Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroadEn_05978
• Subject: NM_001167667.3
• Aligned Length: 2370
• Identities: 1716
• Gaps: 648

Alignment

Query    1  ATGAAAATTACTTGCACATCTTGCATCTGTCCAGTCCTAGTGTGTCTCTGTTTTGTGCAGAGGTGTTATGGAAC  74
            ||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct    1  ATGAAAATTACTAGCACATCTTGCATCTGTCCAGTCCTAGTGTGTCTCTGTTTTGTGCAGAGGTGTTATGGAAC  74

Query   75  TGCTCACCACAGCTCCATCAAGGTGATGAGAAACCAAACCAAACACATTGAAGGTGAAACCGAAGTCCATCATC  148
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct   75  TGCTCACCACAGCTCCATCAAGGTGATGAGAAACCAAACCAAACACATTGAAGGTGAAACCGAAGTCCATCATC  148

Query  149  GTCCCAAAAGGGGATGGGTATGGAATCAGTTCTTTGTTTTAGAAGAACATATGGGACCAGATCCTCAGTATGTT  222
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  149  GTCCCAAAAGGGGATGGGTATGGAATCAGTTCTTTGTTTTAGAAGAACATATGGGACCAGATCCTCAGTATGTT  222

Query  223  GGAAAGCTGCACTCCAATTCTGACAAAGGTGATGGATCTGTCAAGTACATCCTTACTGGAGAGGGTGCTGGGAC  296
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  223  GGAAAGCTGCACTCCAATTCTGACAAAGGTGATGGATCTGTCAAGTACATCCTTACTGGAGAGGGTGCTGGGAC  296

Query  297  TATATTTATCATTGACGATACCACGGGTGATATCCACTCAACAAAAAGCCTAGACAGAGAGCAGAAGACCCACT  370
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  297  TATATTTATCATTGACGATACCACGGGTGATATCCACTCAACAAAAAGCCTAGACAGAGAGCAGAAGACCCACT  370

Query  371  ATGTGCTTCATGCTCAAGCTATTGATAGACGTACAAACAAACCTCTTGAGCCTGAATCCGAGTTCATCATCAAA  444
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  371  ATGTGCTTCATGCTCAAGCTATTGATAGACGTACAAACAAACCTCTTGAGCCTGAATCCGAGTTCATCATCAAA  444

Query  445  GTGCAAGACATCAATGACAACGCTCCAAAATTCACAGATGGACCATACATTGTTACTGTGCCTGAAATGTCAGA  518
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  445  GTGCAAGACATCAATGACAACGCTCCAAAATTCACAGATGGACCATACATTGTTACTGTGCCTGAAATGTCAGA  518

Query  519  TATGGGTACCTCTGTTCTACAGGTGACAGCTACTGATGCAGATGACCCTACCTATGGAAACAGCGCTCGGGTGG  592
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  519  TATGGGTACCTCTGTTCTACAGGTGACAGCTACTGATGCAGATGACCCTACCTATGGAAACAGCGCTCGGGTGG  592

Query  593  TTTACAGCATTCTCCAGGGACAACCCTACTTCTCCGTCGACCCTAAAACAGGAGTTATTAGAACGGCCTTACAT  666
            ||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  593  TTTACAGCATTCTCCAAGGACAACCCTACTTCTCCGTCGACCCTAAAACAGGAGTTATTAGAACGGCCTTACAT  666

Query  667  AACATGGACGGAGAAGCCAGAGAACATTACTCCGTAGTCATTCAAGCCAAAGACATGGCTGGGCAAGTTGGAGG  740
            |||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  667  AACATGGACAGAGAAGCCAGAGAACATTACTCCGTAGTCATTCAAGCCAAAGACATGGCTGGGCAAGTTGGAGG  740

Query  741  GCTTTCAGGATCTACAACAGTCAACATCACCTTAACCGATGTCAATGACAACACACCACGCTTTCCTCAAAAAC  814
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||
Sbjct  741  GCTTTCAGGATCTACAACAGTCAACATCACCTTAACCGATGTCAATGACAACCCACCACGCTTTCCTCAAAAAC  814

Query  815  ACTATCAGCTATATGTTCCTGAGTCAGCTCAAGTTGGTTCAGCTGTTGGGAAAATCAAGGCAAATGATGCTGAC  888
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  815  ACTATCAGCTATATGTTCCTGAGTCAGCTCAAGTTGGTTCAGCTGTTGGGAAAATCAAGGCAAATGATGCTGAC  888

Query  889  ACTGGCTCAAATGCTGACATGACCTACTCCATCATAAATGGTGATGGCATGGGAATATTCTCAATCTCCACTGA  962
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  889  ACTGGCTCAAATGCTGACATGACCTACTCCATCATAAATGGTGATGGCATGGGAATATTCTCAATCTCCACTGA  962

Query  963  CAAAGAGACCAGAGAAGGAATCCTTTCTTTAAAGAAGCCACTGAACTATGAGAAAAAGAAGTCATATACCCTCA  1036
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  963  CAAAGAGACCAGAGAAGGAATCCTTTCTTTAAAGAAGCCACTGAACTATGAGAAAAAGAAGTCATATACCCTCA  1036

Query 1037  ACATAGAAGGAGCAAATACACATCTTGATTTTCGCTTTTCTCACTTGGGTCCTTTTAAAGATGCTACTATGCTG  1110
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1037  ACATAGAAGGAGCAAATACACATCTTGATTTTCGCTTTTCTCACTTGGGTCCTTTTAAAGATGCTACTATGCTG  1110

Query 1111  AAGATCATTGTTGGGGATGTAGATGAACCACCACTATTTTCCATGCCTTCCTACCTCATGGAAGTCTACGAAAA  1184
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1111  AAGATCATTGTTGGGGATGTAGATGAACCACCACTATTTTCCATGCCTTCCTACCTCATGGAAGTCTACGAAAA  1184

Query 1185  TGCCAAGATTGGGACCGTCGTTGGTACAGTTTTGGCACAAGATCCTGACAGTATTAACAGCTTAGTAAGATACT  1258
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||
Sbjct 1185  TGCCAAGATTGGGACCGTCGTTGGTACAGTTTTGGCACAAGATCCTGACAGTACTAACAGCTTAGTAAGATACT  1258

Query 1259  TCATCAACTACAATGTTGAAGACGACAGATTTTTCAACATTGATGCCAATACTGGGACCATTAGGACTACAAAG  1332
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1259  TCATCAACTACAATGTTGAAGACGACAGATTTTTCAACATTGATGCCAATACTGGGACCATTAGGACTACAAAG  1332

Query 1333  GTTCTCGACAGAGAAGAAACTCCATGGTACAACATCACAGTCACTGCTTCAGAAATTGATAATCCTGATTTGCT  1406
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1333  GTTCTCGACAGAGAAGAAACTCCATGGTACAACATCACAGTCACTGCTTCAGAAATTGATAATCCTGATTTGCT  1406

Query 1407  GAGCCATGTCACAGTGGGTATTAGAGTTCTGGATGTCAATGACAATCCACCCGAACTTGCCAGGGAATATGATA  1480
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1407  GAGCCATGTCACAGTGGGTATTAGAGTTCTGGATGTCAATGACAATCCACCCGAACTTGCCAGGGAATATGATA  1480

Query 1481  TTATTGTATGTGAAAATTCTAAGCCTGGCCAGGTTATTCATACCATCAGTGCCACTGATAAAGATGATTTTGCC  1554
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1481  TTATTGTATGTGAAAATTCTAAGCCTGGCCAGGTTATTCATACCATCAGTGCCACTGATAAAGATGATTTTGCC  1554

Query 1555  AATGGACCAAGGTTTAACTTCTTTCTTGATGAGCGCCTGCCTGTAAATCCAAACTTCACTCTGAAGGACAATGA  1628
            ||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1555  AATGGACCAAGGTTTAACTTCTTTCTTGATGAACGCCTGCCTGTAAATCCAAACTTCACTCTGAAGGACAATGA  1628

Query 1629  AGATAACACAGCCAGCATTCTGACAAGGCGGAGGAGATTTAGTCGAACTGTTCAGGATGTGTATTATCTGCCCA  1702
                                                                                      
Sbjct 1629  --------------------------------------------------------------------------  1628

Query 1703  TTATGATCTCTGATGGTGGAATCCCCTCTCTCAGCAGCAGCAGCACCCTCACCATCAGGGTTTGTGCATGCGAG  1776
                                               |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1629  -----------------------------------AGCAGCAGCACCCTCACCATCAGGGTTTGTGCATGCGAG  1667

Query 1777  AGAGATGGGCGTGTGCGGACCTGCCATGCAGAAGCCTTCCTGTCCTCGGCTGGTTTGAGTACAGGAGCCTTAAT  1850
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||                   
Sbjct 1668  AGAGATGGGCGTGTGCGGACCTGCCATGCAGAAGCCTTCCTGTCCTCGGCTGGTT-------------------  1722

Query 1851  CGCTATTCTTCTCTGTGTTCTCATTCTCCTGGCAATTGTGGTACTTTTTATCACCCTGAGGCGCAGCAAAAAAG  1924
                                                                                      
Sbjct 1723  --------------------------------------------------------------------------  1722

Query 1925  AGCCCTTGATCATTTCAGAAGAGGATGTACGGGAGAACGTGGTCACCTATGATGATGAAGGAGGCGGAGAGGAA  1998
                                                                                      
Sbjct 1723  --------------------------------------------------------------------------  1722

Query 1999  GACACAGGGGCCTTTGACATCACAGCCTTGAGGAATCCTTCTGCTGCTGAGGAGCTCAAGTACCGGAGGGATAT  2072
                                                                                      
Sbjct 1723  --------------------------------------------------------------------------  1722

Query 2073  CAGACCTGAAGTGAAGCTCACTCCCAGACACCAGACATCATCCACCCTGGAAAGCATAGATGTTCAGGAATTTA  2146
                                                                                      
Sbjct 1723  --------------------------------------------------------------------------  1722

Query 2147  TTAAGCAAAGACTGGCAGAAGCAGACCTAGACCCTAGCGTTCCCCCTTATGACTCTCTTCAGACTTATGCCTAT  2220
                                                                                      
Sbjct 1723  --------------------------------------------------------------------------  1722

Query 2221  GAGGGTCAGAGATCAGAAGCTGGGTCTATCAGCTCGCTGGATTCAGCAACGACACAATCAGACCAGGATTATCA  2294
                                                                                      
Sbjct 1723  --------------------------------------------------------------------------  1722

Query 2295  CTACCTTGGAGACTGGGGACCCGAGTTTAAAAAGTTAGCTGAACTCTATGGAGAAATAGAATCTGAAAGAACAA  2368
                                                                                      
Sbjct 1723  --------------------------------------------------------------------------  1722

Query 2369  CT  2370
              
Sbjct 1723  --  1722