Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroadEn_06073
• Subject: NM_001291830.2
• Aligned Length: 1523
• Identities: 1306
• Gaps: 61

Alignment

Query    1  ATGGATCTCATCCCAA--ACT--TGGCCGTGGAAACCTGGCTTCTCCTGGCTGTCAGCCTGATACTCCTCTATC  70
            |||          |||  |||  ||   .||||             .|.|||||.|         |..|.||||
Sbjct    1  ATG----------CAATTACTGATG---TTGGA-------------GTTGCTGTTA---------TTATTTATC  39

Query   71  -TATATGGAACCCGTACACATGGACTTTTTAAGAAGCTTGGAATTCCAGGGCCCACACCTCTGCCTTTTTTGGG  143
             |||||||.|||||||||||||||||||||||||..||.|||||||||||||||||||||||||||||.|||||
Sbjct   40  GTATATGGGACCCGTACACATGGACTTTTTAAGAGACTGGGAATTCCAGGGCCCACACCTCTGCCTTTGTTGGG  113

Query  144  AAATGCTTTGTCCTTCCGTAAGGG-CTATTGGACGTTTGACATGGAATGTTATAAAAAGTATAGAAAAGTCTGG  216
            |||||.||||||||..|||.|||| || .||||..|||||||..||.||.||||||||||||.|||||.|.|||
Sbjct  114  AAATGTTTTGTCCTATCGTCAGGGTCT-CTGGAAATTTGACACAGAGTGCTATAAAAAGTATGGAAAAATGTGG  186

Query  217  GGTATTTATGACTGTCAACAGCCTATGCTGGCTATCACAGATCCCGACATGATCAAAACAGTGCTAGTGAAAGA  290
            ||.|..|||||..||||||..|||.|||||||.|||||||||||||||.||||||.||||||||||||||||||
Sbjct  187  GGAACGTATGAAGGTCAACTCCCTGTGCTGGCCATCACAGATCCCGACGTGATCAGAACAGTGCTAGTGAAAGA  260

Query  291  ATGTTATTCTGTCTTCACAAACCGGAGGCCTTTCGGGCCAGTGGGATTTATGAAAAATGCCATCTCTATAGCTG  364
            |||||||||||||||||||||.||.|||.||||.||.|||||||||||||||||||.||||||||||.||||||
Sbjct  261  ATGTTATTCTGTCTTCACAAATCGAAGGTCTTTAGGCCCAGTGGGATTTATGAAAAGTGCCATCTCTTTAGCTG  334

Query  365  AGGATGAAGAATGGAAGAGAATACGATCATTGCTGTCTCCAACATTCACCAGCGGAAAACTCAAGGAGATGGTC  438
            |||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||.||
Sbjct  335  AGGATGAAGAATGGAAGAGAATACGGTCATTGCTGTCTCCAACCTTCACCAGCGGAAAACTCAAGGAGATGTTC  408

Query  439  CCTATCATTGCCCAGTATGGAGATGTGTTGGTGAGAAATCTGAGGCGGGAAGCAGAGACAGGCAAGCCTGTCAC  512
            ||.|||||||||||||||||||||||.|||||||||||..||||||||||||||||||.|||||||||||||||
Sbjct  409  CCCATCATTGCCCAGTATGGAGATGTATTGGTGAGAAACTTGAGGCGGGAAGCAGAGAAAGGCAAGCCTGTCAC  482

Query  513  CTTGAAACACGTCTTTGGGGCCTACAGCATGGATGTGATCACTAGCACATCATTTGGAGTGAGCATCGACTCTC  586
            |||||||.||.||||||||||||||||||||||||||||.|||.||||||||||||||||||.|||||||||||
Sbjct  483  CTTGAAAGACATCTTTGGGGCCTACAGCATGGATGTGATTACTGGCACATCATTTGGAGTGAACATCGACTCTC  556

Query  587  TCAACAATCCACAAGACCCCTTTGTGGAAAACACCAAGAAGCTTTTAAGATTTAATCCATTAGATCCATTCGTT  660
            ||||||||||||||||||||||||||||.|.|||.||||||.|..|||.||||..|...|||||||||||..||
Sbjct  557  TCAACAATCCACAAGACCCCTTTGTGGAGAGCACTAAGAAGTTCCTAAAATTTGGTTTCTTAGATCCATTATTT  630

Query  661  CTCTCAATAAAAGTCTTTCCATTCCTTACCCCAATTCTTGAAGCATTAAATATCACTGTGTTTCCAAGAAAAGT  734
            ||||||||||.|.||||||||||||||||||||.||.||||||||||||||.||.||.|||||||   |||||.
Sbjct  631  CTCTCAATAATACTCTTTCCATTCCTTACCCCAGTTTTTGAAGCATTAAATGTCTCTCTGTTTCC---AAAAGA  701

Query  735  T---ATAAGTTTTCTAACAAAATCTGTAAAACAG-ATAAAAGAAGGTCGCCTCAAAGAGACACAAAAGCACCGA  804
            |   ||||.||||.|||..|||||||| |||||| ||.||..||.||||||||||.||.|.|||||||||||||
Sbjct  702  TACCATAAATTTTTTAAGTAAATCTGT-AAACAGAATGAAGAAAAGTCGCCTCAACGACAAACAAAAGCACCGA  774

Query  805  GTGGATTTCCTTCAGCTGATGATTGACTCTCAGAATTCAAAAGACTCTGAGACCCACAAAGCTCTGTCTGATCT  878
            .|.||||||||||||||||||||||||||.||||||||.|||||..|||||.||||||||||||||||||||||
Sbjct  775  CTAGATTTCCTTCAGCTGATGATTGACTCCCAGAATTCGAAAGAAACTGAGTCCCACAAAGCTCTGTCTGATCT  848

Query  879  GGAGCTCATGGCCCAATCAATTATCTTTATTTTTGCTGGCTATGAAACCACGAGCAGTGTTCTCTCTTTCATTA  952
            |||||||...|||||.|||||.|||||.|||||||||||||||||||||||.|||||||||||.||.||||.|.
Sbjct  849  GGAGCTCGCAGCCCAGTCAATAATCTTCATTTTTGCTGGCTATGAAACCACCAGCAGTGTTCTTTCCTTCACTT  922

Query  953  TATATGAACTGGCCACTCACCCTGATGTCCAGCAGAAAGTGCAGAAGGAAATTGATACAGTTTTACCCAATAAG  1026
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||.|||||.||||||.|||||||.|||||||||
Sbjct  923  TATATGAACTGGCCACTCACCCTGATGTCCAGCAGAAACTGCAAAAGGAGATTGATGCAGTTTTGCCCAATAAG  996

Query 1027  GCACCACCCACCTATGATACTGTGCTACAGTTGGAGTATCTTGACATGGTGGTGAATGAAACACTCAGATTATT  1100
            ||||||||.|||||||||.|.|||.|||||.|||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  997  GCACCACCTACCTATGATGCCGTGGTACAGATGGAGTACCTTGACATGGTGGTGAATGAAACACTCAGATTATT  1070

Query 1101  CCCAGTTGCTATGAGACTTGAGAGGGTCTGCAAAAAAGATGTTGAAATCAATGGGATGTTTATTCCCAAAGGGG  1174
            ||||||||||||.||||||||||||...|||||.|||||||||||||||||||||.|.||.||||||||||||.
Sbjct 1071  CCCAGTTGCTATTAGACTTGAGAGGACTTGCAAGAAAGATGTTGAAATCAATGGGGTATTCATTCCCAAAGGGT  1144

Query 1175  TGGTGGTGATGATTCCAAGCTATGTTCTTCATCATGACCCAAAGTACTGGACAGAGCCTGAGAAGTTCCTCCCT  1248
            ...|||||.|||||||||..||||.||||||.||||||||||||||||||||||||||||||.||||||.||||
Sbjct 1145  CAATGGTGGTGATTCCAACTTATGCTCTTCACCATGACCCAAAGTACTGGACAGAGCCTGAGGAGTTCCGCCCT  1218

Query 1249  GAAAGGTTCAGTAAAAAGAACAAGGACAACATAGATCCTTACATATACACACCCTTTGGAAGTGGACCCAGAAA  1322
            ||||||||||||   |||||.|||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||
Sbjct 1219  GAAAGGTTCAGT---AAGAAGAAGGACAGCATAGATCCTTACATATACACACCCTTTGGAACTGGACCCAGAAA  1289

Query 1323  CTGCATTGGCATGAGGTTTGCTCTCGTGAACATGAAACTTGCTCTAGTCAGAGTCCTTCAGAACTTCTCCTTCA  1396
            |||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1290  CTGCATTGGCATGAGGTTTGCTCTCATGAACATGAAACTTGCTCTAATCAGAGTCCTTCAGAACTTCTCCTTCA  1363

Query 1397  AACCTTGTAAAGAAACACAGATCCCCCTGAAATT----ACGCTTTGGAGGACTTCTTCTAACAGAAAAACCCAT  1466
            ||||||||||||||||||||||||||.|||||||    ||||    .|||||||||||.|.|||||||||||||
Sbjct 1364  AACCTTGTAAAGAAACACAGATCCCCTTGAAATTAGACACGC----AAGGACTTCTTCAACCAGAAAAACCCAT  1433

Query 1467  TGTTCTAAAGGCTGAGTCAAGGGATGAGACCGTAAGTGGAGCC  1509
            |||||||||||..||.|||||.||||..|||.|||||||||..
Sbjct 1434  TGTTCTAAAGGTGGATTCAAGAGATGGAACCCTAAGTGGAGAA  1476