Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroadEn_06177
• Subject: XR_001743219.2
• Aligned Length: 2097
• Identities: 1446
• Gaps: 650

Alignment

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct    1  GACACTGGAAGGAACGAGAATAAATACTTAATTACGGACGCACTGAACCGCGGCTGGGACAGACACTTCGGGAA  74

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct   75  CCCGAGGCGGACCGGGCGACGAGATAGTCATTTTTACTTGAAGGAAGCTGCTTCTACTTGGGAGTGGCAGGAGA  148

Query    1  --------------ATGGAAGACTCCCAGGATTTAAATGAACAATCAGTAAAGAAAACGTGCACAGAATCAGAT  60
                          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  149  AGTGAGAAAACCACATGGAAGACTCCCAGGATTTAAATGAACAATCAGTAAAGAAAACGTGCACAGAATCAGAT  222

Query   61  GTTTCACAATCTCAGAATTCCAGGTCTATGGAAATGCAGGACCTAGCAAGTCCTCATACTCTTGTTGGAGGTGG  134
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  223  GTTTCACAATCTCAGAATTCCAGGTCTATGGAAATGCAGGACCTAGCAAGTCCTCATACTCTTGTTGGAGGTGG  296

Query  135  TGATACTCCAGGTAGCTCCAAACTGGAAAAATCTAATCTCAGCAGCACATCAGTTACTACAAATGGGACAGGAG  208
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  297  TGATACTCCAGGTAGCTCCAAACTGGAAAAATCTAATCTCAGCAGCACATCAGTTACTACAAATGGGACAGGAG  370

Query  209  ---------------------------------------------------------------------TGTCT  213
                                                                                 |||||
Sbjct  371  GGGAAAACATGACTGTTTTAAACACAGCAGACTGGTTGCTGAGTTGCAACACCCCCTCTTCTGCAACAATGTCT  444

Query  214  CTTCTTGCAGTCAAAACAGAGCCCTTGAACAGCAGTGAAACCACAGCCACGACTGGAGATGGAGCGCTTGACAC  287
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  445  CTTCTTGCAGTCAAAACAGAGCCCTTGAACAGCAGTGAAACCACAGCCACGACTGGAGATGGAGCGCTTGACAC  518

Query  288  TTTTACTGGGTCAGTAATTACAAGTAGTGGCTACAGCCCCAGATCAGCACATCAGTATTCCCCACAGCTGTATC  361
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  519  TTTTACTGGGTCAGTAATTACAAGTAGTGGCTACAGCCCCAGATCAGCACATCAGTATTCCCCACAGCTGTATC  592

Query  362  CTTCCAAGCCCTATCCACACATTCTTTCTACACCAGCAGCTCAAACAATGTCTGCCTATGCAGGCCAGACTCAG  435
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  593  CTTCCAAGCCCTATCCACACATTCTTTCTACACCAGCAGCTCAAACAATGTCTGCCTATGCAGGCCAGACTCAG  666

Query  436  TATTCGGGGATGCAGCAGCCAGCCGTCTACACAGCCTACTCACAGACAGGACAGCCCTACAGCTTGCCCACTTA  509
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  667  TATTCGGGGATGCAGCAGCCAGCCGTCTACACAGCCTACTCACAGACAGGACAGCCCTACAGCTTGCCCACTTA  740

Query  510  CGATTTGGGTGTGATGTTGCCAGCCATCAAGACAGAGAGTGGACTTTCCCAAACTCAGTCCCCATTACAGAGTG  583
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  741  CGATTTGGGTGTGATGTTGCCAGCCATCAAGACAGAGAGTGGACTTTCCCAAACTCAGTCCCCATTACAGAGTG  814

Query  584  GCTGCCTCAGTTACAGCCCAGGGTTCTCTACCCCACAGCCAGGCCAGACACCTTATTCTTACCAAATGCCAGGT  657
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  815  GCTGCCTCAGTTACAGCCCAGGGTTCTCTACCCCACAGCCAGGCCAGACACCTTATTCTTACCAAATGCCAGGT  888

Query  658  TCTAGTTTTGCACCATCATCTACTATTTATGCAAATAATTCAGTTTCCAATTCAACAAATTTCAGTGGTTCACA  731
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||
Sbjct  889  TCTAGTTTTGCACCATCATCTACTATTTATGCAAATAATTCAGTTTCCAATTCAACGAATTTCAGTGGTTCACA  962

Query  732  ACAGGATTATCCATCCTATACAGCCTTTGGCCAAAACCAGTATGCACAGTATTATTCAGCATCAACGTATGGAG  805
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  963  ACAGGATTATCCATCCTATACAGCCTTTGGCCAAAACCAGTATGCACAGTATTATTCAGCATCAACGTATGGAG  1036

Query  806  CGTATATGACATCGAATAACACAGCCGATGGCACACCCTCTTCAACCTCTACTTATCAGTTGCAGGAATCTCTC  879
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1037  CGTATATGACATCGAATAACACAGCCGATGGCACACCCTCTTCAACCTCTACTTATCAGTTGCAGGAATCTCTC  1110

Query  880  CCAGGACTGACTAACCAA------------------CCAGGAGAGTTCGATACCATGCAGAGTCCCTCCACACC  935
            ||||||||||||||||||                  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1111  CCAGGACTGACTAACCAACCAGGTACAGATCTTCACCCAGGAGAGTTCGATACCATGCAGAGTCCCTCCACACC  1184

Query  936  CATCAAAGATCTTGATGAGAGAACCTGTAGGAGTTCTGGGTCAAAGTCCAGAGGAAGAGGCCGGAAAAATAATC  1009
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1185  CATCAAAGATCTTGATGAGAGAACCTGTAGGAGTTCTGGGTCAAAGTCCAGAGGAAGAGGCCGGAAAAATAATC  1258

Query 1010  CCTCCCCGCCTCCTGATAGTGACCTGGAGCGTGTGTTTGTCTGGGATTTGGATGAAACCATCATTGTTTTTCAC  1083
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1259  CCTCCCCGCCTCCTGATAGTGACCTGGAGCGTGTGTTTGTCTGGGATTTGGATGAAACCATCATTGTTTTTCAC  1332

Query 1084  TCACTGCTCACCGGGTCTTATGCACAGAAGTATGGCAAGGATCCCCCCATGGCTGTAACCCTTGGACTCCGCAT  1157
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1333  TCACTGCTCACCGGGTCTTATGCACAGAAGTATGGCAAGGATCCCCCCATGGCTGTAACCCTTGGACTCCGCAT  1406

Query 1158  GGAAGAAATGATTTTTAATCTTGCTGATACTCATTTGTTTTTTAATGATTTAGAGGAGTGTGATCAAGTTCATA  1231
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1407  GGAAGAAATGATTTTTAATCTTGCTGATACTCATTTGTTTTTTAATGATTTAGAGGAGTGTGATCAAGTTCATA  1480

Query 1232  TAGATGATGTTTCCTCTGATGATAATGGGCAGGACTTAAGTACCTACAGTTTTGCAACTGATGGCTTCCATGCA  1305
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||                                    
Sbjct 1481  TAGATGATGTTTCCTCTGATGATAATGGGCAGGACTTA------------------------------------  1518

Query 1306  GCTGCAAGTAGTGCAAACCTTTGTTTGCCAACAGGTGTAAGAGGAGGGGTTGACTGGATGAGGAAGTTGGCTTT  1379
                                            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1519  --------------------------------AGGTGTAAGAGGAGGGGTTGACTGGATGAGGAAGTTGGCTTT  1560

Query 1380  TCGTTACAGAAGAGTAAAAGAATTATATAACACCTACAAGAACAACGTTGGAGGACTCCTTGGCCCTGCCAAGA  1453
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1561  TCGTTACAGAAGAGTAAAAGAATTATATAACACCTACAAGAACAACGTTGGAGGACTCCTTGGCCCTGCCAAGA  1634

Query 1454  GGGATGCCTGGCTACAGTTAAGGGCAGAGATTGAAGGTCTGACAGATTCCTGGCTAACAAATGCACTTAAGTCT  1527
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||            
Sbjct 1635  GGGATGCCTGGCTACAGTTAAGGGCAGAGATTGAAGGTCTGACAGATTCCTGGCTAACAAAT------------  1696

Query 1528  TTATCAATTATTAGCACTAGGAGTAACTGCATAAATGTCTTGGTAACGACAACTCAACTGATCCCAGCACTTGC  1601
                                                                                      
Sbjct 1697  --------------------------------------------------------------------------  1696

Query 1602  GAAGGTTCTACTCTATAGTTTAGGAGGTGCTTTCCCCATTGAGAATATTTACAGTGCAACTAAAATAGGAAAAG  1675
                                                                                      
Sbjct 1697  --------------------------------------------------------------------------  1696

Query 1676  AAAGTTGCTTTGAACGAATAATGCAAAGGTTTGGCAGAAAAGTAGTGTATGTTGTAATTGGGGATGGTGTAGAA  1749
                                                                                      
Sbjct 1697  --------------------------------------------------------------------------  1696

Query 1750  GAAGAACAGGCAGCAAAAAAGCACAACATGCCCTTCTGGAGGATATCCAGTCACTCAGACCTCCTGGCTCTCCA  1823
                                                                                      
Sbjct 1697  --------------------------------------------------------------------------  1696

Query 1824  CCAAGCACTGGAATTAGAGTATTTG  1848
                                     
Sbjct 1697  -------------------------  1696