Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroadEn_06169
• Subject: NM_001288629.2
• Aligned Length: 2994
• Identities: 2977
• Gaps: 15

Alignment

Query    1  ATGGTTTTTCAAACTCGGTACCCTTCATGGATTATTTTATGCTACATCTGGCTGCTCCGCTTTGCACACACAGG  74
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct    1  ATGGTTTTTCAAACTCGGTACCCTTCATGGATTATTTTATGCTACATCTGGCTGCTCCGCTTTGCACACACAGG  74

Query   75  GGAGGCGCAGGCTGCGAAGGAAGTACTACTGCTGGATTCTAAAGCACAACAAACAGAGTTGGAGTGGATTTCCT  148
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct   75  GGAGGCGCAGGCTGCGAAGGAAGTACTACTGCTGGATTCTAAAGCACAACAAACAGAGTTGGAGTGGATTTCCT  148

Query  149  CTCCACCCAATGGGTGGGAAGAAATTAGTGGTTTGGATGAGAACTATACCCCGATACGAACATACCAGGTGTGC  222
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  149  CTCCACCCAATGGGTGGGAAGAAATTAGTGGTTTGGATGAGAACTATACCCCGATACGAACATACCAGGTGTGC  222

Query  223  CAAGTCATGGAGCCCAACCAAAACAACTGGCTGCGGACTAACTGGATTTCCAAAGGCAATGCACAAAGGATTTT  296
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  223  CAAGTCATGGAGCCCAACCAAAACAACTGGCTGCGGACTAACTGGATTTCCAAAGGCAATGCACAAAGGATTTT  296

Query  297  TGTAGAATTGAAATTCACCCTGAGGGATTGTAACAGTCTTCCTGGAGTACTGGGAACTTGCAAGGAAACATTTA  370
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  297  TGTAGAATTGAAATTCACCCTGAGGGATTGTAACAGTCTTCCTGGAGTACTGGGAACTTGCAAGGAAACATTTA  370

Query  371  ATTTGTACTATTATGAAACAGACTATGACACTGGCAGGAATATAAGAGAAAACCTCTATGTAAAAATAGACACC  444
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  371  ATTTGTACTATTATGAAACAGACTATGACACTGGCAGGAATATAAGAGAAAACCTCTATGTAAAAATAGACACC  444

Query  445  ATTGCTGCAGATGAAAGTTTTACCCAAGGTGACCTTGGTGAAAGAAAGATGAAGCTTAACACTGAGGTGAGAGA  518
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  445  ATTGCTGCAGATGAAAGTTTTACCCAAGGTGACCTTGGTGAAAGAAAGATGAAGCTTAACACTGAGGTGAGAGA  518

Query  519  GATTGGACCTTTGTCCAAAAAGGGATTCTATCTTGCCTTTCAGGATGTAGGGGCTTGCATAGCTTTGGTTTCTG  592
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  519  GATTGGACCTTTGTCCAAAAAGGGATTCTATCTTGCCTTTCAGGATGTAGGGGCTTGCATAGCTTTGGTTTCTG  592

Query  593  TCAAAGTGTACTACAAGAAGTGCTGGTCCATTATTGAGAACTTAGCTATCTTTCCAGATACAGTGACTGGTTCA  666
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  593  TCAAAGTGTACTACAAGAAGTGCTGGTCCATTATTGAGAACTTAGCTATCTTTCCAGATACAGTGACTGGTTCA  666

Query  667  GAATTTTCCTCTTTAGTCGAGGTTCGAGGGACATGTGTCAGCAGTGCAGAGGAAGAAGCGGAAAACGCCCCCAG  740
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  667  GAATTTTCCTCTTTAGTCGAGGTTCGAGGGACATGTGTCAGCAGTGCAGAGGAAGAAGCGGAAAACGCCCCCAG  740

Query  741  GATGCACTGCAGTGCAGAAGGAGAATGGTTAGTGCCCATTGGAAAATGTATCTGCAAAGCAGGCTACCAGCAAA  814
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  741  GATGCACTGCAGTGCAGAAGGAGAATGGTTAGTGCCCATTGGAAAATGTATCTGCAAAGCAGGCTACCAGCAAA  814

Query  815  AAGGAGACACTTGTGAACCCTGTGGCCGTGGGTTCTACAAGTCTTCCTCTCAAGATCTTCAGTGCTCTCGTTGT  888
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  815  AAGGAGACACTTGTGAACCCTGTGGCCGTGGGTTCTACAAGTCTTCCTCTCAAGATCTTCAGTGCTCTCGTTGT  888

Query  889  CCAACTCACAGTTTTTCTGATAAAGAAGGCTCCTCCAGATGTGAATGTGAAGATGGGTATTACAGGGCTCCATC  962
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  889  CCAACTCACAGTTTTTCTGATAAAGAAGGCTCCTCCAGATGTGAATGTGAAGATGGGTATTACAGGGCTCCATC  962

Query  963  TGACCCACCATACGTTGCATGCACAAGGCCTCCATCTGCACCACAGAACCTCATTTTCAACATCAACCAAACCA  1036
            ||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  963  TGACCCACCATACGTTGCGTGCACAAGGCCTCCATCTGCACCACAGAACCTCATTTTCAACATCAACCAAACCA  1036

Query 1037  CAGTAAGTTTGGAATGGAGTCCTCCTGCAGACAATGGGGGAAGAAACGATGTGACCTACAGAATATTGTGTAAG  1110
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1037  CAGTAAGTTTGGAATGGAGTCCTCCTGCAGACAATGGGGGAAGAAACGATGTGACCTACAGAATATTGTGTAAG  1110

Query 1111  CGGTGCAGTTGGGAGCAGGGCGAATGTGTTCCCTGTGGGAGTAACATTGGATACATGCCCCAGCAGACTGGATT  1184
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1111  CGGTGCAGTTGGGAGCAGGGCGAATGTGTTCCCTGTGGGAGTAACATTGGATACATGCCCCAGCAGACTGGATT  1184

Query 1185  AGAGGATAACTATGTCACTGTCATGGACCTGCTAGCCCACGCTAATTATACTTTTGAAGTTGAAGCTGTAAATG  1258
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1185  AGAGGATAACTATGTCACTGTCATGGACCTGCTAGCCCACGCTAATTATACTTTTGAAGTTGAAGCTGTAAATG  1258

Query 1259  GAGTTTCTGACTTAAGCCGATCCCAGAGGCTCTTTGCTGCTGTCAGTATCACCACTGGTCAAGCAGCTCCCTCG  1332
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1259  GAGTTTCTGACTTAAGCCGATCCCAGAGGCTCTTTGCTGCTGTCAGTATCACCACTGGTCAAGCAGCTCCCTCG  1332

Query 1333  CAAGTGAGCGGAGTAATGAAGGAGAGAGTACTGCAGCGGAGTGTCGAGCTTTCCTGGCAGGAACCAGAGCATCC  1406
            ||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1333  CAAGTGAGTGGAGTAATGAAGGAGAGAGTACTGCAGCGGAGTGTCGAGCTTTCCTGGCAGGAACCAGAGCATCC  1406

Query 1407  CAATGGAGTCATCACAGAATATGAAATCAAGTATTACGAGAAAGATCAAAGGGAACGGACCTACTCAACAGTAA  1480
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1407  CAATGGAGTCATCACAGAATATGAAATCAAGTATTACGAGAAAGATCAAAGGGAACGGACCTACTCAACAGTAA  1480

Query 1481  AAACCAAGTCTACTTCAGCCTCCATTAATAATCTGAAACCAGGAACAGTGTATGTTTTCCAGATTCGGGCTTTT  1554
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1481  AAACCAAGTCTACTTCAGCCTCCATTAATAATCTGAAACCAGGAACAGTGTATGTTTTCCAGATTCGGGCTTTT  1554

Query 1555  ACTGCTGCTGGTTATGGAAATTACAGTCCCAGACTTGATGTTGCTACACTAGAGGAAGCTACAGGTAAAATGTT  1628
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||            
Sbjct 1555  ACTGCTGCTGGTTATGGAAATTACAGTCCCAGACTTGATGTTGCTACACTAGAGGAAGCTAC------------  1616

Query 1629  TGAAGCTACAGCTGTCTCCAGTGAACAGAATCCTGTTATTATCATTGCTGTGGTTGCTGTAGCTGGGACCATCA  1702
               |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1617  ---AGCTACAGCTGTCTCCAGTGAACAGAATCCTGTTATTATCATTGCTGTGGTTGCTGTAGCTGGGACCATCA  1687

Query 1703  TTTTGGTGTTCATGGTCTTTGGCTTCATCATTGGGAGAAGGCACTGTGGTTATAGCAAAGCTGACCAAGAAGGC  1776
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1688  TTTTGGTGTTCATGGTCTTTGGCTTCATCATTGGGAGAAGGCACTGTGGTTATAGCAAAGCTGACCAAGAAGGC  1761

Query 1777  GATGAAGAGCTTTACTTTCATTTTAAATTTCCAGGCACCAAAACCTACATTGACCCTGAAACCTATGAGGACCC  1850
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1762  GATGAAGAGCTTTACTTTCATTTTAAATTTCCAGGCACCAAAACCTACATTGACCCTGAAACCTATGAGGACCC  1835

Query 1851  AAATAGAGCTGTCCATCAATTCGCCAAGGAGCTAGATGCCTCCTGTATTAAAATTGAGCGTGTGATTGGTGCAG  1924
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1836  AAATAGAGCTGTCCATCAATTCGCCAAGGAGCTAGATGCCTCCTGTATTAAAATTGAGCGTGTGATTGGTGCAG  1909

Query 1925  GAGAATTCGGTGAAGTCTGCAGTGGCCGTTTGAAACTTCCAGGGAAAAGAGATGTTGCAGTAGCCATAAAAACC  1998
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1910  GAGAATTCGGTGAAGTCTGCAGTGGCCGTTTGAAACTTCCAGGGAAAAGAGATGTTGCAGTAGCCATAAAAACC  1983

Query 1999  CTGAAAGTTGGTTACACAGAAAAACAAAGGAGAGACTTTTTGTGTGAAGCAAGCATCATGGGGCAGTTTGACCA  2072
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1984  CTGAAAGTTGGTTACACAGAAAAACAAAGGAGAGACTTTTTGTGTGAAGCAAGCATCATGGGGCAGTTTGACCA  2057

Query 2073  CCCGAATGTTGTCCATTTGGAAGGGGTTGTTACAAGAGGGAAACCAGTCATGATAGTAATAGAGTTCATGGAAA  2146
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2058  CCCGAATGTTGTCCATTTGGAAGGGGTTGTTACAAGAGGGAAACCAGTCATGATAGTAATAGAGTTCATGGAAA  2131

Query 2147  ATGGAGCCCTAGATGCATTTCTCAGGAAACATGATGGGCAATTTACAGTCATTCAGTTAGTAGGAATGCTGAGA  2220
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2132  ATGGAGCCCTAGATGCATTTCTCAGGAAACATGATGGGCAATTTACAGTCATTCAGTTAGTAGGAATGCTGAGA  2205

Query 2221  GGAATTGCTGCTGGAATGAGATATTTGGCTGATATGGGATATGTTCACAGGGACCTTGCAGCTCGCAATATTCT  2294
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2206  GGAATTGCTGCTGGAATGAGATATTTGGCTGATATGGGATATGTTCACAGGGACCTTGCAGCTCGCAATATTCT  2279

Query 2295  TGTCAACAGCAATCTCGTTTGTAAAGTGTCAGATTTTGGCCTGTCCCGAGTTATAGAGGATGATCCAGAAGCTG  2368
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2280  TGTCAACAGCAATCTCGTTTGTAAAGTGTCAGATTTTGGCCTGTCCCGAGTTATAGAGGATGATCCAGAAGCTG  2353

Query 2369  TCTATACAACTACTGGTGGAAAAATTCCAGTAAGGTGGACAGCACCCGAAGCCATCCAGTACCGGAAATTCACA  2442
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2354  TCTATACAACTACTGGTGGAAAAATTCCAGTAAGGTGGACAGCACCCGAAGCCATCCAGTACCGGAAATTCACA  2427

Query 2443  TCAGCCAGTGATGTATGGAGCTATGGAATAGTCATGTGGGAAGTTATGTCTTATGGAGAAAGACCTTATTGGGA  2516
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2428  TCAGCCAGTGATGTATGGAGCTATGGAATAGTCATGTGGGAAGTTATGTCTTATGGAGAAAGACCTTATTGGGA  2501

Query 2517  CATGTCAAATCAAGATGTTATAAAAGCAATAGAAGAAGGTTATCGTTTACCAGCACCCATGGACTGCCCAGCTG  2590
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2502  CATGTCAAATCAAGATGTTATAAAAGCAATAGAAGAAGGTTATCGTTTACCAGCACCCATGGACTGCCCAGCTG  2575

Query 2591  GCCTTCACCAGCTAATGTTGGATTGTTGGCAAAAGGAGCGTGCTGAAAGGCCAAAATTTGAACAGATAGTTGGA  2664
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2576  GCCTTCACCAGCTAATGTTGGATTGTTGGCAAAAGGAGCGTGCTGAAAGGCCAAAATTTGAACAGATAGTTGGA  2649

Query 2665  ATTCTAGACAAAATGATTCGAAACCCAAATAGTCTGAAAACTCCCCTGGGAACTTGTAGTAGGCCAATAAGCCC  2738
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2650  ATTCTAGACAAAATGATTCGAAACCCAAATAGTCTGAAAACTCCCCTGGGAACTTGTAGTAGGCCAATAAGCCC  2723

Query 2739  TCTTCTGGATCAAAACACTCCTGATTTCACTACCTTTTGTTCAGTTGGAGAATGGCTACAAGCTATTAAGATGG  2812
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2724  TCTTCTGGATCAAAACACTCCTGATTTCACTACCTTTTGTTCAGTTGGAGAATGGCTACAAGCTATTAAGATGG  2797

Query 2813  AAAGATATAAAGATAATTTCACGGCAGCTGGCTACAATTCCCTTGAATCAGTAGCCAGGATGACTATTGAGGAT  2886
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2798  AAAGATATAAAGATAATTTCACGGCAGCTGGCTACAATTCCCTTGAATCAGTAGCCAGGATGACTATTGAGGAT  2871

Query 2887  GTGATGAGTTTAGGGATCACACTGGTTGGTCATCAAAAGAAAATCATGAGCAGCATTCAGACTATGAGAGCACA  2960
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2872  GTGATGAGTTTAGGGATCACACTGGTTGGTCATCAAAAGAAAATCATGAGCAGCATTCAGACTATGAGAGCACA  2945

Query 2961  AATGCTACATTTACATGGAACTGGCATTCAAGTG  2994
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2946  AATGCTACATTTACATGGAACTGGCATTCAAGTG  2979