Nucleotide Global Alignment
Description
- Query:
- ccsbBroadEn_06700
- Subject:
- NM_001322059.1
- Aligned Length:
- 2313
- Identities:
- 1865
- Gaps:
- 417
Alignment
Query 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Sbjct 1 ATGGGCTCGGTCTCCTCCGCGCTGGCGCGGTCCCGCAAAGCCGTAGTGCAGTCGGGCTCGTTGCCACCGCAGCC 74
Query 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Sbjct 75 TGAGGCGCCACCGGCTGCTCCCGTTGCTGTCGGAGACCCATTCGCGCTCCCTAAAACCCAGAGGCCGGGACCCC 148
Query 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Sbjct 149 GGCGTGGGGAGACACTCTCCCCTCCCGTAGCCTGTGAGGCACAGCCCGCGGCGAGACATCGAGAAGAGCTGCCG 222
Query 1 --------------------------------------------------------------------ATGGAG 6
|.|.||
Sbjct 223 AAGTTGGCGAGGCAGGAGCTGTCCCCGGTGCTGAAGCGTGAGGCGAGTATGTCCCAGCCCTGCTGGCCACGAAG 296
Query 7 TCGC----CA------ACAAA-------GGAGATTGAAGAATTTGAGAGC------------------------ 39
.||| || .|||| ||||| .||||||...|||.|
Sbjct 297 CCGCAGCGCAGCGGTTGCAAATGAAGCTGGAGA--CAAGAATGCCAGACCACTGGCCCGCTTCTCTCGGTCTAA 368
Query 40 -------AACTCTCT---GAAATACCTGCAACCGGA-------ACAG--------ATCGAGAA----------- 77
||||.||| |||.|.||| ||.| || |||| |..|||||
Sbjct 369 GTCACAGAACTGTCTGTGGAACTCCCT-CATC--GATGGGCTCACAGGGAATGTCAAGGAGAAGCCAAGGCCAA 439
Query 78 -AATCTG-------GCTTCGGCTCC--GCGG--------GCTGAGGAAAT-----------ATA---------- 112
||| || .|.|||.|.|| |.|| |||||.|||.| |||
Sbjct 440 CAAT-TGTCCATGACCCTCGACCCCCAGAGGAGATCCTAGCTGATGAATTGCCACAGCTGGATAGCCCAGAAGT 512
Query 113 -----AGAAAACGTCCCAGAGATTACGGTCTTTGGTCAAACAATTAGAGAGAGGGGAAGCTTCAGTGGTAGATC 181
.|||.||.|||...|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 513 CTTGGTGAAGACATCCTTCAGATTACGGTCTTTGGTCAAACAATTAGAGAGAGGGGAAGCTTCAGTGGTAGATC 586
Query 182 TTAAGAAGAATTTGGAATATGCAGCCACAGTGCTTGAATCTGTGTATATTGATGAAACAAGGAGACTCCTGGAT 255
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 587 TTAAGAAGAATTTGGAATATGCAGCCACAGTGCTTGAATCTGTGTATATTGATGAAACAAGGAGACTCCTGGAT 660
Query 256 ACAGAGGATGAGCTCAGTGACATTCAGTCAGATGCTGTGCCTTCTGAGGTCCGAGACTGGCTGGCCTCCACCTT 329
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 661 ACAGAGGATGAGCTCAGTGACATTCAGTCAGATGCTGTGCCTTCTGAGGTCCGAGACTGGCTGGCCTCCACCTT 734
Query 330 CACGCGGCAGATGGGGATGATGCTCAGGAGGAGCGACGAGAAGCCCCGGTTCAAGAGCATCGTTCACGCAGTGC 403
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 735 CACGCGGCAGATGGGGATGATGCTCAGGAGGAGCGACGAGAAGCCCCGGTTCAAGAGCATCGTTCACGCAGTGC 808
Query 404 AGGCTGGGATATTTGTGGAGAGAATGTATAGACGGACATCAAACATGGTTGGACTGAGCTATCCACCAGCTGTT 477
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 809 AGGCTGGGATATTTGTGGAGAGAATGTATAGACGGACATCAAACATGGTTGGACTGAGCTATCCACCAGCTGTT 882
Query 478 ATTGAGGCATTAAAGGATGTGGACAAGTGGTCATTTGACGTCTTTTCCCTCAATGAGGCCAGTGGGGATCATGC 551
||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 883 ATTGAGGCATTAAAGGATGTGGACAAGTGGTCCTTTGACGTCTTTTCCCTCAATGAGGCCAGTGGGGATCATGC 956
Query 552 ACTGAAATTTATTTTCTATGAACTACTCACACGTTATGATCTGATCAGCCGTTTCAAGATCCCCATTTCTGCAC 625
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 957 ACTGAAATTTATTTTCTATGAACTACTCACACGTTATGATCTGATCAGCCGTTTCAAGATCCCCATTTCTGCAC 1030
Query 626 TTGTCTCATTTGTGGAGGCCCTGGAAGTGGGATACAGCAAGCACAAAAATCCTTACCATAACTTAATGCACGCT 699
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1031 TTGTCTCATTTGTGGAGGCCCTGGAAGTGGGATACAGCAAGCACAAAAATCCTTACCATAACTTAATGCACGCT 1104
Query 700 GCCGATGTTACACAGACAGTGCATTACCTCCTCTATAAGACAGGAGTGGCGAACTGGCTGACGGAGCTGGAGAT 773
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1105 GCCGATGTTACACAGACAGTGCATTACCTCCTCTATAAGACAGGAGTGGCGAACTGGCTGACGGAGCTGGAGAT 1178
Query 774 CTTTGCTATAATCTTCTCAGCTGCCATCCATGACTACGAGCATACCGGAACCACCAACAATTTCCACATTCAGA 847
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1179 CTTTGCTATAATCTTCTCAGCTGCCATCCATGACTACGAGCATACCGGAACCACCAACAATTTCCACATTCAGA 1252
Query 848 CTCGGTCTGATCCAGCTATTCTGTATAATGACAGATCTGTACTGGAGAATCACCATTTAAGTGCAGCTTATCGC 921
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1253 CTCGGTCTGATCCAGCTATTCTGTATAATGACAGATCTGTACTGGAGAATCACCATTTAAGTGCAGCTTATCGC 1326
Query 922 CTTCTGCAAGATGACGAGGAAATGAATATTTTGATTAACCTCTCAAAGGATGACTGGAGGGAGTTTCGAACCTT 995
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1327 CTTCTGCAAGATGACGAGGAAATGAATATTTTGATTAACCTCTCAAAGGATGACTGGAGGGAGTTTCGAACCTT 1400
Query 996 GGTAATTGAAATGGTGATGGCCACAGATATGTCTTGTCACTTCCAACAAATCAAAGCAATGAAGACTGCTCTGC 1069
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1401 GGTAATTGAAATGGTGATGGCCACAGATATGTCTTGTCACTTCCAACAAATCAAAGCAATGAAGACTGCTCTGC 1474
Query 1070 AGCAGCCAGAAGCCATTGAAAAGCCAAAAGCCTTATCCCTTATGCTGCATACAGCAGATATTAGCCATCCAGCA 1143
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1475 AGCAGCCAGAAGCCATTGAAAAGCCAAAAGCCTTATCCCTTATGCTGCATACAGCAGATATTAGCCATCCAGCA 1548
Query 1144 AAAGCATGGGACCTCCATCATCGCTGGACAATGTCACTCCTGGAGGAGTTCTTCAGACAGGGTGACAGAGAAGC 1217
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1549 AAAGCATGGGACCTCCATCATCGCTGGACAATGTCACTCCTGGAGGAGTTCTTCAGACAGGGTGACAGAGAAGC 1622
Query 1218 AGAGCTGGGGCTGCCTTTTTCTCCTCTGTGTGACCGAAAGTCCACTATGGTTGCTCAGTCACAAGTAGGTTTCA 1291
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1623 AGAGCTGGGGCTGCCTTTTTCTCCTCTGTGTGACCGAAAGTCCACTATGGTTGCTCAGTCACAAGTAGGTTTCA 1696
Query 1292 TTGATTTCATCGTGGAACCCACCTTCACTGTGCTTACGGACATGACCGAGAAGATTGTGAGTCCATTAATCGAT 1365
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1697 TTGATTTCATCGTGGAACCCACCTTCACTGTGCTTACGGACATGACCGAGAAGATTGTGAGTCCATTAATCGAT 1770
Query 1366 GAAACCTCTCAAACTGGTGGGACAGGACAGAGGCGTTCGAGTTTGAATAGCATCAGCTCGTCAGATGCCAAGCG 1439
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1771 GAAACCTCTCAAACTGGTGGGACAGGACAGAGGCGTTCGAGTTTGAATAGCATCAGCTCGTCAGATGCCAAGCG 1844
Query 1440 ATCAGGTGTCAAGACCTCTGGTTCAGAGGGAAGTGCCCCGATCAACAATTCTGTCATCTCCGTTGACTATAAGA 1513
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1845 ATCAGGTGTCAAGACCTCTGGTTCAGAGGGAAGTGCCCCGATCAACAATTCTGTCATCTCCGTTGACTATAAGA 1918
Query 1514 GCTTTAAAGCTACTTGGACGGAAGTGGTGCACATCAATCGGGAGAGATGGAGGGCCAAGGTACCCAAAGAGGAG 1587
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1919 GCTTTAAAGCTACTTGGACGGAAGTGGTGCACATCAATCGGGAGAGATGGAGGGCCAAGGTACCCAAAGAGGAG 1992
Query 1588 AAGGCCAAGAAGGAAGCAGAGGAAAAGGCTCGCATGGCCGCAGAGGAGCAGCAAAAGGAAATGGAAGCCAAAAG 1661
|||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1993 AAGGCCAAGAAGGAAGCAGAGGAAAAGGCTCGCCTGGCCGCAGAGGAGCAGCAAAAGGAAATGGAAGCCAAAAG 2066
Query 1662 CCAGGCTGAAGAAGGCGCATCTGGCAAAGCTGAGAAAAAGACGTCTGGAGAAACTAAGAATCAAGTCAATGGAA 1735
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2067 CCAGGCTGAAGAAGGCGCATCTGGCAAAGCTGAGAAAAAGACGTCTGGAGAAACTAAGAATCAAGTCAATGGAA 2140
Query 1736 CACGGGCAAACAAAAGTGACAACCCTCGTGGGAAAAATTCCAAAGCCGAGAAGTCATCAGGAGAACAGCAACAG 1809
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2141 CACGGGCAAACAAAAGTGACAACCCTCGTGGGAAAAACTCCAAAGCCGAGAAGTCATCAGGAGAACAGCAACAG 2214
Query 1810 AATGGTGACTTCAAAGATGGTAAAAATAAGACAGACAAGAAGGATCACTCTAACATCGGAAATGATTCAAAGAA 1883
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2215 AATGGTGACTTCAAAGATGGTAAAAATAAGACAGACAAGAAGGATCACTCTAACATCGGAAATGATTCAAAGAA 2288
Query 1884 AACAGATGATTCACAAGAG 1902
|||||||||||||||||||
Sbjct 2289 AACAGATGATTCACAAGAG 2307