Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroadEn_06660
• Subject: NM_001320135.1
• Aligned Length: 2161
• Identities: 1473
• Gaps: 635

Alignment

Query    1  ATGGATGTCTCTCTTTGCCCAGCCAAGTGTAGTTTCTGGCGGATTTTCTTGCTGGGAAGCGTCTGGCTGGACTA  74
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query   75  TGTGGGCTCCGTGCTGGCTTGCCCTGCAAATTGTGTCTGCAGCAAGACTGAGATCAATTGCCGGCGGCCGGACG  148
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query  149  ATGGGAACCTCTTCCCCCTCCTGGAAGGGCAGGATTCAGGGAACAGCAATGGGAACGCCAGTATCAACATCACG  222
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query  223  GACATCTCAAGGAATATCACTTCCATACACATAGAGAACTGGCGCAGTCTTCACACGCTCAACGCCGTGGACAT  296
                                                                                    ||
Sbjct    1  ------------------------------------------------------------------------AT  2

Query  297  GGAGCTCTACACCGGACTTCAAAAGCTGACCATCAAGAACTCAGGACTTCGGAGCATTCAGCCCAGAGCCTTTG  370
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct    3  GGAGCTCTACACCGGACTTCAAAAGCTGACCATCAAGAACTCAGGACTTCGGAGCATTCAGCCCAGAGCCTTTG  76

Query  371  CCAAGAACCCCCATTTGCGTTATATAAACCTGTCAAGTAACCGGCTCACCACACTCTCGTGGCAGCTCTTCCAG  444
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct   77  CCAAGAACCCCCATTTGCGTTATATAAACCTGTCAAGTAACCGGCTCACCACACTCTCGTGGCAGCTCTTCCAG  150

Query  445  ACGCTGAGTCTTCGGGAATTGCAGTTGGAGCAGAACTTTTTCAACTGCAGCTGTGACATCCGCTGGATGCAGCT  518
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  151  ACGCTGAGTCTTCGGGAATTGCAGTTGGAGCAGAACTTTTTCAACTGCAGCTGTGACATCCGCTGGATGCAGCT  224

Query  519  CTGGCAGGAGCAGGGGGAGGCCAAGCTCAACAGCCAGAACCTCTACTGCATCAACGCTGATGGCTCCCAGCTTC  592
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  225  CTGGCAGGAGCAGGGGGAGGCCAAGCTCAACAGCCAGAACCTCTACTGCATCAACGCTGATGGCTCCCAGCTTC  298

Query  593  CTCTCTTCCGCATGAACATCAGTCAGTGTGACCTTCCTGAGATCAGCGTGAGCCACGTCAACCTGACCGTACGA  666
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  299  CTCTCTTCCGCATGAACATCAGTCAGTGTGACCTTCCTGAGATCAGCGTGAGCCACGTCAACCTGACCGTACGA  372

Query  667  GAGGGTGACAATGCTGTTATCACTTGCAATGGCTCTGGATCACCCCTTCCTGATGTGGACTGGATAGTCACTGG  740
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  373  GAGGGTGACAATGCTGTTATCACTTGCAATGGCTCTGGATCACCCCTTCCTGATGTGGACTGGATAGTCACTGG  446

Query  741  GCTGCAGTCCATCAACACTCACCAGACCAATCTGAACTGGACCAATGTTCATGCCATCAACTTGACGCTGGTGA  814
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  447  GCTGCAGTCCATCAACACTCACCAGACCAATCTGAACTGGACCAATGTTCATGCCATCAACTTGACGCTGGTGA  520

Query  815  ATGTGACGAGTGAGGACAATGGCTTCACCCTGACGTGCATTGCAGAGAACGTGGTGGGCATGAGCAATGCCAGT  888
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  521  ATGTGACGAGTGAGGACAATGGCTTCACCCTGACGTGCATTGCAGAGAACGTGGTGGGCATGAGCAATGCCAGT  594

Query  889  GTTGCCCTCACTGTCTACTATCCCCCACGTGTGGTGAGCCTGGAGGAGCCTGAGCTGCGCCTGGAGCACTGCAT  962
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  595  GTTGCCCTCACTGTCTACTATCCCCCACGTGTGGTGAGCCTGGAGGAGCCTGAGCTGCGCCTGGAGCACTGCAT  668

Query  963  CGAGTTTGTGGTGCGTGGCAACCCCCCACCAACGCTGCACTGGCTGCACAATGGGCAGCCTCTGCGGGAGTCCA  1036
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  669  CGAGTTTGTGGTGCGTGGCAACCCCCCACCAACGCTGCACTGGCTGCACAATGGGCAGCCTCTGCGGGAGTCCA  742

Query 1037  AGATCATCCATGTGGAATACTACCAAGAGGGAGAGATTTCCGAGGGCTGCCTGCTCTTCAACAAGCCCACCCAC  1110
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  743  AGATCATCCATGTGGAATACTACCAAGAGGGAGAGATTTCCGAGGGCTGCCTGCTCTTCAACAAGCCCACCCAC  816

Query 1111  TACAACAATGGCAACTATACCCTCATTGCCAAAAACCCACTGGGCACAGCCAACCAGACCATCAATGGCCACTT  1184
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  817  TACAACAATGGCAACTATACCCTCATTGCCAAAAACCCACTGGGCACAGCCAACCAGACCATCAATGGCCACTT  890

Query 1185  CCTCAAGGAGCCCTTTCCAGAGAGCACGGATAACTTTATCTTGTTTGACGAAGTGAGTCCCACACCTCCTATCA  1258
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  891  CCTCAAGGAGCCCTTTCCAGAGAGCACGGATAACTTTATCTTGTTTGACGAAGTGAGTCCCACACCTCCTATCA  964

Query 1259  CTGTGACCCACAAACCAGAAGAAGACACTTTTGGGGTATCCATAGCAGTTGGACTTGCTGCTTTTGCCTGTGTC  1332
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  965  CTGTGACCCACAAACCAGAAGAAGACACTTTTGGGGTATCCATAGCAGTTGGACTTGCTGCTTTTGCCTGTGTC  1038

Query 1333  CTGTTGGTGGTTCTCTTCGTCATGATCAACAAATATGGTCGACGGTCCAAATTTGGAATGAAGGGTCCCGTGGC  1406
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1039  CTGTTGGTGGTTCTCTTCGTCATGATCAACAAATATGGTCGACGGTCCAAATTTGGAATGAAGGGTCCCGTGGC  1112

Query 1407  TGTCATCAGTGGTGAGGAGGACTCAGCCAGCCCACTGCACCACATCAACCACGGCATCACCACGCCCTCGTCAC  1480
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1113  TGTCATCAGTGGTGAGGAGGACTCAGCCAGCCCACTGCACCACATCAACCACGGCATCACCACGCCCTCGTCAC  1186

Query 1481  TGGATGCGGGGCCCGACACTGTGGTCATTGGCATGACTCGCATCCCTGTCATTGAGAACCCCCAGTACTTCCGT  1554
            |||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1187  TGGATGCCGGGCCCGACACTGTGGTCATTGGCATGACTCGCATCCCTGTCATTGAGAACCCCCAGTACTTCCGT  1260

Query 1555  CAGGGACACAACTGCCACAAGCCGGACACG--------------------------------------------  1584
            ||||||||||||||||||||||||||||||                                            
Sbjct 1261  CAGGGACACAACTGCCACAAGCCGGACACGTATGTGCAGCACATTAAGAGGAGAGACATCGTGCTGAAGCGAGA  1334

Query 1585  --TGGGT--------CTTTTCAAA------------------------------------CATAGACAATCATG  1612
              |||||        ||||..|||                                    ||..||||| .|||
Sbjct 1335  ACTGGGTGAGGGAGCCTTTGGAAAGGTCTTCCTGGCCGAGTGCTACAACCTCAGCCCGACCAAGGACAA-GATG  1407

Query 1613  -----GGATATTAA--ACTTGAAGGA---------------------------CAATAGAGA-----------T  1641
                 ||.|.|.||  .|.|||||||                           |.|.||.||           |
Sbjct 1408  CTTGTGGCTGTGAAGGCCCTGAAGGATCCCACCCTGGCTGCCCGGAAGGATTTCCAGAGGGAGGCCGAGCTGCT  1481

Query 1642  CA------------------------TCTAGT--------------------------CCCATCAACTCA----  1661
            ||                        ||.|||                          |||.|||  |||    
Sbjct 1482  CACCAACCTGCAGCATGAGCACATTGTCAAGTTCTATGGAGTGTGCGGCGATGGGGACCCCCTCA--TCATGGT  1553

Query 1662  CTAT--ATATATGA-----GGA-ACCTGA--------------------GGTCCAGA-------------GTGG  1694
            ||.|  |||.||||     ||| ||||||                    ||.|||||             ||||
Sbjct 1554  CTTTGAATACATGAAGCATGGAGACCTGAATAAGTTCCTCAGGGCCCATGGGCCAGATGCAATGATCCTTGTGG  1627

Query 1695  --GG----------------AAGTGT---------CTTACCCAA--GGT-CACATGGTTTCAGAGAAAT-----  1733
              ||                |||.||         ||..|||||  |.| |||||  |..|||..|.||     
Sbjct 1628  ATGGACAGCCACGCCAGGCCAAGGGTGAGCTGGGGCTCTCCCAAATGCTCCACAT--TGCCAGTCAGATCGCCT  1699

Query 1734  ----TATGTTGAATCCAATAAGCCTTCCCGGACATT-----CCAAG-CCTCTTAACCATG--------------  1783
                ||||.||.|.|    ..||||.||.|.||.||     ||.|| |||....||||.|              
Sbjct 1700  CGGGTATGGTGTACC----TGGCCTCCCAGCACTTTGTGCACCGAGACCTGGCCACCAGGAACTGCCTGGTTGG  1769

Query 1784  ---GCATCT-------------------------ATGTTGAG-GATGT------CAATGTTTATTTCAGCAAAG  1822
               |.||||                         ||||..|| |||||      ||..|.|||||.|||    |
Sbjct 1770  AGCGAATCTGCTAGTGAAGATTGGGGACTTCGGCATGTCCAGAGATGTCTACAGCACGGATTATTACAG----G  1839

Query 1823  GACGT-CATGGCTTT  1836
            |..|| || |||.  
Sbjct 1840  GTTGTGCA-GGCA--  1851