Nucleotide Global Alignment
Description
- Query:
- ccsbBroadEn_06700
- Subject:
- NM_001159953.1
- Aligned Length:
- 2129
- Identities:
- 1679
- Gaps:
- 238
Alignment
Query 1 ATGGAGTCGCCAACAAAGGAGATTGAAGAATTTGAGAGCAACTCTCTGAAATACCTGCAACCGGAACAGATCGA 74
||||||||.|||||.|||||.|||||||||||.||||||||||||||||||.||||||||||.||.||||||||
Sbjct 1 ATGGAGTCTCCAACCAAGGAAATTGAAGAATTCGAGAGCAACTCTCTGAAACACCTGCAACCTGAGCAGATCGA 74
Query 75 GAAAATCTGGCTTCGGCTCCGCGGGCTGAGGAAATATAAGAAAACGTCCCAGAGATTACGGTCTTTGGTCAAAC 148
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||.|
Sbjct 75 GAAAATCTGGCTTCGGCTCCGCGGGCTGAGGAAATATAAGAAAACGTCCCAGAGGTTACGGTCTTTGGTCAAGC 148
Query 149 AATTAGAGAGAGGGGAAGCTTCAGTGGTAGATCTTAAGAAGAATTTGGAATATGCAGCCACAGTGCTTGAATCT 222
|||||||..||||.||.||.||.||||||||.||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 149 AATTAGAACGAGGAGAGGCCTCTGTGGTAGACCTTAAGAAGAATCTGGAATATGCAGCCACAGTGCTTGAATCT 222
Query 223 GTGTATATTGATGAAACAAGGAGACTCCTGGATACAGAGGATGAGCTCAGTGACATTCAGTCAGATGCTGTGCC 296
||.||||||||||||||||||.||||.||||||||||||||||||||.|||||||||||.||||||||||||||
Sbjct 223 GTATATATTGATGAAACAAGGCGACTGCTGGATACAGAGGATGAGCTTAGTGACATTCAATCAGATGCTGTGCC 296
Query 297 TTCTGAGGTCCGAGACTGGCTGGCCTCCACCTTCACGCGGCAGATGGGGATGATGCTCAGGAGGAGCGACGAGA 370
|||.||.||.||.||.||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||.|||||.||.||.||||
Sbjct 297 TTCAGAAGTTCGGGATTGGCTGGCCTCCACCTTCACACGGCAGATGGGGATGATGCTTAGGAGAAGTGATGAGA 370
Query 371 AGCCCCGGTTCAAGAGCATCGTTCACGCAGTGCAGGCTGGGATATTTGTGGAGAGAATGTATAGACGGACATCA 444
|||||.||||||||||||||||.||.||.|||||.|||||||||||||||||.||||||||.||||||||||||
Sbjct 371 AGCCCAGGTTCAAGAGCATCGTCCATGCGGTGCAAGCTGGGATATTTGTGGAAAGAATGTACAGACGGACATCA 444
Query 445 AACATGGTTGGACTGAGCTATCCACCAGCTGTTATTGAGGCATTAAAGGATGTGGACAAGTGGTCATTTGACGT 518
|||||||||||.||||||||||||||.|||||.||.||.|||||.|||||||||||.|.||||||.||.||.||
Sbjct 445 AACATGGTTGGGCTGAGCTATCCACCGGCTGTAATCGATGCATTGAAGGATGTGGATACGTGGTCCTTCGATGT 518
Query 519 CTTTTCCCTCAATGAGGCCAGTGGGGATCATGCACTGAAATTTATTTTCTATGAACTACTCACACGTTATGATC 592
||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||.||.||||||||||||.||||||||||||||||.|
Sbjct 519 CTTTTCCCTCAATGAGGCCAGTGGAGATCATGCACTGAAGTTCATTTTCTATGAATTACTCACACGTTATGACC 592
Query 593 TGATCAGCCGTTTCAAGATCCCCATTTCTGCACTTGTCTCATTTGTGGAGGCCCTGGAAGTGGGATACAGCAAG 666
|||||||||||||.|||||.||.||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||.|||||||||
Sbjct 593 TGATCAGCCGTTTTAAGATACCGATTTCTGCACTTGTCTCATTTGTGGAGGCCCTCGAAGTGGGTTACAGCAAG 666
Query 667 CACAAAAATCCTTACCATAACTTAATGCACGCTGCCGATGTTACACAGACAGTGCATTACCTCCTCTATAAGAC 740
|||||||||||||||||||||.|.|||||.||.||.||.||.||||||||.||||||||||||||.||||||||
Sbjct 667 CACAAAAATCCTTACCATAACCTGATGCATGCAGCTGACGTCACACAGACTGTGCATTACCTCCTTTATAAGAC 740
Query 741 AGGAGTGGCGAACTGGCTGACGGAGCTGGAGATCTTTGCTATAATCTTCTCAGCTGCCATCCATGACTACGAGC 814
||||||.||.|||||||||||.|||||||||||||||||.||||||||.||.|||||||||||||||||.||.|
Sbjct 741 AGGAGTAGCAAACTGGCTGACAGAGCTGGAGATCTTTGCAATAATCTTTTCGGCTGCCATCCATGACTATGAAC 814
Query 815 ATACCGGAACCACCAACAATTTCCACATTCAGACTCGGTCTGATCCAGCTATTCTGTATAATGACAGATCTGTA 888
||||.|||||.||.||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||.|||||.||||||||||||||.
Sbjct 815 ATACTGGAACTACAAACAATTTCCACATTCAGACTCGGTCAGATCCAGCTATCCTGTACAATGACAGATCTGTC 888
Query 889 CTGGAGAATCACCATTTAAGTGCAGCTTATCGCCTTCTGCAAGATGACGAGGAAATGAATATTTTGATTAACCT 962
||||||||.|||||..|.||||||||.||.|||||||||||.||.|||||.||.|||||||||.||.|||||||
Sbjct 889 CTGGAGAACCACCACCTGAGTGCAGCCTACCGCCTTCTGCAGGAAGACGAAGAGATGAATATTCTGGTTAACCT 962
Query 963 CTCAAAGGATGACTGGAGGGAGTTTCGAACCTTGGTAATTGAAATGGTGATGGCCACAGATATGTCTTGTCACT 1036
||||||||||||||||||||||||||||||.|||||.|||||.|||||.|||||||||||||||||.|||||.|
Sbjct 963 CTCAAAGGATGACTGGAGGGAGTTTCGAACTTTGGTTATTGAGATGGTAATGGCCACAGATATGTCCTGTCATT 1036
Query 1037 TCCAACAAATCAAAGCAATGAAGACTGCTCTGCAGCAGCCAGAAGCCATTGAAAAGCCAAAAGCCTTATCCCTT 1110
||||.|||||||||||.||||||||.||.||||||||.||||||||.|||||.|||||.||||||||||||||.
Sbjct 1037 TCCAGCAAATCAAAGCCATGAAGACAGCCCTGCAGCAACCAGAAGCAATTGAGAAGCCGAAAGCCTTATCCCTC 1110
Query 1111 ATGCTGCATACAGCAGATATTAGCCATCCAGCAAAAGCATGGGACCTCCATCATCGCTGGACAATGTCACTCCT 1184
|||.|.||.||||||||.||.||.|||||.||.||||||||||||||.||.||.||||||||.|||||.|||||
Sbjct 1111 ATGTTACACACAGCAGACATCAGTCATCCTGCGAAAGCATGGGACCTGCACCACCGCTGGACCATGTCTCTCCT 1184
Query 1185 GGAGGAGTTCTTCAGACAGGGTGACAGAGAAGCAGAGCTGGGGCTGCCTTTTTCTCCTCTGTGTGACCGAAAGT 1258
||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||.||||||.||||||
Sbjct 1185 GGAGGAGTTCTTTAGACAGGGTGACAGAGAAGCAGAGCTGGGGCTGCCATTTTCTCCTCTTTGTGACAGAAAGT 1258
Query 1259 CCACTATGGTTGCTCAGTCACAAGTAGGTTTCATTGATTTCATCGTGGAACCCACCTTCACTGTGCTTACGGAC 1332
|.||.||||||||||||||||||||.|||||.|||||.|||||.|||||.|||||||||||||||||.||||||
Sbjct 1259 CAACCATGGTTGCTCAGTCACAAGTGGGTTTTATTGACTTCATTGTGGAGCCCACCTTCACTGTGCTCACGGAC 1332
Query 1333 ATGACCGAGAAGATTGTGAGTCCATTAATCGATGAAACCTCTCAAACTGGTGGGACAGGACAGAGGCGTTCGAG 1406
|||||||||||||||||||||||||||||.||.||||.|||.||.||||||||||||||.||||||.|.||.||
Sbjct 1333 ATGACCGAGAAGATTGTGAGTCCATTAATTGACGAAAGCTCCCAGACTGGTGGGACAGGGCAGAGGAGATCAAG 1406
Query 1407 TTTGAATAGCATCAGCTCGTCAGATGCCAAGCGATCAGGTGTCAAGACCTCTGGTTCAGAGGGAAGTGCCCCGA 1480
||||||.|||||||.|||.||||||||.||||||||.||||||||||..|||||.|||||.||||||||.||.|
Sbjct 1407 TTTGAACAGCATCAACTCATCAGATGCAAAGCGATCCGGTGTCAAGAGTTCTGGGTCAGATGGAAGTGCTCCCA 1480
Query 1481 TCAACAATTCTGTCATCTCC-GTTGACTATAAGAGCTTTAAAGCTACTTGGACGGAAGTGGTGCACATCAATCG 1553
|||||||||||||||| ||| ||||||||||||||.||||||||.||||||||.||.||||||||.||||||||
Sbjct 1481 TCAACAATTCTGTCAT-TCCTGTTGACTATAAGAGTTTTAAAGCCACTTGGACTGAGGTGGTGCAGATCAATCG 1553
Query 1554 GGAGAGATGGAGGGCCAAGGTACCCAAAGAGGAGAAGGCCAAGAAGGAAGCAGAGGAAAAGGCTCGCATGGCCG 1627
||||.|.|||.|.|||||||||||||||||.||.||.||||||||||||||.||.||.|||||||||.||||.|
Sbjct 1554 GGAGCGGTGGCGAGCCAAGGTACCCAAAGAAGAAAAAGCCAAGAAGGAAGCTGAAGAGAAGGCTCGCCTGGCTG 1627
Query 1628 CAGAGGAGCAGCAAAAGGAAATGGAAGCCAAAAGCCAGGCTGAAGAAGGCGCATCTGGCAAAGCTGAGAAAAAG 1701
|.|||||..||||||||||||||||||||||||||||.||||||.|||||.||.|..||||||..|||||||||
Sbjct 1628 CTGAGGAAAAGCAAAAGGAAATGGAAGCCAAAAGCCAAGCTGAACAAGGCACAACCAGCAAAGGCGAGAAAAAG 1701
Query 1702 ACGTCTGGAGAAACTAAGAATCAAGTCAATGGAACACGGGCAAACAAAAGTGACAACCCTCGTGGGAAAAATTC 1775
||.||.||||||.|.||.|.|||||||||||||||||| |||..||||.||||||||||||||.||.||
Sbjct 1702 ACATCAGGAGAAGCCAAAAGTCAAGTCAATGGAACACG------CAAGGGTGATAACCCTCGTGGGAAGAACTC 1769
Query 1776 CAAAGCCGAGAAGTCATCAGGAGAACAGCAACAGAATGGTGACTTCAAAGATGGTAAAAATAAGACAGACAAGA 1849
|||||..||.||| .||||.|||.||||.|||||.||||||||.|||||.||||||||||||.|||||||||
Sbjct 1770 CAAAGGAGAAAAG---GCAGGCGAAAAGCAGCAGAACGGTGACTTGAAAGACGGTAAAAATAAGGCAGACAAGA 1840
Query 1850 AGGATCACTCTAACATCGGAAATGATTCAAAGAAAACAGATGATTCACAAGAG--------------------- 1902
||||||||||.||||.|||||||||.||||||||||||||||.|.|| ||||.
Sbjct 1841 AGGATCACTCCAACACCGGAAATGAGTCAAAGAAAACAGATGGTACA-AAGAAGCGTTCTCATGGCTCACCTGC 1913
Query 1903 -------------------------------------------------------------------------- 1902
Sbjct 1914 TCCGAGCACTAGTTCCACAAGTCGCATTACCTTGCCAGTCATCAAGCCTCCTTTGCGTCACTTTAAGCGTCCTG 1987
Query 1903 -------------------------------------------------------------------------- 1902
Sbjct 1988 CTTATGCATCTAGCTCCTATGCACCTTCCGTCCCGAAGAAAACTGATGATCATCCTGTAAGATACAAGATGCTG 2061
Query 1903 --------------------------------------------------------- 1902
Sbjct 2062 GATCAGCGGATCAAGATGAAAAAGATCCAGAACATCTCTCATCACTGGAACAAAAAA 2118