Nucleotide Global Alignment
Description
- Query:
- ccsbBroadEn_06700
- Subject:
- NM_001159956.1
- Aligned Length:
- 1980
- Identities:
- 1567
- Gaps:
- 207
Alignment
Query 1 ATGGAGTCGCCAACAAAGGAGATTGAAGAATTTGAGAGCAACTCTCTGAAATACCTGCAACCGGAACAGATCGA 74
Sbjct 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Query 75 GAAAATCTGGCTTCGGCTCCGCGGGCTGAGGAAATATAAGAAAACGTCC--CAG-----AGATTACGGTCTTTG 141
|.|.|| ||| || ||||||||||||
Sbjct 1 -------------------------------------------ATGGCCTACAGTATTCAG-TTACGGTCTTTG 30
Query 142 GTCAAACAATTAGAGAGAGGGGAAGCTTCAGTGGTAGATCTTAAGAAGAATTTGGAATATGCAGCCACAGTGCT 215
|||||.||||||||..||||.||.||.||.||||||||.||||||||||||.||||||||||||||||||||||
Sbjct 31 GTCAAGCAATTAGAACGAGGAGAGGCCTCTGTGGTAGACCTTAAGAAGAATCTGGAATATGCAGCCACAGTGCT 104
Query 216 TGAATCTGTGTATATTGATGAAACAAGGAGACTCCTGGATACAGAGGATGAGCTCAGTGACATTCAGTCAGATG 289
|||||||||.||||||||||||||||||.||||.||||||||||||||||||||.|||||||||||.|||||||
Sbjct 105 TGAATCTGTATATATTGATGAAACAAGGCGACTGCTGGATACAGAGGATGAGCTTAGTGACATTCAATCAGATG 178
Query 290 CTGTGCCTTCTGAGGTCCGAGACTGGCTGGCCTCCACCTTCACGCGGCAGATGGGGATGATGCTCAGGAGGAGC 363
||||||||||.||.||.||.||.||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||.|||||.||.
Sbjct 179 CTGTGCCTTCAGAAGTTCGGGATTGGCTGGCCTCCACCTTCACACGGCAGATGGGGATGATGCTTAGGAGAAGT 252
Query 364 GACGAGAAGCCCCGGTTCAAGAGCATCGTTCACGCAGTGCAGGCTGGGATATTTGTGGAGAGAATGTATAGACG 437
||.|||||||||.||||||||||||||||.||.||.|||||.|||||||||||||||||.||||||||.|||||
Sbjct 253 GATGAGAAGCCCAGGTTCAAGAGCATCGTCCATGCGGTGCAAGCTGGGATATTTGTGGAAAGAATGTACAGACG 326
Query 438 GACATCAAACATGGTTGGACTGAGCTATCCACCAGCTGTTATTGAGGCATTAAAGGATGTGGACAAGTGGTCAT 511
||||||||||||||||||.||||||||||||||.|||||.||.||.|||||.|||||||||||.|.||||||.|
Sbjct 327 GACATCAAACATGGTTGGGCTGAGCTATCCACCGGCTGTAATCGATGCATTGAAGGATGTGGATACGTGGTCCT 400
Query 512 TTGACGTCTTTTCCCTCAATGAGGCCAGTGGGGATCATGCACTGAAATTTATTTTCTATGAACTACTCACACGT 585
|.||.||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||.||.||||||||||||.|||||||||||
Sbjct 401 TCGATGTCTTTTCCCTCAATGAGGCCAGTGGAGATCATGCACTGAAGTTCATTTTCTATGAATTACTCACACGT 474
Query 586 TATGATCTGATCAGCCGTTTCAAGATCCCCATTTCTGCACTTGTCTCATTTGTGGAGGCCCTGGAAGTGGGATA 659
|||||.||||||||||||||.|||||.||.||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||.||
Sbjct 475 TATGACCTGATCAGCCGTTTTAAGATACCGATTTCTGCACTTGTCTCATTTGTGGAGGCCCTCGAAGTGGGTTA 548
Query 660 CAGCAAGCACAAAAATCCTTACCATAACTTAATGCACGCTGCCGATGTTACACAGACAGTGCATTACCTCCTCT 733
||||||||||||||||||||||||||||.|.|||||.||.||.||.||.||||||||.||||||||||||||.|
Sbjct 549 CAGCAAGCACAAAAATCCTTACCATAACCTGATGCATGCAGCTGACGTCACACAGACTGTGCATTACCTCCTTT 622
Query 734 ATAAGACAGGAGTGGCGAACTGGCTGACGGAGCTGGAGATCTTTGCTATAATCTTCTCAGCTGCCATCCATGAC 807
|||||||||||||.||.|||||||||||.|||||||||||||||||.||||||||.||.|||||||||||||||
Sbjct 623 ATAAGACAGGAGTAGCAAACTGGCTGACAGAGCTGGAGATCTTTGCAATAATCTTTTCGGCTGCCATCCATGAC 696
Query 808 TACGAGCATACCGGAACCACCAACAATTTCCACATTCAGACTCGGTCTGATCCAGCTATTCTGTATAATGACAG 881
||.||.|||||.|||||.||.||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||.|||||.||||||||
Sbjct 697 TATGAACATACTGGAACTACAAACAATTTCCACATTCAGACTCGGTCAGATCCAGCTATCCTGTACAATGACAG 770
Query 882 ATCTGTACTGGAGAATCACCATTTAAGTGCAGCTTATCGCCTTCTGCAAGATGACGAGGAAATGAATATTTTGA 955
||||||.||||||||.|||||..|.||||||||.||.|||||||||||.||.|||||.||.|||||||||.||.
Sbjct 771 ATCTGTCCTGGAGAACCACCACCTGAGTGCAGCCTACCGCCTTCTGCAGGAAGACGAAGAGATGAATATTCTGG 844
Query 956 TTAACCTCTCAAAGGATGACTGGAGGGAGTTTCGAACCTTGGTAATTGAAATGGTGATGGCCACAGATATGTCT 1029
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||.|||||.|||||.|||||||||||||||||.
Sbjct 845 TTAACCTCTCAAAGGATGACTGGAGGGAGTTTCGAACTTTGGTTATTGAGATGGTAATGGCCACAGATATGTCC 918
Query 1030 TGTCACTTCCAACAAATCAAAGCAATGAAGACTGCTCTGCAGCAGCCAGAAGCCATTGAAAAGCCAAAAGCCTT 1103
|||||.|||||.|||||||||||.||||||||.||.||||||||.||||||||.|||||.|||||.||||||||
Sbjct 919 TGTCATTTCCAGCAAATCAAAGCCATGAAGACAGCCCTGCAGCAACCAGAAGCAATTGAGAAGCCGAAAGCCTT 992
Query 1104 ATCCCTTATGCTGCATACAGCAGATATTAGCCATCCAGCAAAAGCATGGGACCTCCATCATCGCTGGACAATGT 1177
||||||.|||.|.||.||||||||.||.||.|||||.||.||||||||||||||.||.||.||||||||.||||
Sbjct 993 ATCCCTCATGTTACACACAGCAGACATCAGTCATCCTGCGAAAGCATGGGACCTGCACCACCGCTGGACCATGT 1066
Query 1178 CACTCCTGGAGGAGTTCTTCAGACAGGGTGACAGAGAAGCAGAGCTGGGGCTGCCTTTTTCTCCTCTGTGTGAC 1251
|.|||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||.||||||
Sbjct 1067 CTCTCCTGGAGGAGTTCTTTAGACAGGGTGACAGAGAAGCAGAGCTGGGGCTGCCATTTTCTCCTCTTTGTGAC 1140
Query 1252 CGAAAGTCCACTATGGTTGCTCAGTCACAAGTAGGTTTCATTGATTTCATCGTGGAACCCACCTTCACTGTGCT 1325
.|||||||.||.||||||||||||||||||||.|||||.|||||.|||||.|||||.|||||||||||||||||
Sbjct 1141 AGAAAGTCAACCATGGTTGCTCAGTCACAAGTGGGTTTTATTGACTTCATTGTGGAGCCCACCTTCACTGTGCT 1214
Query 1326 TACGGACATGACCGAGAAGATTGTGAGTCCATTAATCGATGAAACCTCTCAAACTGGTGGGACAGGACAGAGGC 1399
.|||||||||||||||||||||||||||||||||||.||.||||.|||.||.||||||||||||||.||||||.
Sbjct 1215 CACGGACATGACCGAGAAGATTGTGAGTCCATTAATTGACGAAAGCTCCCAGACTGGTGGGACAGGGCAGAGGA 1288
Query 1400 GTTCGAGTTTGAATAGCATCAGCTCGTCAGATGCCAAGCGATCAGGTGTCAAGACCTCTGGTTCAGAGGGAAGT 1473
|.||.||||||||.|||||||.|||.||||||||.||||||||.||||||||||..|||||.|||||.||||||
Sbjct 1289 GATCAAGTTTGAACAGCATCAACTCATCAGATGCAAAGCGATCCGGTGTCAAGAGTTCTGGGTCAGATGGAAGT 1362
Query 1474 GCCCCGATCAACAATTCTGTCATCTCC-GTTGACTATAAGAGCTTTAAAGCTACTTGGACGGAAGTGGTGCACA 1546
||.||.||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||.||||||||.||||||||.||.||||||||.|
Sbjct 1363 GCTCCCATCAACAATTCTGTCAT-TCCTGTTGACTATAAGAGTTTTAAAGCCACTTGGACTGAGGTGGTGCAGA 1435
Query 1547 TCAATCGGGAGAGATGGAGGGCCAAGGTACCCAAAGAGGAGAAGGCCAAGAAGGAAGCAGAGGAAAAGGCTCGC 1620
|||||||||||.|.|||.|.|||||||||||||||||.||.||.||||||||||||||.||.||.|||||||||
Sbjct 1436 TCAATCGGGAGCGGTGGCGAGCCAAGGTACCCAAAGAAGAAAAAGCCAAGAAGGAAGCTGAAGAGAAGGCTCGC 1509
Query 1621 ATGGCCGCAGAGGAGCAGCAAAAGGAAATGGAAGCCAAAAGCCAGGCTGAAGAAGGCGCATCTGGCAAAGCTGA 1694
.||||.||.|||||..||||||||||||||||||||||||||||.||||||.|||||.||.|..||||||..||
Sbjct 1510 CTGGCTGCTGAGGAAAAGCAAAAGGAAATGGAAGCCAAAAGCCAAGCTGAACAAGGCACAACCAGCAAAGGCGA 1583
Query 1695 GAAAAAGACGTCTGGAGAAACTAAGAATCAAGTCAATGGAACACGGGCAAACAAAAGTGACAACCCTCGTGGGA 1768
|||||||||.||.||||||.|.||.|.|||||||||||||||||| |||..||||.|||||||||||||
Sbjct 1584 GAAAAAGACATCAGGAGAAGCCAAAAGTCAAGTCAATGGAACACG------CAAGGGTGATAACCCTCGTGGGA 1651
Query 1769 AAAATTCCAAAGCCGAGAAGTCATCAGGAGAACAGCAACAGAATGGTGACTTCAAAGATGGTAAAAATAAGACA 1842
|.||.|||||||..||.||| .||||.|||.||||.|||||.||||||||.|||||.||||||||||||.||
Sbjct 1652 AGAACTCCAAAGGAGAAAAG---GCAGGCGAAAAGCAGCAGAACGGTGACTTGAAAGACGGTAAAAATAAGGCA 1722
Query 1843 GACAAGAAGGATCACTCTAACATCGGAAATGATTCAAAGAAAACAGATGATTCACAAGAG-------------- 1902
|||||||||||||||||.||||.|||||||||.||||||||||||||||.|.|| ||||.
Sbjct 1723 GACAAGAAGGATCACTCCAACACCGGAAATGAGTCAAAGAAAACAGATGGTACA-AAGAAGCGTTCTCATGGCT 1795
Query 1903 -------------------------------------------------------- 1902
Sbjct 1796 CACCTGCTCCGAGCACTAGTTCCACAAGTCGCATTACCTTGCCAGGAGACTACGGA 1851