
Sbjct 239 TCAAGTTCTGCCGGCAGCTGTTTGGTGGCTTCTCTATCCTGCTGTGGATCGGGGCAATCCTTTGCTTCCTGGCC 312
Query 337 TACGGCATCCAGGCTGCCATGGAGGATGAACCATCCAACGACAATCTATATCTGGGTGTGGTGCTGGCAGCTGT 410
||.|||||||||||.|..|.|||||||||.||.|||...||||||||.||.|||||..|.||||||||.||.||
Sbjct 313 TATGGCATCCAGGCAGGGACGGAGGATGACCCTTCCGGTGACAATCTGTACCTGGGCATAGTGCTGGCCGCAGT 386
Query 411 GGTCATTGTCACTGGCTGCTTCTCCTACTACCAGGAGGCCAAGAGCTCCAAGATCATGGATTCCTTCAAGAACA 484
.||.||..||||.||||||||||||||||||||.||.||||||||.||.|||||||||||.|||||||||||||
Sbjct 387 CGTGATCATCACCGGCTGCTTCTCCTACTACCAAGAAGCCAAGAGTTCTAAGATCATGGAGTCCTTCAAGAACA 460
Query 485 TGGTACCTCAGCAAGCCCTTGTGATCCGGGAGGGAGAGAAGATGCAGATCAACGCAGAGGAAGTGGTGGTGGGA 558
||||.||.|||||||||||||||||||||||.||.||.|||||||||.|.||.||.|||||.||||||||.||.
Sbjct 461 TGGTCCCCCAGCAAGCCCTTGTGATCCGGGAAGGTGAAAAGATGCAGGTGAATGCGGAGGAGGTGGTGGTCGGG 534
Query 559 GACCTGGTGGAGGTGAAGGGTGGAGACCGCGTCCCTGCTGACCTCCGGATCATCTCTTCTCATGGCTGTAAGGT 632
||||||||||||.|.||||||||.|||||.||.||.||||||||.||.||||||||..|.||||||||.|||||
Sbjct 535 GACCTGGTGGAGATCAAGGGTGGTGACCGGGTGCCAGCTGACCTGCGCATCATCTCGGCCCATGGCTGCAAGGT 608
Query 633 GGATAACTCATCCTTAACAGGAGAGTCGGAGCCCCAGACCCGCTCCCCCGAGTTCACCCATGAGAACCCCCTGG 706
|||.|||||.|||.|.||.||.||.||.|||||.||||||||||||||.||.|.|||.||.||.||||||||||
Sbjct 609 GGACAACTCCTCCCTGACTGGCGAATCTGAGCCTCAGACCCGCTCCCCGGACTGCACACACGACAACCCCCTGG 682
Query 707 AGACCCGCAATATCTGTTTCTTCTCCACCAACTGTGTTGAAGGCACTGCCAGGGGCATTGTGATTGCCACAGGA 780
||||.||.||.|||...|||||.|||||||||||.||.||||||||.||..||||..|.|||.|.||||||||.
Sbjct 683 AGACTCGGAACATCACCTTCTTTTCCACCAACTGCGTGGAAGGCACCGCTCGGGGTGTGGTGGTAGCCACAGGT 756
Query 781 GACCGGACGGTGATGGGCCGCATAGCTACTCTCGCCTCAGGCCTGGAGGTTGGGC-GGACACCCATAGCAATGG 853
|||||.||.||.|||||||||||.||.||.||.|||||.|||.|||||| ||||| .|||.|||||.||.||.|
Sbjct 757 GACCGCACCGTCATGGGCCGCATTGCCACCCTGGCCTCGGGCTTGGAGG-TGGGCAAGACGCCCATCGCCATTG 829
Query 854 AGATTGAACACTTCATCCAGCTGATCACAGGGGTCGCTGTATTCCTGGGGGTCTCCTTCTTCGTGCTCTCCCTC 927
|||||||.||.|||||||||||.||.||.||.||.||.||.||||||||.||.|||||||||.|.|||||.|||
Sbjct 830 AGATTGAGCATTTCATCCAGCTCATTACGGGCGTGGCCGTGTTCCTGGGCGTGTCCTTCTTCATCCTCTCTCTC 903
Query 928 ATCCTGGGCTACAGCTGGCTGGAGGCAGTCATCTTCCTCATCGGCATCATAGTGGCCAACGTGCCTGAGGGGCT 1001
||.|||||.||||.||||||.|||||||||||||||||||||||||||||.||||||||.||.||.||||||||
Sbjct 904 ATTCTGGGTTACACCTGGCTCGAGGCAGTCATCTTCCTCATCGGCATCATTGTGGCCAATGTCCCAGAGGGGCT 977
Query 1002 TCTGGCCACTGTCACTGTGTGCCTGACCCTGACAGCCAAGCGCATGGCACGGAAGAACTGCCTGGTGAAGAACC 1075
.|||||.||||||||.|||||.|||||.|||||.||||||||||||||.||.||||||||||||||||||||||
Sbjct 978 GCTGGCTACTGTCACGGTGTGTCTGACGCTGACCGCCAAGCGCATGGCTCGCAAGAACTGCCTGGTGAAGAACC 1051
Query 1076 TGGAGGCGGTGGAGACGCTGGGCTCCACGTCCACCATCTGCTCGGACAAGACGGGCACCCTCACCAAGAACCGC 1149
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||.||||||.||||||||
Sbjct 1052 TGGAGGCGGTGGAGACGCTGGGCTCCACGTCCACCATCTGCTCGGACAAGACCGGCACTCTCACCCAGAACCGC 1125
Query 1150 ATGACCGTCGCCCACATGTGGTTCGACAACCAAATCCATGAGGCTGACACCACCGAAGATCAGTCTGGGGCCAC 1223
|||||||||||||||||||||||.||||||||.|||||.|||||.||||||||.||.||||||||.|||.||.|
Sbjct 1126 ATGACCGTCGCCCACATGTGGTTTGACAACCAGATCCACGAGGCAGACACCACAGAGGATCAGTCAGGGACCTC 1199
Query 1224 TTTTGACAAACGATCCCCTACGTGGACGGCCCTGTCTCGAATTGCTGGTCTCTGCAACCGCGCCGTCTTCAAGG 1297
|||.|||||..|.||.|..||.|||..|||||||||.|..||.||.||.|||||||||||.|||||||||||||
Sbjct 1200 TTTCGACAAGAGCTCACACACCTGGGTGGCCCTGTCCCACATCGCCGGGCTCTGCAACCGGGCCGTCTTCAAGG 1273
Query 1298 CAGGACAGGAGAACATCTCCGTGTCT-AAGCGGGACACAGCTGGTGATGCCTCTGAGTCAGCTCTGCTCAAGTG 1370
..||.|||||.||||||.|.|| .|| |||.|||||...||.|||||||||||.|||||.||.|||||.|||||
Sbjct 1274 GCGGGCAGGACAACATCCCAGT-ACTCAAGAGGGACGTGGCCGGTGATGCCTCCGAGTCTGCCCTGCTTAAGTG 1346
Query 1371 CATTGAGCTCTCCTGTGGCTCAGTGAGGAAA----ATGAGAG-ACAGAAACCCCAAG---GTGGCAGAGATTCC 1436
|||||||||.||||..||.||.|| ||| |||.||| ||.||| |||| |||||.||||||||
Sbjct 1347 CATTGAGCTGTCCTCGGGTTCCGT----AAAGCTGATGCGAGAACGGAA----CAAGAAAGTGGCTGAGATTCC 1412
Query 1437 TTTCAACTCTACCAACAAGTACCAGCTGTCTATCCACGAG--CGAG-------AAGACAGCCCCCAGAGCCACG 1501
.||||||||.||||||||.||||||||.||.|||||.||| .||| |.||||.|| |..||.
Sbjct 1413 GTTCAACTCGACCAACAAATACCAGCTATCCATCCATGAGACTGAGGATCCCAATGACAACC------GGTACC 1480
Query 1502 TGCTGGTGATGAAGGGGGCCCCAGAGCGCATTCTGGACCGGTGCTCCACCATCCTGGTGCAGGGCAAGGAGATC 1575
||||.|||||||||||.|||||.||.||||||||||||||.||..||||||||||..||||||||||||||...
Sbjct 1481 TGCTAGTGATGAAGGGCGCCCCCGAACGCATTCTGGACCGCTGTGCCACCATCCTCCTGCAGGGCAAGGAGCAG 1554
Query 1576 CCGCTCGACAAGGAGATGCAAGATGCCTTTCAAAATGCCTACATGGAGCTGGGGGGACTTGGGGAGCGTGTGCT 1649
||.||.||..||||||||.|.||.|||||.||.|||||||||.|||||||.||.||.||.||.|||||||||||
Sbjct 1555 CCTCTGGATGAGGAGATGAAGGAGGCCTTCCAGAATGCCTACCTGGAGCTTGGTGGCCTGGGCGAGCGTGTGCT 1628
Query 1650 GGGATTCTGTCA--ACTGAATCTGCCATCTGGAA-AGTTTCCTCGGGGCTTCAAATTCGACACGGATGAGCTGA 1720
|||.|||||.|| ||| |.||||| |..|||| ||||.||...||||||....||.|||...|||||..|||
Sbjct 1629 GGGTTTCTGCCATTACT--ACCTGCC-TGAGGAACAGTTCCCCAAGGGCTTTGCCTTTGACTGTGATGACGTGA 1699
Query 1721 ACTTTCCCACGGAGAAGCTTTGCTTTGTGGGGCTCATGTCTATGATTGACCCTCCCCGGGCTGCTGTGCCAGAT 1794
||||..||||.||.||.||||||||||||||.||||||||.||||||||||||||||||||.||.||.||.||.
Sbjct 1700 ACTTCACCACAGACAACCTTTGCTTTGTGGGTCTCATGTCCATGATTGACCCTCCCCGGGCAGCCGTCCCTGAC 1773
Query 1795 GCTGTGGGCAAGTGCCGAAGCGCAGGCATCAAGGTGATCATGGTAACCGGGGATCACCCTATCACAGCCAAGGC 1868
|||||||||||.|||||||||||||||||||||||.||||||||.|||||.||||||||.|||||.||||||||
Sbjct 1774 GCTGTGGGCAAATGCCGAAGCGCAGGCATCAAGGTCATCATGGTCACCGGCGATCACCCCATCACTGCCAAGGC 1847
Query 1869 CATTGCCAAAGGCGTGGGCATCATATCAGAGGGTAACGAGACTGTGGAGGACATTGCAGCCCGGCTCAACATTC 1942
|||||||||.||.|||||.|||||.||.|||||||||||||||||.||.|||||.||.||||||||||||||.|
Sbjct 1848 CATTGCCAAGGGTGTGGGTATCATCTCTGAGGGTAACGAGACTGTCGAAGACATCGCTGCCCGGCTCAACATCC 1921
Query 1943 CCATGAGTCAAGTCAACCCCAGAGAAGCCAAGGCATGCGTGGTGCACGGCTCTGACCTGAAGGACATGACATCG 2016
|..|.||.||.||.||||||||.||.|||||.||.||.|||.|.||||||.|.|||||.||||||.|.||.|||
Sbjct 1922 CTGTCAGCCAGGTGAACCCCAGGGATGCCAAAGCCTGTGTGATTCACGGCACCGACCTCAAGGACTTCACCTCG 1995
Query 2017 GAGCAGCTCGATGAGATCCTCAAGAACCACACAGAGATCGTCTTTGCTCGAACGTCTCCCCAGCAGAAGCTCAT 2090
||||||.|.||.|||||.||..||||||||||.||||||||||||||.|||||.||.||.||||||||||||||
Sbjct 1996 GAGCAGATTGACGAGATTCTGCAGAACCACACCGAGATCGTCTTTGCCCGAACCTCCCCTCAGCAGAAGCTCAT 2069
Query 2091 CATTGTGGAGGGATGTCAGAGGCAGGGAGCCATTGTGGCCGTGACGGGTGACGGGGTGAACGACTCCCCTGCAT 2164
|||.||||||||.||||||||.||||||||.||||||||.|||||.||.||.||.|||||.|||||||||||..
Sbjct 2070 CATCGTGGAGGGCTGTCAGAGACAGGGAGCAATTGTGGCTGTGACTGGCGATGGTGTGAATGACTCCCCTGCTC 2143
Query 2165 TGAAGAAGGCTGACATTGGCATTGCCATGGGCATCTCTGGCTCTGACGTCTCTAAGCAGGCAGCCGACATGATC 2238
||||||||||||||||.||..|.|||||||||||..||||||||||.||||||||||||||.|||||||||||.
Sbjct 2144 TGAAGAAGGCTGACATCGGGGTGGCCATGGGCATTGCTGGCTCTGATGTCTCTAAGCAGGCTGCCGACATGATT 2217
Query 2239 CTGCTGGATGACAACTTTGCCTCCATCGTCACGGGGGTGGAGGAGGGCCGCCTGATCTTTGACAACTTGAAGAA 2312
||||||||||||||||||||.|||||.|||||.||.||||||||.|||||||||||||||||||||.|||||||
Sbjct 2218 CTGCTGGATGACAACTTTGCTTCCATTGTCACTGGTGTGGAGGAAGGCCGCCTGATCTTTGACAACCTGAAGAA 2291
Query 2313 ATCCATCGCCTACACCCTGACCAGCAACATCCCCGAGATCACCCCCTTCCTGCTGTTCATCATTGCCAACATCC 2386
|||||||||||||||.|||||.|||||||||||.||||||||.|||||||||||.||||||||.||.|||||||
Sbjct 2292 ATCCATCGCCTACACTCTGACTAGCAACATCCCTGAGATCACACCCTTCCTGCTCTTCATCATGGCTAACATCC 2365
Query 2387 CCCTACCTCTGGGCACTGTGACCATCCTTTGCATTGACCTGGGCACAGATATGGTCCCTGCCATCTCCTTGGCC 2460
|.||.|||||.|||||..|.||||||||.||||||||||||||.||.||.|||||||||||.||||||.|||||
Sbjct 2366 CACTGCCTCTTGGCACCATCACCATCCTCTGCATTGACCTGGGTACCGACATGGTCCCTGCAATCTCCCTGGCC 2439
Query 2461 TATGAGGCAGCTGAGAGTGATATCATGAAGCGGCAGCCACGAAACTCCCAGACGGACAAGCTGGTGAATGAGAG 2534
||.|||||.||.|||||.||.|||||||||.|||||||..|.|||.|.|..||.|||||.|||||.||.||.||
Sbjct 2440 TACGAGGCTGCCGAGAGCGACATCATGAAGAGGCAGCCCAGGAACCCACGCACAGACAAACTGGTCAACGAAAG 2513
Query 2535 GCTCATCAGCATGGCCTACGGACAGATCGGGATGATCCAGGCACTGGGTGGCTTCTTCACCTACTTTGTGATCC 2608
|||||||||||||||||||||.|||||.||||||||||||||.||.|||||.||||||.||||||||||.||||
Sbjct 2514 GCTCATCAGCATGGCCTACGGGCAGATTGGGATGATCCAGGCCCTCGGTGGTTTCTTCTCCTACTTTGTCATCC 2587
Query 2609 TGGCAGAGAACGGTTTCCTGCCATCACGG----CTACTGGGAATCCGCCTCGACTGGGATGACCGGACCATGAA 2678
|||||||.||.||.|||.|||| ||| ||..||||.|||||.|||.||||||||||.||.||..|.||
Sbjct 2588 TGGCAGAAAATGGCTTCTTGCC----CGGAAACCTGGTGGGCATCCGGCTCAACTGGGATGATCGCACTGTCAA 2657
Query 2679 TGATCTGGAGGACAGCTATGGACAGGAGTGGACCTATGAGCAGCGGAAGGTGGTGGAGTTCACGTGCCACACGG 2752
|||.||.||.|||||.|||||.|||.|||||||.|||||||||.||||||||||.||||||||.||||||||.|
Sbjct 2658 TGACCTAGAAGACAGTTATGGGCAGCAGTGGACTTATGAGCAGAGGAAGGTGGTAGAGTTCACATGCCACACAG 2731
Query 2753 CATTCTTTGCCAGCATCGTGGTGGTGCAGTGGGCTGACCTCATCATCTGCAAGACCCGCCGCAACTCAGTCTTC 2826
|.|||||||..||.|||||||||||.||||||||||||||.|||||||||||||||.|..|.|||||.||||||
Sbjct 2732 CCTTCTTTGTGAGTATCGTGGTGGTCCAGTGGGCTGACCTGATCATCTGCAAGACCAGGAGGAACTCCGTCTTC 2805
Query 2827 CAGCAGGGCATGAAGAACAAGATCCTGATTTTTGGGCTCCTGGAGGAGACGGCGTTGGCTGCCTTTCTCTCTTA 2900
|||||||||||||||||.||||||.||||.||.||..|..|.|||||||||||..|.||||||||.||.||.||
Sbjct 2806 CAGCAGGGCATGAAGAATAAGATCTTGATCTTCGGCTTGTTTGAGGAGACGGCCCTCGCTGCCTTCCTGTCCTA 2879
Query 2901 CTGCCCAGGCATGGGTGTAGCCCTCCGCATGTACCCGCTCAAAGTCACCTGGTGGTTCTGCGCCTTCCCCTACA 2974
||||||||||||||.|||.|||||.|||||||||||.|||||...||.||||||||||||.|||||||||||||
Sbjct 2880 CTGCCCAGGCATGGATGTGGCCCTTCGCATGTACCCTCTCAAGCCCAGCTGGTGGTTCTGTGCCTTCCCCTACA 2953
Query 2975 GCCTCCTCATCTTCATCTATGATGAGGTCCGAAAGCTCATCCTGCGGCGGTATCCTGGTGGCTGGGTGGAGAAG 3048
|..|||||||||||.|||||||||||.|.||.||.|||||||||||..||.|.||.||.||.|||||||||||.
Sbjct 2954 GTTTCCTCATCTTCGTCTATGATGAGATTCGCAAACTCATCCTGCGCAGGAACCCCGGGGGTTGGGTGGAGAAA 3027
Query 3049 GAGACATACTAC 3060
|||||.|||||.
Sbjct 3028 GAGACCTACTAT 3039