Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroadEn_06073
• Subject: NM_001202855.3
• Aligned Length: 1509
• Identities: 1422
• Gaps: 3

Alignment

Query    1  ATGGATCTCATCCCAAACTTGGCCGTGGAAACCTGGCTTCTCCTGGCTGTCAGCCTGATACTCCTCTATCTATA  74
            ||||.||||||||||.||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||.|.||||||||||||||
Sbjct    1  ATGGCTCTCATCCCAGACTTGGCCATGGAAACCTGGCTTCTCCTGGCTGTCAGCCTGGTGCTCCTCTATCTATA  74

Query   75  TGGAACCCGTACACATGGACTTTTTAAGAAGCTTGGAATTCCAGGGCCCACACCTCTGCCTTTTTTGGGAAATG  148
            ||||||||.|.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.
Sbjct   75  TGGAACCCATTCACATGGACTTTTTAAGAAGCTTGGAATTCCAGGGCCCACACCTCTGCCTTTTTTGGGAAATA  148

Query  149  CTTTGTCCTTCCGTAAGGGCTATTGGACGTTTGACATGGAATGTTATAAAAAGTATAGAAAAGTCTGGGGTATT  222
            .||||||||.||.||||||||.|||.|.||||||||||||||||.|||||||||||.|||||||.|||||..||
Sbjct  149  TTTTGTCCTACCATAAGGGCTTTTGTATGTTTGACATGGAATGTCATAAAAAGTATGGAAAAGTGTGGGGCTTT  222

Query  223  TATGACTGTCAACAGCCTATGCTGGCTATCACAGATCCCGACATGATCAAAACAGTGCTAGTGAAAGAATGTTA  296
            |||||..|||||||||||.|||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  223  TATGATGGTCAACAGCCTGTGCTGGCTATCACAGATCCTGACATGATCAAAACAGTGCTAGTGAAAGAATGTTA  296

Query  297  TTCTGTCTTCACAAACCGGAGGCCTTTCGGGCCAGTGGGATTTATGAAAAATGCCATCTCTATAGCTGAGGATG  370
            |||||||||||||||||||||||||||.||.|||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||
Sbjct  297  TTCTGTCTTCACAAACCGGAGGCCTTTTGGTCCAGTGGGATTTATGAAAAGTGCCATCTCTATAGCTGAGGATG  370

Query  371  AAGAATGGAAGAGAATACGATCATTGCTGTCTCCAACATTCACCAGCGGAAAACTCAAGGAGATGGTCCCTATC  444
            ||||||||||||||.||||||||||||||||||||||.||||||||.|||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  371  AAGAATGGAAGAGATTACGATCATTGCTGTCTCCAACCTTCACCAGTGGAAAACTCAAGGAGATGGTCCCTATC  444

Query  445  ATTGCCCAGTATGGAGATGTGTTGGTGAGAAATCTGAGGCGGGAAGCAGAGACAGGCAAGCCTGTCACCTTGAA  518
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  445  ATTGCCCAGTATGGAGATGTGTTGGTGAGAAATCTGAGGCGGGAAGCAGAGACAGGCAAGCCTGTCACCTTGAA  518

Query  519  ACACGTCTTTGGGGCCTACAGCATGGATGTGATCACTAGCACATCATTTGGAGTGAGCATCGACTCTCTCAACA  592
            |.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||
Sbjct  519  AGACGTCTTTGGGGCCTACAGCATGGATGTGATCACTAGCACATCATTTGGAGTGAACATCGACTCTCTCAACA  592

Query  593  ATCCACAAGACCCCTTTGTGGAAAACACCAAGAAGCTTTTAAGATTTAATCCATTAGATCCATTCGTTCTCTCA  666
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||...||.|||||||||.||||||||
Sbjct  593  ATCCACAAGACCCCTTTGTGGAAAACACCAAGAAGCTTTTAAGATTTGATTTTTTGGATCCATTCTTTCTCTCA  666

Query  667  ATAAAAGTCTTTCCATTCCTTACCCCAATTCTTGAAGCATTAAATATCACTGTGTTTCCAAGAAAAGTTATAAG  740
            ||||   |||||||||||||.|.||||||||||||||.||||||||||..|||||||||||||.||||||.||.
Sbjct  667  ATAA---TCTTTCCATTCCTCATCCCAATTCTTGAAGTATTAAATATCTGTGTGTTTCCAAGAGAAGTTACAAA  737

Query  741  TTTTCTAACAAAATCTGTAAAACAGATAAAAGAAGGTCGCCTCAAAGAGACACAAAAGCACCGAGTGGATTTCC  814
            ||||.|||.|||||||||||||..|||.||||||.||||||||.||||.|||||||||||||||||||||||||
Sbjct  738  TTTTTTAAGAAAATCTGTAAAAAGGATGAAAGAAAGTCGCCTCGAAGATACACAAAAGCACCGAGTGGATTTCC  811

Query  815  TTCAGCTGATGATTGACTCTCAGAATTCAAAAGACTCTGAGACCCACAAAGCTCTGTCTGATCTGGAGCTCATG  888
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||..|||||.||||||||||||||||.||||||||||||.||
Sbjct  812  TTCAGCTGATGATTGACTCTCAGAATTCAAAAGAAACTGAGTCCCACAAAGCTCTGTCCGATCTGGAGCTCGTG  885

Query  889  GCCCAATCAATTATCTTTATTTTTGCTGGCTATGAAACCACGAGCAGTGTTCTCTCTTTCATTATATATGAACT  962
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||.||||||||
Sbjct  886  GCCCAATCAATTATCTTTATTTTTGCTGGCTATGAAACCACGAGCAGTGTTCTCTCCTTCATTATGTATGAACT  959

Query  963  GGCCACTCACCCTGATGTCCAGCAGAAAGTGCAGAAGGAAATTGATACAGTTTTACCCAATAAGGCACCACCCA  1036
            ||||||||||||||||||||||||||||.|||||.|||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  960  GGCCACTCACCCTGATGTCCAGCAGAAACTGCAGGAGGAAATTGATGCAGTTTTACCCAATAAGGCACCACCCA  1033

Query 1037  CCTATGATACTGTGCTACAGTTGGAGTATCTTGACATGGTGGTGAATGAAACACTCAGATTATTCCCAGTTGCT  1110
            ||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||.|||||
Sbjct 1034  CCTATGATACTGTGCTACAGATGGAGTATCTTGACATGGTGGTGAATGAAACGCTCAGATTATTCCCAATTGCT  1107

Query 1111  ATGAGACTTGAGAGGGTCTGCAAAAAAGATGTTGAAATCAATGGGATGTTTATTCCCAAAGGGGTGGTGGTGAT  1184
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||
Sbjct 1108  ATGAGACTTGAGAGGGTCTGCAAAAAAGATGTTGAGATCAATGGGATGTTCATTCCCAAAGGGGTGGTGGTGAT  1181

Query 1185  GATTCCAAGCTATGTTCTTCATCATGACCCAAAGTACTGGACAGAGCCTGAGAAGTTCCTCCCTGAAAGGTTCA  1258
            ||||||||||||||.||||||.|.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||
Sbjct 1182  GATTCCAAGCTATGCTCTTCACCGTGACCCAAAGTACTGGACAGAGCCTGAGAAGTTCCTCCCTGAAAGATTCA  1255

Query 1259  GTAAAAAGAACAAGGACAACATAGATCCTTACATATACACACCCTTTGGAAGTGGACCCAGAAACTGCATTGGC  1332
            |.||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1256  GCAAGAAGAACAAGGACAACATAGATCCTTACATATACACACCCTTTGGAAGTGGACCCAGAAACTGCATTGGC  1329

Query 1333  ATGAGGTTTGCTCTCGTGAACATGAAACTTGCTCTAGTCAGAGTCCTTCAGAACTTCTCCTTCAAACCTTGTAA  1406
            |||||||||||||||.||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1330  ATGAGGTTTGCTCTCATGAACATGAAACTTGCTCTAATCAGAGTCCTTCAGAACTTCTCCTTCAAACCTTGTAA  1403

Query 1407  AGAAACACAGATCCCCCTGAAATTACGCTTTGGAGGACTTCTTCTAACAGAAAAACCCATTGTTCTAAAGGCTG  1480
            |||||||||||||||||||||||||.||||.|||||||||||||.|.|||||||||||.||||||||||||.||
Sbjct 1404  AGAAACACAGATCCCCCTGAAATTAAGCTTAGGAGGACTTCTTCAACCAGAAAAACCCGTTGTTCTAAAGGTTG  1477

Query 1481  AGTCAAGGGATGAGACCGTAAGTGGAGCC  1509
            ||||||||||||..|||||||||||||||
Sbjct 1478  AGTCAAGGGATGGCACCGTAAGTGGAGCC  1506